一種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及牛生物芯片領(lǐng)域，具體涉及一種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片。
【背景技術(shù)】
[0002]基因芯片的測(cè)序原理是雜交測(cè)序方法，即通過(guò)與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行核酸序列測(cè)定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當(dāng)溶液中帶有熒光標(biāo)記的核酸序列，與基因芯片上對(duì)應(yīng)位置的核酸探針產(chǎn)生互補(bǔ)匹配時(shí)，通過(guò)確定熒光強(qiáng)度最強(qiáng)的探針位置，獲得一組序列完全互補(bǔ)的探針序列，據(jù)此可重組出靶核酸的序列?，F(xiàn)有牛的生物芯片有3K，50K和770K商業(yè)生物芯片，這些芯片中的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)都是均勻分部在染色體上。3Κ芯片計(jì)算個(gè)體育種值的準(zhǔn)確性較低，因此，奶牛一般用50Κ芯片進(jìn)行遺傳評(píng)估，而對(duì)于育種歷程較短的肉牛，一般選用770Κ芯片進(jìn)行基因組選擇。相對(duì)于高密度的770Κ芯片，大部分無(wú)效應(yīng)的位點(diǎn)，對(duì)于育種值的計(jì)算貢獻(xiàn)率很低。為節(jié)約成本，同時(shí)推動(dòng)我國(guó)基因組選擇快速應(yīng)用于肉牛遺傳評(píng)估，還能夠準(zhǔn)確地估計(jì)出個(gè)體的基因組育種值，設(shè)計(jì)出一種專門針對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育性狀的16Κ小芯片成為加快我國(guó)肉牛育種歷程的一個(gè)迫在眉睫的技術(shù)難題。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0003]為了解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題，本發(fā)明提供一種智能配對(duì)基因序列生成的針對(duì)生長(zhǎng)發(fā)育性狀的肉牛遺傳評(píng)估小芯片。
[0004]本發(fā)明通過(guò)以下技術(shù)方案來(lái)實(shí)現(xiàn)上述目的:
[0005]—種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片，包括Illumina770k SNP芯片、基因識(shí)別體、核酸探針膜、探針移動(dòng)軌道，3個(gè)為一組的所述Illumina770k SNP芯片的前方依次是宰前活重優(yōu)良基因、胴體重優(yōu)良基因、育肥期日增重優(yōu)良基因，9個(gè)所述Illumina770k SNP芯片下方分別是均勻抽取的增重優(yōu)良基因芯片、大效應(yīng)值的增重優(yōu)良基因芯片、P值大的增重優(yōu)良基因芯片，和均勻抽取的胴體重優(yōu)良基因芯片、大效應(yīng)值的胴體重優(yōu)良基因芯片、P值大的胴體重優(yōu)良基因芯片，以及均勻抽取的宰前活重優(yōu)良基因芯片、大效應(yīng)值的宰前活重優(yōu)良基因芯片、P值大的宰前活重優(yōu)良基因芯片，綜上所述生成的基因芯片中央是所述核酸探針膜，所述核酸探針膜之間是所述探針移動(dòng)軌道，所述核酸探針膜周圍是所述基因識(shí)別體，所述基因識(shí)別體下方是載片。
[0006]其中，所述宰前活重優(yōu)良基因、所述胴體重優(yōu)良基因、所述育肥期日增重優(yōu)良基因依次與所述Illumina770k SNP芯片相接觸并且識(shí)別。
[0007]其中，所述宰前活重優(yōu)良基因、所述胴體重優(yōu)良基因、所述育肥期日增重通過(guò)所述Illumina770k SNP芯片利用均勻抽取得出均勻抽取的增重優(yōu)良基因芯片、所述均勻抽取的胴體重優(yōu)良基因芯片、所述均勻抽取的宰前活重優(yōu)良基因芯片。
[0008]其中，所述宰前活重優(yōu)良基因、所述胴體重優(yōu)良基因、所述育肥期日增重通過(guò)所述Illumina770k SNP芯片基于BayesB方法所得所述大效應(yīng)值的增重優(yōu)良基因芯片、所述大效應(yīng)值的胴體重優(yōu)良基因芯片、所述大效應(yīng)值的宰前活重優(yōu)良基因芯片。
[0009]其中，所述宰前活重優(yōu)良基因、所述胴體重優(yōu)良基因、所述育肥期日增重通過(guò)所述Illumina770k SNP芯片基于GWAS所得P值大小得出所述P值大的增重優(yōu)良基因芯片、所述P值大的胴體重優(yōu)良基因芯片、所述P值大的宰前活重優(yōu)良基因芯片。
[0010]其中，所述載片與所述基因識(shí)別體剛性連接，所述核酸探針膜與所述探針移動(dòng)軌道密封連接。
[0011]本發(fā)明的有益效果在于:利用小芯片，大大降低了用于肉牛遺傳評(píng)估中利用高密度生物芯片獲得基因型的成本，同時(shí)計(jì)算個(gè)體的基因組育種值能夠達(dá)到一定的準(zhǔn)確性，實(shí)現(xiàn)了一片多用，加速我國(guó)肉牛遺傳評(píng)估進(jìn)展。
【附圖說(shuō)明】
[0012]下面結(jié)合附圖和實(shí)施例對(duì)本發(fā)明進(jìn)一步說(shuō)明。
[0013]圖1是本發(fā)明所述一種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片的制造流程圖；
[0014]圖2是本發(fā)明所述一種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片的主視圖。
【具體實(shí)施方式】
[0015]如圖1-圖2所示，一種智能配對(duì)基因序列生成的肉牛遺傳評(píng)估小芯片，包括Illumina770k SNP芯片4、基因識(shí)別體15、核酸探針膜16、探針移動(dòng)軌道17，3個(gè)為一組的所述Illumina770k SNP芯片4的前方依次是宰前活重優(yōu)良基因1、胴體重優(yōu)良基因2、育肥期日增重優(yōu)良基因3，9個(gè)所述111111^11&77(^ SNP芯片4下方分別是均勻抽取的增重優(yōu)良基因芯片5、大效應(yīng)值的增重優(yōu)良基因芯片6、P值大的增重優(yōu)良基因芯片7、和均勻抽取的胴體重優(yōu)良基因芯片8、大效應(yīng)值的胴體重優(yōu)良基因芯片9、P值大的胴體重優(yōu)良基因芯片10，以及均勻抽取的宰前活重優(yōu)良基因芯片11、大效應(yīng)值的宰前活重優(yōu)良基因芯片12、P值大的宰前活重優(yōu)良基因芯片13，綜上所述生成的基因芯片中央是所述核酸探針膜16，所述核酸探針膜16之間是所述探針移動(dòng)軌道17，所述核酸探針膜16周圍是所述基因識(shí)別體15，所述基因識(shí)別體15下方是載片14。
[0016]在本實(shí)施例中，所述宰前活重優(yōu)良基因1、所述胴體重優(yōu)良基因2、所述育肥期日增重優(yōu)良基因3依次與所述Illumina770k SNP芯片4相接觸并且識(shí)別，繼而能夠得出具有相應(yīng)優(yōu)良性狀的所述Illumina770k SNP芯片4。
[0017]在本實(shí)施例中，所述宰前活重優(yōu)良基因1、所述胴體重優(yōu)良基因2、所述育肥期日增重通過(guò)所述Illumina770k SNP芯片4利用均勻抽取得出均勻抽取的增重優(yōu)良基因芯片5所述均勻抽取的胴體重優(yōu)良基因芯片8、所述均勻抽取的宰前活重優(yōu)良基因芯片11，用以與肉?；蚱坞s交，獲得相應(yīng)的SNP位點(diǎn)。
[0018]在本實(shí)施例中，所述宰前活重優(yōu)良基因1、所述胴體重優(yōu)良基因2、所述育肥期日增重通過(guò)所述Illumina770k SNP芯片4基于BayesB所得效應(yīng)值大小得出所述大效應(yīng)值的增重優(yōu)良基因芯片6、所述大效應(yīng)值的胴體重優(yōu)良基因芯片9、所述