一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的snp標(biāo)記的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記、 其檢測(cè)方法及應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 豬產(chǎn)仔數(shù)是重要的經(jīng)濟(jì)性狀，產(chǎn)仔數(shù)的提高將會(huì)大大地增加商品豬肉的供應(yīng)量， 給現(xiàn)代養(yǎng)豬生產(chǎn)帶來(lái)巨大的經(jīng)濟(jì)效益。隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)持續(xù)快速的發(fā)展，人們生活水平逐漸 提高，對(duì)豬肉的需求量也越來(lái)越大。2014年12月底我國(guó)能繁母豬存欄數(shù)4300萬(wàn)頭，如果母 豬平均每胎多產(chǎn)仔1頭，按每年每頭母豬產(chǎn)2胎計(jì)算，則每年可為整個(gè)行業(yè)多提供約9000 萬(wàn)頭豬。因此，人們也越來(lái)越關(guān)注如何提高豬的產(chǎn)仔數(shù)性能。然而，產(chǎn)仔數(shù)為復(fù)雜多基因控 制的經(jīng)濟(jì)性狀，遺傳力低，通過(guò)傳統(tǒng)的選育方法提高豬產(chǎn)仔數(shù)收效甚微，所以開(kāi)發(fā)和利用新 的分子選育標(biāo)記來(lái)提高豬的繁殖性能倍受重視。
[0003] 二花臉是位于我國(guó)太湖流域的國(guó)家級(jí)畜禽遺傳資源保護(hù)品種，是我國(guó)勞動(dòng)人民 千百年來(lái)選育的產(chǎn)仔性能極其優(yōu)秀的地方豬種資源。根據(jù)發(fā)明人所在單位對(duì)二花臉豬群 最大基地"焦溪二花臉豬專業(yè)合作社"內(nèi)177頭二花臉約1000窩產(chǎn)仔數(shù)據(jù)分析來(lái)看，二花 臉群體內(nèi)產(chǎn)仔性能已出現(xiàn)顯著分離，尤其是初產(chǎn)總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)變異系數(shù)分別達(dá)到 22. 14%和26. 97% ;經(jīng)產(chǎn)也分別為19. 87%和22. 14%。然而目前導(dǎo)致二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn) 仔數(shù)變異的遺傳機(jī)理尚不清楚。
[0004] 多年以來(lái)雖然國(guó)內(nèi)已有大量的研宄機(jī)構(gòu)利用二花臉來(lái)鑒別二花臉豬種高繁殖力 的遺傳機(jī)理，但限于研宄方法、手段、材料及繁殖性狀本身復(fù)雜性等眾多因素的制約，二花 臉豬種高繁殖力遺傳機(jī)制并沒(méi)有得到充分的揭示和有效的利用。因此，為保護(hù)好我國(guó)人民 千百年來(lái)選育的二花臉品種的高產(chǎn)仔性能，我們急需鑒別出影響二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn)仔數(shù)變 異的基因和標(biāo)記，通過(guò)分子標(biāo)記選擇技術(shù)加快恢復(fù)和提升二花臉豬種的產(chǎn)仔性能，培育性 能相對(duì)穩(wěn)定的高產(chǎn)群體、鞏固太湖流域這些地方豬種的高產(chǎn)優(yōu)勢(shì)。
[0005] 發(fā)明人利用一個(gè)177頭純種二花臉母豬的群體，開(kāi)展了全基因組QTL定位研宄，并 在8號(hào)染色體上定位到了一個(gè)品種內(nèi)群體間遺傳分化顯著的QTL。從國(guó)際豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng) 站（http://www.animalgenome.org/cgi -bin/QTLdb/SS/index)可知，目前在豬除 10、11 號(hào)染色體及性染色體上沒(méi)有定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，其它常染色體上都已定位到影響 總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，但大部分是利用微衛(wèi)星標(biāo)記定位的QTL，置信區(qū)間多在10 -20cM，無(wú)法確定 真正的主效基因及其關(guān)鍵變異位點(diǎn)，因此難以直接應(yīng)用于種豬選育改良。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本發(fā)明的目的在于針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)不足，產(chǎn)仔數(shù)的低遺傳力，提供與母豬窩總產(chǎn)仔 數(shù)相關(guān)的SNP標(biāo)記。
[0007] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供用于檢測(cè)上述SNP標(biāo)記的引物和檢測(cè)方法。
[0008] 本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述SNP標(biāo)記的用途。
[0009] -種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記位于豬8號(hào)染色體上 的UCHL1基因和UMCH1基因的基因之間的間隔區(qū)，所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國(guó)際豬基因組 10. 2版本參考序列豬8號(hào)染色體上g. 33985796核苷酸位點(diǎn)，且具有T/C多態(tài)性，所述SNP 標(biāo)記與二花臉母豬窩產(chǎn)總仔數(shù)極顯著相關(guān)。該SNP位點(diǎn)具有TT基因型的二花臉個(gè)體母豬 窩總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于具有CC基因型的二花臉個(gè)體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)。
[0010] 一種基于本發(fā)明所述的SNP開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記的方法，以含有本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記 的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計(jì)引物對(duì)，以二花臉母豬基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記。
[0011] 其中，所述的引物對(duì)序列優(yōu)選為上游引物：SEQIDN0 :2,下游引物：SEQIDN0 :3 ; 所述的分子標(biāo)記序列優(yōu)選如SEQIDNO:1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于第806位，存在T/C多 態(tài)性。
[0012] 按照本發(fā)明所述的方法得到的分子標(biāo)記。
[0013] 所述的分子標(biāo)記序列優(yōu)選如SEQIDN0 :1所示，所述的SNP位點(diǎn)位于第806位，存 在T/C多態(tài)性。
[0014] 一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，上游引物為：SEQIDN0 :2,下 游引物為：SEQIDNO:3。
[0015] 一種檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的方法，包含PCR擴(kuò)增二花臉母豬基因組中含有 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的一段序列，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，判讀該位點(diǎn)的T/C多態(tài)性。
[0016] 本發(fā)明所述的檢測(cè)本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記的方法優(yōu)選包括以下步驟：
[0017] (1)取一頭二花臉母豬的耳組織樣品并提取總DNA;
[0018] (2)用已提取的二花臉母豬基因組DNA為模板，使用本發(fā)明所述的引物進(jìn)行PCR擴(kuò) 增；
[0019] (3)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，分析測(cè)序結(jié)果，判讀在SEQIDN0 :1第806位的T/C多態(tài) 性。
[0020] 其中，步驟（2)所述的PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系為：DNA模板2. 5yL、SEQIDN0 :2和SEQ IDNO:3所示的引物各1. 25yL、PCRMix試劑25yL、雙蒸水20yL;其中所述DNA模板濃 度為30ng/yL，所述引物的濃度為10m〇l/L，所述PCRMix試劑為南京歐科生物技術(shù)有限公 司的P394961L型號(hào)試劑；PCR擴(kuò)增的反應(yīng)程序?yàn)椋侯A(yù)變性96°C2min;變性96°C20s;退火 62°〇3〇8，延伸72°0 458,35個(gè)循環(huán)；延伸72°0 1〇111111。
[0021] 本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記、所述的分子標(biāo)記、所述的引物在篩選高產(chǎn)二花臉母豬品 系中的應(yīng)用。
[0022] -種篩選高產(chǎn)二花臉母豬品系的方法，包括檢測(cè)二花臉母豬g. 33985796核苷酸 位點(diǎn)的基因型，選育g. 33985796核苷酸位點(diǎn)的TT型個(gè)體作為種豬。
[0023] 有益效果：
[0024] 本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記與二花臉母豬的產(chǎn)仔性能相關(guān)，因此，可以通過(guò)鑒定該SNP 標(biāo)記來(lái)篩選高產(chǎn)的二花臉母豬品系，所得的二花臉母豬高產(chǎn)品系具有重要的經(jīng)濟(jì)效益與社 會(huì)價(jià)值。
【附圖說(shuō)明】
[0025] 圖1為高產(chǎn)與相對(duì)低產(chǎn)二花臉群體間染色體上SNP標(biāo)記Fst值的分布情況。其中， 豬的18條常染色體及X染色體信息標(biāo)識(shí)于X軸。
[0026] 圖2為使用本發(fā)明的引物擴(kuò)增g.33985796的電泳圖。
[0027] 圖3為g.33985796的突變位點(diǎn)不同基因型的DNA測(cè)序結(jié)果峰圖。
【具體實(shí)施方式】
[0028] 以下實(shí)施例用于說(shuō)明本發(fā)明，但不用來(lái)限制本發(fā)明的范圍。在不背離本發(fā)明精神 和本質(zhì)的情況下，對(duì)本發(fā)明方法、步驟或條件所作的修改或替換，均屬于本發(fā)明的范圍。
[0029] 實(shí)施例1
[0030] 1、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來(lái)源
[0031] 江蘇常州焦溪二花臉豬專業(yè)合作社。
[0032] 計(jì)算177頭二花臉母豬的育種值，計(jì)算模型為
[0033]Y(窩產(chǎn)總仔數(shù)）=parity(胎次）+farm(場(chǎng)）+year(年度）+season(季 節(jié)）+age(母豬分娩年齡）+sire(與配公豬）+permanenteffect(母豬的永久效 應(yīng)）+additiveeffect(個(gè)體的加性效應(yīng)）+e(殘差），
[0034] 其中包括固定效應(yīng)-胎次、母豬分娩的場(chǎng)/年/季，協(xié)變量-母豬分娩的年齡，隨 機(jī)
[0035] 效應(yīng)-與配公豬，永久效應(yīng)-母豬，個(gè)體加性遺傳值。選擇育種值排在前10%與后 10%的個(gè)體。
[0036] 2、提取基因組DNA
[0037]采集36頭母豬的耳組織樣品，放置于裝有70%酒精的離心管內(nèi)，-20°C冰箱保
[0038] 存?zhèn)溆谩?br>[0039] 使用傳統(tǒng)酚/氯仿法提取耳組織基因組DNA，所需試劑包括：
[0040] 裂解液實(shí)驗(yàn)室配備
[0041] 蛋白酶K(德國(guó)MERCK生物科技有限公司）
[0042]Tris飽和酚（北京索萊寶生物科技有限公司）
[0043]Tris飽和酚：氯仿：異戊醇（25 :24 :1)(北京索萊寶生物科技有限公司）
[0044] 氯仿（江蘇永華精細(xì)化學(xué)品有限公