本發(fā)明涉及生物
技術(shù)領(lǐng)域：
，特別涉及基因飽和突變庫及其構(gòu)建方法、應(yīng)用。
背景技術(shù)：
：蛋白質(zhì)改造和篩選技術(shù)在天然基因的異源表達(dá)、疫苗、抗體等蛋白類藥物的優(yōu)化、人工合成細(xì)胞工廠乃至人造生命體等方面應(yīng)用廣泛，對人類健康和社會發(fā)展具有重大意義。在蛋白質(zhì)功能研究和工程改造中，首先要確定影響蛋白質(zhì)功能的關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)，通過對這些位點(diǎn)進(jìn)行多輪突變和篩選，獲得所需功能和活性的工程蛋白質(zhì)。通常的策略是先采用多輪易錯(cuò)PCR對目的基因進(jìn)行隨機(jī)突變，初步篩選出一些可疑位點(diǎn)。隨后，采用定點(diǎn)突變或多點(diǎn)突變方法圍繞可疑位點(diǎn)展開進(jìn)一步探查。然而，雖然易錯(cuò)PCR可以隨機(jī)地向目的基因中一次性引入多個(gè)堿基突變，但它的這種隨機(jī)性也限制了這種方法的突變效率，比如多輪突變中某些位點(diǎn)被重復(fù)突變，而某些區(qū)域的序列始終沒有被突變，各輪的突變堿基個(gè)數(shù)也不盡相同，導(dǎo)致在有限的實(shí)驗(yàn)次數(shù)中幾乎無法實(shí)現(xiàn)對目的基因序列的全面探查。另一方面，目前所采用的各種定點(diǎn)突變方法通常單輪實(shí)驗(yàn)只能實(shí)現(xiàn)1-3個(gè)相鄰堿基突變，多點(diǎn)突變則要求各個(gè)突變位點(diǎn)之間的間隔需在幾十到幾百個(gè)堿基對以上，并且通常也需要多個(gè)PCR反應(yīng)串聯(lián)才能實(shí)現(xiàn)最終的突變目的。這些方法對指定序列中連續(xù)排列的多個(gè)堿基突變效率低、步驟繁瑣，并且對長序列DNA的兼容性差。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：有鑒于此，本發(fā)明提供一種適用于高通量蛋白質(zhì)功能篩選的長序列DNA中連續(xù)多點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法。本發(fā)明提供的連續(xù)多點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法僅需一步反應(yīng)即可實(shí)現(xiàn)在長序列DNA中連續(xù)排列的多個(gè)堿基的飽和突變，具有簡單、快速、突變成功率高的特點(diǎn)，可實(shí)現(xiàn)在氨基酸水平上對蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)的快速篩選定位和高效突變改造。為了實(shí)現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供以下技術(shù)方案：本發(fā)明提供了一種基因飽和突變庫的構(gòu)建方法，以含有表達(dá)目的蛋白的基因的環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒為模板，采用一對序列完全反向互補(bǔ)的正向突變引物和反向突變引物，通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)構(gòu)建獲得基因飽和突變庫；所述正向突變引物和所述反向突變引物的序列中分別含有9個(gè)以上連續(xù)排列的兼并堿基。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述含有表達(dá)目的蛋白的基因的環(huán)狀雙螺旋質(zhì)粒的長度不小于8kb。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的循環(huán)數(shù)不高于18。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，獲得所述基因飽和突變庫后還包括經(jīng)DpnI酶消化除去模板后，直接轉(zhuǎn)化到宿主菌進(jìn)行培養(yǎng)基平板篩選的步驟。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述正向突變引物由三部分序列組成：5’-模板序列、兼并堿基序列和3’-模板序列，其中所述兼并堿基序列是以兼并堿基代替了目的基因中待突變的序列，5’-模板序列是目的基因中待突變序列5’端上游的序列，3’-模板序列是目的基因中待突變序列3’端下游的序列；所述反向突變引物的序列為所述正向突變引物的反向互補(bǔ)序列。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述5’-模板序列和所述3’-模板序列的Tm值相差不高于5℃，所述5’-模板序列和所述3’-模板序列的長度均不低于所述兼并堿基序列。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述正向突變引物和所述反向突變引物的序列如SEQIDNo.7～SEQIDNo.112所示。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的體系為：所述環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒20～100ng、所述正向突變引物100～200nM、所述反向突變引物100～200nM、Q5高保真聚合酶1U、1×Q5反應(yīng)緩沖液。在本發(fā)明的一些具體實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的條件為：98℃預(yù)變性1～2.5min、以如下條件進(jìn)行10～18個(gè)循環(huán)：98℃0.5～1min、退火0.5～2min、72℃延伸15s/kb，最后以72℃再進(jìn)行2～5min延伸。本發(fā)明還提供了所述的構(gòu)建方法獲得的基因飽和突變庫。本發(fā)明還提供了所述的基因飽和突變庫在蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)的快速篩選定位和/或高效突變改造中的應(yīng)用。本發(fā)明提供了一種適用于高通量蛋白質(zhì)功能篩選的長序列DNA中連續(xù)多點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法，以含有表達(dá)目的蛋白的基因的環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒為模板，采用一對序列完全反向互補(bǔ)的正向和反向突變引物，通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)，僅需一步反應(yīng)即可實(shí)現(xiàn)在長序列DNA中連續(xù)排列的多個(gè)堿基的飽和突變，具有簡單、快速、突變成功率高的特點(diǎn)，可實(shí)現(xiàn)在氨基酸水平上對蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)的快速篩選定位和高效突變改造。附圖說明為了更清楚地說明本發(fā)明實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹。圖1示本發(fā)明提供的長序列DNA飽和突變庫構(gòu)建方法全過程的示意圖；圖2示實(shí)施例1和2中用于構(gòu)建飽和突變庫的模板質(zhì)粒圖譜；其中，圖2(A)示EBPA質(zhì)粒圖譜；圖2(B)示EBPP質(zhì)粒圖譜；圖3示實(shí)施例1和2中目的基因突變區(qū)域分組示意圖；圖4示實(shí)施例3中突變庫測序峰圖；圖5示實(shí)施例4中突變基因庫轉(zhuǎn)化到表達(dá)宿主中的進(jìn)行篩選的培養(yǎng)平板。具體實(shí)施方式本發(fā)明公開了一種適用于高通量蛋白質(zhì)功能篩選的長序列DNA中連續(xù)多點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以借鑒本文內(nèi)容，適當(dāng)改進(jìn)工藝參數(shù)實(shí)現(xiàn)。特別需要指出的是，所有類似的替換和改動(dòng)對本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是顯而易見的，它們都被視為包括在本發(fā)明。本發(fā)明的方法及應(yīng)用已經(jīng)通過較佳實(shí)施例進(jìn)行了描述，相關(guān)人員明顯能在不脫離本
發(fā)明內(nèi)容、精神和范圍內(nèi)對本文所述的方法和應(yīng)用進(jìn)行改動(dòng)或適當(dāng)變更與組合，來實(shí)現(xiàn)和應(yīng)用本發(fā)明技術(shù)。本發(fā)明提供的長序列DNA中連續(xù)多位點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法包括以下步驟：(1)構(gòu)建含有目的基因的環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒；(2)確定待突變的基因位點(diǎn)或區(qū)域，設(shè)計(jì)和合成構(gòu)建基因篩選庫所需的突變引物；(3)采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)進(jìn)行突變基因庫的合成；(4)所獲得的突變基因庫經(jīng)DpnI酶消化除去模板后，直接轉(zhuǎn)化到宿主菌進(jìn)行培養(yǎng)基平板篩選。優(yōu)選的，所述的環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒的長度大于等于10kb。所述的突變引物包括正向突變引物和反向突變引物。正向突變引物由5’-模板序列、兼并堿基序列和3’-模板序列這三部分序列組成，其中兼并堿基序列是以兼并堿基代替了目的基因中待突變的序列，5’-模板序列是目的基因中待突變序列5’端上游的一段序列，3’-模板序列是目的基因中待突變序列3’端下游的一段序列。反向突變引物的序列為正向突變引物的反向互補(bǔ)序列。優(yōu)選的，5’-模板序列和3’-模板序列的Tm值相差不高于5℃；優(yōu)選的，5’-模板序列和3’-模板序列的長度均不低于兼并堿基序列。所述的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)中，反應(yīng)體系由質(zhì)粒模板、正向引物、反向引物、高保真DNA聚合酶、聚合酶反應(yīng)緩沖液及去離子水組成。優(yōu)選的，質(zhì)粒模板的用量為20-100ng；優(yōu)選的，正向引物和反向引物在反應(yīng)體系中的終濃度為100-200nM；優(yōu)選的，高保真DNA聚合酶具備長鏈DNA擴(kuò)增能力；優(yōu)選的，高保真DNA聚合酶為Phusion高保真聚合酶或高保真聚合酶；所述的聚合酶反應(yīng)由以下步驟組成：預(yù)變性，循環(huán)反應(yīng)(變性、退火、延伸)，再次延伸。優(yōu)選的，預(yù)變性的溫度為98℃，時(shí)間為1-2.5min；優(yōu)選的，循環(huán)反應(yīng)的循環(huán)數(shù)為10-18個(gè)循環(huán)；優(yōu)選的，變性溫度為98℃，時(shí)間為0.5-1min；優(yōu)選的，退火溫度為正向突變引物中5’端模板序列與3’端模板序列兩者的Tm值中較低的數(shù)值減去2-5℃，退火時(shí)間為0.5-2min；優(yōu)選的，延伸溫度為72℃，延伸時(shí)間以15s/kb計(jì)算而得；優(yōu)選的，再次延伸的溫度為72℃，時(shí)間為2-5min。優(yōu)選的，所構(gòu)建的突變基因庫中加入10-20UDpnI酶消化模板，消化時(shí)間為0.5～2hr。優(yōu)選的，所述培養(yǎng)基平板上可以含有目的蛋白的功能底物或指示劑，以便于快速篩選。具體的，本發(fā)明公開了一種適用于高通量蛋白質(zhì)功能篩選的長序列DNA中連續(xù)多點(diǎn)飽和突變庫構(gòu)建方法，該方法全過程的示意圖見圖1。以含有表達(dá)目的蛋白的基因的環(huán)狀雙螺旋DNA質(zhì)粒為模板，采用一對序列完全反向互補(bǔ)的正向和反向突變引物，通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)實(shí)現(xiàn)目的基因飽和突變庫的構(gòu)建。正向突變引物由5’-模板序列、兼并堿基序列和3’-模板序列這三部分序列組成，其中兼并堿基序列是以兼并堿基代替了目的基因中待突變的序列，5’-模板序列是目的基因中待突變序列5’端上游的一段序列，3’-模板序列是目的基因中待突變序列3’端下游的一段序列。反向突變引物的序列為正向突變引物的反向互補(bǔ)序列。在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)中，反應(yīng)體系由20-100ng質(zhì)粒模板、100-200nM正向引物、100-200nM反向引物、高保真聚合酶、聚合酶反應(yīng)緩沖液及去離子水組成。反應(yīng)條件為：98℃預(yù)變性1-2.5min、隨后以以下條件進(jìn)行10-18個(gè)循環(huán)：98℃0.5-1min、退火0.5-2min、72℃延伸15s/kb，最后以72℃再進(jìn)行2-5min延伸。所獲得的突變基因庫經(jīng)DpnI酶消化除去模板后，直接轉(zhuǎn)化到宿主菌進(jìn)行培養(yǎng)基平板篩選。本發(fā)明提供的基因飽和突變庫及其構(gòu)建方法、應(yīng)用中所用原料均可由市場購得。下面結(jié)合實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明：實(shí)施例1：天然活性PR因結(jié)合了反式視黃醛而能夠吸收一定波長范圍內(nèi)的綠光，使含有它的菌體帶有不同程度的紅或橙色。將PR基因(750bp，序列如SEQIDNo.6所示)與視黃醛合成相關(guān)的5個(gè)基因——crtE(909bp，序列如SEQIDNo.1所示)、crtB(930bp，序列如SEQIDNo.2所示)、crtI(1479bp，序列如SEQIDNo.3所示)、crtY(1149bp，序列如SEQIDNo.4所示)(Genbank:90087)及β-diox(1701bp，序列如SEQIDNo.5所示，Genbank:AF271298)全部構(gòu)建到pACYCDuet-1載體(4008bp，購自Merck公司)中，獲得總長度為10.804kb的重組質(zhì)粒EBPA(譜圖如圖2(A)所示)。如圖3所示，將目的基因PR的DNA序列以每12bp為一組，分成62組，以EBPA重組質(zhì)粒為模板，設(shè)計(jì)飽和突變引物(見表1)，對PR序列中編號為10、11、14、25、26、29、30、33、46、49、50、57、58的序列(共13組)進(jìn)行飽和突變庫的構(gòu)建。反應(yīng)體系為EBPA質(zhì)粒50ng、正向突變引物125nM、反向引物125nM、Q5高保真聚合酶(購自美國NEB公司)1U、1×Q5反應(yīng)緩沖液，反應(yīng)體系總體積為50μl。突變反應(yīng)先于98℃預(yù)變性1min后，進(jìn)行18個(gè)循環(huán)反應(yīng)，每個(gè)循環(huán)包括：98℃變性50s，55℃退火50s，72℃延伸4min，最后在于72℃延伸5min。在所得的突變產(chǎn)物中加入10UDpnI酶(購自美國NEB公司)于37℃下反應(yīng)2hr以消化質(zhì)粒模板。取10μl消化產(chǎn)物加入到100μlTrans-T1感受態(tài)細(xì)胞(購自全式金公司)中，于冰上放置30min后，42℃熱激30s，冰上放置2min后，加入1mLLB培養(yǎng)基，于37℃下，200rpm搖動(dòng)1hr。將菌液涂布于含34μg/mL氯霉素的LB平板上，于37℃下過夜倒置培養(yǎng)。對照組采用FastMultiSiteMutagenesisSystem(購自全式金公司)和QuickChangeMultiSite-DirectedMutagenesisKit(購自美國Agilent公司)，按各試劑盒說明書設(shè)計(jì)突變引物并進(jìn)行操作。實(shí)施例2PR基因(750bp)與視黃醛合成相關(guān)的5個(gè)基因——crtE(909bp)、crtB(930bp)、crtI(1479bp)、crtY(1149bp)(Genbank:90087)及β-diox(1701bp，Genbank:AF271298)全部構(gòu)建到pETDuet-1載體(5420bp，購自Merck將公司)中，獲得總長度為12.188kb的重組質(zhì)粒EBPP(圖譜如圖2(B)所示)。以EBPP重組質(zhì)粒為模板，對圖3中PR序列中編號為6、7、8、9、12、13、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、27、28、31、32、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、47、48、51、52、53、54、55、56的序列(共40組)設(shè)計(jì)飽和突變引物，進(jìn)行飽和突變庫的構(gòu)建。突變引物序列如表1所示：表1反應(yīng)體系為EBPP質(zhì)粒80ng、正向突變引物150nM、反向引物150nM、Q5高保真聚合酶(購自美國NEB公司)1U、1×Q5反應(yīng)緩沖液，反應(yīng)體系總體積為50μl。突變反應(yīng)先于98℃預(yù)變性1min后，進(jìn)行18個(gè)循環(huán)反應(yīng)，每個(gè)循環(huán)包括：98℃變性50s，60℃退火50s，72℃延伸5min，最后在于72℃延伸5min。在所得的突變產(chǎn)物中加入20UDpnI酶(購自美國NEB公司)于37℃下反應(yīng)2hr以消化質(zhì)粒模板。取10μl消化產(chǎn)物加入到100μlTrans-T1感受態(tài)細(xì)胞(購自全式金公司)中，于冰上放置30min后，42℃熱激30s，冰上放置2min后，加入1mLLB培養(yǎng)基，與37℃下，200rpm搖動(dòng)1hr。將菌液涂布于含100μg/mL氨芐青霉素的LB平板上，于37℃下過夜倒置培養(yǎng)。對照組采用FastMultiSiteMutagenesisSystem(購自全式金公司)和QuickChangeMultiSite-DirectedMutagenesisKit(購自美國Agilent公司)，按各試劑盒說明書設(shè)計(jì)突變引物并進(jìn)行操作。實(shí)施例3實(shí)施例1應(yīng)用本發(fā)明制備的編號為26、29、57和58及實(shí)施例2中應(yīng)用本發(fā)明制備的編號為9、15、19、24、27、45、48和55的各組過夜培養(yǎng)的平板上克隆數(shù)均超過500個(gè)，各隨機(jī)挑取20個(gè)克隆進(jìn)行測序，突變成功率見表2，其中，“有效測序樣品數(shù)量”是指送測的20個(gè)樣品中測序反應(yīng)成功的樣品總數(shù)，“突變體數(shù)量”是指在測序反應(yīng)成功的樣品中所獲得的不同突變序列的總數(shù)，如多個(gè)樣品具有相同突變序列則只記為1種序列，則EBPA的平均突變率為76.6％，EBPP的平均突變率為85.8％。由于對照組過夜培養(yǎng)的平板上長出的克隆數(shù)均少于50個(gè)，對于連續(xù)引入12個(gè)兼并堿基的突變庫來說，所獲得的樣本量充分指示該方法是失敗的，因此沒有對所得克隆進(jìn)行進(jìn)一步測序分析。實(shí)施例1和實(shí)施例2應(yīng)用本發(fā)明制備的所有平板上的克隆用涂布棒刮下收集到15ml離心管中，并提取質(zhì)粒進(jìn)行測序，以評估突變庫有效性，測序峰圖如圖4所示。由各組峰圖可見，突變區(qū)域突變堿基的數(shù)量與突變引物中兼并堿基的數(shù)量一致，突變區(qū)與非突變區(qū)對比明顯，每個(gè)位點(diǎn)處的四種堿基的比例趨于接近。由于“原生序列優(yōu)勢效應(yīng)”的存在，即如突變引物中其兼并堿基與原生序列一致，則該引物PCR擴(kuò)增效率優(yōu)于其他引物，因此突變產(chǎn)物中與原生序列一致的產(chǎn)物相比其他產(chǎn)物要偏多一點(diǎn)，這種現(xiàn)象在基于其他原理的飽和突變方法中也普遍存在，不影響對突變庫有效性的確認(rèn)。這些實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示本發(fā)明提供的這種長序列DNA飽和突變庫的構(gòu)建方法能夠有效地實(shí)現(xiàn)8kb以上的長序列中目的基因的連續(xù)多點(diǎn)突變，具有高度的可行性和可靠性。表2單克隆測序結(jié)果編號突變體數(shù)量有效測序樣品數(shù)量突變成功率26141687.5％29122060％57162080％58151978.9％92020100％151620100％192020100％24162080％27162080％45142070％482020100％55101855.6％實(shí)施例4實(shí)施例1和實(shí)施例2中的DpnI消化產(chǎn)物各取10μl通過電擊轉(zhuǎn)化的方法導(dǎo)入到100μlBL21(DE3)GOLD感受態(tài)細(xì)胞中，加入1mLLB培養(yǎng)基，與37℃下，200rpm搖動(dòng)1hr。將菌液涂布于含相應(yīng)抗生素的LB平板上，于37℃下過夜倒置培養(yǎng)。過夜培養(yǎng)的平板上，因各個(gè)克隆中含有的PR基因突變體序列不同而使菌體帶有不同程度的黃色，由堿基突變而導(dǎo)致蛋白質(zhì)功能發(fā)生明顯變化的克隆甚至呈現(xiàn)出白色。選取實(shí)施例2中編號為45的培養(yǎng)平板(如圖5所示)經(jīng)ColonyDoc-It菌落分析系統(tǒng)(購自美國UVP公司)分析，呈現(xiàn)白色的克隆數(shù)為259，平板上克隆總數(shù)為589，白色克隆占比44％。實(shí)施例3中隨機(jī)挑取的單克隆測序結(jié)果45號的突變成功率為70％，由于并非所有堿基突變都會引起蛋白功能改變從而導(dǎo)致菌體顏色變化，所以基因突變率高于顏色變化克隆的在總克隆數(shù)中的比例是正常的。通過顏色的多樣性差異，據(jù)此可以再一次證實(shí)本發(fā)明的可行性和可靠性。根據(jù)菌落顏色的差異可以從平板上快速篩選出在PR基因中與其功能相關(guān)的關(guān)鍵位點(diǎn)產(chǎn)生突變的基因變異體，對這些變異體進(jìn)行測序和數(shù)據(jù)分析，可以直接獲得準(zhǔn)確的位點(diǎn)序列信息，便于進(jìn)一步功能研究和蛋白改造。在飽和突變庫的篩選中，研究人員可根據(jù)研究條件和篩選需求擴(kuò)大篩選規(guī)模，以獲得處于理想置信區(qū)間內(nèi)的突變庫容量。以上所述僅是本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方式，應(yīng)當(dāng)指出，對于本
技術(shù)領(lǐng)域：
的普通技術(shù)人員來說，在不脫離本發(fā)明原理的前提下，還可以做出若干改進(jìn)和潤飾，這些改進(jìn)和潤飾也應(yīng)視為本發(fā)明的保護(hù)范圍。SEQUENCELISTING<110>中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所<120>基因飽和突變庫及其構(gòu)建方法、應(yīng)用<130>MP1620486<160>112<170>PatentInversion3.3<210>1<211>909<212>DNA<213>crtE<400>1atgacggtctgcgcaaaaaaacacgttcatctcactcgcgatgctgcggagcagttactg60gctgatattgatcgacgccttgatcagttattgcccgtggagggagaacgggatgttgtg120ggtgccgcgatgcgtgaaggtgcgctggcaccgggaaaacgtattcgccccatgttgctg180ttgctgaccgcccgcgatctgggttgcgctgtcagccatgacggattactggatttggcc240tgtgcggtggaaatggtccacgcggcttcgctgatccttgacgatatgccctgcatggac300gatgcgaagctgcggcgcggacgccctaccattcattctcattacggagagcatgtggca360atactggcggcggttgccttgctgagtaaagcctttggcgtaattgccgatgcagatggc420ctcacgccgctggcaaaaaatcgggcggtttctgaactgtcaaacgccatcggcatgcaa480ggattggttcagggtcagttcaaggatctgtctgaaggggataagccgcgcagcgctgaa540gctattttgatgacgaatcactttaaaaccagcacgctgttttgtgcctccatgcagatg600gcctcgattgttgcgaatgcctccagcgaagcgcgtgattgcctgcatcgtttttcactt660gatcttggtcaggcatttcaactgctggacgatttgaccgatggcatgaccgacaccggt720aaggatagcaatcaggacgccggtaaatcgacgctggtcaatctgttaggcccgagggcg780gttgaagaacgtctgagacaacatcttcagcttgccagtgagcatctctctgcggcctgc840caacacgggcacgccactcaacattttattcaggcctggtttgacaaaaaactcgctgcc900gtcagttaa909<210>2<211>930<212>DNA<213>crtB<400>2atgaataatccgtcgttactcaatcatgcggtcgaaacgatggcagttggctcgaaaagt60tttgcgacagcctcaaagttatttgatgcaaaaacccggcgcagcgtactgatgctctac120gcctggtgccgccattgtgacgatgttattgacgatcagacgctgggctttcaggcccgg180cagcctgccttacaaacgcccgaacaacgtctgatgcaacttgagatgaaaacgcgccag240gcctatgcaggatcgcagatgcacgaaccggcgtttgcggcttttcaggaagtggctatg300gctcatgatatcgccccggcttacgcgtttgatcatctggaaggcttcgccatggatgta360cgcgaagcgcaatacagccaactggatgatacgctgcgctattgctatcacgttgcaggc420gttgtcggcttgatgatggcgcaaatcatgggcgtgcgggataacgccacgctggaccgc480gcctgtgaccttgggctggcatttcagttgaccaatattgctcgcgatattgtggacgat540gcgcatgcgggccgctgttatctgccggcaagctggctggagcatgaaggtctgaacaaa600gagaattatgcggcacctgaaaaccgtcaggcgctgagccgtatcgcccgtcgtttggtg660caggaagcagaaccttactatttgtctgccacagccggcctggcagggttgcccctgcgt720tccgcctgggcaatcgctacggcgaagcaggtttaccggaaaataggtgtcaaagttgaa780caggccggtcagcaagcctgggatcagcggcagtcaacgaccacgcccgaaaaattaacg840ctgctgctggccgcctctggtcaggcccttacttcccggatgcgggctcatcctccccgc900cctgcgcatctctggcagcgcccgctctag930<210>3<211>1479<212>DNA<213>crtI<400>3atgaaaccaactacggtaattggtgcaggcttcggtggcctggcactggcaattcgtcta60caagctgcggggatccccgtcttactgcttgaacaacgtgataaacccggcggtcgggct120tatgtctacgaggatcaggggtttacctttgatgcaggcccgacggttatcaccgatccc180agtgccattgaagaactgtttgcactggcaggaaaacagttaaaagagtatgtcgaactg240ctgccggttacgccgttttaccgcctgtgttgggagtcagggaaggtctttaattacgat300aacgatcaaacccggctcgaagcgcagattcagcagtttaatccccgcgatgtcgaaggt360tatcgtcagtttctggactattcacgcgcggtgtttaaagaaggctatctaaagctcggt420actgtcccttttttatcgttcagagacatgcttcgcgccgcacctcaactggcgaaactg480caggcatggagaagcgtttacagtaaggttgccagttacatcgaagatgaacatctgcgc540caggcgttttctttccactcgctgttggtgggcggcaatcccttcgccacctcatccatt600tatacgttgatacacgcgctggagcgtgagtggggcgtctggtttccgcgtggcggcacc660ggcgcattagttcaggggatgataaagctgtttcaggatctgggtggcgaagtcgtgtta720aacgccagagtcagccatatggaaacgacaggaaacaagattgaagccgtgcatttagag780gacggtcgcaggttcctgacgcaagccgtcgcgtcaaatgcagatgtggttcatacctat840cgcgacctgttaagccagcaccctgccgcggttaagcagtccaacaaactgcagactaag900cgcatgagtaactctctgtttgtgctctattttggtttgaatcaccatcatgatcagctc960gcgcatcacacggtttgtttcggcccgcgttaccgcgagctgattgacgaaatttttaat1020catgatggcctcgcagaggacttctcactttatctgcacgcgccctgtgtcacggattcg1080tcactggcgcctgaaggttgcggcagttactatgtgttggcgccggtgccgcatttaggc1140accgcgaacctcgactggacggttgaggggccaaaactacgcgaccgtatttttgcgtac1200cttgagcagcattacatgcctggcttacggagtcagctggtcacgcaccggatgtttacg1260ccgtttgattttcgcgaccagcttaatgcctatcatggctcagccttttctgtggagccc1320gttcttacccagagcgcctggtttcggccgcataaccgcgataaaaccattactaatctc1380tacctggtcggcgcaggcacgcatcccggcgcaggcattcctggcgtcatcggctcggca1440aaagcgacagcaggtttgatgctggaggatctgatatga1479<210>4<211>1149<212>DNA<213>crtY<400>4atgcaaccgcattatgatctgattctcgtgggggctggactcgcgaatggccttatcgcc60ctgcgtcttcagcagcagcaacctgatatgcgtattttgcttatcgacgccgcaccccag120gcgggcgggaatcatacgtggtcatttcaccacgatgatttgactgagagccaacatcgt180tggatagctccgctggtggttcatcactggcccgactatcaggtacgctttcccacacgc240cgtcgtaagctgaacagcggctacttttgtattacttctcagcgtttcgctgaggtttta300cagcgacagtttggcccgcacttgtggatggataccgcggtcgcagaggttaatgcggaa360tctgttcggttgaaaaagggtcaggttatcggtgcccgcgcggtgattgacgggcggggt420tatgcggcaaattcagcactgagcgtgggcttccaggcgtttattggccaggaatggcga480ttgagccacccgcatggtttatcgtctcccattatcatggatgccacggtcgatcagcaa540aatggttatcgcttcgtgtacagcctgccgctctcgccgaccagattgttaattgaagac600acgcactatattgataatgcgacattagatcctgaatgcgcgcggcaaaatatttgcgac660tatgccgcgcaacagggttggcagcttcagacactgctgcgagaagaacagggcgcctta720cccattactctgtcgggcaatgccgacgcattctggcagcagcgccccctggcctgtagt780ggattacgtgccggtctgttccatcctaccaccggctattcactgccgctggcggttgcc840gtggccgaccgcctgagtgcacttgatgtctttacgtcggcctcaattcaccatgccatt900acgcattttgcccgcgagcgctggcagcagcagggctttttccgcatgctgaatcgcatg960ctgtttttagccggacccgccgattcacgctggcgggttatgcagcgtttttatggttta1020cctgaagatttaattgcccgtttttatgcgggaaaactcacgctgaccgatcggctacgt1080att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