稻米直鏈淀粉含量微控基因ssiii-1分子標(biāo)記及應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于農(nóng)業(yè)生物技術(shù)工程，特別設(shè)及與稻米直鏈淀粉含量調(diào)控基因 SSIII-1 有關(guān)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)一直是水稻育種長(zhǎng)期追求的目標(biāo)。經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期的努力，尤其是雜交稻技術(shù) 的利用，我國(guó)在水稻生產(chǎn)上取得了舉世公認(rèn)的成就。但是由于過(guò)去一直把如何解決人們的 溫飽問(wèn)題放在第一位，故而水稻育種工作的重點(diǎn)大部分集中于水稻高產(chǎn)新品種的培育，從 而導(dǎo)致優(yōu)質(zhì)稻米的育種嚴(yán)重滯后，特別是一些高產(chǎn)的雜交稻品質(zhì)普遍偏差。
[0003] 導(dǎo)致稻米品質(zhì)改良進(jìn)展較慢的另一個(gè)主要原因是稻米品質(zhì)遺傳的復(fù)雜性和傳統(tǒng) 育種手段的局限性。稻米的品質(zhì)性狀包括外觀(guān)品質(zhì)、加工品質(zhì)、蒸煮品質(zhì)、營(yíng)養(yǎng)品質(zhì)和食味 品質(zhì)等諸多方面，而稻米蒸煮品質(zhì)是評(píng)價(jià)稻米品質(zhì)的最重要指標(biāo)。蒸煮品質(zhì)是指稻米在蒸 煮過(guò)程中所表現(xiàn)出來(lái)的特性，主要由直鏈淀粉含量(^ylose咚ntent，AC)、膠稠度吃el 皆nsistency，GC)、糊化溫度吃elatinization2emperature,GT)Ξ個(gè)理化指標(biāo)來(lái)評(píng)價(jià)，其 ^AC是影響稻米品質(zhì)最主要的~理化指標(biāo)。育種學(xué)k和遺傳學(xué)家做了大量的工作W探尋稻米 AC的遺傳學(xué)基礎(chǔ)，然而不同實(shí)驗(yàn)室的結(jié)果有著較大的差別。早期的研究表明稻米AC是由一 個(gè)主效基因控制，并受到其他微效QTL的調(diào)控[1，2]。隨后的研究發(fā)現(xiàn)Waxy(Wx)對(duì)于稻米AC 的多少具有決定性的作用，可能就是控制AC的主效基因[3-5]。除在第6染體上檢測(cè)到1個(gè)主 效QTL外，不同研究檢測(cè)到的微效QTL數(shù)目及位置很不一致。例如，Tan等在第1、2染色體上檢 測(cè)到了兩個(gè)微效QTLs[6]，化等在第5染色體檢測(cè)到了一個(gè)微效QTL[6]，Aluko等在第3和8染 色體上分別檢測(cè)到了微效QTLs[7]。黃祖六等研究發(fā)現(xiàn)除了第6染色體的Wx基因位點(diǎn)外，在 第3染色體也檢測(cè)到一個(gè)控制稻米AC的主效QTL另外5個(gè)微效QTLs分別位于第4、4、6、9、11 染色體的不同座位上[引。其他實(shí)驗(yàn)室在第4、6、7染色體也檢測(cè)到了控制AC的QTLs[9]。吳長(zhǎng) 明等在第6染色體上并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)與AC有關(guān)的QTL位點(diǎn)，只是在第1，7,8,9，12染色體上發(fā)現(xiàn)5 個(gè)QTL位點(diǎn)[10]。
[0004] 導(dǎo)致稻米品質(zhì)改良進(jìn)展較慢的另一個(gè)主要原因是在傳統(tǒng)育種手段的局限性。傳統(tǒng) 育種方法主要是對(duì)有利目標(biāo)性狀進(jìn)行定向選擇和固定，培育出優(yōu)良新品種，運(yùn)具有很大的 盲目性和不可預(yù)測(cè)性[11]。并且，個(gè)體選擇的方法是對(duì)符合育種目標(biāo)的農(nóng)藝性狀進(jìn)行直接 選擇，即選擇的是個(gè)體表現(xiàn)型而不是基因型。由于基因間存在一因多效、多因一效、調(diào)控基 因 W及修飾基因等的作用，個(gè)體的表現(xiàn)型與基因型往往存在較大差異，因而通過(guò)田間表型 性狀進(jìn)行個(gè)體選擇的準(zhǔn)確性較差。分子標(biāo)記輔助選擇(崎'4日1-333131日(1卻1日(31:;[0]1，]/[八5) 技術(shù)給水稻育種提供了新的途徑，與傳統(tǒng)育種技術(shù)相?合可大i提高育#效率，縮短育種 周期。MAS的核屯、是把常規(guī)育種中的表型選擇轉(zhuǎn)化為基因型選擇，它直接反映了 DNA的序列 差異，不受基因表達(dá)的影響，結(jié)果可靠性強(qiáng)，并且不受植物的生長(zhǎng)發(fā)育階段及環(huán)境條件的影 響[12]。
[0005] 上文中設(shè)及的參考文獻(xiàn)如下：
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[0018] 另，專(zhuān)利號(hào)201310586095.5的發(fā)明《稻米直鏈淀粉含量微控基因 GBSSII分子標(biāo)記 及應(yīng)用》、201310585846.1的發(fā)明《稻米直鏈淀粉含量微控基因 SSIVb的分子標(biāo)記及應(yīng)用》、 201310581339.ο的發(fā)明《稻米直鏈淀粉含量微控基因 AGPS2a分子標(biāo)記及應(yīng)用》給出了一些 與稻米淀粉合成基因有關(guān)的分子標(biāo)記，上述標(biāo)記為GBSSII-m、SSIVb-m及AGPS2a-m，運(yùn)些標(biāo) 記均為微效基因，實(shí)際中發(fā)現(xiàn)，微效基因聚合越多，選擇精度就會(huì)越高，所W開(kāi)發(fā)更多的直 鏈淀粉含量微效基因或者貢獻(xiàn)率更大的基因，顯得尤為重要。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0019] 本發(fā)明要解決的技術(shù)問(wèn)題是提供一種與稻米淀粉合成基因 SSIII-1有關(guān)的分子標(biāo) 記及其用途，本發(fā)明所得的分子標(biāo)記SSIII-1-m為稻米直鏈淀粉含量微控基因 SSIII-1的基 因標(biāo)記，用于水稻稻米直鏈淀粉含量鑒定和/或其后代輔助選擇育種。
[0020] 為了解決上述技術(shù)問(wèn)題，本發(fā)明提供一種與稻米直鏈淀粉含量微控基因 SSIII-1 的基因標(biāo)記，W水稻作為物種，該分子標(biāo)記引物選自下列引物對(duì)，其中的核巧酸序列為5/^ 3'，
[0021] SSIII-1-m 正向：AAGAAGGGAAGGGAGTCAGC
[0022] 反向：GCCATCTCCATTGCCAGC。
[0023] 本發(fā)明還同時(shí)提供了上述分子標(biāo)記的用途：用于水稻稻米直鏈淀粉含量鑒定和/ 或其后代輔助選擇育種。
[0024] 作為本發(fā)明的分子標(biāo)記SSIII-1-m的用途的改進(jìn)：當(dāng)為日本晴(梗稻)和釉稻(例如 為特青、93-11)的后代時(shí)，選擇后代中帶型與日本晴帶型一致的單株用于育種。
[0025] 備注說(shuō)明：
[0026] 引物SSIII-1-m PCR擴(kuò)增所得的分子標(biāo)記SSIII-1-m在日本晴中的序列為： AAGAAGGGAAGGGAGTCAGCTCTGAGGAGGGAGAGGGAGAGGGAGGGAGGAGGAGG GGATCAGGGGGAGAGGAGGGAGGTTTTGGCGCTGGCAATGGAGATGGC;