需要pd-l1抑制劑綜合療法的患者的鑒定的制作方法
【專利說明】需要PD-L1抑制劑綜合療法的患者的鑒定
[0001] 本發(fā)明涉及用于確定患者是否需要ro-Ll抑制劑綜合療法（cotherapy)的手段和 方法。若在來自患者的樣品中體外測量到低的或缺失的ER表達(dá)水平和與對照相比升高的 程序性死亡配體i(ro-Li)表達(dá)水平，則該患者確定為需要ro-Li抑制劑綜合療法。該患者 正在經(jīng)歷包含HER2/neu(ErbB2)信號(hào)傳導(dǎo)途徑調(diào)控劑（如曲妥單抗（Tratuzumab))和化療 劑（如多西他賽（dodetaxel))的療法，或者對該患者涵蓋此類療法。本文中還提供了用于 治療癌癥患者中的癌癥的手段和方法，對于該癌癥患者涵蓋包含HER2/neu(ErbB2)信號(hào)傳 導(dǎo)途徑調(diào)控劑（如曲妥單抗）和化療劑（如多西他賽）的療法，其中該患者要接受ro-Li 抑制劑綜合療法。
[0002] 受體酪氨酸激酶的HER家族是細(xì)胞生長、分化和存活的重要介導(dǎo)物。該受體家 族包括四名獨(dú)特成員，包括表皮生長因子受體（EGFR、ErbBl、或HER1)、HER2(ErbB2或 pl85neu)、HER3 (ErbB3)和HER4 (ErbB4 或tyro2)。
[0003] 已經(jīng)將由erbBl基因編碼的EGFR與人惡性在因果上聯(lián)系起來。特別地，已經(jīng) 在乳腺、膀胱、肺、頭、頸和胃癌及成膠質(zhì)細(xì)胞瘤中觀察到升高的EGFR表達(dá)。升高的EGFR 受體表達(dá)經(jīng)常與相同腫瘤細(xì)胞的EGFR配體（即轉(zhuǎn)化生長因子a(TGF-a))的生成增 加有關(guān)，導(dǎo)致由自分泌刺激途徑實(shí)現(xiàn)的受體活化。Baselga和Mendelsohn,Pharmac. Ther. 64:127-154(1994)。已經(jīng)將針對EGFR或其配體TGF-a和EGF的單克隆抗體作為治 療此類惡性中的治療劑評(píng)估。見例如Baselga和Mendelsohn，見上文；Masui等，Cancer Research44:1002-1007 (1984);及Wu等，J.Clin.Invest. 95:1897-1905 (1995) 〇
[0004]HER家族的第二名成員Pl85neu最初是作為來自化學(xué)處理大鼠的成神經(jīng)細(xì)胞瘤 的轉(zhuǎn)化基因的產(chǎn)物鑒定的。neu原癌基因的活化形式源自所編碼蛋白質(zhì)的跨膜區(qū)中的 點(diǎn)突變（纈氨酸至谷氨酸）。在乳腺和卵巢癌中觀察到neu的人同源物的擴(kuò)增，并且將 其與不良預(yù)后聯(lián)系起來（Slamon等，Science235:177-182 (1987);Slamon等，Science 244:707-712(1989);及美國專利No. 4, 968, 603)。至今，對人腫瘤尚未報(bào)告與neu原癌 基因中的點(diǎn)突變類似的點(diǎn)突變。還已經(jīng)在其它癌瘤（包括胃、子宮內(nèi)膜、唾液腺、肺、腎、 結(jié)腸、甲狀腺、胰腺和膀胱癌）中觀察到J1ER2過表達(dá)（經(jīng)常但不一律由基因擴(kuò)增所致）。 見King等，Science229:974(1985);Yokota等，Lancet1:765-767(1986);Fukushige 等，MolCellBiol.6:955-958(1986);Guerin等，OncogeneRes. 3:21-31 (1988); Cohen等，Oncogene4:81-88(1989);Yonemura等，CancerRes.51:1034(1991);Borst 等，Gynecol.Oncol. 38:364 (1990);Weiner等，CancerRes. 50:421-425 (1990);Kern 等，CancerRes.50:5184(1990);Park等，CancerRes.49:6605(1989);Zhau等，Mol. Carcinog. 3:254-257 (1990);Aasland等，Br.J.Cancer57:358-363(1988);Williams 等，Pathobiology59:46-52(1991);及McCann等，Cancer65:88-92(1990);等等。 HER2 可以在前列腺癌中過表達(dá)（Gu等，CancerLett. 99:185-9 (1996);Ross等，Hum. Pathol. 28:827-33(1997);Ross等，Cancer79:2162-70(1997);及Sadasivan等，丄 Urol.150:126-31(1993))。
[0005] 已經(jīng)描述了針對大鼠pl85neu和人HER2蛋白質(zhì)產(chǎn)物的抗體。Drebin及同事已經(jīng) 生成針對大鼠neu基因產(chǎn)物pl85neu的抗體。見例如Drebin等，Cell41:695-706(1985);Myers等，Meth.Enzym. 198:277-290(1991);及W094/22478。Drebin等，Oncogene 2:273-277(1988)報(bào)告了與pl85neu的兩個(gè)獨(dú)特區(qū)域有反應(yīng)性的抗體的混合物導(dǎo)致對植入 裸鼠中的neu轉(zhuǎn)化NIH-3T3細(xì)胞的協(xié)同抗腫瘤效果。還可見1998年10月20日公告的美 國專利No. 5, 824, 311。
[0006]肋(^丨31^等，]\1〇1.〇611.81〇1.9(3):1165-1172(1989)描述了使用人乳腺腫瘤細(xì) 胞系SK-BR-3表征的一組HER2抗體的生成。在72小時(shí)后通過單層的結(jié)晶紫染色測定 暴露于抗體后SK-BR-3細(xì)胞的相對細(xì)胞增殖。使用此測定法，用稱作4D5的抗體獲得最 大抑制，該抗體將細(xì)胞增殖抑制56%。該組中的其它抗體在此測定法中以更小的程度降 低細(xì)胞增殖。進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)了抗體4D5使HER2過表達(dá)乳腺腫瘤細(xì)胞系對TNF-a的細(xì)胞 毒性效應(yīng)敏感。還可見1997年10月14日公告的美國專利No. 5, 677, 171。Hudziak等 中討論的HER2 抗體在Fendly等，CancerResearch50:1550-1558 (1990);Kotts等，In Vitr〇26(3):59A(l99〇);Sarup等，GrowthRegulation1:72_82(1"1);Shepard等，J. Clin.Immunol. 11 (3): 117-127 (1991);Kumar等，Mol.Cell.Biol. 11 (2) :979-986 (1991); Lewis等,CancerImmunol.Immunother. 37:255-263(1993)；Pietras等,Oncogene 9:1829-1838(1994);Vitetta等，CancerResearch54:5301-5309(1994); Sliwkowski等，J.Biol.Chem. 269 (20): 14661-14665 (1994);Scott等，了.81〇1. Chem. 266:14300-5 (1991) ;D'souza等，Proc.Natl.Acad.Sci. 91:7202-7206 (1994); Lewis等,CancerResearch56:1457-1465 (1996)； 及Schaefer等,Oncogene 15:1385-1394(1997)中進(jìn)一步表征。
[0007] 鼠HER2抗體4D5的一種重組人源化型式（huMAb4D5-8、rhuMAbHER2、曲妥 單抗或赫賽汀? (Here印tin);美國專利No. 5, 821，337)在已經(jīng)接受廣泛在先抗癌 療法的具有HER2過表達(dá)轉(zhuǎn)移性乳腺癌的患者中有臨床活性（Baselga等，J.Clin. Oncol. 14:737-744(1996))。曲妥單抗在1998年9月25日自食品藥品管理局收到銷售批 準(zhǔn)，用于治療其腫瘤過表達(dá)HER2蛋白質(zhì)的具有轉(zhuǎn)移性乳腺癌的患者。
[0008]人源化抗ErbB2 抗體包括huMAb4D5-l、huMAb4D5-2、huMAb4D5-3、huMAb4D5-4、 huMAb4D5-5、huMAb4D5-6、huMAb4D5-7 和huMAb4D5-8 (赫賽汀? )，如美國專利 5, 821，337 (通過提及將其明確收入本文）的表3中描述的；人源化520C9 (W0 93/21319)和人源化2C4 抗體，如W0 01/000245 (通過提及將其明確收入本文）中描述的。
[0009] 帕妥珠單抗（Pertuzumab)(見例如W0 01/000245)是稱為HER二聚化抑制劑 (HDI)的一類新藥劑中的第一種。帕妥珠單抗在HER2的二聚化域處結(jié)合HER2,由此抑制其 形成活性二聚體受體復(fù)合物的能力，并且如此阻斷最終導(dǎo)致細(xì)胞生長和分裂的下游信號(hào)級(jí) 聯(lián)（見Franklin,M.C.,CancerCell5:317-328(2004))。帕妥珠單抗是一種針對HER2 的胞 外域的完全人源化重組單克隆抗體。帕妥珠單抗對人上皮細(xì)胞上的J1ER2的結(jié)合阻止HER2 與HER家族的其它成員（包括EGFR、HER3、HER4)形成復(fù)合物以及可能還阻止HER2同二聚 化。通過阻斷復(fù)合物形成，帕妥珠單抗阻止由HERUHER3和HER4的配體（例如EGF、TGFa、 雙調(diào)蛋白、和調(diào)蛋白）激活的生長刺激效應(yīng)和細(xì)胞存活信號(hào)。帕妥珠單抗的另一個(gè)名稱是 2C4。帕妥珠單抗是一種基于人IgGl(K)框架序列的完全人源化重組單克隆抗體。帕妥珠 單抗的結(jié)構(gòu)由兩條重鏈（449個(gè)殘基）和兩條輕鏈（214個(gè)殘基）組成。與曲妥單抗（4永 賽汀?)相比，帕妥珠單抗具有輕鏈中的12處氨基酸差異和IgGl重鏈中的29處氨基酸 差異。
[0010] 具有各種特性的其它HER2抗體已經(jīng)記載于Tagliabue等，Int. J.Cancer47:933_937(1991);McKenzie等，Oncogene4:543-548(1989);Maier 等,CancerRes. 51:5361-5369 (1991)；Bacus等,MolecularCarcinogenesis 3:350-362(1990);Stancovski等，PNAS(USA)88:8691-8695(1991);Bacus等，Cancer Research52:2580-2589 (1992);Xu等，Int.J.Cancer53:4(U-408 (1993); W094/00136;Kasprzyk等，CancerResearch52:2771-2776(1992);Hancock 等，CancerRes.51:4575-4580(1991);Shawver等，CancerRes.54:1367-1373(1994); Arteaga等,CancerRes. 54:3758-3765 (1994) ；Harwerth等,J.Biol. Chem. 267:15160-15167 (1992);美國專利No. 5, 783, 186;及Klapper等，Oncogene 14:2099-2109(1997)。
[0011] 同源性篩選已經(jīng)導(dǎo)致鑒定兩種其它HER受體家族成員；HER3 (美國專利 No. 5, 183, 884 和 5, 480, 968 及Kraus等，PNAS(USA) 86:9193-9197 (1989))和HER4(EP專利 申請No599, 274 ;Plo碰an等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:1746-1750 (1993);及Plo碰an 等，Nature366:473-475 (1993))。這兩種受體都在至少一些乳腺癌細(xì)胞系上展現(xiàn)出升高的 表達(dá)。
[0012] HER受體一般在細(xì)胞中以各種組合找到，并且認(rèn)為異二聚化增加對各種 HER配體的細(xì)胞應(yīng)答的多樣性（Earp等，BreastCancerResearchandTreatment 35:115-132(1995))。EGFR受到6種不同配體結(jié)合；表皮生長因子（EGF)、轉(zhuǎn)化生長因子 a(TGF-a)、雙調(diào)蛋白、肝素結(jié)合表皮生長因子（HB-EGF)、0細(xì)胞素（betacellulin)和上 皮調(diào)蛋白（epiregulin)(Groenen等，GrowthFactors11:235-257 (1994))。源自單一基 因的可變剪接的調(diào)蛋白蛋白質(zhì)的一個(gè)家族是J1ER3和HER4的配體。調(diào)蛋白家族包括a、 0 和Y調(diào)蛋白（Holmes等，Science256:1205-1210(1992);美國專利No. 5,641,869; 及Schaefer等，Oncogene15:1385-1394 (1997));neu分化因子（NDF)，神經(jīng)膠質(zhì)生長 因子（GGF);乙酰膽堿受體誘導(dǎo)活性（ARIA);和感覺和運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元衍生因子（SMDF)。關(guān) 于綜述，見Groenen等，GrowthFactors11:235-257(1994) ;Lemke，G.，Molec.&Cell. Neurosci. 7:247-262 (1996)及Lee等，Pharm.Rev. 47:51-85 (1995)。最近，鑒定出 3 種 另外的HER配體；報(bào)告為結(jié)合HER3或HER4的神經(jīng)調(diào)蛋白-2 (NRG-2) (Chang等，Nature 387509-512(1997);及Carraway等，Nature387:512-516(1997));結(jié)合HER4 的神經(jīng)調(diào)蛋 白-3(Zhang等，PNAS(USA) 94(18) : 9562-7 (1997));和結(jié)合HER4 的神經(jīng)調(diào)蛋白-4(Harari 等，Oncogene18:2681-89(1999))。HB-EGF、0 細(xì)胞素和上皮調(diào)蛋白也結(jié)合HER4。
[0013]雖然EGF和TGFa不結(jié)合HER2，但是EGF刺激EGFR和HER2形成異二聚體， 其活化EGFR并且導(dǎo)致異二聚體中的HER2轉(zhuǎn)磷酸化。二聚化和/或轉(zhuǎn)磷酸化表現(xiàn)為活 化HER2酪氨酸激酶。見Earp等，見上文。同樣地，當(dāng)HER3與HER2共表達(dá)時(shí)，形成活 性信號(hào)傳導(dǎo)復(fù)合物，并且針對HER2的抗體能夠破壞此復(fù)合物（Sliwkowski等，J.Biol. Chem.269(20):14661-14665(1994))。另外，當(dāng)與HER2 共表達(dá)時(shí)，HER3 對調(diào)蛋白（HRG)的親 和力升高至更高的親和力狀態(tài)。就J1ER2-HER3蛋白質(zhì)復(fù)合物而言還可見Levi等，Journal ofNeuroscience15:1329-1340(1995);Morrissey等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92:1431-1435(1995);及Lewis等，CancerRes. 56:1457-1465 (1996)。與HER3-樣，HEIM與HER2形成活性信號(hào)傳導(dǎo)復(fù)合物（Carraway和Cantley,Cell78:5-8(1994))。
[0014] 本領(lǐng)域中還描述了抗體變體組合物。美國專利No. 6, 339, 142描述了一種HER2 抗體組合物，其包含抗J1ER2抗體和一種或多種其酸性變體的混合物，其中所述酸性變 體的量小于約25%。曲妥單抗是例不的HER2抗體。在WellCharacterizedBiotech Pharmaceuticals會(huì)議（2003 年 1月）上呈現(xiàn)的Reid等海報(bào)"EffectsofCellCulture ProcessChangesonHumanizedAntibodyCharacteristics" 描述了一種由于其重鏈 上VHS信號(hào)肽、N端谷氨酰胺、和焦谷氨酸的組合而具有N端異質(zhì)性的未命名的、人源化 IgGl抗體組合物。在IBC抗體生產(chǎn)會(huì)議（2002年2月）上呈現(xiàn)的Harris等演講"The IdealChromatographicAntibodyCharacterizationMethod'，報(bào)告了--種在E25(--種 人源化抗IgE抗體）的重鏈上的VHS延伸。WCBP上呈現(xiàn)的Rouse等海報(bào)"Glycoprotein CharacterizationbyHighResolutionMassSpectrometryandItsApplicationto B