用于檢測(cè)與糖尿病相關(guān)的snp位點(diǎn)組合的成套引物及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及用于檢測(cè)與糖尿病相關(guān)的SNP位點(diǎn)組合的成 套引物及其應(yīng)用，更具體涉及用于檢測(cè)與東亞人群2型糖尿病、糖尿病腎病、糖尿病視網(wǎng)膜 病變、糖尿病合并冠心病和對(duì)藥物敏感性相關(guān)的SNP位點(diǎn)組合的成套引物及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 糖尿病是一組由胰島素分泌缺陷和/或胰島素作用障礙所致的以高血糖為特征 的慢性代謝性疾病。持續(xù)的高血糖與長(zhǎng)期代謝紊亂可導(dǎo)致全身多器官，特別是眼、腎臟、心 血管及神經(jīng)系統(tǒng)的嚴(yán)重?fù)p害，最終可導(dǎo)致患者失明、中風(fēng)、心梗、截肢、腎衰等，產(chǎn)生嚴(yán)重的 后果。
[0003] 中國(guó)是糖尿病大國(guó)，據(jù)2010年統(tǒng)計(jì)，我國(guó)18歲及以上成人的糖尿病患病率 為9.7%，糖尿病患者人數(shù)已高達(dá)9700萬(wàn)。國(guó)際糖尿病聯(lián)盟（InternationalDiabetes Federation，IDF)認(rèn)為，如果趨勢(shì)不變，至2035年中國(guó)糖尿病患者將高達(dá)1. 43億。糖尿病及 其并發(fā)癥不僅嚴(yán)重影響了患者的生活質(zhì)量，同時(shí)亦導(dǎo)致醫(yī)療費(fèi)用的迅猛上升。1993至2007 年，我國(guó)糖尿病的醫(yī)療費(fèi)用從2000億元上升至2216億元，糖尿病直接醫(yī)療費(fèi)用在衛(wèi)生總費(fèi) 用的占比從1. 96%上升至18. 2%。糖尿病帶來(lái)的生命損失和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)已不堪重負(fù)。
[0004] 糖尿病的發(fā)生是遺傳和環(huán)境因素相互作用的結(jié)果。一方面，生活條件的改善和肥 胖發(fā)病率的增加是2型糖尿病發(fā)病率增加的重要因素；另一方面，遺傳因素同樣發(fā)揮著不 可或缺的作用。Newman等人在雙胞胎中的研究表明2型糖尿病中遺傳因素占30% -70%。 糖尿病及并發(fā)癥的發(fā)生是可防可控的，通過(guò)預(yù)測(cè)糖尿病及并發(fā)癥的易感性，提前進(jìn)行健康 干預(yù)是預(yù)防糖尿病發(fā)生和控制病情惡化的有效途徑。再者，值得注意的是由于遺傳背景等 方面的差異，不同糖尿病患者對(duì)同種治療藥物的敏感性不同，通過(guò)基因檢測(cè)等方式為患者 選擇適宜藥物是控制糖尿病病情發(fā)展的關(guān)鍵。
[0005] SNP是基因組水平上單個(gè)核苷酸變異所引起的DNA序列多態(tài)性，人類基因組中平 均每500-1000個(gè)堿基對(duì)就有1個(gè)SNP位點(diǎn)，是可遺傳變異中最常見的一種，也是多基因遺 傳病研究的優(yōu)良分子標(biāo)志物。近些年，得利于高通量基因組測(cè)序的發(fā)展，眾多糖尿病、糖尿 病并發(fā)癥易感性及糖尿病治療藥物敏感性相關(guān)位點(diǎn)相繼被發(fā)現(xiàn)。通過(guò)對(duì)這些位點(diǎn)的檢測(cè)， 可預(yù)測(cè)個(gè)體患糖尿病及并發(fā)癥的風(fēng)險(xiǎn)，評(píng)估患者對(duì)各種糖尿病治療藥物的敏感性，為患者 選擇耐藥性最佳藥物。然而SNP的存在與否及等位基因頻率存在人種及地域差異，西方國(guó) 家或白種人群的糖尿病相關(guān)SNP不一定適用于中國(guó)人。并且糖尿病是一種復(fù)雜的多基因疾 病，只檢測(cè)單一SNP位點(diǎn)進(jìn)行判定未免過(guò)于片面。因此，要利用SNP預(yù)測(cè)糖尿病的易感性及 發(fā)展趨勢(shì)等情況，就必須考慮SNP位點(diǎn)的組合評(píng)估和人種及地域的差異。目前，尚缺乏針對(duì) 東亞人群糖尿病相關(guān)SNP位點(diǎn)組合進(jìn)行檢測(cè)的方法或產(chǎn)品。
[0006] 綜上所述，糖尿病是中國(guó)正在并將長(zhǎng)期面對(duì)的重大醫(yī)療難題。預(yù)測(cè)個(gè)體糖尿病及 并發(fā)癥患病風(fēng)險(xiǎn)，通過(guò)"治未病"預(yù)防疾病發(fā)生；針對(duì)患者個(gè)體化差異為其選擇適宜的治療 方案是應(yīng)對(duì)糖尿病難題的有效途徑。因而，本領(lǐng)域迫切需要開發(fā)檢測(cè)針對(duì)東亞人群2型糖 尿病及并發(fā)癥易感性、藥物敏感性相關(guān)SNP位點(diǎn)組合的方法和產(chǎn)品。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0007] 本發(fā)明的一個(gè)目的是提供一種用于檢測(cè)如下SNP位點(diǎn)：rsl0229583、rsl0811661、 rsl0886471、rsllll875、rsl2742393、rsl2779790、rsl3266634、rsl535500、rsl6856187、 rsl6861329、rsl801282、rs2237892、rs340874、rs3786897、rs4430796、rs5219、rs6017317、 rs6467136、rs6815464、rs7041847、rs7172432、rs7612463、rs7651090、rs7756992、 rs780094、rs7903146、rs8050136、rs831571、rs9470794、rs2268388、rs9565164、 rs4668142、rs2380261、rs39059、rsl7756941、rs245955、rs245962、rs266729、rs3811951、 rsl56019、rs6234、rs3856806、rsl0494366、rsll977021、rs2230806、rsll212617 和 rs622342的成套引物。
[0008] 本發(fā)明提供的用于檢測(cè)如下SNP位點(diǎn)：rsl0229583、rsl0811661、rsl0886471、 rsllll875、rsl2742393、rsl2779790、rsl3266634、rsl535500、rsl6856187、rsl6861329、 rsl801282、rs2237892、rs340874、rs3786897、rs4430796、rs5219、rs6017317、rs6467136、 rs6815464、rs7041847、rs7172432、rs7612463、rs7651090、rs7756992、rs780094、 rs7903146、rs8050136、rs831571、rs9470794、rs2268388、rs9565164、rs4668142、 rs2380261、rs39059、rsl7756941、rs245955、rs245962、rs266729、rs3811951、rsl56019、 rs6234、rs3856806、rsl0494366、rsll977021、rs2230806、rsll212617 和rs622342 的成套 引物由引物1)-引物47)組成；
[0009] 所述引物1)包括用于檢測(cè)rsl0229583的擴(kuò)增引物1);
[0010] 所述引物2)包括用于檢測(cè)rsl0811661的擴(kuò)增引物2);
[0011] 所述引物3)包括用于檢測(cè)rsl0886471的擴(kuò)增引物3);
[0012] 所述引物4)包括用于檢測(cè)rsllll875的擴(kuò)增引物4);
[0013] 所述引物5)包括用于檢測(cè)rs12742393的擴(kuò)增引物5);
[0014] 所述引物6)包括用于檢測(cè)rs12779790的擴(kuò)增引物6);
[0015] 所述引物7)包括用于檢測(cè)rs13266634的擴(kuò)增引物7);
[0016] 所述引物8)包括用于檢測(cè)rs1535500的擴(kuò)增引物8);
[0017] 所述引物9)包括用于檢測(cè)rsl6856187的擴(kuò)增引物9);
[0018] 所述引物10)包括用于檢測(cè)rsl6861329的擴(kuò)增引物10);
[0019] 所述引物11)包括用于檢測(cè)rsl801282的擴(kuò)增引物11);
[0020] 所述引物12)包括用于檢測(cè)rs2237892的擴(kuò)增引物12);
[0021] 所述引物13)包括用于檢測(cè)rs340874的擴(kuò)增引物13);
[0022] 所述引物14)包括用于檢測(cè)rs3786897的擴(kuò)增引物14);
[0023] 所述引物15)包括用于檢測(cè)rs4430796的擴(kuò)增引物15);
[0024] 所述引物16)包括用于檢測(cè)rs5219的擴(kuò)增引物16);
[0025] 所述引物17)包括用于檢測(cè)rs6017317的擴(kuò)增引物17);
[0026] 所述引物18)包括用于檢測(cè)rs6467136的擴(kuò)增引物18);
[0027] 所述引物19)包括用于檢測(cè)rs6815464的擴(kuò)增引物19);
[0028] 所述引物20)包括用于檢測(cè)rs7041847的擴(kuò)增引物20);
[0029] 所述引物21)包括用于檢測(cè)rs7172432的擴(kuò)增引物21);
[0030] 所述引物22)包括用于檢測(cè)rs7612463的擴(kuò)增引物22);
[0031] 所述引物23)包括用于檢測(cè)rs7651090的擴(kuò)增引物23);
[0032] 所述引物24)包括用于檢測(cè)rs7756992的擴(kuò)增引物24);
[0033] 所述引物25)包括用于檢測(cè)rs780094的擴(kuò)增引物25);
[0034] 所述引物26)包括用于檢測(cè)rs7903146的擴(kuò)增引物26);
[0035] 所述引物27)包括用于檢測(cè)rs8050136的擴(kuò)增引物27);
[0036] 所述引物28)包括用于檢測(cè)rs831571的擴(kuò)增引物28);
[0037] 所述引物29)包括用于檢測(cè)rs9470794的擴(kuò)增引物29);
[0038] 所述引物30)包括用于檢測(cè)rs2268388的擴(kuò)增引物30);
[0039] 所述引物31)包括用于檢測(cè)rs9565164的擴(kuò)增引物31);
[0040] 所述引物32)包括用于檢測(cè)rs4668142的擴(kuò)增引物32);
[0041] 所述引物33)包括用于檢測(cè)rs2380261的擴(kuò)增引物33);
[0042] 所述引物34)包括用于檢測(cè)rs39059的擴(kuò)增引物34);
[0043] 所述引物35)包括用于檢測(cè)rs17756941的擴(kuò)增引物35);
[0044] 所述引物36)包括用于檢測(cè)rs245955的擴(kuò)增引物36);
[0045] 所述引物37)包括用于檢測(cè)rs245962的擴(kuò)增引物37);
[0046] 所述引物38)包括用于檢測(cè)rs266729的擴(kuò)增引物38);
[0047] 所述引物39)包括用于檢測(cè)rs3811951的擴(kuò)增引物39);
[0048] 所述引物40)包括用于檢測(cè)rsl56019的擴(kuò)增引物40);
[0049] 所述引物41)包括用于檢測(cè)rs6234的擴(kuò)增引物41);
[0050] 所述引物42)包括用于檢測(cè)rs3856806的擴(kuò)增引物42);
[0051] 所述引物43)包括用于檢測(cè)rsl0494366的擴(kuò)增引物43);
[0052] 所述引物44)包括用于檢測(cè)rsll977021的擴(kuò)增引物44);
[0053] 所述引物45)包括用于檢測(cè)rs2230806的擴(kuò)增引物45);
[0054] 所述引物46)包括用于檢測(cè)rs11212617的擴(kuò)增引物46);
[0055] 所述引物47)包括用于檢測(cè)rs622342的擴(kuò)增引物47);
[0056] 所述用于檢測(cè)rsl0229583的擴(kuò)增引物1)由序列表中序列1所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列2所示的單鏈DNA分子組成；
[0057] 所述用于檢測(cè)rsl0811661的擴(kuò)增引物2)由序列表中序列3所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列4所示的單鏈DNA分子組成；
[0058] 所述用于檢測(cè)rsl0886471的擴(kuò)增引物3)由序列表中序列5所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列6所示的單鏈DNA分子組成；
[0059] 所述用于檢測(cè)rsllll875的擴(kuò)增引物4)由序列表中序列7所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列8所示的單鏈DNA分子組成；
[0060] 所述用于檢測(cè)rsl2742393的擴(kuò)增引物5)由序列表中序列9所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列10所示的單鏈DNA分子組成；
[0061] 所述用于檢測(cè)rsl2779790的擴(kuò)增引物6)由序列表中序列11所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列12所示的單鏈DNA分子組成；
[0062] 所述用于檢測(cè)rsl3266634的擴(kuò)增引物7)由序列表中序列13所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列14所示的單鏈DNA分子組成；
[0063] 所述用于檢測(cè)rsl535500的擴(kuò)增引物8)由序列表中序列15所示的單鏈DNA分子 和序列表中序列16所示的單鏈DNA分子組成；
[0064] 所述用于檢測(cè)rsl6856187的擴(kuò)增引物9)由序列表中序列17所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列18所示的單鏈DNA分子組成；
[0065] 所述用于檢測(cè)rsl6861329的擴(kuò)增引物10)由序列表中序列19所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列20所示的單鏈DNA分子組成；
[0066] 所述用于檢測(cè)rsl801282的擴(kuò)增引物11)由序列表中序列21所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列22所示的單鏈DNA分子組成；
[0067] 所述用于檢測(cè)rs2237892的擴(kuò)增引物12)由序列表中序列23所示的單鏈DNA分 子和序列表中序列24所示的單鏈DNA分子組成；
[0068] 所述用于檢測(cè)rs340874的擴(kuò)增引物13)