預(yù)測乳腺癌結(jié)果的nano46基因和方法
【專利說明】預(yù)測乳腺癌結(jié)果的NAN046基因和方法
[0001] 對相關(guān)申請的交叉引用 本申請要求2012年5月22日提交的美國臨時(shí)申請No. 61/650, 209和2013年1月17 日提交的美國臨時(shí)申請No. 61/753, 673的利益。該些申請的每一個(gè)的內(nèi)容通過引用將其 全文合并入本文。 發(fā)明領(lǐng)域
[0002] 本公開一般性地涉及癌癥生物學(xué)領(lǐng)域，并且具體涉及特定癌癥細(xì)胞表型的檢測和 鑒別W及與適當(dāng)治療的相關(guān)性領(lǐng)域。
[0003] 發(fā)明背景 目前的治療早期乳腺癌的方法，包括輔助治療，確實(shí)已改善了生存并減少復(fù)發(fā)。但是， 在某些患者中復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)可能被低估，但是在其他患者中卻被高估了。
[0004] 雖然隨著時(shí)間經(jīng)過，復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)的確有所減少，但在許多研究中觀察到持續(xù)的風(fēng) 險(xiǎn)，其中一些風(fēng)險(xiǎn)涉及數(shù)W萬計(jì)的患有乳腺癌的患者。事實(shí)上，在該些研究中，一些五年后 經(jīng)歷復(fù)發(fā)的患者先前被認(rèn)為是"低風(fēng)險(xiǎn)的"-例如，在他們的最初診斷時(shí)，他們的癌癥還沒 有擴(kuò)散到淋己結(jié)，或者他們的雌激素受體狀態(tài)是陽性的。在該些研究中的一個(gè)研究中，有大 量的復(fù)發(fā)發(fā)生在治療后五年W上。因此，在本領(lǐng)域中需要確定復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)并確定減少該風(fēng) 險(xiǎn)并改善總體生存的治療。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明提供預(yù)測患有乳腺癌的主體的結(jié)果（outcome)的方法，包括：提供來自主 體的腫瘤樣品；確定腫瘤樣品中表1的NAN046內(nèi)在基因列表中的基因的表達(dá)；基于NAN046 內(nèi)在基因列表中的基因的表達(dá)測量腫瘤樣品與內(nèi)在亞型的相似性，其中內(nèi)在亞型至少由 基底樣型炬asal-1化e)、管腔A型（LuminalA)、管腔B型（LuminalB)或肥R2-富集型 (肥R2-enriched)組成；基于NAN046內(nèi)在基因列表中的增殖基因子集的表達(dá)確定增殖得 分；確定腫瘤大小，使用所述內(nèi)在亞型，增殖得分和腫瘤大小的加權(quán)和來計(jì)算復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)得 分；并基于復(fù)發(fā)得分確定主體是否具有低或高的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，低的得分 指示更有利的結(jié)果，高的得分表示較不利的結(jié)果。
[0006] 本發(fā)明的方法可W包括確定表1所述NAN046內(nèi)在基因的至少一種、組合或每一個(gè) 的表達(dá)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法可W包括確定選自ANLN、CCNE1、CDC20、CDC6、 CDCA1、CENPF、CEP55、EX01、KIF2C、KNTC2、MELK、MKI67、0RC化、PTTG1、RRM2、TYMS、U邸2C和 /或UBE2T的NAN046內(nèi)在基因的至少一種、組合或每一個(gè)的表達(dá)。可W使用nanoreporter 編碼系統(tǒng)（nCounter?分析系統(tǒng)（nCounter?Analysissystem))確定NAN046內(nèi)在基因列 表的成員的表達(dá)。
[0007] 本發(fā)明的方法可W包括確定下列的至少一種、組合或每一個(gè)；腫瘤大小、腫瘤分 級、淋己結(jié)狀況、內(nèi)在亞型、雌激素受體表達(dá)、孕激素受體表達(dá)和肥R2/ERBB2表達(dá)。
[000引樣品可W是細(xì)胞或組織取樣。樣品可W是腫瘤?？蒞從活組織檢查獲得組織。樣 品可w是體液取樣。體液可w是血液、淋己液、尿液、唾液或乳頭抽吸液。
[0009] 雖然結(jié)合其詳細(xì)描述對本公開進(jìn)行描述，前述描述意在舉例說明，并非要限制由 所附權(quán)利要求的范圍定義的本公開的范圍。其它方面、優(yōu)點(diǎn)、和變形在下述權(quán)利要求的范圍 內(nèi)。
[0010] 本文提及的專利和科學(xué)文獻(xiàn)確立了所屬領(lǐng)域技術(shù)人員可獲得的知識。本文引用的 所有美國專利和公開的或未公開的美國專利申請通過引用合并入本文。本文引用的所有公 開的外國專利和專利申請通過引用合并入本文。由本文引用的登錄號表示的Genbank和 NCBI提交內(nèi)容通過引用合并入本文。本文引用的所有其它的公開的參考文獻(xiàn)、文檔、手稿和 科技文獻(xiàn)通過引用合并入本文。
[0011] 雖然參照其優(yōu)選實(shí)施方案對本公開進(jìn)行具體顯示和描述，但所屬領(lǐng)域技術(shù)人員會 理解，可W在其中在形式和細(xì)節(jié)上進(jìn)行各種改變，而不背離由所附權(quán)利要求包含的本公開 的范圍。
[0012] 附圖簡述 圖1是表1的乳腺癌內(nèi)在亞型和內(nèi)在基因的熱點(diǎn)圖。
[0013] 圖2顯示來自未治療的乳腺癌患者群組（cohort)的KaplanMeier生存曲線。
[0014] 圖3顯示來自用他莫昔芬治療的淋己結(jié)陰性、ER+乳腺癌患者的KaplanMeier生 存曲線。
[0015] 圖4顯示在用他莫昔芬治療的ER+、淋己結(jié)陰性乳腺癌患者中作為R0R得分的函數(shù) 的10年事件概率。該圖顯示在該人群中子人群亞型分型為管腔A型或B型。RFS=無復(fù) 發(fā)生存；DSS=疾病特異性生存。
[0016] 圖5是乳腺癌內(nèi)在亞型分型測定的原理圖。
[0017] 圖6是算法過程的原理圖。
[001引 圖7是顯示CodeSet與mRNA雜交的圖示。
[0019] 圖8是顯示除去過量報(bào)告探針（excessrepOTters)的圖示。
[0020] 圖9是顯示報(bào)告探針與盒（cartridge)表面結(jié)合的圖示。
[0021] 圖10是顯示報(bào)告探針固定和比對的圖示。
[0022] 圖11是數(shù)據(jù)收集的圖示。
[0023] 圖12是nCounter分析系統(tǒng)乳腺癌測試測定過程的圖示。
[0024] 圖13是nCounterPrep工作站的圖不。
[00巧]圖 14 是nCounter數(shù)字分析儀（nCounterDigitalAnalyzer)的圖示。
[002引發(fā)明詳述 本公開提出了預(yù)測患有乳腺癌的主體的結(jié)果的方法，包括；提供來自主體的腫瘤樣品； 確定腫瘤樣品中表1的NAN046內(nèi)在基因列表中的基因的表達(dá)；基于NAN046內(nèi)在基因列表 中的基因的表達(dá)確定腫瘤樣品的內(nèi)在亞型，其中內(nèi)在亞型由至少基底樣型炬asal-1化e)、 管腔A型（LuminalA)、管腔B型（LuminalB)或肥R2-富集型（肥R2-enriched)組成；根 據(jù)NAN046內(nèi)在基因列表中的增殖基因子集的表達(dá)確定增殖得分；確定腫瘤大小，使用所述 內(nèi)在亞型，增殖得分和腫瘤大小的加權(quán)和來計(jì)算復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)得分；并基于復(fù)發(fā)得分確定主體 是否具有低或高的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，低得分表示更有利的結(jié)果，而高得分表示 較不利的結(jié)果。
[0027]統(tǒng)計(jì)選擇內(nèi)在基因使其在來自相同個(gè)體的生物樣品重復(fù)之間的表