非侵入性胎兒性別確定的制作方法
【專(zhuān)利說(shuō)明】非侵入性胎兒性別確定
[0001] 相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0002] 本申請(qǐng)要求2013年3月8日提交的美國(guó)專(zhuān)利申請(qǐng)序列號(hào)13/790,642的權(quán)益并且 所述專(zhuān)利申請(qǐng)被轉(zhuǎn)讓給本發(fā)明的受讓人。 發(fā)明領(lǐng)域
[0003] 本發(fā)明涉及鑒于母體混合樣品中的胎兒貢獻(xiàn)百分比，通過(guò)檢測(cè)和確定來(lái)自Y染色 體的遺傳序列的相對(duì)貢獻(xiàn)，非侵入性確定胎兒性別或Y染色體頻率異常的方法。
[0004] 發(fā)明背景
[0005] 在以下討論中，為了背景和介紹的目的將描述某些文章和方法。本文包含的任何 事物都不被解釋為是對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的"承認(rèn)"。申請(qǐng)人明確地保留在適當(dāng)時(shí)表明本文提及的文 章和方法基于適用的法定條款不構(gòu)成現(xiàn)有技術(shù)的權(quán)利。
[0006] 遺傳異常造成大量病理學(xué)，包括由染色體非整倍性引起的綜合征（例如，唐氏綜 合征）和由導(dǎo)致單基因或多基因疾病或紊亂的種系突變引起那些綜合征。檢測(cè)總?cè)旧w異 常，諸如三體、易位和大的插入片段或缺失片段以及單基因性狀，諸如與Rh血型狀態(tài)、常染 色體顯性或X連鎖紊亂或常染色體隱性紊亂有關(guān)的單基因突變或多態(tài)性，在檢測(cè)可以影響 胎兒的真實(shí)和潛在病理學(xué)和紊亂方面是有用的。例如，染色體異常（諸如13、18和21三 體）、羅伯遜易位、和較大缺失片段（諸如在DiGeorge綜合征中22號(hào)染色體上發(fā)現(xiàn)的那些） 全部顯著地影響胎兒的健康。
[0007] 盡管常規(guī)的技術(shù)提供了用于這些不同遺傳異常的檢測(cè)方法，但是直到最近不 同遺傳異常要求不同技術(shù)來(lái)詢(xún)問(wèn)不同種類(lèi)的突變。例如，用于染色體非整倍性的產(chǎn)前 診斷測(cè)試的常規(guī)方法要求利用在11周和14周妊娠之間的絨毛膜絨毛取樣（CVS)或 在15周之后的羊膜穿刺術(shù)從子宮直接取出胎兒細(xì)胞的樣品用于遺傳分析。然而，這種 侵入性程序攜帶約百分之一的流產(chǎn)的風(fēng)險(xiǎn)（參見(jiàn)，Mujezinovic Gynecol. 110:687-694(2007))。胎兒細(xì)胞的其他分析通常包括核型分析或原位熒光雜交 (FISH)并且不提供關(guān)于單基因性狀的信息；因此，需要另外的用于識(shí)別單基因疾病和紊亂 的測(cè)試。
[0008] 非侵入性檢測(cè)在母體基因組中缺乏的父系遺傳的DNA序列，例如用于胎兒性別檢 測(cè)的Y染色體序列和用于血型基因分型的RHD基因，自20世紀(jì)90年代中期已經(jīng)是可能 的。然而，最近出現(xiàn)的單分子計(jì)數(shù)技術(shù)-諸如數(shù)字聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)以及特別地大規(guī)模平行 測(cè)序-已經(jīng)允許循環(huán)中的胎兒DNA用于非侵入性產(chǎn)前診斷胎兒染色體非整倍性和單基因疾 病，但用于測(cè)試的其他胎兒異常和/或質(zhì)量控制參數(shù)仍未解決。
[0009] 在本領(lǐng)域中存在對(duì)精確確定可能的樣品污染、胎兒性別和Y染色體頻率異常的需 求。本發(fā)明解決此需求。
[0010] 發(fā)明概述
[0011] 提供該概述來(lái)以簡(jiǎn)化的形式介紹選擇的在以下詳述中進(jìn)一步描述的概念。該概述 并非意圖標(biāo)識(shí)所要求保護(hù)的主題的關(guān)鍵或必要特征，也并非意圖用來(lái)限制所要求保護(hù)的主 題的范圍。根據(jù)以下書(shū)寫(xiě)的包括在所附的附圖中表明的和在所附的權(quán)利要求中限定的那些 方面的詳述，要求保護(hù)的主題的其他特征、細(xì)節(jié)、效用、和優(yōu)勢(shì)將是明顯的。
[0012] 在一個(gè)方面中，該方法利用多重?cái)U(kuò)增并檢測(cè)Y染色體和一個(gè)或更多個(gè)非Y染色體 上選擇的核酸區(qū)域以計(jì)算與母體混合樣品中胎兒核酸貢獻(xiàn)百分比有關(guān)的Y染色體的頻率。 利用如本文描述的分析方法確定感興趣的基因組區(qū)域（例如，Y染色體序列和來(lái)自一個(gè)或 更多個(gè)非Y染色體序列的序列）的選擇的核酸區(qū)域的相對(duì)量。這樣的方法被用于確定胎兒 的性別、可能的Y染色體非整倍性和雌雄間性鑲嵌現(xiàn)象以及用于評(píng)價(jià)母體混合樣品的污染 的可能性。
[0013] 因此，在一些實(shí)施方案中本發(fā)明提供了一種用于確定胎兒中Y染色體頻率異常的 風(fēng)險(xiǎn)的方法，所述方法包括以下步驟：獲得包含母體和胎兒核酸的母體樣品；將兩種固定 序列寡核苷酸的組退火至母體和胎兒核酸，所述兩種固定序列寡核苷酸對(duì)Y染色體上選擇 的核酸區(qū)域和至少一個(gè)非Y染色體上的多態(tài)性的和非多態(tài)性的選擇的核酸區(qū)域是特異性 的；選擇性擴(kuò)增來(lái)自Y染色體和至少一個(gè)非Y染色體的選擇的核酸區(qū)域以產(chǎn)生擴(kuò)增的選擇 的核酸區(qū)域；測(cè)序擴(kuò)增的選擇的核酸區(qū)域；定量測(cè)序的核酸區(qū)域；確定來(lái)自Y染色體和至少 一個(gè)非Y染色體的定量的核酸區(qū)域的頻率；通過(guò)考慮來(lái)自至少一個(gè)非Y染色體的定量的多 態(tài)性的選擇的核酸區(qū)域的頻率來(lái)確定母體樣品中胎兒核酸的百分比；和通過(guò)鑒于來(lái)自非Y 染色體的定量的核酸區(qū)域的頻率和母體樣品中胎兒核酸的百分比評(píng)價(jià)來(lái)自Y染色體的定 量的核酸區(qū)域的頻率，來(lái)確定胎兒是正常男性胎兒的概率和胎兒中Y染色體頻率異常的風(fēng) 險(xiǎn)。
[0014] 本發(fā)明的又另一實(shí)施方案提供了一種用于確定胎兒中Y染色體頻率異常的風(fēng)險(xiǎn) 的方法，所述方法包括以下步驟：獲得包含母體和胎兒核酸的至少五個(gè)母體樣品；將母體 樣品的每一個(gè)放置在單獨(dú)的反應(yīng)容器中；將兩種固定序列寡核苷酸的組退火至母體和胎兒 核酸，所述兩種固定序列寡核苷酸對(duì)Y染色體上選擇的核酸區(qū)域和至少兩個(gè)非Y染色體上 的多態(tài)性的和非多態(tài)性的選擇的核酸區(qū)域是特異性的，其中固定序列寡核苷酸的至少一種 包含樣品標(biāo)志；選擇性擴(kuò)增來(lái)自Y染色體和至少兩個(gè)非Y染色體的選擇的核酸區(qū)域以產(chǎn)生 擴(kuò)增的選擇的核酸區(qū)域；匯集至少五個(gè)母體樣品到單個(gè)反應(yīng)容器；測(cè)序擴(kuò)增的選擇的核酸 區(qū)域；使用在計(jì)算機(jī)上執(zhí)行的軟件，定量測(cè)序的核酸區(qū)域；使用在計(jì)算機(jī)上執(zhí)行的軟件，確 定來(lái)自Y染色體和至少兩個(gè)非Y染色體的定量的選擇的核酸區(qū)域的頻率；使用在計(jì)算機(jī)上 執(zhí)行的軟件，通過(guò)考慮來(lái)自至少兩個(gè)非Y染色體的定量的多態(tài)性的選擇的核酸區(qū)域的頻率 來(lái)確定母體樣品中胎兒核酸百分比；和使用在計(jì)算機(jī)上執(zhí)行的軟件，通過(guò)鑒于來(lái)自至少兩 個(gè)非Y染色體的定量的選擇的核酸區(qū)域和母體樣品中胎兒核酸的百分比評(píng)價(jià)來(lái)自Y染色體 的選擇的核酸區(qū)域的頻率，來(lái)確定胎兒是正常男性胎兒的概率和胎兒中Y染色體頻率異常 的風(fēng)險(xiǎn)。
[0015] 在一些方面，Y染色體頻率異常由胎兒的Y染色體非整倍性、Y染色體鑲嵌現(xiàn)象或 樣品污染引起。
[0016] 在這些實(shí)施方案的一些方面，來(lái)自Y染色體和至少一個(gè)非Y染色體的至少八個(gè)選 擇的核酸區(qū)域被擴(kuò)增，并且在一些方面，來(lái)自Y染色體和至少一個(gè)非Y染色體的至少四十八 個(gè)選擇的核酸區(qū)域或至少九十六個(gè)選擇的核酸區(qū)域被擴(kuò)增。在一些方面，在單獨(dú)的容器中 進(jìn)行選擇性擴(kuò)增步驟。
[0017] 在一些方面，選擇性擴(kuò)增、測(cè)序和定量來(lái)自至少兩個(gè)非Y染色體的選擇的核酸區(qū) 域，并且在一些方面，選擇性擴(kuò)增、測(cè)序和定量來(lái)自至少三、四、五、六個(gè)或更多個(gè)非Y染色 體的選擇的核酸區(qū)域。
[0018] 在一些方面，至少一個(gè)非Y染色體選自13號(hào)染色體、18號(hào)染色體或21號(hào)染色體。
[0019] 在這些實(shí)施方案的優(yōu)選方面，固定寡核苷酸的至少一種包含至少一種識(shí)別標(biāo)志 (identifying index)。在一些方面，至少一種標(biāo)志包括樣品標(biāo)志。在其他的方面，至少一 種標(biāo)志包括基因座標(biāo)志或等位基因標(biāo)志。
[0020] 在這種方法的一些方面，在選擇性擴(kuò)增步驟之前母體樣品在用于反應(yīng)的不同容器 中，并且在選擇性擴(kuò)增步驟之后母體樣品被匯集。在這樣的方面，固定寡核苷酸中的至少一 種包含至少一種識(shí)別標(biāo)志且至少一種識(shí)別標(biāo)志包括基因座標(biāo)志。在一些方面，基因座標(biāo)志 和樣品標(biāo)志位于組中相同的固定序列寡核苷酸上，并且在一些方面，基因座標(biāo)志和樣品標(biāo) 志位于組中不同的固定序列寡核苷酸上。
[0021] 在這些方法中的某些方面，確定來(lái)自Y染色體和至少一個(gè)非Y染色體的定量的核 酸區(qū)域的頻率的步驟通過(guò)與陣列雜交進(jìn)行。在其他的方法中，定量步驟使用下一代測(cè)序進(jìn) 行。
[0022] 在一些方面，選擇的核酸區(qū)域各自被計(jì)數(shù)平均至少五次、平均至少10次、20次、36 次、50次、100次、或250次或更多次。
[0023] 在一些方面，寡核苷酸引物的組還包括橋接寡核苷酸。
[0024] 這些和其他的方面、特征和優(yōu)勢(shì)將更詳細(xì)地提供，如本文描述的。
[0025] 附圖簡(jiǎn)述
[0026] 圖1是根據(jù)本發(fā)明的一種方法的簡(jiǎn)化流程圖。
[0027] 圖2闡明了用于檢測(cè)兩個(gè)或更多個(gè)選擇的核酸區(qū)域的多重測(cè)定系統(tǒng)。
[0028] 圖3闡明了用于檢測(cè)兩個(gè)或更多個(gè)選擇的核酸區(qū)域的可選的多重測(cè)定系統(tǒng)。
[0029] 圖4闡明了用于檢測(cè)兩個(gè)或更多個(gè)選擇的核酸區(qū)域的又另一個(gè)可選的多重測(cè)定 系統(tǒng)。
[0030] 圖5闡明了用于檢測(cè)兩個(gè)或更多個(gè)選擇的核酸區(qū)域的又另一個(gè)可選的多重測(cè)定 系統(tǒng)。
[0031] 圖6闡明了用于檢測(cè)選擇的核酸區(qū)域的又另一個(gè)可選的多重測(cè)定系統(tǒng)。
[0032] 圖7闡明了用于檢測(cè)選擇的核酸區(qū)域的又另一個(gè)可選的多重測(cè)定系統(tǒng)。
[0033] 發(fā)明詳述
[0034] 除非另有說(shuō)明，本文描述的方法可采用分子生物學(xué)（包括重組技術(shù)）、細(xì)胞生物 學(xué)、生物化學(xué)、以及微陣列和測(cè)序技術(shù)的常規(guī)技術(shù)和說(shuō)明，其在本領(lǐng)域熟練技術(shù)人員的能力 范圍內(nèi)。此類(lèi)常規(guī)技術(shù)包括聚合物陣列合成、寡核苷酸的雜交和連接、寡核苷酸的測(cè)序、和 使用標(biāo)記物檢測(cè)雜交?？赏ㄟ^(guò)參考本文的實(shí)例獲得合適的技術(shù)的具體說(shuō)明。但是，當(dāng)然也 可使用等價(jià)的常規(guī)程序。此類(lèi)常規(guī)技術(shù)和說(shuō)明可見(jiàn)于標(biāo)準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)，諸如Green等人， 編輯，Genome Analysis:A Laboratory Manual Series(第 I-IV卷）（1999) ;Weiner,等 人，編輯，Genetic Variation:A Laboratory Manual (2〇〇7) ;Dieffenbach，Dveksler,編 輯，PCR Primer:A Laboratory Manual (2〇〇3) ;Bowtell 和 Sambrook, DNA Microarrays:A Molecular Cloning Manual (2003) ；Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2004) ;Sambrook和 Russell, Condensed Protocols from Molecular Cloning: A Laboratory Manual(2006);和 Sambrook 和 Russell, Molecular Cloning:A Laboratory Manual (2002)(全部來(lái)自冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社）；Stryer, L. , Biochemistry (第4版·） ff. H.Freeman, New York(1995) ;Gait,"Oligonucleotide Synthesis : A Practical Approach^IRL Press, London(1984) ;Nelson 和 Cox,Lehninger,Principles of Biochemistry,第 3版，W.H. Freeman Pub. ,New York (2000);和Berg 等人，Biochemistry, 第5版，W.H.Freeman Pub. ,New York(2002)，所有這些出版物通過(guò)引用以其整體為了所有 目的被并入本文。在描述本發(fā)明的組合物、研究工具和方法之前，要理解本發(fā)明不局限于描 述的特定方法、組合物、目標(biāo)和用途，因?yàn)檫@些當(dāng)然可變化。還要理解，本文使用的術(shù)語(yǔ)只是 為了描述特定方面的目的，而不意圖限制本發(fā)明的范圍，本發(fā)明的范圍將僅由所附的權(quán)利 要求限制。
[0035] 應(yīng)注意，如本文以及在所附的權(quán)利要求中使用的，單數(shù)形式"一（a) "、"一（an) "和 "該（the)"包括復(fù)數(shù)所指對(duì)象，除非上下文另有明確規(guī)定。因此，例如，提及"一個(gè)核酸區(qū) 域"指一個(gè)、多于一個(gè)此類(lèi)區(qū)域、或其混合物，和提及"一種方法"包括提及本領(lǐng)域技術(shù)人員 已知的等價(jià)步驟和方法，等等。
[0036] 在提供值的范圍的情況下，要理解，在該范圍的上限和下限之間的每個(gè)介于中間 的值以及在該陳述的范圍中的任何其他陳述的值或介于中間的值被包括在本發(fā)明內(nèi)。在 陳述的范圍包括上限和下限的情況下，排除這些限值中的任一個(gè)的范圍也被包括在本發(fā)明 中。
[0037] 為了包括描述和公開(kāi)制劑和方法的目的所有目的，通過(guò)引用將本文提到的所有出 版物并入，其可與本文描述的發(fā)明關(guān)聯(lián)使用。
[0038] 在以下的描述中，列出了很多具體細(xì)節(jié)以提供本發(fā)明的更透徹的理解。然而，對(duì)本 領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)將清楚的是，本發(fā)明可以被實(shí)施而不需要這些具體細(xì)節(jié)中的一個(gè)或更多 個(gè)。在其他的情形中，為了避免模糊本發(fā)明，本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的特征和程序未被描述。
[0039] 定義
[0040] 本文使用的術(shù)語(yǔ)意圖具有如由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所理解的清楚且普通的意義。 除非特別指明，以下定義意圖幫助讀者理解本發(fā)明，但并非意圖改變或以其他方式限制此 類(lèi)術(shù)語(yǔ)的含義。
[0041] 術(shù)語(yǔ)"擴(kuò)增的核酸"是其量與其起始量相比已通過(guò)體外進(jìn)行的任何核酸擴(kuò)增或復(fù) 制方法增加了至少兩倍的任何核酸分子。
[0042] 術(shù)語(yǔ)"染色體異常"是指全部或部分染色體的任何遺傳變異。遺傳變異可以包括 但不局限于諸如加倍或缺失、易位、倒位、和突變的任何拷貝數(shù)變化。
[0043] 術(shù)語(yǔ)"染色體頻率異常"是指由，例如，非整倍性或部分非整倍性（染色體異常）、 或由胎兒或母體組織中的染色體鑲嵌現(xiàn)象、或由樣品污染所引起的樣品中異常的染色體頻 率。
[0044] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"診斷工具"是指，在例如為了對(duì)患者的樣品進(jìn)行診斷測(cè)試或測(cè) 定的系統(tǒng)中使用的本發(fā)明的任何組合物或方法。
[0045] 術(shù)語(yǔ)"雌雄間性鑲嵌現(xiàn)象"或"性染色體鑲嵌現(xiàn)象"或"性染色體鑲嵌"是指在一個(gè) 個(gè)體中存在具有不同性染色體基因型的兩種或更多種細(xì)胞群。當(dāng)個(gè)體中的一些細(xì)胞具有， 例如兩個(gè)X染色體（XX)并且該個(gè)體中的其他細(xì)胞具有一個(gè)X染色體和一個(gè)Y染色體（XY) 時(shí)；當(dāng)個(gè)體中的一些細(xì)胞具有一個(gè)X染色體（XO)并且該個(gè)體中的其他細(xì)胞具有一個(gè)X染 色體和一個(gè)Y染色體（XY)時(shí)；或當(dāng)個(gè)體中的一些細(xì)胞具有兩個(gè)X染色體和一個(gè)Y染色體 (XXY)并且該個(gè)體中的其他細(xì)胞具有一個(gè)X染色體和一個(gè)Y染色體（XY)時(shí)，雌雄間性鑲嵌 現(xiàn)象出現(xiàn)。
[0046] 術(shù)語(yǔ)"雜交"通常地意指互補(bǔ)的核酸鏈藉以發(fā)生配對(duì)的反應(yīng)。DNA通常地為雙鏈， 并且當(dāng)鏈被分開(kāi)時(shí)，它們?cè)谶m當(dāng)?shù)臈l件下將重新雜交。雜合體可在DNA-DNA、DNA-RNA或 RNA-RNA之間形成。它們可在短鏈和含有與該短鏈互補(bǔ)的區(qū)域的長(zhǎng)鏈之間形成。不完全雜 合體也可形成，但是它們?cè)讲煌耆鼈儗⒃讲环€(wěn)定（并且越不可能形成）。
[0047] 術(shù)語(yǔ)"似然"是指通過(guò)直接地計(jì)算似然得到的任何值或可以與似然相關(guān)或以其他 方式指示似然的任何值。
[0048] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"基因座（locus) "和"基因座（loci) "是指基因組中已知位置 的核酸區(qū)域。
[0049] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"母體樣品"是指取自妊娠女性的含有胎兒和母體兩者的核酸 (例如，DNA)的任何樣品。優(yōu)選地，在本發(fā)明中使用的母體樣品通過(guò)相對(duì)地非侵入性的手 段，例如靜脈切開(kāi)術(shù)或用于從受試者提取外周樣品的其他標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)獲得。
[0050] "微陣列"或"陣列"是指具有表面的固相支持物，所述表面優(yōu)選地但不排他地是 平面的或基本上平面的表面，其載有包含核酸的位點(diǎn)的陣列，使得陣列的每個(gè)位點(diǎn)包含基 本上相同或相同拷貝的寡核苷酸或多核苷酸的，并且被空間上限定且不與陣列的其他成員 位點(diǎn)重疊；即，位點(diǎn)是空間上離散的。陣列或微陣列還可包含具有表面的非平面的可詢(xún)問(wèn) 結(jié)構(gòu)，諸如珠或孔。陣列的寡核苷酸或多核苷酸可以共價(jià)地結(jié)合至固體支持物，或可以非共 價(jià)地結(jié)合。常規(guī)的微陣列技術(shù)被綜述在，例如，Schena,編輯，Microarrays:A Practical Approach, IRL Press, Oxford(2000)中。"陣列分析"、"通過(guò)陣列分析"或"通過(guò)微陣列分析" 是指利用微陣列的分析，諸如例如特定核酸的分離或一種或更多種生物分子的序列分析。
[0051] 當(dāng)關(guān)于檢測(cè)選擇的核酸區(qū)域使用時(shí)，"非多態(tài)性的"意指這樣的核酸區(qū)域的檢測(cè)： 所述核酸區(qū)域可以包含一種或更多種多態(tài)性，但是其中檢測(cè)不依賴(lài)于區(qū)域內(nèi)的特定多態(tài)性 的檢測(cè)。因此選擇的核酸區(qū)域可以包含多態(tài)性，但是利用本發(fā)明的方法檢測(cè)該區(qū)域是基于 該區(qū)域的存在而非在該區(qū)域中特定的多態(tài)性的存在或不存在。
[0052] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"寡核苷酸（oligonucleotides) "或"寡核苷酸（oligos) "是 指天然的或修飾的核酸單體的線(xiàn)性寡聚物，包括脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、其異頭形式 (anomeric form)、肽核酸單體（PNA)、鎖核苷酸單體（LNA)等，或其組合，其能通過(guò)單體與 單體相互作用的規(guī)則模式的方式與單鏈多核苷酸特異性地結(jié)合，所述單體與單體相互作用 諸如Watson-Cr ick類(lèi)型的堿基配對(duì)、堿基堆積、Hoogsteen或反Hoogsteen類(lèi)型的堿基配對(duì) 等。通常地單體通過(guò)磷酸二酯鍵或其類(lèi)似物連接以形成大小范圍從幾個(gè)單體單位例如8-12 個(gè)到幾十個(gè)單體單位例如100-200個(gè)或更多個(gè)的寡核苷酸。
[0053] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"聚合酶"是指利用另一條鏈作為模板將單個(gè)核苷酸連接在一 起形成長(zhǎng)鏈的酶。存在兩種常見(jiàn)類(lèi)型的聚合酶-合成DNA的DNA聚合酶和合成RNA的RNA 聚合酶。在這兩種類(lèi)型中，取決于什么類(lèi)型的核酸能起模板的作用以及形成什么類(lèi)型的核 酸，存在很多亞型的聚合酶。
[0054] 如本文使用的"聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)"或"PCR"是指用于體外復(fù)制靶DNA的特定片段、 甚至在過(guò)量的非特異性DNA的存在下體外復(fù)制靶DNA的特定片段的技術(shù)。引物被添加至靶 DNA，其中引物利用核苷酸和通常地Taq聚合酶等啟動(dòng)靶DNA的復(fù)制。通過(guò)循環(huán)溫度，靶DNA 被重復(fù)地變性和復(fù)制。單拷貝的靶DNA，即使是與其他隨機(jī)DNA混合，也能被擴(kuò)增以獲得數(shù) 十億的復(fù)制物。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)可被用來(lái)檢測(cè)和測(cè)量很小量的DNA，并被用來(lái)產(chǎn)生DNA的定 制片段。在一些情況中，線(xiàn)性擴(kuò)增方法可被用作PCR的可替代選擇。
[0055] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"多態(tài)性"是指可以指示該特定基因座的基因座中的任何遺傳 變化，包括但不局限于單核苷酸多態(tài)性（SNP)、甲基化差異、短串聯(lián)重復(fù)段（STR)等。
[0056] 通常地，"引物"是諸如在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的合成步驟中，或在某些測(cè)序反應(yīng)中使 用的引物延伸技術(shù)中被用來(lái)例如引發(fā)DNA延伸、連接和/或合成的寡核苷酸。引物也可以 在雜交技術(shù)中被用作提供核酸區(qū)域與捕獲寡核苷酸的互補(bǔ)性的方法，用于特定核酸區(qū)域的 檢測(cè)。
[0057] 如本文使用的術(shù)語(yǔ)"研究工