本發(fā)明涉及檢測(cè)用試劑盒,具體是通過涉及通過平原血漿循環(huán)microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791表達(dá)量來預(yù)測(cè)急性高山病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。,從而用于評(píng)定人體急性高山病的易感性。
背景技術(shù):
急性高山病(acutemountainsickness,ams),又稱作急性輕癥高原反應(yīng),是發(fā)生在長期生活于低海拔地區(qū)的人,在未適應(yīng)新環(huán)境的情況下快速進(jìn)入2500m以上高原后1-3天產(chǎn)生,包括失眠、頭痛、眩暈、食欲缺乏、情緒不安及嘔吐等一系列癥狀,其中劇烈的頭疼是ams的典型癥狀。而ams根據(jù)上升速度和具體海拔的不同,其發(fā)病率高達(dá)50%至85%(bartschpandswensoner(2013),clinicalpractice:acutehigh-altitudeillnesses,《nengljmed》,368(24),2294-302.),對(duì)于進(jìn)入高原的人群而言,ams會(huì)嚴(yán)重影響其工作和生活能力。更嚴(yán)重的是,如果ams沒有得到有效的控制與治療,很可能發(fā)展成為具有高致死率的高原腦水腫(highaltitudecerebraledema,hace)(booscjetal.(2016),highaltitudeandacutemountainsicknessandchangesincirculatingendothelin-1,interleukin-6,andinterleukin-17a,《highaltitudemedicine&biology》,17(1),25-31.)。
ams有明顯的遺傳傾向性及個(gè)體易感性,高原低壓低氧的環(huán)境因素和遺傳因素均可以影響ams的發(fā)生。多年以來,ams的遺傳傾向性及個(gè)體易感性一直是國內(nèi)外學(xué)者關(guān)注的熱點(diǎn),盡管有人已經(jīng)提出使用低氧敏感基因egln1和hif-1an的snp位點(diǎn)對(duì)ams易感人群進(jìn)行預(yù)測(cè),但是目前看來這些標(biāo)記物在準(zhǔn)確性和特異性等方面都不盡如人意(zhange,zhangj,jinj,qinj,lih,huangl:variantsofthelowoxygensensorsegln1andhif-1anassociatedwithacutemountainsickness.《internationaljournalofmolecularsciences》,2014,15(12):21777-21787.)。我國高原面積遼闊(約占國土面積的1/5)近年以來,青藏高原平均海拔在4000米以上,隨著國內(nèi)外高原旅游業(yè)及高原經(jīng)濟(jì)建設(shè)的蓬勃發(fā)展,越來越多的平原世居人群進(jìn)入高原,而ams的發(fā)生已給人們的生活和工作造成十分嚴(yán)重的影響,所以亟待尋找到在平原對(duì)ams的發(fā)病易感性進(jìn)行預(yù)測(cè)的有效方法。
microrna是一類廣泛存在于真核生物中的內(nèi)源性小分子非編碼rna,長度為18~24個(gè)核苷酸。microrna通過轉(zhuǎn)錄后水平抑制靶基因的表達(dá),調(diào)控細(xì)胞分化、增殖、凋亡等生命活動(dòng),在胚胎發(fā)育、機(jī)體代謝、疾病發(fā)生發(fā)展等多種生理和病理過程中發(fā)揮重要作用。近年來,研究人員在血液、唾液、尿液等多種體液中檢測(cè)到microrna,提出循環(huán)microrna的概念。并且,microrna的表達(dá)水平的高低和其遺傳基因的差異性高度相關(guān),近年來,大量的研究表明,循環(huán)microrna對(duì)腫瘤、高血壓、卒中及一系列疾病的提前診斷和發(fā)病預(yù)測(cè)都有很好的特異性和敏感性。再者血液等體液標(biāo)本易于獲得,臨床可操作性強(qiáng)且創(chuàng)傷性小,而且循環(huán)microrna穩(wěn)定性好,檢測(cè)便利,因此,循環(huán)microrna具有作為ams無創(chuàng)性生物標(biāo)志物的潛能,適用于ams易感性人群篩查(ghaivandwangk(2016),recentprogresstowardtheuseofcirculatingmicrornasasclinicalbiomarkers,《archtoxicol》.)。
而關(guān)于循環(huán)microrna與ams易感性之間的相關(guān)性,尚未見報(bào)道。
更未見一種用于檢測(cè)血中microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791表達(dá)水平來預(yù)測(cè)ams發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的報(bào)道。同樣運(yùn)用microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791聯(lián)合的方法預(yù)測(cè)ams發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)亦未見報(bào)道。
通過平原世居者平原血漿循環(huán)microrna的芯片譜篩查,結(jié)合其高原缺氧暴露后的ams發(fā)病情況,發(fā)現(xiàn)平原血漿循環(huán)microrna-136-3p、microrna-4791在ams易感者和ams耐受者之間存在著差異。再通過sybr(即sybrgreen染料,縮寫sybr)實(shí)時(shí)熒光定量pcr(聚合酶鏈反應(yīng))的方法檢測(cè)了平原血漿循環(huán)microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791表達(dá)水平,證實(shí)了平原血漿循環(huán)microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791表達(dá)水平和ams的易感性之間存在著相關(guān)性。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
本發(fā)明的目的在于尋找與ams相關(guān)的平原血漿新型生物學(xué)標(biāo)志物,而另一個(gè)目的在于提供平原血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791在制備平原預(yù)測(cè)ams發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的試劑盒中的運(yùn)用。該試劑盒能用于平原人在進(jìn)入高原前對(duì)ams易感者的篩選,指導(dǎo)ams的預(yù)防,減輕ams的威脅。
發(fā)明人通過對(duì)13例ams患者和9例健康對(duì)照的血漿microrna表達(dá)譜進(jìn)行對(duì)比分析,后對(duì)41例ams患者和46例健康對(duì)照的血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791表達(dá)水平進(jìn)行比較,研究上述4個(gè)microrna與ams的相關(guān)性,尋找出了敏感可信的ams易感生物遺傳標(biāo)記。步驟是使用edta-na抗凝管采集22名擬從平原快速進(jìn)入高原人群的外周血2ml,3000×g,25攝氏度下分離10分鐘后提取上層血漿-80攝氏度下保存?zhèn)溆茫ㄟ^microrna表達(dá)譜芯片(mircurytmlnaarray(v.18.0))對(duì)血漿中microrna表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè),待人群進(jìn)入高原后,根據(jù)ams國際通用診斷標(biāo)準(zhǔn)路易斯湖評(píng)分診斷系統(tǒng)區(qū)分ams和健康人群,比較ams和健康人群microrna表達(dá)譜,篩選ams易感相關(guān)microrna,發(fā)現(xiàn)上述4個(gè)microrna在ams易感者和健康人群中表達(dá)存在顯著差異。
使用qpcr技術(shù)在另一獨(dú)立人群中對(duì)上述4個(gè)microrna在ams易感者(41例)和健康對(duì)照組(46例)中的表達(dá)分布進(jìn)行檢測(cè)。整個(gè)過程中血漿rna提取采用德國凱杰技術(shù)有限公司的血漿microrna柱式抽提試劑盒(mirneasyserum/plasmakit,貨號(hào):217184)提取,然后采用實(shí)時(shí)熒光定量pcr(hairpin-ittmmirnasrt-pcrquantitationkit,貨號(hào):e01008)的方法進(jìn)行對(duì)上述4個(gè)microrna和外參cel-mir-39進(jìn)行擴(kuò)增;在分別計(jì)算每例標(biāo)本的microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791相對(duì)cel-mir-39的歸一化表達(dá)水平,結(jié)果經(jīng)過spss19.0進(jìn)行檢驗(yàn),以p<0.05為顯著性檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn),發(fā)現(xiàn)ams易感組標(biāo)本(41例)和正常人群(46例)血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791的表達(dá)水平存在著顯著差異(表1)
本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是,找到平原血漿microrna標(biāo)志物可以篩選出ams易感者和耐受者。通過檢測(cè)人平原血漿中的microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791的含量,通過表達(dá)量高低來區(qū)分ams易感者和耐受者,進(jìn)而預(yù)測(cè)進(jìn)入高原后ams的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。
本發(fā)明解決上述問題的技術(shù)方案是:檢測(cè)平原人血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791的含量,以區(qū)分ams易感者和耐受者,上述4個(gè)microrna具體信息見表2。
本發(fā)明的效益是:篩選出的micrornas對(duì)ams有很好的預(yù)測(cè)效能,能夠在平原預(yù)測(cè)到達(dá)高原后ams的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn),指導(dǎo)ams的預(yù)防和治療,減輕ams的威脅。
本發(fā)明除了上述技術(shù)方案以外,還做了如下的改進(jìn)。
本發(fā)明還包括,血漿microrna(microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791)在制備預(yù)測(cè)ams發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的試劑盒中的作用。
附圖說明
圖1.ams易感者和耐受者的血漿中microrna-369-3p表達(dá)水平(即與cel-mir-39相比microrna-369-3p的歸一化水平)。
圖2.ams易感者和耐受者的血漿中microrna-449b-3p表達(dá)水平(即與cel-mir-39相比microrna-449b-3p的歸一化水平)。
圖3.ams易感者和耐受者的血漿中microrna-136-3p表達(dá)水平(即與cel-mir-39相比microrna-136-3p的歸一化水平)。
圖4.ams易感者和耐受者的血漿中microrna-4791表達(dá)水平(即與cel-mir-39相比microrna-4791的歸一化水平)。
其中ams是ams易感者、non-ams為耐受者。*:p<0.05,即有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,**:p<0.01,即有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,***:p<0.001,即有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
圖5.為ams易感者血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791的工作特征曲線(receiveroperatingcharacteristiccurve,簡稱roc曲線),該圖中的很好的顯示了ams易感者的roc曲線、曲線下面積(areaunderthecurve,auc)、靈敏性(sensitivity)、特異性(specificity),其中auc反映了預(yù)測(cè)效能。
圖6.為ams易感者血漿microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791進(jìn)行聯(lián)合預(yù)測(cè)的的工作特征曲線(receiveroperatingcharacteristiccurve,簡稱roc曲線),該圖中的很好的顯示了ams易感者的roc曲線、曲線下面積(areaunderthecurve,auc)、靈敏性(sensitivity)、特異性(specificity),其中auc反映了預(yù)測(cè)效能(auc=0.5,沒有預(yù)測(cè)效能;0.5<auc<0.7很小的預(yù)測(cè)價(jià)值;0.7<auc<0.9相當(dāng)準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)價(jià)值;0.9<auc<1,很準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)價(jià)值)。
具體實(shí)施方式
下面結(jié)合附圖對(duì)本發(fā)明進(jìn)行描述,所列舉的實(shí)施例僅僅是用來解釋本發(fā)明,并非用于限制本發(fā)明的范圍。
實(shí)施例1血漿標(biāo)本microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791的表達(dá)與ams發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性研究。
一、材料與標(biāo)本收集描述
ams易感者血漿標(biāo)本收集自急進(jìn)高原人群中的ams患者進(jìn)入高原前,合計(jì)41例。正常人群的血漿標(biāo)本收集自急進(jìn)高原人群中的正常健康人群進(jìn)入高原前,合計(jì)46例。ams的診斷是通過國際通用診斷標(biāo)準(zhǔn)-路易斯湖評(píng)分來確認(rèn)的。所有人群在取血之前沒有服用任何預(yù)防性藥物。每個(gè)樣本用edta-na抗凝管合計(jì)收集2ml血液。
二、樣品處理和rna提取
在靜脈血采集后10min內(nèi),在3000×g,25攝氏度下離心10分鐘之后,用無rna酶和無細(xì)菌的吸頭取上層血漿于無rna酶和無細(xì)菌的ep管中-80℃保存?zhèn)溆?。血漿中的rna通過德國凱杰技術(shù)有限公司的血漿microrna柱式抽提試劑盒(mirneasyserum/plasmakit,貨號(hào):217184)按照說明書操作步驟進(jìn)行提取和純化。
三、實(shí)時(shí)熒光定量pcr(sybr染料法)
運(yùn)用中國上海吉瑪制藥技術(shù)有限公司的microrna實(shí)時(shí)熒光定量pcr試劑盒(hairpin-ittmmirnasrt-pcrquantitationkit,貨號(hào):e01008)對(duì)目的microrna(microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791)和外參cel-mir-39進(jìn)行擴(kuò)增;分別得到ct值(cyclethreshold),通過公式:表達(dá)量=2ct(cel-mir-39)-ct(目的microrna)在分別計(jì)算每例標(biāo)本的目的microrna的表達(dá)水平,具體操作過程見說明書。每個(gè)樣本重復(fù)三次實(shí)驗(yàn)。目的microrna與cel-mir-39引物序列見表3.
四、統(tǒng)計(jì)分析方法。
運(yùn)用統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件spss19.0進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。正態(tài)性檢驗(yàn)采用shapiro-wilk法,顯著性差異用mann-whitney檢驗(yàn)(mann-whitneytest),工作特征曲線(receiveroperatingcharacteristiccurve,簡稱roc曲線)及線下面積(areaunderthecurve,auc)用于評(píng)價(jià)目的microrna單獨(dú)的預(yù)測(cè)效能。當(dāng)p<0.05時(shí)認(rèn)為有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
運(yùn)用二元logistic回歸,建立4個(gè)目的microrna的相關(guān)方程,得到預(yù)測(cè)概率p,并以預(yù)測(cè)概率p為檢驗(yàn)變量進(jìn)行roc曲線分析,繼而評(píng)價(jià)4個(gè)目的microrna聯(lián)合運(yùn)用的預(yù)測(cè)效能。當(dāng)p<0.05時(shí)認(rèn)為有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
六、結(jié)果分析
1.ams易感者與ams耐受者,血漿microrna-369-3p的表達(dá)量相比,p<0.001,有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
2.ams易感者與ams耐受者,血漿microrna-449b-3p的表達(dá)量相比,p<0.001,有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
3.ams易感者與ams耐受者,血漿microrna-136-3p的表達(dá)量相比,p<0.001,有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
4.ams易感者與ams耐受者,血漿microrna-4791的表達(dá)量相比,p<0.001,有極顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
5.血漿microrna-369-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能通過roc曲線可以知道,microrna-369-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效效能良好,auc為0.859(95%ci,0.783-0.985)。
6.血漿microrna-449b-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能通過roc曲線可以知道,microrna-449b-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能良好,auc為0.859(95%ci,0.783-0.985)。
7.血漿microrna-136-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能通過roc曲線可以知道,microrna-136-3p對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能是良好,auc為0.724(95%ci,0.617-0.830)。
8.血漿microrna-4791對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能通過roc曲線可以知道,microrna-4791對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能良好,auc為0.748(95%ci,0.644-0.852)。
9.聯(lián)合運(yùn)用4個(gè)血漿microrna對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能通過roc曲線可以知道,聯(lián)合運(yùn)用4個(gè)血漿microrna對(duì)ams易感者與ams耐受者的預(yù)測(cè)效能是很好,優(yōu)于其單獨(dú)運(yùn)用,auc為0.993(95%ci,0.978-1.000)。七、結(jié)論
血漿中microrna-369-3p、microrna-449b-3p、microrna-136-3p和microrna-4791對(duì)ams易感者與ams耐受者有很好的預(yù)測(cè)效能,能夠預(yù)測(cè)ams的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn),并且四者的聯(lián)合運(yùn)用的預(yù)測(cè)效能優(yōu)于分別單獨(dú)使用。
表1ams易感組和ams耐受組血漿目的microrna的表達(dá)水平
***ams易感組vs.ams耐受組:p<0.001,數(shù)據(jù)以中位數(shù)(25%-75%分位數(shù))表示
表2microrna基本信息
表3目的microrna、cel-mir-39引物信息