本技術(shù)屬于輔助生殖,特別涉及一種核酸組合產(chǎn)品及生物樣本dna中短串聯(lián)重復(fù)片段的檢測方法。
背景技術(shù):
1、輔助生殖技術(shù)是解決不孕不育的有效臨床技術(shù),根據(jù)《reproductive?biologyand?endocrinology》的統(tǒng)計,目前超過20%的不孕不育夫妻必須通過輔助生殖技術(shù)治療。提高輔助生殖的出生率一直是輔助生殖醫(yī)學領(lǐng)域面臨的挑戰(zhàn)。輔助生殖過程中挑選優(yōu)良的胚胎進行移植是提高出生率的有效方法。
2、目前胚胎植入前dna甲基化檢測技術(shù)是新一代的胚胎篩選方法,該方法基于表觀遺傳學原理,采用二代測序技術(shù),對胚胎的染色體拷貝數(shù)變異信息和dna甲基化修飾信息進行評估,從而篩選發(fā)育潛能高的胚胎進行移植。臨床數(shù)據(jù)顯示該技術(shù)能夠顯著的提高輔助生殖的出生率,降低出生缺陷。在輔助生殖過程中,部分胚胎在體外培養(yǎng)過程中,出現(xiàn)三倍體的情況,即胚胎有69條染色體(正常胚胎為二倍體,46條染色體)。
3、此外,臨床研究發(fā)現(xiàn),部分進行輔助生殖治療的夫婦,在胚胎移植后出現(xiàn)了流產(chǎn)情況,通過對流產(chǎn)組織進行染色體拷貝數(shù)變異檢測,發(fā)現(xiàn)流產(chǎn)組織得出的染色體拷貝數(shù)信息和胚胎植入前對胚胎檢測得到的染色體拷貝數(shù)信息不一致。導(dǎo)致這種情況的原因有以下幾種:1.該胚胎在移植后的發(fā)育中出現(xiàn)了拷貝數(shù)的變異情況;2.胚胎移植時,編號錯誤,導(dǎo)致移植錯誤的胚胎到子宮內(nèi);3.胚胎移植后,夫婦發(fā)生同房,所流產(chǎn)的胚胎,并非來自移植的胚胎。針對上述情況,需要對流產(chǎn)的胚胎進行溯源。
4、然而,目前胚胎植入前dna甲基化檢測技術(shù)無法對三倍體的情況進行檢測。胚胎植入前dna甲基化檢測需要活檢6-8個囊胚的滋養(yǎng)層細胞,得到的dna量約40pg。由于目前的單細胞擴增技術(shù),擴增后的dna會丟失甲基化修飾信息,因此胚胎植入前dna甲基化檢測無法使用現(xiàn)有的單細胞擴增技術(shù)對起始的dna進行擴增,以擴大dna的模板量。
5、有鑒于此,特提出本技術(shù)。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、本技術(shù)一個或者多個實施例提供一種核酸組合產(chǎn)品及生物樣本dna中短串聯(lián)重復(fù)片段的檢測方法。包括如下技術(shù)方案:
2、本技術(shù)的一個或者多個實施例提供一種核酸組合產(chǎn)品,所述核酸組合產(chǎn)品包括如下引物對中的一對或者多對:
3、序列如seq?id?no.1至seq?id?no.18所示的引物對m1-1、引物對m1-2、引物對m1-3、引物對m1-4、引物對m1-5、引物對m1-6、引物對m2-1、引物對m2-3和引物對m2-4,
4、序列如seq?id?no.21至seq?id?no.38所示的引物對m3-1、引物對m3-2、引物對m3-3、引物對m3-4、引物對m3-5、引物對m3-6、引物對m4-1、引物對m4-2和引物對m4-4,
5、序列如seq?id?no.45至seq?id?no.46所示的引物對m8-3,
6、序列如seq?id?no.63至seq?id?no.66所示的引物對m4-3和引物對m2-2,
7、序列如seq?id?no.73至seq?id?no.76所示的引物對m9-4和引物對m9-5,
8、序列如seq?id?no.81至seq?id?no.82所示的引物對m9-9,
9、序列如seq?id?no.85至seq?id?no.102所示的引物對m10-1、引物對m10-2、引物對m10-3、引物對m10-4、引物對m10-6、引物對m10-8、引物對m10-9、引物對m10-10、引物對m10-12。
10、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述核酸組合產(chǎn)品還包括如下引物對中的一對或者多對:
11、序列如seq?id?no.19至seq?id?no.20所示的引物對m2-5,
12、序列如seq?id?no.39至seq?id?no.44所示的引物對m5-1、引物對m5-2和引物對m5-4,
13、序列如seq?id?no.47至seq?id?no.62所示的引物對m6-1、引物對m6-2、引物對m6-3、引物對m7-1、引物對m7-2、引物對m7-3、引物對m7-4和引物對m7-5,
14、序列如seq?id?no.67至seq?id?no.72所示的引物對m9-1、引物對m9-2和引物對m9-3,
15、序列如seq?id?no.77至seq?id?no.80所示的引物對m9-6和引物對9-7,
16、序列如seq?id?no.83至seq?id?no.84所示的引物對m9-11,
17、序列如seq?id?no.103至seq?id?no.104所示的引物對m10-13。
18、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述核酸組合產(chǎn)品中所述引物對的數(shù)量為18對-52對。
19、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述引物對中的至少一條引物標記有熒光基團;
20、可選地,每條引物上標記的所述熒光基團各自獨立地為6-fam、rox、hex或者tamra。
21、本技術(shù)的一個或者多個實施例還提供一種檢測試劑盒,所述檢測試劑盒包括所述的核酸組合產(chǎn)品。
22、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述檢測試劑盒還包括str?pcr反應(yīng)試劑。
23、本技術(shù)的一個或者多個實施例又提供一種生物樣本dna中短串聯(lián)重復(fù)片段的檢測方法,所述檢測方法包括采用所述的核酸組合產(chǎn)品或者所述的檢測試劑盒對待測生物樣本dna中短串聯(lián)重復(fù)片段進行檢測的步驟。
24、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述檢測方法包括如下步驟:
25、提取所述待測生物樣本的dna,dna片段化處理,全基因組擴增,制備擴增產(chǎn)物;
26、以所述擴增產(chǎn)物為模板,采用所述核酸組合產(chǎn)品進行str?pcr擴增,根據(jù)所得strpcr擴增結(jié)果確定所述待測生物樣本的dna中短串聯(lián)重復(fù)片段的情況。
27、在本技術(shù)的一些實施方式中,str?pcr擴增的反應(yīng)初始體系中,
28、所述的引物對m1-1、引物對m1-2、引物對m1-3、引物對m1-4、引物對m1-5、引物對m1-6、引物對m4-1、引物對m4-2和引物對m4-4的摩爾比為10±1.0:2.5±1.0:5±1.0:5±1.0:5±1.0:15±1.0:15±1.0:5±1.0:12.5±1.0,
29、所述的引物對m2-1、引物對m2-3、引物對m2-4、引物對m2-5、引物對m3-1、引物對m3-2、引物對m3-3、引物對m3-4、引物對m3-5和引物對m3-6的摩爾比為5±1.0:15±1.0:2.5±1.0:30±1.0:2.5±1.0:5±1.0:10±1.0:15±1.0:12.5±1.0:5±1.0,
30、所述的引物對m5-1、引物對m8-3、引物對m4-3和引物對m2-2的摩爾比為5±1.0:37.5±1.0:25±1.0:12.5±1.0,
31、所述的引物對m6-1、引物對m6-2、引物對m6-3、引物對m7-1、引物對m7-2、引物對m7-3、引物對m7-4、引物對m7-5、引物對m10-6、引物對m10-4、引物對m10-2和引物對m10-1的摩爾比為5±1.0:15±1.0:37.5±1.0:5±1.0:7.5±1.0:8.75±1.0:50±1.0:50±1.0:10±1.0:10±1.0:15±1.0:10±1.0,
32、所述的引物對m9-11、引物對m9-3、引物對m9-2、引物對m9-7、引物對m9-9和引物對m10-12的摩爾比為10±1.0:2.5±1.0:10±1.0:5±1.0:25±1.0:37.5±1.0,
33、所述的引物對m9-6、引物對m9-1和引物對m5-2的摩爾比為10±1.0:10±1.0:10±1.0,
34、所述的引物對m9-4、引物對m9-5和引物對m5-4的摩爾比為10±1.0:10±1.0:10±1.0,
35、所述的引物對m10-8、引物對m10-10、引物對m10-3、引物對m10-9和引物對m10-13的摩爾比為10±1.0:10±1.0:10±1.0:5±1.0:15±1.0;
36、每對所述引物對中,正向引物和反向引物的摩爾比為1±0.5:1±0.5。
37、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述待測生物樣本為細胞樣本和血液樣本;可選地,所述細胞樣本中細胞的數(shù)量為2個-10個。
38、在本技術(shù)的一些實施方式中,所述待測生物樣本來自植入前胚胎;可選地,所述待測生物樣本來自滋養(yǎng)層。
39、本技術(shù)的一個或多個實施例細節(jié)在下面的描述中提出,本技術(shù)的其他特征、目的和優(yōu)點將從說明書及其權(quán)利要求書變得明顯。