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      新穎的生物標(biāo)志物的制作方法_3

      文檔序號(hào):9692681閱讀:來(lái)源:國(guó)知局
      , 11.5, 12, 12.5, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100倍的差異或在其間的任何范圍倍數(shù)的差異。在一個(gè)實(shí)施方式中, 更高的水平為相對(duì)于參考樣本的介于1倍和75倍之間的差異,例如介于1.5倍和10倍之間的 差異,特別是介于1.5倍和5倍之間的差異。
      [0062] 在一個(gè)實(shí)施方式中,等同的水平是與來(lái)自不響應(yīng)干擾素療法的個(gè)體的樣本相比 較,在試驗(yàn)生物樣本中CD220的相同或相似的水平。
      [0063] 本文中提及生物標(biāo)志物的"相同的"水平表示在各樣本中測(cè)量的生物標(biāo)志物的水 平相同(即當(dāng)與所選的參考相比較時(shí))。本文中提及生物標(biāo)志物的"相似的"水平表示所述水 平不相同,但是它們之間的差異不是統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的(即所述水平具有可比較的量)。
      [0064] 在一個(gè)實(shí)施方式中,一種或更多種生物標(biāo)志物可被在生物路徑中的生物標(biāo)志物的 上游或下游發(fā)現(xiàn)的分子或所述分子的可測(cè)量的片段取代。
      [0065] 在一個(gè)實(shí)施方式中,所述方法另外包括使用統(tǒng)計(jì)算法來(lái)確定患者是否將響應(yīng)干擾 素療法的可能性。
      [0066] 將意識(shí)到本領(lǐng)域技術(shù)人員將能夠基于從應(yīng)答者和非應(yīng)答者獲得的血清CD220水平 來(lái)編寫(xiě)統(tǒng)計(jì)算法。例如,在本文描述的實(shí)施例中,通過(guò)使用從應(yīng)答者和非應(yīng)答者獲得的血清 樣本來(lái)生成統(tǒng)計(jì)算法,以建立基于CD220表達(dá)的閾值。使用兩個(gè)樣本組的中位數(shù)之間的中點(diǎn) 來(lái)確定閾值。
      [0067] 在一個(gè)實(shí)施方式中,使用陽(yáng)性預(yù)測(cè)值(PPV)的至少50%,例如至少55%、60%、65%、 70%、75%、80%或85%,特別至少90%,例如至少95%或99%來(lái)實(shí)施所述方法。
      [0068]本文公開(kāi)的發(fā)明已顯示使用90% PPV的顯著高的精確度來(lái)實(shí)行。本文中提及"陽(yáng)性 預(yù)測(cè)值"是本領(lǐng)域所熟知的術(shù)語(yǔ),并且指真陽(yáng)性的陽(yáng)性試驗(yàn)結(jié)果的比例。
      [0069] 本文使用的術(shù)語(yǔ)"檢測(cè)"表示確認(rèn)樣本中本發(fā)明的生物標(biāo)志物的存在。定量存在于 樣本中的生物標(biāo)志物的量可包括預(yù)測(cè)存在于樣本中的生物標(biāo)志物的濃度。檢測(cè)和/或定量 可直接在樣本上進(jìn)行,或間接在從其中的提取物上進(jìn)行,或在其稀釋物上進(jìn)行。
      [0070] 在本發(fā)明的替代的方面,本發(fā)明的生物標(biāo)志物的存在通過(guò)檢測(cè)和/或定量能夠特 異性結(jié)合該生物標(biāo)志物的抗體或其片段來(lái)評(píng)估,所述抗體或其片段通過(guò)對(duì)象的身體響應(yīng)生 物標(biāo)志物而生成,并因此存在于來(lái)自具有HBV的對(duì)象的生物樣本中。
      [0071] 可通過(guò)生物標(biāo)志物或其片段的檢測(cè)進(jìn)行本發(fā)明的生物標(biāo)志物的檢測(cè)和/或定量, 所述片段如具有C-末端截?cái)嗷蚓哂蠳-末端截?cái)嗟钠?。片段合適地為大于4個(gè)氨基酸的長(zhǎng) 度,例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19 或20 個(gè)氨基酸的長(zhǎng)度。
      [0072] 在一個(gè)實(shí)施方式中,通過(guò)測(cè)量各樣本中的生物標(biāo)志物的濃度進(jìn)行定量。
      [0073] 在一個(gè)實(shí)施方式中,使用免疫法進(jìn)行檢測(cè)和/或定量。
      [0074] 在一個(gè)實(shí)施方式中,使用生物傳感器或微量分析系統(tǒng)、微基因工程系統(tǒng)、微分離系 統(tǒng)或免疫色譜法系統(tǒng)進(jìn)行檢測(cè)和/或定量。
      [0075] 可通過(guò),例如SELDI或MALDI-T0F直接檢測(cè)本文描述的生物標(biāo)志物?;蛘?,可借助與 一種配體或多種配體的相互作用直接或間接地檢測(cè)生物標(biāo)志物,所述配體例如能夠特異性 結(jié)合該生物標(biāo)志物的抗體或其結(jié)合生物標(biāo)志物的片段,或其它的肽、或配體,如適配體,或 寡核苷酸。所述配體可具有可檢測(cè)的標(biāo)記,例如發(fā)光標(biāo)記、熒光標(biāo)記或放射性標(biāo)記和/或親 和標(biāo)記物。
      [0076] 例如,可通過(guò)選自以下的一種或更多種方法進(jìn)行檢測(cè)和/或定量:SELDI (-T0F)、 MALDI (-T0F)、基于凝膠的1-D分析、基于凝膠的2-D分析、質(zhì)譜法(MS)、反相(RP) LC、尺寸 滲透(凝膠過(guò)濾)、離子交換、親和、HPLC、UPLC和其它的LC或基于LC MS的技術(shù)。適當(dāng)?shù)腖C MS 技術(shù)包括ICAT? (Applied Biosystems,CA,USA),或iTRAQ? (Applied Biosystems, CA,USA)。也可使用液相色譜法(如高壓液相色譜法(HPLC)或低壓液相色譜法(LPLC))、薄 層色譜法、NMR (核磁共振)光譜法。
      [0077] 根據(jù)本發(fā)明的診斷和/或監(jiān)測(cè)方法可包括分析血漿、血清或全血樣本,其通過(guò)夾心 免疫測(cè)定來(lái)檢測(cè)本文描述的生物標(biāo)志物的存在或水平。這些方法也適合用于臨床篩選、預(yù) 后、監(jiān)測(cè)治療結(jié)果、鑒定最有可能響應(yīng)具體治療性治療的患者、用于藥物篩選和開(kāi)發(fā),和用 于藥物治療的新靶的鑒定。
      [0078] 可使用包括能夠特異性結(jié)合該生物標(biāo)志物的抗體或其片段的免疫法進(jìn)行檢測(cè)和/ 或定量本發(fā)明的生物標(biāo)志物。合適的免疫法包括夾心免疫測(cè)定,例如夾心ELISA,其中使用 識(shí)別生物標(biāo)志物上不同表位的兩種抗體進(jìn)行該生物標(biāo)志物的檢測(cè);放射免疫測(cè)定(RIA)、直 接、間接或?qū)Ρ让嘎?lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)、酶免疫測(cè)定(EIA)、熒光免疫測(cè)定(FIA)、蛋白質(zhì) 印跡法、免疫沉淀法和基于任何顆粒的免疫測(cè)定(如使用金顆粒、銀顆?;蛉槟z顆粒、磁性 顆粒或量子點(diǎn))??衫缭谖⒘康味ò寤驐l的形式中實(shí)施免疫法。
      [0079] 根據(jù)本發(fā)明的免疫法可基于,例如,以下方法中的任一種。
      [0080] 免疫沉淀法是最簡(jiǎn)單的免疫測(cè)定方法;這種方法測(cè)量沉淀物的量,在試劑抗體已 與樣本一起孵育并與其中存在的靶抗原反應(yīng)以形成不溶性團(tuán)聚體之后形成所述沉淀。免疫 沉淀反應(yīng)可以是定性的或是定量的。
      [0081] 在顆粒免疫測(cè)定中,多種抗體與該顆粒連接,且所述顆粒能夠同時(shí)結(jié)合很多抗原 分子。這大大地加速了可見(jiàn)反應(yīng)的速度。這允許生物標(biāo)志物的快速且靈敏的檢測(cè)。
      [0082] 在免疫比池法(immunonephelometry)中,抗體和生物標(biāo)志物上的革E1抗原的相互作 用引起免疫復(fù)合物的形成,所述免疫復(fù)合物太小而不能沉淀。但是,這些復(fù)合物將散射入射 光,這可使用比濁計(jì)來(lái)測(cè)量??稍诜磻?yīng)的幾分鐘之內(nèi)測(cè)定抗原(即生物標(biāo)志物)的濃度。
      [0083]放射免疫測(cè)定(RIA)法使用放射性同位素例如I125來(lái)標(biāo)記抗原或抗體。所使用的同 位素發(fā)射γ射線,通常在除去非結(jié)合的(游離的)放射性標(biāo)記之后測(cè)量所述射線。與其它的 免疫測(cè)定相比較,RIA的主要優(yōu)勢(shì)在于更高的靈敏度、容易的信號(hào)檢測(cè)和確認(rèn)的、快速的測(cè) 定。主要的劣勢(shì)在于由放射物的使用引起的健康和安全風(fēng)險(xiǎn)和與維護(hù)許可放射物安全和處 理程序相關(guān)的時(shí)間和費(fèi)用。出于該原因,在常規(guī)臨床實(shí)驗(yàn)室實(shí)踐中,RIA已很大程度上被酶 免疫測(cè)定所取代。
      [0084] 酶免疫測(cè)定(ΕΙΑ)發(fā)展為放射免疫測(cè)定(RIA)的替代物。這些方法使用酶來(lái)標(biāo)記抗 體或靶抗原。ΕΙΑ的靈敏度接近RIA的靈敏度,且不存在由放射性同位素引起的危險(xiǎn)。用于檢 測(cè)的最廣泛使用的ΕΙΑ方法之一是酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA) ALISA方法可使用兩種抗體, 其一對(duì)于靶抗原是特異性的,而另一與酶偶聯(lián),酶底物的添加引起化學(xué)發(fā)光信號(hào)或熒光信 號(hào)的產(chǎn)生。
      [0085] 熒光免疫測(cè)定(FIA)指使用熒光標(biāo)記或酶標(biāo)記的免疫測(cè)定,所述熒光標(biāo)記或酶標(biāo) 記作用在底物上以形成熒光產(chǎn)物。熒光測(cè)量固有地比比色(分光光度法的)測(cè)量更加靈敏。 因此,F(xiàn)IA方法具有比利用吸收(光密度)測(cè)量的EIA方法更高的分析靈敏度。
      [0086] 化學(xué)發(fā)光免疫測(cè)定使用化學(xué)發(fā)光標(biāo)記,當(dāng)其被化學(xué)能激發(fā)時(shí)產(chǎn)生光;使用光檢測(cè) 器測(cè)量發(fā)射。
      [0087 ]因此,可使用熟知的方法進(jìn)行根據(jù)本發(fā)明的免疫法。在本發(fā)明的生物標(biāo)志物的檢 測(cè)中可使用任何直接(如使用傳感器芯片)或間接的方法。
      [0088] 生物素-抗生物素蛋白或生物素-鏈酶親和素系統(tǒng)是可適應(yīng)用于本發(fā)明的免疫法 中的通用標(biāo)記系統(tǒng)。使用生物素標(biāo)記一個(gè)結(jié)合伴侶(binding partner)(半抗原、抗原、配 體、適配體、抗體、酶等),并使用抗生物素蛋白或鏈酶親和素標(biāo)記另一伴侶(表面,如孔、珠、 傳感器等)。這是用于免疫測(cè)定、基因探針測(cè)定和(生物)傳感器的常規(guī)技術(shù),但是,其為間接 固定途徑而非直接固定途徑。例如,本發(fā)明的生物標(biāo)志物的特異性的生物素化配體(如抗體 或適配體)可固定在抗生物素蛋白或鏈酶親和素表面上,該固定配體可隨后暴露于含有生 物標(biāo)志物或懷疑含有生物標(biāo)志物的樣本以檢測(cè)和/或定量本發(fā)明的生物標(biāo)志物。隨后可通 過(guò)如本文描述的免疫法來(lái)進(jìn)行該固定抗原的檢測(cè)和/或定量。
      [0089] 本文使用的術(shù)語(yǔ)"抗體"包括但不限于:多克隆抗體、單克隆抗體、雙特定異性抗 體、人源化抗體或嵌合抗體、單鏈抗體、片段(例如FAb、F(Ab')2、Fv、二硫鍵Fv(disulphide linked Fv)、scFv、雙抗體)、由Fab表達(dá)文庫(kù)產(chǎn)生的片段、抗獨(dú)特型(抗-Id)抗體和以上任何 一者的表位結(jié)合的片段。本文使用的術(shù)語(yǔ)"抗體"還指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的 免疫活性部分,即含有特異性結(jié)合抗原的抗體結(jié)合部位的分子。本發(fā)明的免疫球蛋白分子 可以是免疫球蛋白分子的任何分類(如IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亞分類。
      [0090] 在一個(gè)實(shí)施方式中,單克隆抗體或工程改造抗體,包括對(duì)抗sCD生成的噬菌體抗體 或它們的膜結(jié)合形式用于它們的檢測(cè)。但是,原則上也使用非蛋白試劑來(lái)檢測(cè)sCD。類似地, 檢測(cè)分子可包含被合并入另一分子的支架或工程改造支架中的抗體結(jié)合部位片段。商業(yè)上 可利用的用于測(cè)量CD水平的試劑盒包括來(lái)自Diaclone 1,Bd A Fleming BP 1985 F-25020 Besancon Cedex-法國(guó)和Medsystems Diagnostics GmbH, Rennweg 95b, A-1030 奧地利,維也納的那些。
      [0091] 用于測(cè)量sCD的合適的技術(shù)包括但不限于免疫測(cè)定,包括使用商業(yè)上可獲得的試 劑盒(例如上述那些)的ELISA、流式細(xì)胞術(shù),特別是如本文描述的多重顆粒流式細(xì)胞術(shù) (multiplexed particle flow cytometry)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將知曉用于測(cè)量來(lái)自個(gè)體的 樣本中的CD水平的其它合適的技術(shù),包括抗體'芯片'陣列型技術(shù)或使用非典型抗體結(jié)合部 位接枝的分子的芯片技術(shù)。
      [0092] 在一個(gè)具體的實(shí)施方式中,測(cè)量sCD的方法包括如上文定義、具有本文所述的改變 的MSD?測(cè)定。
      [0093] 包括一種或更多種本發(fā)明的生物標(biāo)志物的檢測(cè)和/或定量的方法可在臺(tái)式儀器上 進(jìn)行,或可合并在一
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