本發(fā)明屬于分子生物技術和分子標記技術領域，特別涉及一種影響豬日增重性狀的分子標記及其應用。

背景技術：
日增重是評價豬生長性能的重要指標，因此是種豬遺傳改良研究中的重點。傳統(tǒng)的豬育種方法是通過對目的個體的同胞或后裔屠宰測定來評估，準確性較高，成效顯著，但存在測定成本高、費時耗力的不足。基于主效基因分子標記的遺傳改良方法經(jīng)濟、快捷而有效，是對傳統(tǒng)豬育種的必要補充(周李生等，2014年)。杜洛克種豬因為具有增重快，飼料報酬高(料肉比為2.8～3.2：1)，胴體品質好、眼肌面積大、瘦肉率高等特點而被廣泛應用于商品豬的終端父本(Choi,JS等，2015年；Luc,DD等，2014年)。目前，我國市場上近70％的商品豬是杜長大三元雜交豬，其由杜洛克作父本，長白X大白二元雜交豬作母本組成。因此，從直觀上來看，杜洛克優(yōu)良性能的50％能直接傳遞給商品代。如何進一步提高杜洛克的生產(chǎn)性能是育種工作者研究的重點。日增重是瘦肉型種豬杜洛克遺傳改良中十分重要的經(jīng)濟性狀，提高種豬的日增重不但可以縮短商品豬的育肥時間、從而增加豬的育肥批次，而且能極大地節(jié)約飼料及人工成本。

技術實現(xiàn)要素：
為克服上述現(xiàn)有技術中存在的缺點與不足，本發(fā)明的首要目的在于提供一種影響豬日增重性狀的分子標記，其特征在于：所述分子標記的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是T或G，導致豬日增重性狀的不同。所述分子標記的SNP位點對應于國際豬參考基因組10.2版本1號染色體上第306869183bp處的G>T突變；所述分子標記的SNP位點為SEQIDNO1:序列片段標注位置g466G>T。上述影響豬日增重性狀的分子標記在豬的日增重性狀遺傳育種中的應用也在本發(fā)明的保護范圍內。本發(fā)明的另一目的在于提供一種檢測豬日增重性狀的方法，檢測上述的分子標記的SEQIDNO:1序列的5’端第466bp為G還是T。本發(fā)明的另一目的在于提供一種用于鑒定上述分子標記的引物對，所述引物對的核酸序列如下所示：上游引物如SEQIDNO：2所示；下游引物如SEQIDNO：3所示。上述的引物對在鑒定影響豬日增重性狀中的應用也在本發(fā)明的保護范圍內。上述的引物對在豬分子標記輔助育種中的應用也在本發(fā)明得保護范圍內。上述的引物對在調節(jié)豬日增重中的應用也在本發(fā)明的保護范圍內。本發(fā)明的再一目的在于提供一種豬的遺傳改良的方法，所述方法包括：確定種豬核心群中種豬的上述的分子標記，并根據(jù)所述分子標記做出相應的選擇：種豬的繼代選育國際豬參考基因組10.2版本1號染色體上306869183bp處的TG型和TT型個體，淘汰該點的GG型個體。所述的種豬包括杜洛克及其合成系。本發(fā)明相對于現(xiàn)有技術具有如下的優(yōu)點及效果：本發(fā)明提供一個能顯著增加杜洛克種豬及其合成系的日增重分子標記，使用該分子標記進行標記輔助選擇，能夠極大地增加杜洛克及其合成系的日增重育種進程。本發(fā)明的影響豬日增重性狀的分子標記的GG型個體全部選育成TG型個體，則每頭豬平均日增重可以提高97.1g，豬場可以在70日內增加63970噸豬肉，由此可見優(yōu)秀的日增重性能為養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)提供收益的潛力是巨大的(如圖1)。本SNP標記個體中，TG型個體與GG型個體之間的日增重性能存在顯著差異(P<0.01)(表1)，通過優(yōu)選杜洛克及其合成系該SNP的優(yōu)勢等位基因(T)，可最終實現(xiàn)提高商品豬的經(jīng)濟效益的目的。附圖說明圖1為不同基因型的日增重對應圖；圖2為全基因組關聯(lián)(GWAS)分析提供的與日增重顯著相關的SNP圖。具體實施方式下面結合實施例及附圖對本發(fā)明作進一步詳細的描述，但本發(fā)明的實施方式不限于此。實驗豬群：本實驗一共使用了389頭純種杜洛克。實施例1為具體解釋得到本發(fā)明中日增重性能的發(fā)明過程。通過OSBORNE系統(tǒng)測定豬在30kg時的體重日齡并記錄為Day1，記錄豬100Kg時的體重日齡并記錄為Day2。日增重的計算公式為：70/(Day2-Day1)。上述實驗在廣東溫氏食品集團股份有限公司的沙湖種豬場中進行，在測定階段每欄圈養(yǎng)10-12頭豬(每頭豬占用面積2平方米)自由采食飲水，并按統(tǒng)一飼養(yǎng)標準，統(tǒng)一飼喂日糧。實施例2為具體解釋得到本發(fā)明中基因標記的發(fā)明過程。(1)杜洛克豬耳樣組織DNA的提取方法參照標注苯酚-氯仿法提取全基因組DNA。用Nanodrop-ND1000分光光度計對純種杜洛克群體的DNA進行質量檢測和濃度測定。A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9判定為合格。最后將合格的DNA樣品統(tǒng)一稀釋成50納克/微升。(2)豬全基因組60KSNP基因型檢測:利用IlluminaInfiniumSNP分型平臺，訂購ProcineSNP60DNAAnalysisKit芯片。再根據(jù)IlluminaInfinium的使用說明和標準流程進行芯片雜交與結果掃描。最后通過GenomeStudio軟件讀取基因型數(shù)據(jù)。用PLINKv1.07對獲得的基因型數(shù)據(jù)進行質量控制，剔除檢出率<99.7％，此等為基因頻率(mimorallelfrequency，MAF)<0.01％或偏離哈代溫伯格平衡(Hardy-WeinbergEquilibrium，HWE)P≤10-6的SNP標記，排除檢出率<90％，家系孟德爾錯誤率高于0.1的個體；質控剩余的41793個SNP標記和389個樣本用于后續(xù)數(shù)據(jù)分析。(3)全基因組關聯(lián)(GWAS)分析：使用R軟件中的GenABEL軟件包對杜洛克日增重進行GWAS分析，模型為：y＝1u+Xb+Sc+Za+α。其中，y為所測得的表型值及(平均日增重值)，u為總體平均值，b為性別和固定效應值，c為其余的微效應，c—N(0，бc2)，α為隨機加性遺傳效應向量，且α～N(0，бα2)(G為個體間的分子血緣相關矩陣，бα2為加性遺傳方差)，e為殘差，X、S和Z是對固定效應和隨機效益的關聯(lián)矩陣，場年季(herd-year-season)效應包括在批次效應中。采用Bonferroni法確定全基因組關聯(lián)分析得顯著性閾值，基因組水平的顯著閾值為0.05除以有效SNP位點數(shù)量，即0.05/41793＝1.20e-6；染色體水平顯著閾值為1除以有效SNP位點數(shù)量，及1/41793＝2.39e-5。GWAS結果顯示，豬1號染色體上存在于日增重顯著相關的SNP位點(圖2)。實施例3具體解釋發(fā)明檢測SNP標記的發(fā)明過程。(1)含有與杜洛克日增重性能顯著相關SNP位點的目的片段的擴增目的片段為1號染色體中的一段1321bp的核苷酸序列，序列擴增的上下游引物為：上游引物5’-TCTTGCTGAATCCGCACTCGC-3’；下游引物5’-CAGCACAGAAGAAAGCGAAGC-3’。(2)PCR擴增的體系與條件設置配置10ul體系，其中DNA樣品1ul，上游引物0.2ul，下游引物0.2ul，PCRmix5ul,ddH2O3.6ul,PCR條件為94℃預變性5min，94℃變性30s，65℃退火30s，72℃延伸80s，共35個循環(huán)，最后延伸為72℃10min。(3)DNA序列測序鑒定：序列測序在深圳華大基因科技有限公司進行，基因片段測正反兩個反應。將所測得的序列與NCBI基因組序列對比，得出對應SNP位點的突變。然后就可以通過SNP標記與純種杜洛克日增重性能的關聯(lián)分析的應用，為豬的分子標記輔助選擇提供一個新的標記。表1.三種基因型個體的表型數(shù)據(jù)上標有相同字母表示無顯著性差異，上標無相同字母表示有顯著性差異。本發(fā)明提供一個能顯著增加杜洛克種豬及其合成系的日增重SNP標記，使用該SNP進行標記輔助選擇，能夠極大地增加杜洛克及其合成系的日增重育種進程。本發(fā)明的影響豬日增重性狀的分子標記的GG型個體全部選育成TG型個體，則每頭豬平均日增重可以提高97.1g，豬場可以在70日內增加63970噸豬肉，由此可見優(yōu)秀的日增重性能為養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)提供收益的潛力是巨大的(如圖1)。本SNP標記個體中，TG型個體與GG型個體之間的日增重性能存在顯著差異(P<0.01)(表1)，通過優(yōu)選杜洛克及其合成系該SNP的優(yōu)勢等位基因(T)，可最終實現(xiàn)提高商品豬的經(jīng)濟效益的目的。申請人所在的國家生豬種業(yè)工程技術研究中心，為廣東溫氏集團與華南農業(yè)大學聯(lián)合申報，經(jīng)科技部批準成立。溫氏集團前期積累了約5000頭純種杜洛克的日增重表型，并使用豬60KSNP芯片對其中389頭個體進行了高通量SNP分型。通過全基因組關聯(lián)分析，首次發(fā)現(xiàn)豬1號染色體(Susscrofachromosome,SSC1)上存在著顯影響日增重的SNP位點，該SNP位于國際豬參考基因組10.2版本SSC1上第306869183bp處。上述實施例為本發(fā)明較佳的實施方式，但本發(fā)明的實施方式并不受上述實施例的限制，其他的任何未背離本發(fā)明的精神實質與原理下所作的改變、修飾、替代、組合、簡化，均應為等效的置換方式，都包含在本發(fā)明的保護范圍之內。