抗kit抗體及其用圖
【專利說明】抗KIT抗體及其用途
[0001] 本申請要求于2012年7月25日申請的美國臨時(shí)申請第61/675, 751號和于2012 年7月25日申請的美國臨時(shí)申請第61/675,762號的在35U.S. C § 119(e)下的權(quán)益，所述 各臨時(shí)申請以全文引用的方式并入本文中。
[0002] 本申請含有序列表，該序列表作為文件名為"Sequence_Listing_12638-059_228. txt"、于2013年7月18日創(chuàng)建并且大小為152, 576個(gè)字節(jié)的ASCII文本文檔同時(shí)提交。該 序列表以全文引用的方式并入本文中。
[0003] 1.領(lǐng)域
[0004] 本文提供的是特異性結(jié)合于KIT多肽的抗體、其抗原結(jié)合片段、這樣的抗體的綴 合物（conjugate)、編碼這樣的抗體的多核苷酸、用于產(chǎn)生這樣的抗體的載體和宿主細(xì)胞、 包含免疫特異性結(jié)合于KIT抗原的抗體的試劑盒和藥物組合物，及用于治療或處理KIT相 關(guān)紊亂的用途和方法，以及診斷方法。
[0005] 2.背景
[0006] KIT(或c-Kit)是由c-kit基因編碼的III型受體酪氨酸激酶。KIT包含五個(gè)細(xì) 胞外免疫球蛋白（Ig)樣域、單個(gè)跨膜區(qū)、抑制性細(xì)胞質(zhì)近膜域和由激酶插入?yún)^(qū)段隔開的斷 裂細(xì)胞質(zhì)激酶域（參見例如，Yarden 等人，Nature, 1986, 323:226-232 ;Ullrich 和 Schles singer, Cell, 1990, 61:203-212 ;Clifford 等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464) 〇 編碼KIT受體的人c-kit基因已經(jīng)克隆，如Yarden等人，EMBO J.，1987, 6:3341-3351所描 述。KIT也稱為⑶117或干細(xì)胞因子受體（"SCFR"），因?yàn)樗歉杉?xì)胞因子（"SCF"）配體 (也稱為Steel因子或Kit配體）的受體。結(jié)合于KIT的前三個(gè)細(xì)胞外Ig樣域的SCF配 體誘導(dǎo)受體二聚化，并因此通過近膜域和激酶域中的特定酪氨酸殘基的磷酸化來活化固有 酪氨酸激酶活性（參見例如，Weiss 和 Schlessinger, Cell, 1998,94:277-280 ;Clifford 等 人，J. Biol. Chem. ,2003, 278:31461-31464)。已證明 Stat、Src、ERK 和 AKT 信號傳導(dǎo)途徑 的成員是KIT信號傳導(dǎo)的下游信號轉(zhuǎn)導(dǎo)子（transducers)。
[0007] 相信KIT的第四（D4)和第五（D5)細(xì)胞外Ig樣域介導(dǎo)受體二聚化（參見例如，國 際專利申請公布號 WO 2008/153926 ;Yuzawa 等人，Cell, 2007, 130:323-334)。
[0008] 已在諸如肥大細(xì)胞、干細(xì)胞、腦細(xì)胞、黑色素母細(xì)胞、卵巢細(xì)胞和癌細(xì)胞（例如白 血病細(xì)胞）等多種細(xì)胞類型中檢測到KIT的表達(dá)。功能損失性（l 〇SS-〇f-functi〇n)KIT 突變的研宄表明KIT對造血祖細(xì)胞、肥大細(xì)胞、黑色素細(xì)胞、原始生殖細(xì)胞和Cajal間質(zhì)細(xì) 胞的正常生長非常重要（參見例如，Besmer，P.，Curr. Opin. Cell Biol.，1991，3:939-946 ; Lyman 等人，Blood, 1998,91:1101_1134;Ashman，L.K.，Int.J.Biochem.Cell Biol.，1999, 31:1037-1051 ;Kitamura 等人，Mutat. Res.，2001，477:165-171 ;Mol 等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464)。此外，KIT在血細(xì)胞生成、黑色素生成和配子生成中 起重要作用（參見 Ueda 等人，Blood, 2002, 99: 3342-3349)。
[0009] 已暗示異常KIT活性與多種癌癥有關(guān)。例如，導(dǎo)致KIT的不依賴SCF的組成性活 化的功能獲得性（gain-〇f-functi 〇n)KIT突變在某些癌細(xì)胞中被發(fā)現(xiàn)并且與例如白血病 (例如慢性髓細(xì)胞白血?。┖臀改c道間質(zhì)瘤等某些癌癥相關(guān)（參見例如，Mol等人，J. Biol. Chem.，2003, 278:31461-31464)。
[0010] 3.概述
[0011] 本文在一個(gè)方面提供的是免疫特異性結(jié)合于ΚΙΤ(例如人KIT)的細(xì)胞外域的域 4(D4)(或D4區(qū)）并且抑制KIT活性的抗體、其抗原結(jié)合片段及其綴合物，以及相關(guān)組合物、 試劑和方法。
[0012] 在一個(gè)方面，本文提供的是免疫特異性結(jié)合于人KIT的D4的抗體或其抗原結(jié)合片 段，包含：
[0013] ⑴輕鏈可變區(qū)（"VL"），包含分別具有SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO:20和SEQ ID N0:21的氨基酸序列的VL CDRUVL CDR2和VL CDR3 ;和
[0014] (ii)重鏈可變區(qū)（"VH")，包含分別具有SEQIDN0:16、SEQIDN0:17和SEQID NO: 18 的氨基酸序列的 VH CDR1、VH CDR2 和 VHCDR3。
[0015] 在一個(gè)實(shí)施方式中，本文提供的抗體或其抗原結(jié)合片段的VL和VH在人類中是非 免疫原性的。在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，所述抗體能在中國倉鼠卵巢（CHO)細(xì)胞中以至少 0.45 μ g/mL的效價(jià)表達(dá)。在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，所述抗體能在中國倉鼠卵巢（CHO)細(xì) 胞中以至少0. 3 μ g/mL、至少0. 6 μ g/mL、至少0. 75 μ g/mL或至少1 μ g/mL的效價(jià)表達(dá)。
[0016] 在某一個(gè)方面，本文提供的是免疫特異性結(jié)合于人KIT的D4的抗體或其抗原結(jié)合 片段或其綴合物，包含：
[0017] 輕鏈可變區(qū)（"VL"），包含氨基酸序列：DIVMTQSPSXK1LSASVGDRVTITCKASQNVRTNVA wyqqkpgkapkxK2liysasyrysgvpdrfxK3gsgsgtdftltisslqx k4edfaxK5yxK6cqqynsyprtfgggtkve IK (SEQ ID NO: 11)，其中Xki為具有芳族或脂族羥基側(cè)鏈的氨基酸，Xk2為具有芳族或脂族羥 基側(cè)鏈的氨基酸，Xk3為具有脂族羥基側(cè)鏈的氨基酸，X K4為具有脂族羥基側(cè)鏈的氨基酸或?yàn)?P，Xk5為具有帶電荷或酸性側(cè)鏈的氨基酸，和Xk6為具有芳族側(cè)鏈的氨基酸；和
[0018] 重鏈可變區(qū)（"VH")，包含分別具有 SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17 和 SEQ ID NO: 18 的氨基酸序列的VH CDR1、VH CDR2和VH CDR3。
[0019] 在一個(gè)特定的方面，本文提供的是免疫特異性結(jié)合于人KIT的D4的抗體（或其片 段或其綴合物），包含：
[0020] (i)VL，包含分別具有 SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO:20 和 SEQ ID NO:21 的氨基酸序 列的 VL CDR1、VL CDR2 和 VL CDR3 ;和
[0021] (i i) VH，包含氨基酸序列：QVQLVQSGAEXH1KKPGASVKXH2SCKASGYTFTDYYINWVX H3QAP GKGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGRXH4TXH5TAX H6KSTSTAYMXH7LSSLRSEDXH8A VYFCARGVYYFDYffGQG TTVTVSS (SEQ ID NO: 12)，其中Xhi為具有脂族側(cè)鏈的氨基酸，XH2為具有脂族側(cè)鏈的氨基酸， Xh3為具有極性或堿性側(cè)鏈的氨基酸，Xh4為具有脂族側(cè)鏈的氨基酸，Xh5為具有脂族側(cè)鏈的氨 基酸，X h6為具有酸性側(cè)鏈的氨基酸，X H7為具有酸性或酰胺衍生物側(cè)鏈的氨基酸，和X H8為具 有脂族羥基側(cè)鏈的氨基酸。
[0022] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，XkiS氨基酸F或S，X K2S氨基酸A或S，X K3S氨基酸T 或S，Xk4S氨基酸S或P，X 氨基酸D或T，和X 氨基酸F或Y。
[0023] 在某一個(gè)實(shí)施方式中，XkiS氨基酸S，X K2S氨基酸A，X ^為氨基酸T，X K4S氨基酸 P，\5為氨基酸D，和X K6S氨基酸F。
[0024] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，XkiS氨基酸F，Xk2S氨基酸A，X k3S氨基酸T，Xk4為氨 基酸s，Xk5S氨基酸D，和X ^為氨基酸F。
[0025] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，XkiS氨基酸F或S，X ￡2為氨基酸A，X ￡3為氨基酸T，X K4 為氨基酸S或P，Xk5S氨基酸D，和X ^為氨基酸F。
[0026] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，XkiS氨基酸S，Xk2S氨基酸A，X k3S氨基酸T，Xk4為氨 基酸Ρ，\5為氨基酸D，和X ^為氨基酸F。
[0027] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，XkiS氨基酸S，Xk2S氨基酸S，X k3S氨基酸S，Xk4為氨 基酸Ρ，\5為氨基酸Τ，和X ^為氨基酸Υ。
[0028] 在一個(gè)實(shí)施方式中，XhiS氨基酸L或V，X !^為氨基酸L或V，X H3S氨基酸K或R， Xh4為氨基酸V或A，X H5S氨基酸L或I，X H6S氨基酸E或D，X H7S氨基酸Q或E，和X !^為 氨基酸S或T。
[0029] 在一個(gè)具體的實(shí)施方式中，XhiS氨基酸V，X !^為氨基酸L或V，X H3S氨基酸R或 Q，Xh4為氨基酸A，X H5S氨基酸L或I，X H6S氨基酸D，X H7S氨基酸Q或E，和X !^為氨基酸 T。
[0030] 在一個(gè)具體的實(shí)施方式中，XhiS氨基酸V，X @為氨基酸L，X H3S氨基酸R，X H4為氨 基酸Α，ΧΗ$氨基酸L，X 氨基酸D，X 氨基酸Q，和X 氨基酸T。
[0031] 在某一個(gè)實(shí)施方式中，XmS氨基酸V，Xh2S氨基酸V，X h3S氨基酸R，Xh4S氨基酸 A，XH#氨基酸I，X冊為氨基酸D，氨基酸Ε，和Xffi^氨基酸Τ。
[0032] 在某一個(gè)實(shí)施方式中，XmS氨基酸L，X %為氨基酸L，X ^為氨基酸K，X H4S氨基酸 A，XH#氨基酸L，X冊為氨基酸E，X 氨基酸Q，和X Η?^氨基酸S。
[0033] 在某一個(gè)實(shí)施方式中，XmS氨基酸V，X %為氨基酸L，X ^為氨基酸K，X H4S氨基酸 A，XH#氨基酸L，X冊為氨基酸E，X 氨基酸Q，和X Η?^氨基酸T。
[0034] 在某一個(gè)實(shí)施方式中，XmS氨基酸V，X %為氨基酸V，X ^為氨基酸R，X H4S氨基酸 V，\5為氨基酸I，Xh6為氨基酸D，氨基酸E，和Xffi^氨基酸T。
[0035] 在一個(gè)特定的實(shí)施方式中，為表6A中所闡述的氨基酸，和/或父111至父 118 為表6B中所闡述的氨基酸。
[0036] 在一個(gè)特定的方面，本文提供的是免疫特異性結(jié)合于人KIT的D4的抗體或其抗原 結(jié)合片段或其綴合物，包含：
[0037] i)VL，包含與SEQ ID NO: 7有至少90%同一性、與SEQ ID NO: 8有至少88%同一 性、與SEQ ID N0:9有至少87%同一性或與SEQ ID NO: 10有至少84%同一性的氨基酸序 列；和
[0038] ii)VH，包含與SEQ ID NO: 2有至少93 %同一性、與SEQ ID NO: 3有至少92%同 一性、與SEQ ID NO: 4有至少90%同一性、與SEQ ID NO: 5有至少87%同一性或與SEQ ID NO: 6有至少86%同一性的氨基酸序列。
[0039] 在某一個(gè)方面，本文提供的是免疫特異性結(jié)合于人KIT的D4區(qū)的抗體或其抗原結(jié) 合片段或其綴合物，包含：
[0040] iii)輕鏈可變區(qū)（"VL"），包含氨基酸序列：divmtqspsxk1lsasv⑶rvtitckasqnvr tnvawyqqkpgkapkx K2liysasyrysgvpdrfxK3gsgsgtdftltisslqxk4e