中rs570876SNP位點(diǎn)基因型為AA，則該待測糖尿病前期患者rs492594SNP位點(diǎn)基因型為 GG，若待測糖尿病前期患者基因組DNA中rs570876SNP位點(diǎn)基因型為TT，則該待測糖尿病前 期患者rs492594SNP位點(diǎn)基因型為CC，若待測糖尿病前期患者基因組DNA中rs570876SNP 位點(diǎn)基因型為AT，則該待測糖尿病前期患者rs492594SNP位點(diǎn)基因型為GC。
[0125] 上述該待測糖尿病前期患者rs492594SNP位點(diǎn)基因型方法具體如下：以待測糖尿 病前期患者基因組DNA為模板，以序列1和序列2所示的DNA分子為引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得 到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物，再將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用ApoI酶切，得到酶切產(chǎn)物；
[0126] 檢測酶切產(chǎn)物大小，
[0127] 如果酶切產(chǎn)物為序列5 (307bp)和序列6 (396bp)所示的兩種DNA分子，則PCR擴(kuò)增 產(chǎn)物均為序列3所示的DNA分子，則所檢測患者的rs570897基因型為AA，rs492594基因型 為GG ;如果酶切產(chǎn)物為序列4 (703bp)所示的DNA分子，則PCR擴(kuò)增產(chǎn)物均為序列4所示的 DNA分子，所檢測患者的rs570897基因型為TT，rs492594基因型為CC ;如果酶切產(chǎn)物為序 列5 (307bp)、序列6 (396bp)、序列4 (703bp)所示的三種DNA分子，則PCR擴(kuò)增產(chǎn)物為序列3 所示的DNA分子和序列4所示的DNA分子，所檢測患者的rs570897基因型為AT，rs492594 基因型為CG。將該種檢測方法命名為rs492594的基因型的RFLP檢測方法。
[0128] 三、rs492594的基因型的RFLP檢測方法驗(yàn)證
[0129] (一）對(duì)步驟一中761例糖尿病前期患者的基因組DNA隨機(jī)選取已有芯片結(jié)果的 96例患者DNA樣本。在rs492594位點(diǎn)進(jìn)行檢測分型，得到各患者的rs492594位點(diǎn)的基因 型檢測結(jié)果。
[0130] (二）分別以所檢測的96例基因組DNA為模板，以序列1和序列2所示的DNA分 子為引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物，將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用ApoI酶切，得到酶切產(chǎn)物； 并對(duì)酶切產(chǎn)物進(jìn)行測序分析，按照如下判斷標(biāo)準(zhǔn)對(duì)所檢測的患者在rs492594處進(jìn)行基因 型的判斷：
[0131] 如果酶切產(chǎn)物為序列5(307bp)和序列6(396bp)所示的DNA分子，則對(duì)應(yīng)的PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物均為序列3所示的DNA分子，所檢測患者的rs570897基因型為AA，rs492594基因 型為GG ;
[0132] 如果酶切產(chǎn)物為序列4 (703bp)所示的DNA分子，則對(duì)應(yīng)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物均為序列 4所示的DNA分子，所檢測患者的rs570897基因型為TT，rs492594基因型為CC ;
[0133] 如果酶切產(chǎn)物為序列5(307bp)、序列6(396bp)、序列4(703bp)所示，對(duì)應(yīng)的PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物為序列3所示的DNA分子和序列4所示的DNA分子，所檢測患者的rs570897基因 型為AT，rs492594基因型為CG。
[0134] 結(jié)果如圖2所示：
[0135] 圖2A為iSelect芯片檢測rs492594基因型為CC患者的rs570897基因型測序結(jié) 果；
[0136] 圖2B為iSelect芯片檢測rs492594基因型為CC患者的rs570897基因型酶切電 泳結(jié)果；
[0137] 圖2C為iSelect芯片檢測rs492594基因型為GG患者的rs570897基因型測序結(jié) 果；
[0138] 圖2D為iSelect芯片檢測rs492594基因型為GG患者的rs570897基因型酶切電 泳結(jié)果；
[0139] 圖2E為iSelect芯片檢測rs492594基因型為GC患者的rs570897基因型測序結(jié) 果；
[0140] 圖2F為iSelect芯片檢測rs492594基因型為GC患者的rs570897基因型酶切電 泳結(jié)果；
[0141] 圖2G為酶切電泳示意圖；
[0142] 統(tǒng)計(jì)，所檢測的96例患者中11例在rs570897處的基因型為AA，則其在rs492594 處的基因型為GG，與iSelect芯片檢測rs492594處的基因型100%-致；
[0143] 所檢測的96例患者中45例在rs570897處的基因型為AT，則其在rs492594處的 基因型為GC，與iSelect芯片檢測rs492594處的基因型100%-致；
[0144] 所檢測的96例患者中40例在rs570897處的基因型為TT，則其在rs492594處的 基因型為CC，與iSelect芯片檢測rs492594處的基因型100%-致。
[0145] 實(shí)驗(yàn)證明，上述rs492594的基因型的RFLP檢測方法可以可靠、簡便、經(jīng)濟(jì)、快速的 進(jìn)行rs492594位點(diǎn)的基因型檢測。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 檢測人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品或檢測人基因組中rs570876SNP 位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備預(yù)測吡格列酮干預(yù)后對(duì)人的降血糖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用。2. 檢測人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品或檢測人基因組中rs570876SNP 位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備篩查對(duì)吡格列酮敏感的糖尿病前期患者的產(chǎn)品中的應(yīng)用。3. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的應(yīng)用，其特征在于：所述產(chǎn)品為序列1和序列2所示的 DNA分子。4. 檢測人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備檢測人基因組中 rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品中的應(yīng)用。5. -種檢測人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的方法，為如下1)或2): 1) 直接測序； 2)檢測待測人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型，根據(jù)所述待測人基因組中 rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所述待測人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型。6. 根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于： 2)所示的方法包括如下步驟： 1) 用擴(kuò)增含有rs570876SNP位點(diǎn)DNA片段的引物對(duì)所述待測人基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò) 增，得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物； 2) 用ApoI酶切所述PCR產(chǎn)物，得到酶切產(chǎn)物，根據(jù)所述酶切產(chǎn)物大小判斷所述待測 人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型，再根據(jù)所述rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所述 rs492594SNP位點(diǎn)的基因型。7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于： 所述擴(kuò)增含有rs492594SNP位點(diǎn)DNA片段的引物對(duì)由序列1所示的DNA分子和序列2 所示的DNA分子組成； 所述根據(jù)所述酶切產(chǎn)物大小判斷所述待測人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型，再 根據(jù)所述rs570876SNP位點(diǎn)的基因型確定所述rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為如下：若所 述酶切產(chǎn)物僅含有307bp和396bp大小的目的片段，則所述人基因組中rs570876SNP位點(diǎn) 的基因型為AA，所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為GG;若所述酶切產(chǎn)物含有 307bp、396bp和703bp3條DNA片段，則所述人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型為AT， 所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型為GC;若所述酶切產(chǎn)物僅含有703bpDNA片段， 則所述人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型為TT，所述人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的 基因型為CC。8.人基因組中rs570876位點(diǎn)的基因型和/或rs492594位點(diǎn)的基因型在制備預(yù)測吡格 列酮對(duì)人的降血糖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用； 或， 人基因組中rs570876位點(diǎn)的基因型和/或rs492594位點(diǎn)的基因型在制備篩查對(duì)吡格 列酮敏感的糖尿病患者的產(chǎn)品中的應(yīng)用。9.檢測人基因組中rs492594位點(diǎn)的基因型和/或檢測人基因組中rs570876位點(diǎn)的基 因型的產(chǎn)品，其包含擴(kuò)增包含rs570876位點(diǎn)及緊鄰該位點(diǎn)的3'下游5個(gè)核苷酸的人基因 組DNA片段的PCR引物； 所述PCR引物具體為序列1所示的DNA分子和序列2所示的DNA分子組成的引物對(duì)。
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種rs492594的基因型的檢測方法及其應(yīng)用。本發(fā)明提供了檢測人基因組中rs492594SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品或檢測人基因組中rs570876SNP位點(diǎn)的基因型的產(chǎn)品在制備預(yù)測吡格列酮干預(yù)后對(duì)人的降血糖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用。本發(fā)明證明，糖尿病患者rs492594處的基因型與吡格列酮的降血糖效果相關(guān)，rs492594的檢測可用于篩選對(duì)吡格列酮相對(duì)敏感的2型糖尿病患者，可根據(jù)糖尿病患者rs492594處的基因型選擇適合的降血糖藥物，提高個(gè)體化治療水平。本發(fā)明進(jìn)一步公開了rs492594處的基因型的限制性片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism，RFLP)方法，該方法可以可靠、簡便、經(jīng)濟(jì)、快速的鑒定rs492594位點(diǎn)的基因型。
【IPC分類】C12N15/11, C12Q1/68
【公開號(hào)】CN104894250
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201510275993
【發(fā)明人】紀(jì)立農(nóng), 劉昭前
【申請(qǐng)人】北京大學(xué)人民醫(yī)院
【公開日】2015年9月9日
【申請(qǐng)日】2015年5月26日