本專利申請要求2014年3月24日申請的英國專利申請第1405243.5號的公約優(yōu)先權(quán)。
技術(shù)領(lǐng)域：
用于為實(shí)驗(yàn)管線和生產(chǎn)管線，尤其是生物制造和生物檢測的元件評分的方法和系統(tǒng)。
背景技術(shù)：
：當(dāng)裝配生物合成工藝時，通常對于工藝中的每個操作和部件存在多個選擇，例如使用的遺傳構(gòu)造的結(jié)構(gòu)和同一性，用于完成諸如轉(zhuǎn)化、純化等步驟的具體方案等。因此，如何設(shè)計(jì)最有效的工藝的問題是這樣一個問題：選擇一組部件和操作，以滿足設(shè)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)，例如需要輸出的最大產(chǎn)量等。在生物合成工藝中有大量的影響產(chǎn)物總產(chǎn)率的變量，例如選擇的宿主有機(jī)體，以及使用的宿主物種的具體菌株，諸如溫度、pH和氧有效性及反應(yīng)時間的物理因素，僅舉了幾個例子。因此，在多維設(shè)計(jì)空間的情形下，必須做出構(gòu)成多步工藝的合適部件和操作的選擇。在設(shè)置工藝或管線時通常基于領(lǐng)域中的慣例、實(shí)驗(yàn)者或制造商可用的或所知，隨意做出這些基本的設(shè)計(jì)決策。生物過程設(shè)計(jì)中的決策通常根據(jù)常規(guī)，或者基于實(shí)驗(yàn)室或工業(yè)組織內(nèi)傳下來的手工技術(shù)。隨著時間和資源限制，這通常變得復(fù)雜，導(dǎo)致試錯的發(fā)展，其中，通過替換獨(dú)立的零件和操作，或者改變參數(shù)而調(diào)節(jié)管線，以改善開始管線的特征。這導(dǎo)致設(shè)計(jì)決策通常是次優(yōu)的，或者需要大量的資源去鑒定可能僅僅符合要求的試劑、操作和參數(shù)。因此，由于與整體的優(yōu)化策略相關(guān)的內(nèi)在不確定性，一旦確定，對工藝的改變有相當(dāng)大的制度上的阻力。現(xiàn)有技術(shù)，尤其是合成生物學(xué)中，存在如下需求：從試驗(yàn)臺水平直至達(dá)到且包括工業(yè)級別生物反應(yīng)器水平提供促進(jìn)實(shí)驗(yàn)管線和生產(chǎn)管線的設(shè)計(jì)的方法和系統(tǒng)。根據(jù)這里提供的教導(dǎo)，本發(fā)明的這些和其他用途、特征和優(yōu)點(diǎn)對本領(lǐng)域技術(shù)人員來說顯而易見。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：根據(jù)本發(fā)明，第一方面提供了一種用于對在由用戶執(zhí)行的生物過程內(nèi)包括的單元操作進(jìn)行評分的方法，所述方法包括：(a)記錄步驟，其中，所述用戶記錄與數(shù)據(jù)庫內(nèi)的所述單元操作的使用實(shí)例相關(guān)的分?jǐn)?shù)，其中，記錄使用環(huán)境以及所述分?jǐn)?shù)，并且其中，定義所述環(huán)境為被認(rèn)為影響所述單元操作在所述生物過程中的性能的至少一個因素的值；以及(b)檢索步驟,其中，所述用戶指定推薦的單元操作和作為在所述數(shù)據(jù)庫中查詢的用于預(yù)期用途的推薦環(huán)境，并且提供用于相關(guān)記錄的單元操作的分?jǐn)?shù)，其中，至少部分地基于所述預(yù)期用途的環(huán)境與所述記錄的用途的環(huán)境之間的相似性確定記錄分?jǐn)?shù)的相關(guān)性。通常，所述分?jǐn)?shù)包括一個或多個用戶定義的等級和/或一個或多個與所述部件或方案的用途相關(guān)的可測量的特征。在具體的實(shí)施方式中，在所述記錄步驟或所述檢索步驟中，提示所述用戶指定具體因素的值。在本發(fā)明的其它實(shí)施方式中，所述用戶可指定分?jǐn)?shù)被包括或排除的標(biāo)準(zhǔn)。相稱地，可返回距離所述推薦環(huán)境在用戶限定距離內(nèi)或在所述環(huán)境空間的用戶指定區(qū)域中的記錄的分?jǐn)?shù)。在具體的實(shí)施方式中，所述檢索階段返回一組最大數(shù)目的備選部件或方案。在本發(fā)明的另一個實(shí)施方式中，分?jǐn)?shù)與置信度度量相關(guān)。相稱地，可限定置信度與限定所述分?jǐn)?shù)的用戶相關(guān)。在具體的實(shí)施方式中，基于用戶提交的分?jǐn)?shù)的數(shù)目以及用戶的分?jǐn)?shù)與其他用戶一致的頻率計(jì)算所述置信度。任選擇地，可定義所述置信度與推薦的環(huán)境與記錄分?jǐn)?shù)的環(huán)境之間的相似度有關(guān)。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，定義所述置信度與具有所述分?jǐn)?shù)的環(huán)境信息的量有關(guān)。在具體的實(shí)施方式中，使用距離度量，相稱地歐氏距離(Euclidiandistance)定義相似性。在本發(fā)明另一個實(shí)施方式中，基于可靠性的統(tǒng)計(jì)度量動態(tài)定義待考慮的分?jǐn)?shù)的界限。在另一個實(shí)施方式中，部件、方案或單元操作的環(huán)境包括前面單元操作或后面單元操作的特征。任選擇地，自動過濾不相容的選項(xiàng)。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，所述用戶在環(huán)境之間的相似性的評價(jià)中可優(yōu)先考慮感興趣的特征。相稱地，所述用戶可指定待比較的環(huán)境特征的權(quán)重或排序。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，可調(diào)整多變量模型描述所述評分空間。本發(fā)明的第二方面提供了為生物過程中的部件或方案評分的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括：(i)具有處理模塊的服務(wù)器，所述服務(wù)器適于實(shí)施權(quán)利要求1～21的任一項(xiàng)包括的方法；(ii)用于記錄所述分?jǐn)?shù)、環(huán)境和用戶信息的數(shù)據(jù)存儲裝置，所述數(shù)據(jù)存儲裝置可以由處理器訪問；(iii)用于訪問所述方法的界面。通常，所述數(shù)據(jù)存儲裝置為數(shù)據(jù)庫，或者通過云服務(wù)提供所述數(shù)據(jù)。相稱地，所述系統(tǒng)包括訪問所述服務(wù)器的網(wǎng)站或移動裝置或計(jì)算機(jī)應(yīng)用程序。任選擇地，所述系統(tǒng)可構(gòu)成實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)的一部分。本發(fā)明的第三方面提供了用于執(zhí)行生物過程的方法，所述方法包括：(a)定義完成所述生物過程所需要的至少一個查詢單元操作，其中，所述查詢單元操作包括方案，所述方案需要使用至少一個部件以完成所述方案；(b)提供數(shù)據(jù)庫，其中，所述數(shù)據(jù)庫包括多個評級的單元操作，其中，所述多個評級的單元操作的每個包括與其相關(guān)的多維評級；(c)用所述查詢單元操作搜索所述數(shù)據(jù)庫，以識別一個或多個兼容的評級的單元操作，其中，基于每個評級的單元操作的多維評級與至少一個查詢單元操作之間的距離選擇最兼容的評級單元操作；(d)使用被識別為所述工藝最兼容的評級單元操作實(shí)施所述生物過程。通常，需要至少兩個單元操作以完成所述工藝。任選擇地，需要多個單元操作以完成所述工藝。任選擇地，所述方法可包括附加步驟：(e)在完成所述最兼容的評級單元操作后，向所述數(shù)據(jù)庫提交分?jǐn)?shù)，其中，所述分?jǐn)?shù)包括至少一個與所述最兼容的評級單元操作在所述生物過程中的性能相關(guān)的用戶定義的評級。相稱地，所述分?jǐn)?shù)可進(jìn)一步包括至少一個與用于在所述生物過程中執(zhí)行所述最兼容的評級單元操作的部件或方案相關(guān)的至少一個特征。本發(fā)明的第四方面提供了計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括數(shù)據(jù)庫，并且所述數(shù)據(jù)庫包括多個單元操作，每個單元操作適于在生物過程中使用，并且其中，定義每個單元操為方案，所述方案需要使用至少一個部件以完成所述方案，并且其中，每個單元操作與多維評分相關(guān)。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，所述多維評分包括至少一個用戶定義的評級。相稱地，所述多維評分進(jìn)一步包括至少一項(xiàng)環(huán)境信息，其中，所述至少一項(xiàng)的環(huán)境信息包括被認(rèn)為影響所述單元操作在所述生物過程中的性能的至少一個因素的值。本發(fā)明的第五方面提供了一種設(shè)備，包括文中所述的上述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)。在具體的實(shí)施方式中，所述設(shè)備包括一個或多個存儲器和一個或多個處理器，并且，所述一個或多個存儲器和所述一個或多個處理器彼此電子通信，所述一個或多個存儲器有形地編碼一組用于實(shí)施文中公開的上述方法。附圖說明圖1為根據(jù)本發(fā)明一個實(shí)施方式的部件或方案的適應(yīng)度景觀(fitnesslandscape)。圖2是根據(jù)本發(fā)明一個實(shí)施方式的用戶使用各種交互模塊設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)工藝或生物過程的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的平臺的流程圖。圖3是根據(jù)本發(fā)明一個實(shí)施方式的分?jǐn)?shù)顯示窗口。圖4是根據(jù)本發(fā)明一個實(shí)施方式的工藝設(shè)計(jì)的流程圖。具體實(shí)施方式文中引用的全部文獻(xiàn)通過引用的方式全部并入。除非另外定義，文中使用的全部技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本發(fā)明所屬的
技術(shù)領(lǐng)域：
中的普通技術(shù)人員通常理解相同的含義。在說明本發(fā)明之前，提供數(shù)個有助于理解本發(fā)明的定義。如文中使用，術(shù)語“包括”表示必然包含任何列舉的元素，并且任選擇地還包含其他元素?！盎旧嫌伞M成”表示必然包括任何列舉的元素，在實(shí)質(zhì)上影響所列舉元素的基本特性和新特性的元素被排除，而任選地包括其它元素?！坝伞M成”表示排除所列舉的元素之外的所有元素。由這些術(shù)語的每一個所定義的實(shí)施方式均落入本發(fā)明的范圍。定義術(shù)語“過程”為變化事件的特定順序，包括對原材料進(jìn)行的單元操作，以獲得特定的技術(shù)目的或目標(biāo)。過程可導(dǎo)致原材料變成產(chǎn)物—在這個情形下，過程為“生產(chǎn)過程”?；蛘?，所述過程可導(dǎo)致確定關(guān)于原材料的信息—在這個情形下，過程在性質(zhì)上可為診斷性或預(yù)防性。整個過程可以再分成依次實(shí)施的單個過程步驟，以獲得期望的結(jié)果。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式，過程為使用完整的活細(xì)胞或它們的部件獲得期望產(chǎn)物的“生物過程”(例如原核細(xì)胞或真核細(xì)胞、酶或諸如葉綠體的細(xì)胞器)。本發(fā)明的過程包括應(yīng)用于部件的步驟或單元操作，或者本發(fā)明的過程需要部件。因此，根據(jù)本發(fā)明，過程包括一組步驟—單元操作—應(yīng)用于輸入(至少包括物理輸入)—部件—以產(chǎn)生輸出(至少包括物理輸出，例如產(chǎn)物，以及可能的附加數(shù)據(jù)輸出)。本發(fā)明的實(shí)施方式可包括涉及導(dǎo)入一種或多種基因到微生物，然后表達(dá)這些基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)的工藝。蛋白質(zhì)自身可為期望的產(chǎn)物，或者它作用為通路的一部分，所述蛋白質(zhì)可有助于產(chǎn)生期望的產(chǎn)物。定義術(shù)語“單元操作”為過程中的任何步驟或子步驟，可認(rèn)為其是獨(dú)立的過程或有助于一組連續(xù)的步驟—或單元—共同用于構(gòu)成完整工藝。相稱地，單元操作可選自下面的一種或多種：轉(zhuǎn)導(dǎo)，反應(yīng)，純化，結(jié)構(gòu)組裝步驟，檢測或分析，例如定量產(chǎn)物、副產(chǎn)物或反應(yīng)物，核酸測序，物理混合，離心，散布或物理涂布樣品，諸如挑取菌落的選擇性取樣樣本的亞種群，三維布置樣品成構(gòu)造矩陣，合成核苷酸或蛋白質(zhì)/肽，發(fā)酵，細(xì)胞培養(yǎng)，繁殖，限制酶切，連接，突變，轉(zhuǎn)化，諸如線性回歸、序列比對或基于模型的預(yù)測的具體的計(jì)算分析，諸如層析的分離，過濾，濃縮，蒸發(fā)，干燥，洗滌，提取，產(chǎn)物的調(diào)節(jié)(例如用于儲藏)，以及擴(kuò)增(例如關(guān)于核酸)。應(yīng)理解，上述未表示潛在單元操作的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)。術(shù)語“部件”是指在過程或單元操作中使用的任何物理元件。相稱地，部件可為反應(yīng)物、產(chǎn)物或?qū)θ魏螁卧僮鞯妮斎?、或在過程或單元操作中使用的任何一件設(shè)備或裝置。典型的部件可選自下面的一種或多種：基因或多核苷酸的變體，基因構(gòu)造，全細(xì)胞或細(xì)胞系，酶，抗體，小分子，溶液(例如緩沖液、試劑、培養(yǎng)基等)，固體支持物，容器(例如反應(yīng)罐、燒瓶、載玻片,珠子或物理相互作用基底等)，肽，多肽，功能性或無功能的核酸，營養(yǎng)化合物，生長因子，細(xì)胞因子，元素，諸如有機(jī)或無極陽離子或陰離子的離子物質(zhì)，以及過程的環(huán)境中的氣體或蒸汽。應(yīng)理解，上述不表示潛在部件的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)。定義術(shù)語“產(chǎn)物”為過程的任何期望的物理產(chǎn)出。相稱地，產(chǎn)物可包括真核有機(jī)體或原核有機(jī)體、病毒、納米結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)、多肽、多核苷酸、聚合物、組織、由所述過程生產(chǎn)的復(fù)合物或小分子。在一些過程中，產(chǎn)物實(shí)際上是信息客體，例如數(shù)字遺傳序列，破壞性或非破壞性檢測產(chǎn)生的系統(tǒng)屬性的測量。應(yīng)理解，上述不表示潛在產(chǎn)物的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)。術(shù)語“方案”是指一組用于執(zhí)行單元操作的指令。通常，所述的一組指令可為必須執(zhí)行的動作及相關(guān)參數(shù)的非詳細(xì)清單，使得方案設(shè)定一系列的變量，而其它變量通常留給用戶。方案設(shè)定的典型變量可包括對于操作的輸入的同一性和/或濃度，執(zhí)行方案各個步驟的順序和/或時機(jī)，對于方案的某些或全部步驟必須設(shè)定的物理參數(shù)的值(例如溫度、pH、氧濃度、混合速度等)、使用的裝備的特征，以及諸如在供選擇的計(jì)算模型之間選擇或計(jì)算推導(dǎo)的步驟分析技術(shù)等因素。應(yīng)理解，上述不表示方案的潛在元素的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)。本發(fā)明的過程經(jīng)過稱為因素的過程變量。文中使用術(shù)語“因素”表示任何限定的過程或方案的特征，或者在過程或方案內(nèi)的特征，只要不改變過程的最終目的，可對其進(jìn)行修改。這些因素共同構(gòu)成過程的“環(huán)境”。根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施方式，有兩類因素：遺傳因素和過程因素。“過程因素”相稱地涉及與構(gòu)造或宿主的遺傳無關(guān)的過程的特征。典型的過程因素可包括裝備特征(例如反應(yīng)罐的大小、葉輪結(jié)構(gòu)、探針的設(shè)置)，環(huán)境(例如溫度、pH、氧合、氣壓)，方案(例如，諸如接種和誘導(dǎo)重要階段或事項(xiàng)的時間控制)，試劑(生長培養(yǎng)基的組成、營養(yǎng)水平、給料濃度、誘導(dǎo)物濃度)、細(xì)胞的操作(儲存條件、反應(yīng)器之間接種的大小)、過程設(shè)計(jì)(過程步驟的數(shù)目、反應(yīng)鍋的類型)的特征。應(yīng)理解，上述不表示方案的潛在過程因素的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)?！斑z傳因素”相稱地涉及與過程包括的任何遺傳材料相關(guān)的定性特征或定量特征，例如，諸如用于引入諸如DNA的新核酸到宿主中的具體遺傳“構(gòu)造”的特征(例如載體的同一性或組成)，宿主微生物的特征(例如菌株、遺傳背景(包括敲除不需要的基因及蛋白過表達(dá)，表觀遺傳因素)，功能DNA的特征(例如啟動子強(qiáng)度，核糖體位點(diǎn)結(jié)合強(qiáng)度，質(zhì)粒的復(fù)制起點(diǎn)，終止子，密碼子的使用策略，操縱子、激活子，基因變異)。應(yīng)理解，上述不表示方案的潛遺傳因素的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的過程的確切性質(zhì)。術(shù)語“分?jǐn)?shù)”是指對過程內(nèi)的部件、單元操作或方案對于指定目的的合適度的任何可解釋的主觀或客觀測量。相稱地，分?jǐn)?shù)可為如下形式：用戶定義的等級(例如在星、點(diǎn)的數(shù)目的最小值至最大值的范圍內(nèi)，或Boolean贊(thumbsup)或踩(thumbsdown))，等級，一部分積極評價(jià)或者顏色(例如紅綠燈排名)。在一些實(shí)施方式中，分?jǐn)?shù)可為部件或操作的可量化或可測量特征的形態(tài)，例如數(shù)量、純度、生產(chǎn)率、輸出產(chǎn)物的效率，副產(chǎn)物或存在的雜質(zhì)的數(shù)量，工藝的產(chǎn)量，以及部件或單元操作的費(fèi)用、能量或時間效率。應(yīng)理解，上述不表示潛在分?jǐn)?shù)的詳細(xì)清單，其通常依賴于將進(jìn)行的工程的確切性質(zhì)。文中使用的術(shù)語“環(huán)境”是指與具體用戶相關(guān)的環(huán)境信息。用于多維評級或分?jǐn)?shù)的環(huán)境為分?jǐn)?shù)提供了值歸因于分?jǐn)?shù)的視角。應(yīng)理解，事實(shí)上當(dāng)為任何指定的單元操作提供評級時，每個用戶具有獨(dú)特的視角。環(huán)境將部分依賴于用戶可用的部件，這些部件(例如裝置、基礎(chǔ)設(shè)施)成功執(zhí)行單元操作，在過程中作為整體或與其它單元操作組合的單元操作的成功(例如與其它單元操作兼容)以及與用戶相關(guān)的任何因素變量。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，分?jǐn)?shù)包括由與具體部件、方案或單元操作的用途實(shí)例相關(guān)的一個或多個用戶定義的評估測量和/或與一個或多個可測量的特征的組合獲得的多維評級。相稱地，可從部件或方案的一個或多個方面(例如產(chǎn)量、易于實(shí)現(xiàn)、費(fèi)用等)的一個或多個用戶定義的評級獲得分?jǐn)?shù)—在這個情況下，評分將包括主觀水平?；蛘?，可從部件或方案的一個或多個測量特征獲得分?jǐn)?shù)，例如規(guī)定的輸出產(chǎn)量，質(zhì)量控制測量以及成功地完成對照實(shí)驗(yàn)。在這樣的情形下，分?jǐn)?shù)將包括更高水平的客觀性。一個或多個測量因素的存在還有助于確定最終產(chǎn)生分?jǐn)?shù)的多維評級。通常，在本發(fā)明的具體實(shí)施方式中，分?jǐn)?shù)源自一個或多個用戶定義的評級與一個或多個測量特征的組合。從一個或多個用戶和/或部件、方案和/或單元操作的一個或多個用途實(shí)例相稱地獲得分?jǐn)?shù)。過程中因素變量的值(即工藝的環(huán)境)通常有助于確定具體方案或部件的性能。換句話說，任何指定選擇的合適性不必為所述方案或部件所固有，而是可依賴于預(yù)期用途的環(huán)境。通過舉例的方式，在具體的單元操作中，用戶對使用的宿主有機(jī)體的選擇(即“部件”的選擇)可影響可用的反應(yīng)堆容器的類型(即選擇另一“部件”)以及需要的培養(yǎng)條件(即選擇“方案”)。因此，表征在設(shè)計(jì)空間的那個區(qū)域時，方案的特定部分可在單元操作內(nèi)可靠地運(yùn)行將變得至關(guān)重要。對對象評級的傳統(tǒng)模型依賴于賦予絕對分?jǐn)?shù)的能力或者，至少依賴于表示對象的固有價(jià)值的分?jǐn)?shù)分布。所述評分系統(tǒng)的這些實(shí)例包括app在移動手機(jī)市場上的評級，書在門戶網(wǎng)站上的評級、旅館預(yù)定網(wǎng)站上的住宿評級，或者音樂或電影在視屏或音樂流媒體服務(wù)/零售服務(wù)上的評級。共同的度量為評級一星至五星，已經(jīng)評級項(xiàng)目的所有用戶的平均值顯示為對象的最后“評級”?？臻g內(nèi)另外的創(chuàng)新包括用版本的匯總評級追蹤諸如軟件應(yīng)用的對象的版本(例如允許比較應(yīng)用的當(dāng)前版本和舊版本之間的分?jǐn)?shù)，因?yàn)榍闆r可變化)，并允許查看分?jǐn)?shù)的分布，例如收集了多少一星相對于五星的評級。后者在高度主觀的對象的評級中，例如音樂和電影，是非常重要的，其可能不具有待確定的真實(shí)的絕對分?jǐn)?shù)。一直忽視了對具有依賴環(huán)境的值的對象的評價(jià)系統(tǒng)。本發(fā)明提供了改良的方法，以確定部件或方案在生物過程的情況下執(zhí)行單元操作的合適性。根據(jù)一個方面，本發(fā)明提供了新方法，涉及與單元操作有關(guān)的許多部件和方案的組合，在用戶指定的環(huán)境下用戶評級為所述部件或方案評分。本發(fā)明的具體實(shí)施方式提供了計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的數(shù)據(jù)庫，包括多個有助于實(shí)驗(yàn)或過程中的單元操作的部件和/或方案。在本發(fā)明的一個實(shí)施方式中，所述數(shù)據(jù)庫包括多個部件及可使用這些部件的相關(guān)方案。任選擇地，可在遠(yuǎn)程訪問的服務(wù)器上托管數(shù)據(jù)庫，例如通過互聯(lián)網(wǎng)或內(nèi)部網(wǎng)連接。用戶能夠訪問數(shù)據(jù)庫并選擇單元操作，以完成期望的過程或?qū)嶒?yàn)管線。選擇過程可完全公開，并根據(jù)用戶自身的選擇標(biāo)準(zhǔn)，或者，可參照用戶個人的環(huán)境完全或部分地指導(dǎo)選擇過程。在用戶完成至少一部分方案后，通常一旦他們完成單元操作—提示用戶評級使用的部件和/或方案，并且可記錄任何相關(guān)因素的值以及評級。用戶評級可與環(huán)境特異的其它附加信息結(jié)合。因此，用戶提交的每個這樣的評級定義了多維空間中的點(diǎn)，其中維度表示過程的多因素參數(shù)。多維空間的評級形成了適應(yīng)度景觀，允許比較新的實(shí)驗(yàn)或部件與已知評級的相似性。因此，應(yīng)理解，本發(fā)明提供了在指定的過程或?qū)嶒?yàn)中為單元操作提供環(huán)境特異評級的方法。因此，當(dāng)為其它過程選擇單元操作時，用戶能夠從對于用戶環(huán)境最合適的數(shù)據(jù)庫中選擇評定的部件、方案和單元操作。圖2為顯示用戶使用各種交互模塊設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)或生物過程的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的平臺的流程圖。在本發(fā)明的一個實(shí)施方式中，用戶可通過用戶界面(105)訪問平臺，以訪問工作流設(shè)計(jì)工具(101)。用戶界面(105)可通過專用軟件應(yīng)用(“app”)、通過網(wǎng)站或任何其它合適的用戶界面而包含在實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)(LIMS)軟件包內(nèi)。工作流設(shè)計(jì)工具(101)使得用戶能夠指定考慮中的實(shí)驗(yàn)或生物過程的類型，尤其是通過指定輸入(例如原材料)和期望的輸出(例如產(chǎn)物)。在定義實(shí)驗(yàn)或過程的目標(biāo)時，工作流設(shè)計(jì)工具(101)使得用戶能夠訪問實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模塊(101a)，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)模塊(101a)提供分解實(shí)驗(yàn)或工程為一個或多個單元操作的機(jī)制。每個單元操作將包括一個或多個部件或一個或多個方案。在部件模塊(101b)和方案模塊(101c)內(nèi)完成上述一個或多個單元操作的最適合組件的選擇。部件模塊(101b)和方案模塊(101c)分別能夠訪問在部件表征模塊(102)和方案定義模塊(103)中包含的兼容的標(biāo)準(zhǔn)化部件和方案的庫。完全組裝工作流提供了過程管線，包括至少一個單元操作，更典型地多個單元操作，如圖2中顯示的那種?？蓽y試完全組裝工作流與用戶可用部件的兼容性—包括實(shí)驗(yàn)室自動化設(shè)備—以在用戶特定的環(huán)境中提供對工作流的驗(yàn)證?？赏ㄟ^分析模塊(101d)進(jìn)行驗(yàn)證。任選擇地，使單元操作經(jīng)過允許比較用戶獨(dú)特環(huán)境與建議的工作流的關(guān)聯(lián)評級或評分標(biāo)準(zhǔn)。因此，工作流設(shè)計(jì)工具(101)提供了建立由用戶獨(dú)特環(huán)境部分地定義的設(shè)計(jì)空間的性能，這樣做時，僅允許組裝與用戶情景化設(shè)計(jì)空間兼容的工作流。平臺的一個重要方面為其允許用戶修改單元操作的某些自由度，以改善與可用部件及相關(guān)方案的兼容性。有利地，這使得在設(shè)計(jì)空間內(nèi)一定水平的靈活性以及單元操作的演變，以適應(yīng)稍微不同的用戶環(huán)境。一旦用戶批準(zhǔn)了驗(yàn)證的過程管線，可通過完全自動化的實(shí)驗(yàn)室系統(tǒng)或通過手工實(shí)施或兩者的組合實(shí)施工作流。當(dāng)完成管線內(nèi)的單元操作時，提示實(shí)驗(yàn)室自動化設(shè)備和/或用戶針對單元操作及整體的組裝管線的成功性能提供反饋指標(biāo)。在本發(fā)明的實(shí)施方式中，反饋指標(biāo)包括分?jǐn)?shù)和評級，以及例如關(guān)于反應(yīng)條件、產(chǎn)品收率、完成方案需要的時間、產(chǎn)物的純化等數(shù)據(jù)和信息的因素。反饋指標(biāo)可與關(guān)于過程管線信息結(jié)合，并傳遞給標(biāo)準(zhǔn)化的引擎(104)。標(biāo)準(zhǔn)化引擎(104)提供了數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的功能，包括對輸入信息標(biāo)準(zhǔn)化、重新格式化和分析，所述輸入信息包括用戶做出的管線工藝組裝和任何附加的修改，以及相關(guān)的度量和分?jǐn)?shù)。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化可包括去除外部的或不相關(guān)的信息，以及將數(shù)據(jù)或值標(biāo)準(zhǔn)化成常用形式或標(biāo)準(zhǔn)形式，例如通過參考查找表。在這樣做時，標(biāo)準(zhǔn)化引擎(104)轉(zhuǎn)變輸入數(shù)據(jù)為值的常見表示，從而提供一致的記錄。標(biāo)準(zhǔn)化引擎(104)可包括標(biāo)準(zhǔn)單元操作、部件或方案的數(shù)據(jù)庫，任選擇地，具有相關(guān)的多維評分。任選擇地，標(biāo)準(zhǔn)化引擎(104)不包括數(shù)據(jù)庫自身，但是在單獨(dú)的模塊(未顯示)或者在工作流設(shè)計(jì)工具(101)內(nèi)包括的一個或多個數(shù)據(jù)庫內(nèi)與數(shù)據(jù)庫通信(未顯示)。標(biāo)準(zhǔn)化引擎分別提供部件的標(biāo)準(zhǔn)表示給部件表征模塊(102)和方案定義模塊(103)。因此，計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的平臺提供了從標(biāo)準(zhǔn)化部件組裝單元操作的迭代工藝以及根據(jù)用戶的環(huán)境不斷改善、改編和修改的工藝。當(dāng)多個用戶訪問平臺時，例如在多用戶云或基于因特網(wǎng)的平臺的情況下，用戶將受益于新的和/或改善的部件、方案和相關(guān)單元操作的不斷產(chǎn)生。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式，用戶可全部或部分指定推薦的單元操作的參數(shù)空間。然后，這可用于檢索在推薦的單元操作周圍的參數(shù)空間區(qū)域中存在的潛在部件和/或方案(對于指定目的)的任何評級。這允許提取可用分?jǐn)?shù)的子集，以便為完成指定目的提供依賴于環(huán)境的分?jǐn)?shù)給數(shù)據(jù)庫中的部件或方案。在發(fā)明的實(shí)施方式中，方法可自動地識別是否缺少任何可提供信息(informative)的評級的信息—即推薦的評級是否未包括充分的信息，以在多維空間內(nèi)建立有意義的點(diǎn)，其中，所述維度表示工藝的多因素參數(shù)?？稍谠u級記錄步驟進(jìn)行該驗(yàn)證程序，由此在記錄對象評級時提示用戶為與部件或方案的使用實(shí)例相關(guān)的相關(guān)因素提供值?；蛘?，可在檢索步驟這樣做，由此提示用戶在從數(shù)據(jù)庫檢索相關(guān)分?jǐn)?shù)之前提供推薦單元操作的相關(guān)因素的值。相稱地，在記錄階段和檢索階段都可這樣做。如下面進(jìn)一步詳細(xì)描述，評分過程的全部或大部分方面可是自動的。在本發(fā)明的某些實(shí)施方式中，多維評級包括定性值和定量值的組合。任選擇地，多維評級僅包括定性的值，例如Boolean贊和踩評級。相稱地，全部評級維度可為定量的值。當(dāng)全部的維度為定量的值時，可使用本領(lǐng)域中已知的距離度量，例如歐氏距離、曼哈頓距離或任何其他距離度量比較評級記錄。相稱地，可指定定性值給相同的數(shù)值(例如可給予1的分?jǐn)?shù)給“贊”評級，給予“踩”分?jǐn)?shù)0)，并且技術(shù)可應(yīng)用于定量數(shù)據(jù)。在其它實(shí)施方式中，所述方法包括工具，當(dāng)用戶比較評級分?jǐn)?shù)時，所述工具指定優(yōu)先考慮那個維度。相稱地，用戶可根據(jù)分?jǐn)?shù)檢索提供權(quán)重表。優(yōu)選地，維度是定量的，并可計(jì)算加權(quán)的距離測量。在備選的實(shí)施方式中，用戶可指定維度的排序。在一些實(shí)施方式中，任選擇地，用戶可排除特定的維度。根據(jù)本發(fā)明的一個實(shí)施方式，可對記錄的實(shí)例和用戶指定的潛在的單元操作之間的距離應(yīng)用一個或多個標(biāo)準(zhǔn)，以檢索最相關(guān)的分?jǐn)?shù)。相稱地，用戶可指定距離的界限。在備選的實(shí)施方式中，用戶可指定不同點(diǎn)數(shù)目的界限，其中點(diǎn)相應(yīng)于具體的環(huán)境，并且可映射多個具有單獨(dú)評級的實(shí)例到指定的環(huán)境。相稱地，用戶可指定多維空間的區(qū)域，用以提取相關(guān)分?jǐn)?shù)。在一些實(shí)施方式中，用戶可指定考慮應(yīng)包含或排除的分?jǐn)?shù)的標(biāo)準(zhǔn)。相稱地，用戶可僅指定將提取的最高置信度的分?jǐn)?shù)。因此，可根據(jù)定義分?jǐn)?shù)的用戶定義分?jǐn)?shù)的置信度。任選擇地，可根據(jù)評級可復(fù)制性的測量定義分?jǐn)?shù)的置信度。在一些實(shí)施方式中，可基于局部方差、噪聲指標(biāo)或任何其他定量變量的可靠性的統(tǒng)計(jì)度量的測量動態(tài)定義考慮的分?jǐn)?shù)的界限。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，對于選擇的單元操作，推薦的實(shí)驗(yàn)空間和現(xiàn)有的分?jǐn)?shù)記錄之間的距離可用于返回置信度分?jǐn)?shù)。相稱地，向用戶顯示該分?jǐn)?shù)以及單元操作自身提供的分?jǐn)?shù)。在一些實(shí)施方式中，可考慮一些或全部參數(shù)的兼容性范圍，以過濾不兼容的選項(xiàng)。可沿整個管線檢查選擇項(xiàng)目的兼容性，即連續(xù)的單元操作及相關(guān)的部分。相稱地，分?jǐn)?shù)的環(huán)境包括管線中的前面步驟的信息。分?jǐn)?shù)的環(huán)境可包括關(guān)于管線中后續(xù)步驟的信息。在一些實(shí)施方式中，分?jǐn)?shù)的環(huán)境包括關(guān)于管線的前面步驟之后使用的部件的信息。附加的任選特征允許為部件或方案評分的用戶的出處，以進(jìn)一步加權(quán)返回的數(shù)值，允許高質(zhì)量用戶的分?jǐn)?shù)在一部分方案依賴于環(huán)境的評級中給予更大的權(quán)重。這樣的出處或“信譽(yù)”評級可為指定用戶在全部或具體的定時器期間提交的分?jǐn)?shù)的數(shù)目的函數(shù)。相稱地，可通過評定該用戶分?jǐn)?shù)與其他用戶分?jǐn)?shù)一致的頻率而自動地獲得該信譽(yù)評級。通常，僅比較落入評估用戶的指定截止距離內(nèi)的那些用戶分?jǐn)?shù)。在本發(fā)明的實(shí)施方式中，可調(diào)整多變量模型描述得分空間。相稱地，當(dāng)收集了足夠的分?jǐn)?shù)時，可調(diào)整多變量模型，以適應(yīng)在合理噪聲閾值內(nèi)的模型。當(dāng)評分標(biāo)準(zhǔn)表示諸如酶活性或溫度的客觀的“現(xiàn)實(shí)世界”的測量時，本發(fā)明的該實(shí)施方式特別有益，因?yàn)樗试S從足夠數(shù)目的用戶產(chǎn)生實(shí)驗(yàn)分?jǐn)?shù)直接產(chǎn)生更魯棒的模型。然后，這些多因子模型改善了兼容對象的預(yù)測質(zhì)量。也可計(jì)算預(yù)測區(qū)間或細(xì)粒度預(yù)測方差曲面，以提供與評分呼應(yīng)的預(yù)測置信度分?jǐn)?shù)的直接測量。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，用戶可選擇部件、方案或單元操作，并直接訪問關(guān)于所述部件或方案的信息。在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，可提供購買選擇的部件或方案的選項(xiàng)給用戶。因此，本發(fā)明可提供附加功能，包括鏈接一個或多個能夠提供所述具體的部件、方案或單元操作的在線供應(yīng)商。所述零售功能可存儲于云服務(wù)器上。任選擇地，在線商場可包括零售功能，在線商場可包含在本發(fā)明的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)內(nèi)，或附屬于本發(fā)明的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)。在本發(fā)明具體的實(shí)施方式中，可通過一個或多個計(jì)算機(jī)系統(tǒng)實(shí)施所述方法。根據(jù)其它實(shí)施方式，提供了包括一個或多個存儲器和一個或多個處理器的裝置，其中，一個或多個存儲器和所述一個或多個處理器彼此電子通信，所述一個或多個存儲器有形地編碼一組用于實(shí)施本發(fā)明所述方法的指令。在另一個實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了包括用于實(shí)施本發(fā)明方法的程序指令的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中，由計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的一個或多個處理器執(zhí)行程序指令，使得一個或多個處理器執(zhí)行文中所述的步驟。相稱地，所述數(shù)據(jù)可存儲在數(shù)據(jù)庫中，并且通過服務(wù)器訪問。相稱地，服務(wù)器具有接收和發(fā)送信息的通信模塊、以及執(zhí)行文中所述步驟的處理模塊。在一些實(shí)施方式中，通過云服務(wù)器提供數(shù)據(jù)。在優(yōu)選的實(shí)施方式中，通過網(wǎng)絡(luò)服務(wù)訪問所述方法。在一些實(shí)施方式中，用戶可通過網(wǎng)站在瀏覽器中訪問服務(wù)器，以記錄和檢索分?jǐn)?shù)。在一些實(shí)施方式中，可提供計(jì)算機(jī)應(yīng)用、平板電腦或智能手機(jī)以訪問所述服務(wù)器。在本發(fā)明的一些實(shí)施方式中，所述方法構(gòu)成實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)的一部分。在一個實(shí)施方式中，本發(fā)明如所述提供了實(shí)驗(yàn)室/制造業(yè)生物過程的設(shè)計(jì)方法，其中，用戶可選擇最合適的單元操作，以創(chuàng)造根據(jù)用戶的需求和可用的資源配置的最合適的生物過程—即用戶的起始環(huán)境。這樣的資源可包括可用的裝備、原材料、時間和/或費(fèi)用。為了提供符合用戶需求的最合適的生物過程，相應(yīng)地評分工藝內(nèi)的每個單元操作，并且用戶能夠選擇最適于他們需求的那些。在這個方面，可在本發(fā)明的過程中確定用戶特定的環(huán)境，使得用戶的需求決定設(shè)計(jì)空間，進(jìn)而限定他們可用的單元操作。在本發(fā)明使用中的具體的非限制描述中，用戶需要由特定的微生物宿主表達(dá)修飾的酶產(chǎn)物的方案。這樣的方案將由多個單元操作構(gòu)成，所述單元操作可包括：(i)基因拼接步驟，以生成編碼被修飾酶的基因；(ii)插入載體的步驟，以插入修飾的基因到合適的表達(dá)載體中；(iii)微生物宿主轉(zhuǎn)化步驟；(iv)選擇步驟，以鑒定和分離被載體成功轉(zhuǎn)化的宿主克隆；(v)生長步驟，以擴(kuò)增轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞；(vi)表達(dá)產(chǎn)物步驟；(vii)分離和純化一種或多種產(chǎn)物的步驟；以及(viii)一個或多個驗(yàn)證步驟，以確定適當(dāng)?shù)漠a(chǎn)物質(zhì)量控制。從該實(shí)驗(yàn)方案顯然可見，用戶不僅對于每個單獨(dú)的單元操作，而且對于單元操作的組合具有大量的設(shè)計(jì)選項(xiàng)。多個因素將影響每個單元操作的性能以及相鄰單元操作的相互作用。舉例來說，微生物宿主的選擇(例如原核生物相對于真核生物)將決定那種載體適于轉(zhuǎn)化，以及確保有效生產(chǎn)期望酶產(chǎn)物必需的各種工藝步驟。然而，即使對系統(tǒng)有這樣的限制，現(xiàn)有技術(shù)中存在的對于每個單元操作的多種可用的方案使得甚至最標(biāo)準(zhǔn)的生物過程可產(chǎn)生操作單元近無限數(shù)目的組合，所以決定了用戶難于應(yīng)付的多維設(shè)計(jì)空間。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式，通過提供完成所述工藝所必須的每個單元操作的情景分?jǐn)?shù)，使得可組合單元操作的最佳組合，反映了用戶自己的需求、可用的裝置和資源限制(即在具體的設(shè)計(jì)空間內(nèi))，從而降低了該設(shè)計(jì)問題的復(fù)雜性。由具有最高評級分?jǐn)?shù)的單元操作過程的組合使得過程對于用戶的特定環(huán)境最優(yōu)化，從而促進(jìn)更大的效率、結(jié)果的可預(yù)測性、再現(xiàn)性和產(chǎn)量。然后，潛在的候選路徑的選擇可轉(zhuǎn)變?yōu)閳D表最大流的連通性問題，其中節(jié)點(diǎn)表示過程要素選項(xiàng)，并且邊緣表示兩個工程要素在當(dāng)前推薦的實(shí)驗(yàn)空間中的相容性。然后，可使用許多現(xiàn)有的算法，包括dinic算法、MPM算法和二進(jìn)制阻塞流算法，發(fā)現(xiàn)對于實(shí)驗(yàn)空間最優(yōu)的兼容元素。應(yīng)理解，上述算法不是最大流量計(jì)算的詳細(xì)清單。圖4是顯示根據(jù)本發(fā)明實(shí)施方式包括多個單元操作的過程的工藝設(shè)計(jì)的流程圖。在步驟200，用戶可指定其中將執(zhí)行所述工藝的推薦的實(shí)驗(yàn)空間。在步驟202，如果還沒有獲得(步驟201)，則可以計(jì)算在所述過程中與所述元件有關(guān)的分?jǐn)?shù)和置信度。然后在步驟203，所述評分的過程元件可用于產(chǎn)生工作流圖。然后，可在步驟204使用工作流圖發(fā)現(xiàn)最大流的路徑。如果不能發(fā)現(xiàn)最大流的路徑，那么可在步驟206通知用戶未發(fā)現(xiàn)可能的方案。如果發(fā)現(xiàn)最大流的路徑(步驟205)，那么可在步驟207返回元件、相關(guān)分?jǐn)?shù)和置信水平的候選集合。應(yīng)理解，根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式，全部用戶交互過程是迭代的，所以用戶交互的水平越高，獲得的評級信息越多。因此，還改善了多維限定單元操作的能力。通過下面的非限制實(shí)施例進(jìn)一步描述本發(fā)明。實(shí)施例實(shí)施例1–評價(jià)方案圖1顯示了三維情形的實(shí)例，其中模擬元素質(zhì)量分?jǐn)?shù)(主觀或客觀的)為兩個輸入變量的函數(shù)：酵母提取物濃度和預(yù)誘導(dǎo)時間。其發(fā)生的情形為編碼用于在轉(zhuǎn)基因宿主中表達(dá)蛋白質(zhì)過程的元件，其中蛋白表達(dá)受誘導(dǎo)型啟動子系統(tǒng)的控制。該元件具有兩個輸入?yún)?shù)：誘導(dǎo)蛋白質(zhì)表達(dá)前的時間(預(yù)誘導(dǎo)時間)和具有營養(yǎng)的培養(yǎng)基成分的濃度(酵母提取物的濃度)。實(shí)例顯示了使用多因子響應(yīng)面實(shí)驗(yàn)表征元件，其中在兩個參數(shù)的5個輸入值進(jìn)行11個運(yùn)行。圖中的顏色表示表示模擬的適應(yīng)度景觀的“高度”，其來源于使用客觀測量的實(shí)驗(yàn)，表示對于輸入的指定值產(chǎn)生的靶蛋白的量。適合所述問題的模型是線性模型，包含一階項(xiàng)和二階項(xiàng)兩個輸入，以及相互作用項(xiàng)和一個正態(tài)分布誤差項(xiàng)。當(dāng)僅作為預(yù)期的功能蛋白產(chǎn)量的函數(shù)測量時，這定義了元素在多元環(huán)境中的質(zhì)量的一個方面，并且在該情形下顯示對于兩個輸入的最小檢測值，產(chǎn)量最小，對于高的酵母提取物濃度和中間的預(yù)誘導(dǎo)時間，產(chǎn)量最大。對于任何供選擇的質(zhì)量指標(biāo)，例如另一個客觀測量(生物量產(chǎn)量、轉(zhuǎn)化的效率或任何其它這樣的測量)或者對11個實(shí)驗(yàn)的每個給出主觀用戶評分，可精確地重復(fù)該過程?；谶m應(yīng)11個采用的測量，模型表面代表對于輸入的所有值的預(yù)測–由于所有這樣的預(yù)測經(jīng)誤差預(yù)測，重要的是提供對于輸入變量的任何組合預(yù)測的預(yù)期質(zhì)量值附近置信度的估計(jì)。預(yù)測誤差的水平取決于使用的實(shí)驗(yàn)的結(jié)構(gòu)以及系統(tǒng)的誤差方差。在實(shí)施例中，預(yù)測方差對于通過最極端實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)點(diǎn)的環(huán)限定的區(qū)域大體恒定，并在圓的外部迅速增加?？捎门c實(shí)際實(shí)驗(yàn)點(diǎn)的位置無關(guān)的模型以置信區(qū)間產(chǎn)生預(yù)測的質(zhì)量值，產(chǎn)生處理缺失數(shù)據(jù)的方法：如何估計(jì)未檢驗(yàn)狀態(tài)的量。備選的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)包括特定設(shè)計(jì)方法，將產(chǎn)生不同的預(yù)測誤差曲面，并且在大部分情況下產(chǎn)生更大變量水平的空間的不同部分之間預(yù)測誤差。當(dāng)因素為離散值而非連續(xù)值時，該方法較不適合，并且可能必須使用最鄰近方法。在這個方法中，對于分類輸入變量的某些組合可定義質(zhì)量，并且可通過直接來源于數(shù)據(jù)集中最相似測量的值(其中使用許多適用的距離測度的一種，例如歐幾里德距離、曼哈坦距離或者任何正式度量或非正式度量定義多元相似性)或者通過對被距離測度加權(quán)的值求平均數(shù)來估計(jì)對于輸入變量值的新組合的值(單獨(dú)檢測其全部的值至少一次)。在這種情況下可使用通過交叉驗(yàn)證參數(shù)化的應(yīng)用距離的函數(shù)模擬預(yù)測誤差。在顯示相應(yīng)于輸入值變化的參數(shù)的值的實(shí)施例中，變量體現(xiàn)了如下概念：每個維度的差異相關(guān)性在這些情況下有助于元件的質(zhì)量。大的模型系數(shù)暗示考慮中的變量變化與最終質(zhì)量高度相關(guān)，而較小的值表示低相關(guān)性。除了該固定效應(yīng)模型，還可增加一層隨機(jī)效應(yīng)項(xiàng)，以模擬質(zhì)量輸出的變化依賴于輸入變化的程度。這增加了對關(guān)聯(lián)的附加定義：因素可通過促進(jìn)測量輸出的平均值或變量而與元件性能的質(zhì)量高度相關(guān)。實(shí)施例2–基于環(huán)境選擇相關(guān)的方案或部件兩個不同的用戶使用具體的方案“A”，然后對方案評分，并記錄方案的每種用途實(shí)例的一系列工藝因素的值(表1)表1.方案A的樣本分?jǐn)?shù)表溫度甘油含量孵化速度分?jǐn)?shù)用戶對象2050120051A252590022A3775150011A圖3顯示了基于表1中存儲的數(shù)據(jù)，對于每個具體的環(huán)境獲得的示例分?jǐn)?shù)顯示窗口。用戶指定與方案A的預(yù)期用途相關(guān)的工藝因素。所述方法在該具體環(huán)境中使用該信息提取與所述用戶最相關(guān)的分?jǐn)?shù)，并顯示方案A在該環(huán)境中的分?jǐn)?shù)。還顯示了置信度1，反應(yīng)如下事實(shí)：基于單一用戶的單一用途實(shí)例顯示具體的環(huán)境分?jǐn)?shù)。除非另外表明，本發(fā)明的實(shí)施使用化學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、統(tǒng)計(jì)、分子生物學(xué)、微生物、重組DNA技術(shù)和化學(xué)方法的常規(guī)技術(shù)，它們在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員能力的范圍內(nèi)。文獻(xiàn)中也解釋了這樣的技術(shù)，例如T.Cormen,C.Leiserson,R.Rivest,2009,IntroductiontoAlgorithms,3rdEdition,TheMITPress,Cambridge,MA；L.Eriksson,E.Johansson,N.Kettaneh-Wold,J.Trygg,C.Wikstom,S.Wold,Multi-andMegavariateDataAnalysis,Part1,2ndEdition,2006,UMetrics,UMetricsAB,Sweden；M.R.Green,J.Sambrook,2012,MolecularCloning:ALaboratoryManual,FourthEdition,Books1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY；Ausubel,F.M.etal.(1995andperiodicsupplements；CurrentProtocolsinMolecularBiology,ch.9,13,and16,JohnWiley&Sons,NewYork,N.Y.)；B.Roe,J.Crabtree,andA.Kahn,1996,DNAIsolationandSequencing:EssentialTechniques,JohnWiley&Sons；J.M.PolakandJamesO'D.McGee,1990,InSituHybridisation:PrinciplesandPractice,OxfordUniversityPress；M.J.Gait(Editor),1984,OligonucleotideSynthesis:APracticalApproach,IRLPress；以及D.M.J.LilleyandJ.E.Dahlberg,1992,MethodsofEnzymology:DNAStructurePartA:SynthesisandPhysicalAnalysisofDNAMethodsinEnzymology,AcademicPress。這些普通文本的每個通過引用合并于此。雖然文中已經(jīng)詳細(xì)公開了本發(fā)明的具體實(shí)施方式，這已經(jīng)通過實(shí)施例的方式進(jìn)行，并且僅用于描述的目的。上述實(shí)施方式不旨在限制下面所附權(quán)利要求書的范圍。發(fā)明人預(yù)期可對本發(fā)明做出各種替換、改變和修改，而不背離權(quán)利要求書限定的本發(fā)明的精髓和范圍。當(dāng)前第1頁1 2 3