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      X?性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)STS基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒的制作方法

      文檔序號(hào):12816999閱讀:450來(lái)源:國(guó)知局
      X?性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)STS基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒的制作方法與工藝

      本發(fā)明涉及sts基因的多重拷貝數(shù)檢測(cè)領(lǐng)域,具體而言,涉及一種x-性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒。



      背景技術(shù):

      魚(yú)鱗病(ichthyosis)是一種表皮細(xì)胞動(dòng)力學(xué)穩(wěn)定機(jī)制紊亂或分化異常,導(dǎo)致以皮膚干燥伴有魚(yú)鱗狀鱗屑為特征的遺傳性角化障礙性皮膚病,可分為尋常型魚(yú)鱗病、x-性連鎖魚(yú)鱗病、板層狀魚(yú)鱗病、先天性非大皰性魚(yú)鱗病樣紅皮病、獲得性魚(yú)鱗病、火棉膠樣?jì)雰汉椭匦湍z樣?jì)雰?。x-性連鎖魚(yú)鱗病(x-linkedichthyosis,xli)是其中重要的一型,為x染色體隱性遺傳,常于出生時(shí)或生后不久發(fā)病,病情不隨年齡增大而改善,而且在范圍和程度上逐漸加重,表現(xiàn)為全身皮膚干燥、粗糙、覆著黑褐色鱗屑,主要累及肢體伸側(cè)和軀干側(cè)面、頸部、面及耳部。皮膚表現(xiàn)往往在夏季減輕,而冬季和干燥季節(jié)加重。

      目前研究表明x-性連鎖魚(yú)鱗病主要由編碼類(lèi)固醇硫酸鹽的類(lèi)固醇硫酸酯酶(steroidsulfatase,sts)基因的缺失或點(diǎn)突變引起的遺傳病。該病主要發(fā)生在男性,大多數(shù)女性?xún)H為致病基因攜帶者。sts降解膽固醇硫酸鹽,產(chǎn)生一些膽固醇起到皮膚屏障作用,同時(shí)隨著膽固醇硫酸鹽降解累積到一定程度,使橋粒降解,導(dǎo)致皮膚正常的脫屑。sts基因缺失或點(diǎn)突變導(dǎo)致其底物膽固醇硫酸鹽水解減少,在角質(zhì)層堆積,而膽固醇硫酸鹽在保持角質(zhì)層細(xì)胞膜完整性和正常脫屑過(guò)程中起著重要作用。因此,膽固醇硫酸鹽的過(guò)量堆積改變了角質(zhì)層細(xì)胞膜間的物理特性,增加了細(xì)胞膜的穩(wěn)定性和細(xì)胞間的凝聚程度,導(dǎo)致角質(zhì)層細(xì)胞持久性黏著,從而導(dǎo)致皮膚正常脫屑過(guò)程延遲,形成鱗屑。男性發(fā)病率為1/6000-1/2000,無(wú)明顯的種族和地域差異。

      sts是廣泛分布于哺乳動(dòng)物組織中的一種微粒體酶,分子量達(dá)62kda,sts基因定位于xp22.3,約164kb大小,含有10個(gè)外顯子。由于sts基因定位于xp22.3,該區(qū)域逃避了x染色體的功能失活,根據(jù)lyon假說(shuō),正常女性一條x染色體失活可以保證男女遺傳平衡,而sts基因逃避了這種失活,使xli女性攜帶者sts僅活性降低,因此她們除了冬季皮膚較干燥,無(wú)其他可識(shí)別的臨床特征。據(jù)統(tǒng)計(jì),90%xli患者表現(xiàn)為sts全基因及其側(cè)翼序列缺失,少數(shù)患者為sts基因部分缺失、重復(fù)或點(diǎn)突變引起。直接測(cè)序的方法不能給與明確診斷,甚至漏診。首先,當(dāng)先證者存在大片段缺失時(shí),由于缺失而使得pcr擴(kuò)增失敗。而對(duì)于女性家系成員來(lái)說(shuō),由于存在另外一條正常的染色體模板,pcr擴(kuò)增是能夠成功的,測(cè)序結(jié)果也是正常的,但不能排除攜帶者的可能性。其次,當(dāng)先證者為大片段重復(fù)時(shí),pcr能夠成功擴(kuò)增所有外顯子區(qū)域,但是測(cè)序比對(duì)不能發(fā)現(xiàn)重復(fù)突變。基因大片段缺失和重復(fù)又稱(chēng)為基因拷貝數(shù)變異(copynumbersvariation,cnvs)。隨著微陣列cnv芯片技術(shù)以及二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展及應(yīng)用,發(fā)現(xiàn)拷貝數(shù)變異(cnvs)廣泛地存在于人類(lèi)染色體基因組中。cnvs主要由基因組發(fā)生重組而導(dǎo)致,一般指長(zhǎng)度為幾kb-幾mb基因組大片段的拷貝數(shù)增加或者減少,主要表現(xiàn)為亞顯微水平的重復(fù),缺失和插入等。通過(guò)拷貝數(shù)檢測(cè)方法對(duì)男性先證者sts各外顯子的拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè),如果相應(yīng)外顯子缺失,則拷貝數(shù)結(jié)果為0;如果相應(yīng)外顯子重復(fù),則拷貝數(shù)結(jié)果大于1。而對(duì)于女性攜帶者來(lái)說(shuō),如果缺失拷貝數(shù)結(jié)果為1,而重復(fù)的話(huà)拷貝數(shù)結(jié)果將大于2。但是目前針對(duì)cnvs的檢測(cè)方法非常多,選擇合適的技術(shù)用于sts基因檢測(cè)極為重要。目前cnvs的檢測(cè)方法主要有:多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(multiplexligation-dependentprobeamplification,mlpa)、微陣列比較基因雜交(array-basedcomparativegenomichybridization,array-cgh)、單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism,snp)分型芯片、affymetrixcnv芯片技術(shù)及二代測(cè)序技術(shù)等。此外,實(shí)時(shí)熒光定量pcr技術(shù)(real-timequantitativepolymerasechainreaction,rt-qpcr)和熒光原位雜交技術(shù)(fluorescenceinsituhybridization,fish)等則主要用于cnvs的驗(yàn)證。其中array-cgh、snp分型芯片、affymetrix微陣列技術(shù)、二代測(cè)序技術(shù)等主要用于全基因組范圍內(nèi)未知cnvs的檢測(cè),這些全基因組cnvs檢測(cè)技術(shù)先進(jìn),準(zhǔn)確而高效,但相對(duì)比較昂貴,尤其是在檢測(cè)某些特定基因或者特定區(qū)域時(shí)并不是最佳選擇。rt-qpcr方法雖然經(jīng)典,但是效率太低,一個(gè)反應(yīng)體系中不能同時(shí)對(duì)多個(gè)片段進(jìn)行檢測(cè)。mlpa主要是針對(duì)特定基因或特定區(qū)域進(jìn)行拷貝數(shù)檢測(cè)的技術(shù),2002年由schouten等首次報(bào)道,是目前應(yīng)用最為廣泛的單一基因拷貝數(shù)檢測(cè)技術(shù),可在同一反應(yīng)管中對(duì)50個(gè)不同片段的拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè),所需設(shè)施簡(jiǎn)單,pcr儀和毛細(xì)管電泳儀。荷蘭mrc-holland公司研發(fā)了數(shù)百種mlpa檢測(cè)試劑盒,用于人類(lèi)疾病,細(xì)胞遺傳學(xué)及腫瘤研究,其中包括各種遺傳性出血與血栓性疾病的相關(guān)基因的cnvs的檢測(cè)。盡管mlpa在診斷特定基因外顯子cnvs方面技術(shù)已經(jīng)非常成熟,但是mlpa也存在一些比較突出的問(wèn)題。首先,它對(duì)所檢測(cè)標(biāo)本的dna質(zhì)量要求相對(duì)較高,普通的dna抽提方法無(wú)法滿(mǎn)足實(shí)驗(yàn)要求,需要購(gòu)買(mǎi)質(zhì)量較好的商品化試劑盒進(jìn)行抽提,增加了實(shí)驗(yàn)成本,而且檢測(cè)標(biāo)本和參照標(biāo)本必須使用同種dna抽提方法。因此研制和開(kāi)發(fā)一種特異性強(qiáng)、敏感性高同時(shí)有快速、經(jīng)濟(jì),同時(shí)檢驗(yàn)多個(gè)外顯子拷貝數(shù)的sts基因檢測(cè)方法顯得尤為重要,對(duì)x-性連鎖魚(yú)鱗病的診斷和治療起著重要的作用。



      技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

      為了克服現(xiàn)有技術(shù)存在的以上問(wèn)題,本發(fā)明旨在提供一種x-性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒,主要用于檢測(cè)sts基因缺失或重復(fù)突變而導(dǎo)致x-性連鎖魚(yú)鱗病,以獲取sts基因各目標(biāo)位點(diǎn)的正確拷貝數(shù)。

      為實(shí)現(xiàn)上述技術(shù)目的,達(dá)到上述技術(shù)效果,本發(fā)明通過(guò)以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn):

      一種x-性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒,包括:

      10×pcr緩沖液,

      4×gcsolution,

      pcr引物混合液,

      taqdna聚合酶,

      探針引物混合液,

      dna稀釋液,

      10×taq連接緩沖液,

      taq連接酶,

      20mmedta,

      2.5mmdntp,

      25mmmgcl2,

      ddh2o。

      進(jìn)一步的,所述探針引物混合液中的通用引物的序列如seqidno.:1至seqidno.:50所示。

      利用本發(fā)明試劑盒可準(zhǔn)確檢測(cè)sts基因各目標(biāo)位點(diǎn)的正確拷貝數(shù),該方法是基于高通量連接探針擴(kuò)增技術(shù)(hlpa)對(duì)待測(cè)樣本的sts基因進(jìn)行定量,以獲取sts基因各目標(biāo)位點(diǎn)的正確拷貝數(shù),其具體包括以下步驟:

      1)針對(duì)sts基因,設(shè)計(jì)二十五對(duì)目標(biāo)位點(diǎn)的連接探針,每對(duì)所述連接探針上具有用于pcr擴(kuò)增的通用引物;

      2)每對(duì)所述連接探針?lè)謩e于目標(biāo)位點(diǎn)雜交,并在連接酶或化學(xué)連接作用下進(jìn)行連接反應(yīng);

      3)連接產(chǎn)物用通用引物進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物通過(guò)變性毛細(xì)管電泳將不同長(zhǎng)度的擴(kuò)增片段進(jìn)行分離,得到每個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物的位置信息以及熒光強(qiáng)度,并計(jì)算目標(biāo)位點(diǎn)拷貝數(shù)值。

      進(jìn)一步的,步驟3)中計(jì)算目標(biāo)位點(diǎn)拷貝數(shù)的方法,包括計(jì)算每個(gè)sts基因目標(biāo)位點(diǎn)的樣本條帶/參照基因條帶的熒光峰高,然后將目標(biāo)位點(diǎn)的該比值除以對(duì)應(yīng)的參照樣本的比值再乘以參照樣本該目標(biāo)區(qū)的拷貝數(shù),即得目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù);其具體步驟如下:

      1)將每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)的熒光峰高分別除以group內(nèi)n個(gè)參照探針,這樣每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)將有n組數(shù)據(jù)b;其中,n為正整數(shù);

      2)校正參數(shù)的選取:a)計(jì)算n個(gè)正常參照樣本數(shù)據(jù)的變異系數(shù)(cv),如果變異系數(shù)小于10%,則計(jì)算該變異系數(shù)的平均數(shù)作為校正參數(shù);b)如果變異系數(shù)大于10%,則計(jì)算任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù),如果計(jì)算出的該n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中存在小于5%的組合,則取該變異系數(shù)最小的組合的平均數(shù)作為該組數(shù)據(jù)的校正參數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中不存在小于5%的組合,則取n個(gè)數(shù)據(jù)的中位數(shù)作為該組數(shù)據(jù)的校正參數(shù);將每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)的n組數(shù)據(jù)b,分別除以對(duì)應(yīng)的校正參數(shù),獲得n組校正數(shù)據(jù)c;

      3)對(duì)每個(gè)樣本計(jì)算該目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù)(相對(duì)正常參照樣本的絕對(duì)拷貝數(shù)的比值):a)計(jì)算n個(gè)校正數(shù)據(jù)c的變異系數(shù),如果變異系數(shù)小于10%,則計(jì)算平均數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù);b)如果變異系數(shù)大于10%,則計(jì)算任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中存在小于5%的組合,取該變異系數(shù)最小的組合的平均數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中不存在小于5%的組合,則取n個(gè)數(shù)據(jù)的中位數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù),將該數(shù)據(jù)mark起來(lái)表述該數(shù)據(jù)變異較大。

      本發(fā)明的有益效果是:

      1、快速檢測(cè):本發(fā)明使用的探針短,可以直接合成,無(wú)需克隆制備,整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程僅需要一步連接反應(yīng),一步pcr循環(huán)和一步毛細(xì)管電泳,耗時(shí)不到24個(gè)小時(shí)。

      2、高精確性:本發(fā)明基于高特異性的連接原理,檢測(cè)區(qū)域連接產(chǎn)物采用通用引物擴(kuò)增,擴(kuò)增效率基本一致。

      3、重復(fù)性高:本發(fā)明檢測(cè)穩(wěn)定性高,節(jié)約樣品復(fù)孔的檢測(cè)費(fèi)用。

      4、分辨率高:本發(fā)明可對(duì)6拷貝以?xún)?nèi)的位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確定量。

      上述說(shuō)明僅是本發(fā)明技術(shù)方案的概述,為了能夠更清楚了解本發(fā)明的技術(shù)手段,并可依照說(shuō)明書(shū)的內(nèi)容予以實(shí)施,以下以本發(fā)明的較佳實(shí)施例并配合附圖詳細(xì)說(shuō)明如后。本發(fā)明的具體實(shí)施方式由以下實(shí)施例及其附圖詳細(xì)給出。

      附圖說(shuō)明

      此處所說(shuō)明的附圖用來(lái)提供對(duì)本發(fā)明的進(jìn)一步理解,構(gòu)成本申請(qǐng)的一部分,本發(fā)明的示意性實(shí)施例及其說(shuō)明用于解釋本發(fā)明,并不構(gòu)成對(duì)本發(fā)明的不當(dāng)限定。在附圖中:

      圖1為本發(fā)明檢測(cè)方法的原理示意圖。

      圖2為本發(fā)明實(shí)施例中樣本a的檢測(cè)結(jié)果示意圖1;

      圖3為本發(fā)明實(shí)施例中樣本a的檢測(cè)結(jié)果示意圖2;

      圖4為本發(fā)明實(shí)施例中樣本a的檢測(cè)結(jié)果示意圖3;

      圖5為本發(fā)明實(shí)施例中樣本a的檢測(cè)結(jié)果示意圖4。

      具體實(shí)施方式

      下面將參考附圖并結(jié)合實(shí)施例,來(lái)詳細(xì)說(shuō)明本發(fā)明。

      一種x-性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒,包括:

      10×pcr緩沖液,

      4×gcsolution,

      pcr引物混合液,

      taqdna聚合酶,

      探針引物混合液,

      dna稀釋液,

      10×taq連接緩沖液,

      taq連接酶,

      20mmedta,

      2.5mmdntp,

      25mmmgcl2,

      ddh2o。

      進(jìn)一步的,所述探針引物混合液中的通用引物的序列如seqidno.:1至seqidno.:50所示。

      參見(jiàn)圖1所示,利用本發(fā)明試劑盒可準(zhǔn)確檢測(cè)sts基因各目標(biāo)位點(diǎn)的正確拷貝數(shù),該方法是基于高通量連接探針擴(kuò)增技術(shù)(hlpa)對(duì)待測(cè)樣本的sts基因進(jìn)行定量,以獲取sts基因各目標(biāo)位點(diǎn)的正確拷貝數(shù),其具體包括以下步驟:

      1)針對(duì)sts基因,設(shè)計(jì)二十五對(duì)目標(biāo)位點(diǎn)的連接探針,每對(duì)所述連接探針上具有用于pcr擴(kuò)增的通用引物,每對(duì)所述連接探針上的通用引物的序列如表1所示;

      表1連接探針的名稱(chēng)及其具有通用引物的序列信息

      2)每對(duì)所述連接探針?lè)謩e于目標(biāo)位點(diǎn)雜交,并在連接酶或化學(xué)連接作用下進(jìn)行連接反應(yīng);

      3)連接產(chǎn)物用通用引物進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物通過(guò)變性毛細(xì)管電泳將不同長(zhǎng)度的擴(kuò)增片段進(jìn)行分離,得到每個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物的位置信息以及熒光強(qiáng)度,并計(jì)算目標(biāo)位點(diǎn)拷貝數(shù)值。

      進(jìn)一步的,步驟3)中計(jì)算目標(biāo)位點(diǎn)拷貝數(shù)的方法,包括計(jì)算每個(gè)sts基因目標(biāo)位點(diǎn)的樣本條帶/參照基因條帶的熒光峰高,然后將目標(biāo)位點(diǎn)的該比值除以對(duì)應(yīng)的參照樣本的比值再乘以參照樣本該目標(biāo)區(qū)的拷貝數(shù),即得目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù);其具體步驟如下:

      1)將每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)的熒光峰高分別除以group內(nèi)n個(gè)參照探針,這樣每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)將有n組數(shù)據(jù)b;其中,n為正整數(shù);

      2)校正參數(shù)的選?。篴)計(jì)算n個(gè)正常參照樣本數(shù)據(jù)的變異系數(shù)(cv),如果變異系數(shù)小于10%,則計(jì)算該變異系數(shù)的平均數(shù)作為校正參數(shù);b)如果變異系數(shù)大于10%,則計(jì)算任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù),如果計(jì)算出的該n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中存在小于5%的組合,則取該變異系數(shù)最小的組合的平均數(shù)作為該組數(shù)據(jù)的校正參數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中不存在小于5%的組合,則取n個(gè)數(shù)據(jù)的中位數(shù)作為該組數(shù)據(jù)的校正參數(shù);將每個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)的n組數(shù)據(jù)b,分別除以對(duì)應(yīng)的校正參數(shù),獲得n組校正數(shù)據(jù)c;

      3)對(duì)每個(gè)樣本計(jì)算該目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù)(相對(duì)正常參照樣本的絕對(duì)拷貝數(shù)的比值):a)計(jì)算n個(gè)校正數(shù)據(jù)c的變異系數(shù),如果變異系數(shù)小于10%,則計(jì)算平均數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù);b)如果變異系數(shù)大于10%,則計(jì)算任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中存在小于5%的組合,取該變異系數(shù)最小的組合的平均數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù),如果計(jì)算出的任意n-1個(gè)數(shù)據(jù)的變異系數(shù)中不存在小于5%的組合,則取n個(gè)數(shù)據(jù)的中位數(shù)作為該樣本的目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù),將該數(shù)據(jù)mark起來(lái)表述該數(shù)據(jù)變異較大。

      下面利用本發(fā)明所述的sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒對(duì)一個(gè)女性樣本進(jìn)行sts基因的拷貝數(shù)檢測(cè)。

      一、檢測(cè)樣本

      一個(gè)待測(cè)女性樣本a,一個(gè)已知目標(biāo)位點(diǎn)拷貝數(shù)的男性參照樣本。

      二、檢測(cè)方法

      主要包括以下步驟:

      1、將待測(cè)女性樣本a及男性參照樣本的dna用biophotomerterplus(eppendor)(核酸蛋白測(cè)定儀)進(jìn)行精確定量,然后稀釋至20ng/μl作為待測(cè)dna樣本待用。

      2、利用本發(fā)明的所述sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒構(gòu)建連接反應(yīng)體系。

      連接反應(yīng)體系(20μl)的配置如下:

      dna稀釋液5.25μl;

      探針引物混合液1μl;

      4×gcsolution1.25μl;

      10×taq連接緩沖液1μl;

      樣本dna2.5μl;

      taq連接酶0.4μl;

      ddh2o7.6μl。

      連接反應(yīng)條件設(shè)置如下:

      98℃6分鐘;5個(gè)循環(huán)連接(96℃20秒,60℃3h),在94℃2分鐘,結(jié)束后半小時(shí)內(nèi)加入20μl20mmedta。

      3、利用本發(fā)明的所述sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒構(gòu)建pcr反應(yīng)體系。

      pcr反應(yīng)體系(20μl)的配置如下:

      dntp(2.5mm)2.4μl;

      mgcl2(25mm)0.8μl;

      10×taq連接緩沖液2μl;

      pcr引物混合液2.4μl;

      連接產(chǎn)物2.5μl;

      taqdna聚合酶0.16μl;

      ddh2o11.24μl。

      pcr反應(yīng)條件設(shè)置如下:

      95℃2分鐘;5個(gè)循環(huán)的touchdown程序(94℃20秒,62℃-1℃/循環(huán)40秒和72℃1分鐘);27個(gè)循環(huán)擴(kuò)增(94℃20秒,57℃40秒,72℃1分鐘);68℃30分鐘,4℃保存。

      4、取1μlpcr產(chǎn)物用ddh2o稀釋10倍,然后取1μl與0.1μlliz500+8.9μlhi-di混勻后,95℃5分鐘變性后,置于abi3130xl測(cè)序儀上進(jìn)行毛細(xì)管電泳。

      5、測(cè)試結(jié)果使用genemapper4.1軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,讀取峰高等數(shù)據(jù),參見(jiàn)圖2-5所示。

      6、建立擴(kuò)增體系數(shù)據(jù)分析表,見(jiàn)表2所示。

      表2檢測(cè)樣本及參照樣本的25個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)和32個(gè)參照位點(diǎn)擴(kuò)增體系數(shù)據(jù)

      7、計(jì)算樣本拷貝數(shù)。

      計(jì)算每個(gè)sts基因目標(biāo)位點(diǎn)的樣本條帶/參照基因條帶的熒光峰高,然后將目標(biāo)位點(diǎn)的該比值除以對(duì)應(yīng)的參照樣本的比值再乘以參照樣本該目標(biāo)區(qū)的拷貝數(shù),即得目標(biāo)位點(diǎn)的相對(duì)拷貝數(shù)。使用參照樣本對(duì)應(yīng)目標(biāo)位點(diǎn)的拷貝數(shù)為1對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步的校正,獲取目標(biāo)位點(diǎn)的精確拷貝數(shù),得到結(jié)果如表3所示。

      表3檢測(cè)樣本及參照樣本的25個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)的精確拷貝數(shù)

      三、結(jié)論

      檢測(cè)的女性樣本a為sts基因雜合重復(fù)。

      以上所述僅為本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施例而已,并不用于限制本發(fā)明,對(duì)于本領(lǐng)域的技術(shù)人員來(lái)說(shuō),本發(fā)明可以有各種更改和變化。凡在本發(fā)明的精神和原則之內(nèi),所作的任何修改、等同替換、改進(jìn)等,均應(yīng)包含在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。

      <110>上海杰傲奉生醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司

      天昊生物醫(yī)藥科技(蘇州)有限公司

      <120>x-性連鎖魚(yú)鱗病相關(guān)sts基因拷貝數(shù)變異檢測(cè)試劑盒

      <160>50

      <170>patentinversion3.3

      <210>1

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>1

      tcattccaaaccaacatagagctgt25

      <210>2

      <211>26

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>2

      gtgatccaagggccttaaataagagg26

      <210>3

      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>3

      ccctttcttctttctgttttggga24

      <210>4

      <211>23

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>4

      ctggaccatccagccaatagatt23

      <210>5

      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>5

      cacaggaagttcacatcatcaccg24

      <210>6

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>6

      tcagcttctttgtgggcacca21

      <210>7

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>7

      cgtgtgtaaaaactgtatccatctcca27

      <210>8

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>8

      agctcaggaaaggaacaatttacagtc27

      <210>9

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>9

      gcaaacatattggaatgtgttgctcct27

      <210>10

      <211>23

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>10

      ccaagctggtcagagacatttgc23

      <210>11

      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>11

      gaatgcagcaactaggcaaagagt24

      <210>12

      <211>22

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>12

      gtctccgcctcacattatctgc22

      <210>13

      <211>23

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>13

      atcctctgttcatggtttctgca23

      <210>14

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>14

      ccagtgggagtttaataagcatattcc27

      <210>15

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>15

      ggaagatgaagatccctttcctcct25

      <210>16

      <211>23

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>16

      actgttctttctgtgggaagccg23

      <210>17

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>17

      caacaataaccatcccgggga21

      <210>18

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>18

      ctgttgcctatgaatacagccatgt25

      <210>19

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>19

      tttgttctaggactcccaatatcgtcc27

      <210>20

      <211>19

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>20

      ggttggccagtgggggagt19

      <210>21

      <211>22

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>21

      ggagatacctcgaggtgggaga22

      <210>22

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>22

      ctgtcccgaaggtgaccaca20

      <210>23

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>23

      ccaccgatgagattacctttgctaa25

      <210>24

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>24

      gcttctgaaggatcaaggttattcaac27

      <210>25

      <211>22

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>25

      cctccctcccattcccatacct22

      <210>26

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

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      atagatggttcccatcccatagatg25

      <210>27

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>27

      tgagagactgcaagcccgga20

      <210>28

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

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      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>29

      caggggccggaagtaatgaa20

      <210>30

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>30

      ggaagcccaagaaaagggtca21

      <210>31

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>31

      cctacctccacgtgcacaca20

      <210>32

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>32

      gccctgttctccagcaaagac21

      <210>33

      <211>27

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>33

      gcaaagacttagcagctttctaagcac27

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      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>34

      tcactgaggagaaacgtacccaca24

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      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>35

      gtctttttcccctccagggca21

      <210>36

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>36

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      <210>37

      <211>25

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

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      ccatgaatttctcctttggaagaca25

      <210>38

      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>38

      cttcttctacatgtgctccctggt24

      <210>39

      <211>24

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>39

      ggaaaagcaaacaactgggaagga24

      <210>40

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>40

      ggtatccgggttccaggcat20

      <210>41

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>41

      aagggagctccagccagctt20

      <210>42

      <211>28

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>42

      ggctactgtaggaaatatgtccatgttg28

      <210>43

      <211>21

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>43

      tgatctgatgcccctgcttga21

      <210>44

      <211>20

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>44

      aggaaaaagccaacgctccg20

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      <211>28

      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>45

      aggtctgtttactcactgttctgagggt28

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      <213>artificial

      <223>人工序列

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      <212>dna

      <213>artificial

      <223>人工序列

      <400>49

      gctgctagcggctcagtctctt22

      <210>50

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      <223>人工序列

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