一種影響豬脂肪沉積性狀的 snp 及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及生物技術(shù)輔助遺傳改良領(lǐng)域，特別涉及一種影響豬脂肪沉積性狀的 SNP0
【背景技術(shù)】
[0002] 脂肪沉積性狀是豬生產(chǎn)和育種中最為重要的經(jīng)濟(jì)性狀指標(biāo)之一。豬皮下脂肪的含 量，如背膘厚度，主要決定胴體品質(zhì)；而肌內(nèi)脂肪含量（MF)主要影響豬肉的嫩度、多汁性 及加工后的風(fēng)味等肉質(zhì)特征。豬脂肪沉積受到品種（遺傳）和環(huán)境兩大因素的影響。總 體而言，中國地方豬品種往往具有較強(qiáng)的脂肪沉積能力，表現(xiàn)在豬胴體脂肪含量高、肌內(nèi)脂 肪含量多，但生長速度緩慢、飼料轉(zhuǎn)化效率低；而國外引進(jìn)品種由于受到長時間的選育，已 經(jīng)成功降低了背膘厚度，提高了胴體瘦肉率，但豬肉品質(zhì)有所下降，比如肌內(nèi)脂肪含量偏低 (〈1.5%)，且易產(chǎn)生劣質(zhì)的PSE肉（肉色蒼白、松軟、滲水）。因此，不論國外引進(jìn)品種還是 中國地方品種，其脂肪沉積性狀仍亟需改良。
[0003] 豬脂肪沉積性狀屬數(shù)量性狀，受多基因控制。目前，國內(nèi)外研宄小組在豬不同 染色體上定位了大量影響豬脂肪沉積相關(guān)性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)（QTL ;詳見豬QTL數(shù)據(jù)庫 PigQTLdb，http://www. animalgenome. org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)。其中，豬 X 號染 色體（SSCX)近著絲粒區(qū)域存在一主效QTL，它可顯著影響豬脂肪沉積、胴體和肉質(zhì)等性狀 (Mammalian Genome，2007，18:l-4;BMC genetics, 2013, 14:46)。該 QTL 效應(yīng)曾在多個以西 方商業(yè)豬種和中國地方品種太湖豬（包括二花臉、梅山和楓涇豬）為祖代建立的資源家系 中被重復(fù)驗(yàn)證。
[0004] 背膘厚（皮下組織脂肪含量）和肌內(nèi)脂肪含量是兩個具有中等以上強(qiáng)度相關(guān)的脂 肪沉積性狀，單純從表型上難以將兩者分別進(jìn)行選擇。如果能夠鑒別這些基因位點(diǎn)，并辨別 出它們影響相關(guān)表型程度之間的差異性，則可開發(fā)出用于某一表型特異性選擇的分子標(biāo)記 及相應(yīng)檢測技術(shù)，準(zhǔn)確改良該表型；比如，瘦肉型豬育種目標(biāo)之一就是希望采用標(biāo)記輔助選 擇技術(shù)，在保持背膘厚不變的前提下，適當(dāng)提高肌內(nèi)脂肪含量。然而，目前尚缺少有育種價 值的與脂肪沉積相關(guān)的分子標(biāo)記，更缺少能針對不同脂肪沉積性狀選擇的分子標(biāo)記，這是 當(dāng)前畜牧學(xué)、遺傳學(xué)及育種學(xué)研宄的熱點(diǎn)和難點(diǎn)之一。
[0005] 因此，開發(fā)和利用與上述兩種脂肪沉積性狀有特異性關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記進(jìn)行選種， 可克服基于表型選擇的局限性，以準(zhǔn)確改良豬的指定部位的脂肪沉積性狀。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本研宄前期通過白色杜洛克X二花臉資源家系全基因組掃描和連鎖分析，將影 響豬脂肪沉積性狀的QTL定位于X染色體上微衛(wèi)星標(biāo)記SW2456和SW1522之間，并在區(qū)域 內(nèi)搜尋到ACSL4、SERPINA7 (TBG)、IRS4等幾個重要的位置候選基因。在此基礎(chǔ)上，本發(fā)明采 用DNA測序后的比較分析和PCR-RFLP相結(jié)合的方法，對豬的QTL置信區(qū)間內(nèi)的基因進(jìn)行了 單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)（SNPs)篩選，最終在IRS4基因外顯子區(qū)域篩選到與豬脂肪沉積性狀相 關(guān)SNPs，并在白色杜洛克X二花臉資源家系F2群體、蘇太豬（杜洛克和二花臉雜交18代 以上的培育品種）中分析該基因多態(tài)性與多個表型的相關(guān)性，鑒別出特異地與豬不同脂肪 沉積性狀相關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記，為今后豬育種的標(biāo)記輔助選擇提供新的檢測方法。
[0007] 因此，本發(fā)明之一提供了一種豬的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記為10. 2版本國際豬基 因組的X號染色體上的從5'端起的第104772170位點(diǎn)的核苷酸，所述核苷酸對應(yīng)于SEQ ID NO: 1上的從5'端起的第93位點(diǎn)的核苷酸，同時其也對應(yīng)于SEQ ID NO:2上的從5'端起的 第93位點(diǎn)的核苷酸，或?qū)?yīng)于SEQ ID NO:3上的從5'端起的第93位點(diǎn)的核苷酸，且該位 點(diǎn)的所述核苷酸為Y1;和/或
[0008] 所述SNP標(biāo)記位于10. 2版本國際豬基因組的X號染色體上的從5'端起的第 104772205位點(diǎn)的核苷酸，所述核苷酸對應(yīng)于SEQ ID NO: 1上的從5'端起的第128位點(diǎn)的 核苷酸，同時其也對應(yīng)于SEQ ID NO: 2上的從5'端起的第128位點(diǎn)的核苷酸，或?qū)?yīng)于SEQ ID NO:3上的從5'端起的第128位點(diǎn)的核苷酸，且該位點(diǎn)的所述核苷酸為Y2;
[0009] 其中，所述Y1、Y2獨(dú)立地選自T或C。
[0010] 本發(fā)明之二提供了一種核酸序列，所述核酸序列為包括如上所述的SNP標(biāo)記的核 酸序列，所述核酸序列選自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一種。舉例來說，所述 核酸序列只要包括所述的SNP標(biāo)記，不論其長度是多少bp，例如其長度可以是10bp、15bp、 20bp、30bp、50bp、80bp、IOObp、120bp、150bp、180bp、200bp、250bp、300bp、400bp、500bp、 600bp、700bp、800bp、1000bp、1200bp、1500bp、2000bp 等等，均是本發(fā)明所要求保護(hù)的核酸 序列，但所述核苷酸序列并不限于所列舉的長度。另外，所述SNP標(biāo)記一般位于所選定的 所述的核酸序列的中心位置或比較靠近中心的位置，例如，在20bp的選定片段中，所述SNP 一般在這個20bp的DNA片段中的第7-14位中的一個位置；在1500bp的DNA片段中，所 述SNP所處的位置的選擇余地大大增大，其可以是在第100-1400位中的一個位置，優(yōu)選在 300-1200位中的一個位置，更優(yōu)選在500-700位中的一個位置，這樣設(shè)計(jì)的目的是有利于 更加準(zhǔn)確的檢測所述的SNP標(biāo)記；但是，在檢測技術(shù)特別靈敏和/或特異性非常強(qiáng)的情況 下，所述SNP標(biāo)記也可以靠近所選定的核酸序列的兩端中的一端，甚至是位于第一位或者 末位。另外，由于上述的兩個SNP位點(diǎn)在核酸序列中間隔34bp，因此，當(dāng)所設(shè)計(jì)的核苷酸序 列小于或等于35bp時，僅能用于檢測其中一個SNP位點(diǎn)。由于所述SNP位于外顯子區(qū)，而 IRS4基因的外顯子又位于X染色體上，因此，一般來說，所述核酸序列在為DNA序列時，該核 酸序列是從X染色體中截取的一段DNA序列。值得注意的是，IRS4基因非常特殊，該基因 僅存在外顯子，而不存在內(nèi)含子，因此，其DNA序列就是其編碼序列，也就是說，IRS4基因在 轉(zhuǎn)錄后不需要剪切而直接構(gòu)成成熟的mRNA分子。
[0011] 在一個【具體實(shí)施方式】中，所述核酸序列選自SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2和SEQ ID NO:3中的至少一種。
[0012] 在一個具體的實(shí)施方式中，SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:3的核酸序 列可以共用一對引物，它們的上游引物各自獨(dú)立的選自SEQ ID N0:13,下游引物各自獨(dú)立 的選自 SEQ ID NO: 14。
[0013] 本發(fā)明之三提供了一種豬的遺傳改良的方法，所述方法包括：確定種豬核心群中 的種豬的所述的SNP標(biāo)記，并根據(jù)所述SNP標(biāo)記做出相應(yīng)的選擇：
[0014] 在所述種豬核心群中選擇在所述第104772170位點(diǎn)為CC和TC基因型的種豬個 體，淘汰在該位點(diǎn)為TT基因型的種豬個體，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因 C的頻率，從而增 加后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量；優(yōu)選在所述種豬核心群中選擇在所述第104772170位點(diǎn)為 CC基因型的種豬個體，淘汰在該位點(diǎn)為TT和TC基因型的種豬個體，以逐代提高該位點(diǎn)的等 位基因 C的頻率，從而增加后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量；特別優(yōu)選在所述種豬核心群中選 擇公豬個體，且所述公豬個體在所述第104772170位點(diǎn)為CC基因型，以逐代提高該位點(diǎn)的 等位基因 C的頻率，從而增加后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量。
[0015] 在所述種豬核心群中選擇在所述第104772170位點(diǎn)為TT和TC基因型的種豬個 體，淘汰在該位點(diǎn)為CC基因型的種豬個體，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因 T的頻率，從而降 低后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量；優(yōu)選在核心群中選擇在所述第104772170位點(diǎn)為TT基因型 的種豬個體，淘汰在該位點(diǎn)為CC和TC基因型的種豬個體，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因 T 的頻率，從而降低后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量；特別優(yōu)選在核心群中選擇公豬個體，且所述 公豬個體在所述第104772170位點(diǎn)為TT基因型，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因 T的頻率， 從而降低后代豬的肌內(nèi)的脂肪沉積量。
[0016] 在所述種豬核心群中選擇在所述第104772205位點(diǎn)為CC和TC基因型的種豬個 體，淘汰在該位點(diǎn)為TT基因型的種豬個體，以逐代提高該位點(diǎn)的等位基因 C的頻率，從 而使后代豬獲得相應(yīng)的性狀，所述性狀包括增加皮下組