本發(fā)明涉及了生物，具體涉及了一種荷斯坦牛snp基因型檢測液相芯片及其應用。

背景技術(shù)：

1、荷斯坦牛的生產(chǎn)性能與基因型密切相關(guān)，荷斯坦?；蛐蜋z測在優(yōu)化畜牧品種、提高生產(chǎn)效率和原奶質(zhì)量方面起著關(guān)鍵作用。傳統(tǒng)的荷斯坦?；蛐蜋z測方法包括聚合酶鏈反應(pcr)、簡化基因組測序、重測序或固相芯片等檢測方案，其中，pcr僅適用于少量標記檢測、簡化基因組測序基因位點捕獲隨機性較大，不適用于產(chǎn)業(yè)育種應用，重測序成本較高且數(shù)據(jù)分析工作量大，固相芯片則依賴昂貴的專利檢測設(shè)備，且不支持檢測多等位基因位點的基因型。傳統(tǒng)基因檢測方式在家畜育種應用中也存在檢測成本高和準確性有待提升的問題。因此，研究出需要一種更為高效、準確的荷斯坦?；蛐蜋z測方法，以提高畜牧業(yè)的生產(chǎn)效率和品種改良的質(zhì)量，具有十分重要的意義。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于：針對現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，提供一種一種荷斯坦牛snp基因型檢測液相芯片及其應用。與傳統(tǒng)方法相比，本發(fā)明荷斯坦?；蛐蜋z測液相芯片產(chǎn)品具有明顯的優(yōu)勢。首先，該產(chǎn)品支持檢測多等位基因位點和結(jié)構(gòu)變異區(qū)域，目標基因位點不僅包含用于親子鑒定的snp，還涵蓋了荷斯坦牛遺傳缺陷基因相關(guān)的indels以及具有功能性的多等位基因位點。其次，該產(chǎn)品兼容了測序技術(shù)的基因型分型準確性高的特點，以及固相芯片支持指定目標位點定向檢測的優(yōu)點，配備了多種基因型結(jié)果的報告格式，例如基于參考基因組正鏈的基因型數(shù)據(jù)、finalreport格式的基因型數(shù)據(jù)，top鏈的基因型數(shù)據(jù)，能在確保樣品基因檢測準確性的同時，方便各類芯片數(shù)據(jù)的合并使用。

2、為了實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案為：

3、一種荷斯坦牛snp分子標記組合，其特征在于，荷斯坦牛snp分子標記組合由44716個snp分子標記組成，所述snp分子標記在荷斯坦牛參考基因組ars-ucd1.2上的位置如說明書表1所示。

4、表144716個snp分子標記位置

5、

6、

7、

8、

9、

10、

11、

12、

13、

14、

15、

16、

17、

18、

19、

20、

21、

22、

23、

24、

25、

26、

27、

28、

29、

30、

31、

32、

33、

34、

35、

36、

37、

38、

39、

40、

41、

42、

43、

44、

45、

46、

47、

48、

49、

50、

51、

52、

53、

54、

55、

56、

57、

58、

59、

60、

61、

62、

63、

64、

65、

66、

67、

68、

69、

70、

71、

72、

73、

74、

75、

76、

77、

78、

79、

80、

81、

82、

83、

84、

85、

86、

87、

88、

89、

90、

91、

92、

93、

94、

95、

96、

97、

98、

99、

100、

101、

102、

103、

104、

105、

106、

107、

108、

109、

110、

111、

112、

113、

114、

115、

116、

117、

118、

119、

120、

121、

122、

123、

124、

125、

126、

127、

128、

129、

130、

131、

132、

133、

134、靶向上述的荷斯坦牛snp分子標記組合的探針。

135、一種荷斯坦牛snp芯片，原料上述的探針。

136、進一步的，芯片為液相芯片。

137、進一步的，包括dna提取試劑盒、建庫試劑盒、dna雜交試劑盒和濃度為50ng/μl探針混合液。

138、一種利用上述的荷斯坦牛snp芯片檢測荷斯坦?；蛐偷姆椒òㄒ韵虏襟E：受檢荷斯坦牛樣本獲得與基因組dna提取；荷斯坦牛cdna文庫構(gòu)建；用所述荷斯坦牛snp芯片與所構(gòu)建的文庫進行雜交、測序；按測序數(shù)據(jù)操作流程，對msnp基因型分型，完成個體所有液相芯片標記位點的基因型判定。

139、如上述的荷斯坦牛snp芯片在檢測荷斯坦牛基因型中的應用。

140、如上述的荷斯坦牛snp芯片在篩選和/或改良荷斯坦牛品種中的應用。

141、如上述的荷斯坦牛snp芯片在荷斯坦牛健康管理中的應用。

142、如上述的荷斯坦牛snp芯片在荷斯坦牛疾病診斷中的應用。

143、綜上所述，由于采用了上述技術(shù)方案，本發(fā)明的有益效果是：

144、(1)本技術(shù)提供了一種荷斯坦牛snp分子標記組合、靶向荷斯坦牛snp分子標記組合的探針以及包括該探針的荷斯坦牛snp芯片及其應用，與傳統(tǒng)方法相比，本發(fā)明荷斯坦?；蛐蜋z測液相芯片產(chǎn)品具有明顯的優(yōu)勢。首先，該產(chǎn)品支持檢測多等位基因位點和結(jié)構(gòu)變異區(qū)域，目標基因位點不僅包含用于親子鑒定的snp，還涵蓋了荷斯坦牛遺傳缺陷基因相關(guān)的indels以及具有功能性的多等位基因位點。其次，該產(chǎn)品兼容了測序技術(shù)的基因型分型準確性高的特點，以及固相芯片支持指定目標位點定向檢測的優(yōu)點，配備了多種基因型結(jié)果的報告格式，例如基于參考基因組正鏈的基因型數(shù)據(jù)、finalreport格式的基因型數(shù)據(jù)，top鏈的基因型數(shù)據(jù)，能在確保樣品基因檢測準確性的同時，方便各類芯片數(shù)據(jù)的合并使用。

145、(2)該產(chǎn)品采用液相探針與目標dna片段雜交捕獲的方式，通過高深度重測序?qū)崿F(xiàn)荷斯坦牛目標基因位點的基因型檢測。其中，dna提取試劑盒用于從樣本中提取荷斯坦牛dna，建庫試劑盒用于擴增目標dna片段構(gòu)建dna測序文庫，dna雜交試劑盒和探針混合液用于從dna文庫中捕獲目標dna片段，該dna片段中包含本產(chǎn)品涉及的目標snp位點，以備后續(xù)分析。利用液相芯片技術(shù)，本產(chǎn)品可以高效地完成基因型檢測，減少了樣本處理的時間和實驗成本，并提高了檢測的準確性和復現(xiàn)性。