本發(fā)明涉及基因芯片，具體涉及一種用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合及應(yīng)用其的全基因組液相芯片。

背景技術(shù)：

1、dna分子標(biāo)記是重要的生物標(biāo)志之一，其能夠反映生物個體或者種群間基因組中某種差異特征的dna片段。分子標(biāo)記是dna水平遺傳多態(tài)性的直接反映，具有不受季節(jié)、發(fā)育階段等因素的影響、數(shù)量多、多態(tài)性高且檢測技術(shù)簡單、快速、易自動化等優(yōu)點。dna分子標(biāo)記可以對目標(biāo)性狀進(jìn)行精細(xì)定位，找到性狀相關(guān)基因后進(jìn)行性狀的遺傳解析，還可以對不同群體的遺傳背景進(jìn)行有效選擇，以及對不同品種進(jìn)行準(zhǔn)確分析和鑒定，通過分子標(biāo)記輔助選擇或基因組選擇能夠加快育種進(jìn)程，在現(xiàn)代分子育種中扮演著重要的角色。

2、分子標(biāo)記的發(fā)展經(jīng)歷了三個階段，也成為了三代dna分子標(biāo)記。第一代分子標(biāo)記主要包括限制性片段長度多態(tài)性（restriction?fragment?length?polymorphism，rflp）、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性dna（random?amplified?polymorphism?dna，rapd）和擴(kuò)增片段長度多態(tài)性（amplified?fragment?length?polymorphism，aflp），這些標(biāo)記由于非共顯性、擴(kuò)增不穩(wěn)定、多態(tài)性不高，目前已基本不再被水產(chǎn)生物遺傳分析所使用。第二代分子標(biāo)記主要是微衛(wèi)星標(biāo)記（microsatellite?marker），也稱簡單重復(fù)序列（simple?sequence?repeat，ssr），仍存在難以標(biāo)準(zhǔn)化和分析準(zhǔn)確性低等缺點。第三代標(biāo)記主要是單核苷酸多態(tài)性（singlenucleotide?polymorphism，snp），是指由點突變引起的dna序列多態(tài)性，在某一特定的單個核苷酸位點上發(fā)生堿基替換、產(chǎn)生不同的等位基因，具有分布性廣，穩(wěn)定性高、易于實現(xiàn)自動化等特點，是目前應(yīng)用最廣泛的分子遺傳標(biāo)記，也是用于開發(fā)高通量分子標(biāo)記的理想基因分型目標(biāo)。

3、snp分型芯片技術(shù)是一種基于snp標(biāo)記的高通量基因分型技術(shù)平臺，具有高通量、高效率、高準(zhǔn)確性等優(yōu)點。snp芯片主要分為固相芯片和液相芯片。固相芯片又叫snp微陣列，該技術(shù)是通過固定在芯片上的dna標(biāo)記序列與目標(biāo)核酸分子發(fā)生堿基配對反應(yīng)，從而達(dá)到精準(zhǔn)鑒定基因信息的目的。

4、液相芯片技術(shù)，又稱懸浮陣列、流式熒光技術(shù)，是一種通過聚苯乙烯微球制備得到的液相芯片系統(tǒng)，其主要基材是粒徑均勻且直徑為5.5～5.6?μm的圓形微球，該微球可以懸浮于液相中構(gòu)成了一個液相芯片系統(tǒng)。微球上的不同探針分子可以與待測物特異性結(jié)合，利用這個系統(tǒng)可以對同一個樣品中的多種不同分子同時進(jìn)行檢測。液相系統(tǒng)中的微球通常都具有獨特的熒光編碼或稱為色彩編號，可以通過熒光染料或者其他的方法進(jìn)行標(biāo)記，其中熒光編碼是一種常見的方法。通過在制造微球時將不同熒光染料混合在一起，使得微球具有不同的熒光信號和顏色，每種顏色的微球可以固定不同的探針分子完成對多種不同物質(zhì)的同時鑒定和檢測。在液相芯片技術(shù)中，測試樣品和報告分子被添加到96孔板的培養(yǎng)基中與標(biāo)記的微球反應(yīng)，靶分子（如待檢測的抗原或抗體、生物素標(biāo)記的靶核酸片段和酶等）會與探針和微球上的報告分子特異性結(jié)合，使交聯(lián)探針的微球攜帶報告分子生物素和熒光素。通過這種標(biāo)記，在液相芯片技術(shù)中既能快速地對生物分子進(jìn)行分析，還能進(jìn)行多幀實時動態(tài)圖像的記錄。液相芯片技術(shù)具有操作簡單、快速，數(shù)據(jù)質(zhì)量高，靈活性強(qiáng)，準(zhǔn)確性高，檢測范圍廣等優(yōu)點，對水產(chǎn)動物遺傳背景分析、品種鑒定與純度評估、分子標(biāo)記輔助選擇和基因組選擇育種等均具有重要的應(yīng)用意義。

5、鱖魚（siniperca?chuatsi）又稱桂魚、桂花魚，屬于鱸形目、鱖亞科。當(dāng)前鱖魚的人工繁殖、苗種培育和池塘養(yǎng)殖成魚技術(shù)極大促進(jìn)了鱖魚的規(guī)?；B(yǎng)殖，但仍面臨一系列難題，例如飼料馴化困難，病害防控難度大，繁殖能力低，規(guī)?；珉y度高。作為我國重要的淡水優(yōu)質(zhì)魚類，鱖魚的種質(zhì)改良和優(yōu)良品種培育對于養(yǎng)殖業(yè)的高質(zhì)量發(fā)展具有重要意義。因此，開發(fā)一種針對鱖魚的全基因組snp液相芯片，對于提高鱖魚育種效率具有迫切的現(xiàn)實需求。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決目前鱖魚育種中存在的問題，提高鱖魚育種效率，本發(fā)明提供一種用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合及應(yīng)用其的全基因組液相芯片。

2、根據(jù)本發(fā)明的第一個方面，提供一種用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合，該標(biāo)記組合包括40963個snp位點和492個indel位點，40963個snp位點信息如表1所示，492個indel位點信息如表2所示。

3、本發(fā)明通過對多個來自不同地域的鱖魚樣本進(jìn)行全基因組重測序，根據(jù)全基因組重測序結(jié)果并結(jié)合發(fā)明人在先的研究成果，篩選得到如表1所示的40963個snp位點和如表2所示的492個indel位點，上述位點可作為標(biāo)記組合用于鱖魚基因分型，將本發(fā)明提供的用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合應(yīng)用于鱖魚全基因組液相芯片的開發(fā)中，利用開發(fā)得到的鱖魚全基因組液相芯片對鱖魚樣本進(jìn)行檢測，能夠精確識別鱖魚個體間的遺傳差異，更加精確地篩選出具有優(yōu)良性狀的個體，加速鱖魚的育種進(jìn)程，提高鱖魚育種效率，有利于培育出更適應(yīng)市場需求、更具有競爭力的鱖魚新品種。

4、優(yōu)選地，上述標(biāo)記組合通過以下步驟篩選得到：

5、s1.獲取不同地域的鱖魚樣本，進(jìn)行全基因組重測序，根據(jù)全基因組重測序的結(jié)果獲得若干個snp位點；

6、s2.通過對獲得的若干個snp位點進(jìn)行篩選，得到用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合。

7、優(yōu)選地，在s2中，對若干個snp位點進(jìn)行篩選的原則如下：maf≥0.05，ld?r2<0.2，檢出率≥90%，depth≥5，且各個snp位點在鱖魚的染色體上均勻分布。

8、根據(jù)本發(fā)明的第二個方面，提供上述用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合在鱖魚全基因組液相芯片的制備中的應(yīng)用。

9、根據(jù)本發(fā)明的第三個方面，提供一種鱖魚全基因組液相芯片，該鱖魚全基因組液相芯片包括探針組合，探針組合用于鑒定上述用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合中各snp位點和indel位點的基因型。

10、基于本發(fā)明提供的用于鱖魚基因分型的標(biāo)記組合，本發(fā)明開發(fā)得到一種鱖魚全基因組液相芯片，該鱖魚全基因組液相芯片，不僅可以實現(xiàn)低成本鱖魚基因分型，且對鱖魚具有專屬性，還可以實現(xiàn)鱖魚遺傳多樣性評估、種質(zhì)資源和親緣關(guān)系鑒定、分子設(shè)計育種、遺傳圖譜構(gòu)建及基因定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析和性別鑒定，在鱖魚育種的多個領(lǐng)域具有較高的應(yīng)用價值。

11、優(yōu)選地，上述探針組合中含有的各個探針的長度均為100?bp。

12、優(yōu)選地，上述探針組合中含有的各個探針中的cg含量為20~80%。

13、優(yōu)選地，上述探針組合包括42333條探針，針對各個indel位點的探針數(shù)量為2～3條。

14、根據(jù)本發(fā)明的第四個方面，提供上述鱖魚全基因組液相芯片在鱖魚基因分型檢測、全基因組關(guān)聯(lián)分析、育種選擇、種質(zhì)資源鑒定、親緣關(guān)系鑒定、遺傳多樣性評估、遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位中的應(yīng)用。

15、本發(fā)明提供的鱖魚全基因組液相芯片，可應(yīng)用于鱖魚種質(zhì)資源和親緣關(guān)系鑒定、遺傳多樣性評估、遺傳圖譜構(gòu)建及基因定位、全基因組關(guān)聯(lián)分析等，為鱖魚分子設(shè)計育種提供了重要的工具，在鱖魚育種的研究中發(fā)揮重要作用。

16、根據(jù)本發(fā)明的第五個方面，提供一種用于鱖魚基因分型的檢測方法，包括以下步驟：

17、s1.獲取待測鱖魚樣本的基因組dna；

18、s2.利用上述鱖魚全基因組液相芯片對基因組dna進(jìn)行檢測，獲得原始數(shù)據(jù)；

19、s3.對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，得到鱖魚的基因分型結(jié)果。

20、優(yōu)選地，s2的具體操作步驟如下：利用基因組dna構(gòu)建基因組文庫，將基因組文庫與上述鱖魚全基因組液相芯片于50~60℃下雜交孵育16~24小時，捕獲雜交產(chǎn)物并進(jìn)行測序，獲得的測序數(shù)據(jù)即為原始數(shù)據(jù)。