本發(fā)明涉及數(shù)據(jù)處理,具體涉及一種預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法及預(yù)測(cè)方法。
背景技術(shù):
1、髓系是指髓系細(xì)胞,髓系細(xì)胞是指由骨髓造血干細(xì)胞分化而來的細(xì)胞,包括粒細(xì)胞、紅細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和單核細(xì)胞,髓系細(xì)胞是狹義的造血細(xì)胞,而把淋巴細(xì)胞視為非造血細(xì)胞。不同種類的細(xì)胞在機(jī)體具有不同的生理功能,但對(duì)機(jī)體的正常生命活動(dòng)都具有一定的意義。
2、髓系檢查點(diǎn)是指在骨髓造血系統(tǒng)中起關(guān)鍵調(diào)控作用的分子信號(hào)通路和分子調(diào)節(jié)因子。髓系檢查點(diǎn)的功能是確保造血過程的平衡和穩(wěn)定,維持血液系統(tǒng)的正常功能。髓系檢查點(diǎn)的紊亂可能導(dǎo)致造血功能異常和血液疾病的發(fā)生。
3、在當(dāng)前免疫治療中,尤其是對(duì)于癌癥患者的治療效果預(yù)測(cè),主要集中在淋系免疫檢查點(diǎn)(如pd-1、pd-l1和ctla4)的研究和應(yīng)用上,這些檢查點(diǎn)主要作用于t細(xì)胞等淋巴細(xì)胞。對(duì)于髓系免疫檢查點(diǎn)(如cd47,lilrb1,cd171),目前的研究和檢測(cè)手段相對(duì)較少。且現(xiàn)有的pd-1、pd-l1檢測(cè)主要是針對(duì)淋系免疫反應(yīng)的評(píng)估,無法對(duì)髓系細(xì)胞免疫檢查點(diǎn)藥物進(jìn)行很好的療效預(yù)測(cè)或評(píng)估。
4、此外,當(dāng)前臨床對(duì)髓系細(xì)胞免疫檢查點(diǎn)藥物治療效果的預(yù)后情況主要由臨床醫(yī)生根據(jù)影像學(xué)圖像和化驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行判斷,具有一定的主觀性和不準(zhǔn)確性。當(dāng)前缺乏一種基于細(xì)胞空間位置關(guān)系的機(jī)器學(xué)習(xí)模型來為臨床對(duì)腫瘤預(yù)后生存情況提供參考依據(jù)。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、有鑒于此,本發(fā)明提供了一種預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法及預(yù)測(cè)方法,以為臨床對(duì)腫瘤預(yù)后生存情況提供參考依據(jù)。
2、第一方面,本發(fā)明提供了一種預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法,該方法包括:
3、獲取治療前樣本組織一一對(duì)應(yīng)的熒光樣本圖像,熒光樣本圖像由根據(jù)髓系細(xì)胞的標(biāo)志物抗體染色后獲得;
4、獲取樣本組織對(duì)應(yīng)病人的預(yù)后信息,該預(yù)后信息包括接受預(yù)設(shè)的不同治療手段后病人的生存情況;
5、基于熒光樣本圖像對(duì)每個(gè)樣本組織中的髓系細(xì)胞進(jìn)行分割,確定每個(gè)髓系細(xì)胞在不同標(biāo)志物上的熒光表達(dá)量;其中,包括將每個(gè)熒光樣本圖像進(jìn)行區(qū)域劃分,獲得每個(gè)熒光樣本圖像對(duì)應(yīng)的多個(gè)區(qū)域圖像;根據(jù)區(qū)域圖像對(duì)應(yīng)的熒光表達(dá)量,確定髓系細(xì)胞的細(xì)胞核位置;基于細(xì)胞核位置,分割出該細(xì)胞核對(duì)應(yīng)的完整髓系細(xì)胞;
6、基于每個(gè)髓系細(xì)胞在不同標(biāo)志物上的熒光表達(dá)量以及細(xì)胞類型注釋算法,確定每個(gè)髓系細(xì)胞的髓系細(xì)胞類型注釋;
7、基于髓系細(xì)胞類型注釋,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的空間距離,獲得細(xì)胞空間距離特征;
8、基于髓系細(xì)胞類型注釋,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞與周圍細(xì)胞之間的空間互作關(guān)系,獲得細(xì)胞互作特征;
9、根據(jù)預(yù)設(shè)比例以及預(yù)后信息,將樣本組織劃分為訓(xùn)練集與測(cè)試集;
10、基于訓(xùn)練集與測(cè)試集中的細(xì)胞空間距離特征以及細(xì)胞互作特征構(gòu)建預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型,預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型用于預(yù)測(cè)病理樣本在干預(yù)后的生存情況。
11、本發(fā)明提供了一種針對(duì)髓系細(xì)胞的預(yù)后預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法,通過對(duì)熒光樣本圖像的細(xì)胞分割、細(xì)胞注釋、距離計(jì)算、互作分析等多個(gè)方面對(duì)細(xì)胞在空間領(lǐng)域的特征進(jìn)行提取,從細(xì)胞層面提取細(xì)胞之間的特征,并基于這些空間特征構(gòu)建一個(gè)基于髓系細(xì)胞空間位置關(guān)系的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型,為臨床判斷腫瘤預(yù)后生存情況提供了有力的參考依據(jù)。
12、在一種可選的實(shí)施方式中,標(biāo)志物抗體選自以下一種或多種:cd45、cd45ra、cd45ro、cd11b、cd11c、cd14、cd15、cd16、cd33、cd68、cd86、cd163、cd206、spp1、folr2、c1qc、cd1c、hla-dr、cd141、s100a9、s100a8、cd117、cd123、mpo。
13、在一種可選的實(shí)施方式中,每個(gè)區(qū)域圖像均包括癌區(qū)域與癌旁區(qū)域,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的空間距離,獲得細(xì)胞空間距離特征,包括:
14、確定每個(gè)區(qū)域圖像包括的癌區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞類型到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的第一歐式距離;
15、確定每個(gè)區(qū)域圖像包括的癌旁區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞類型到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的第二歐式距離;
16、基于所有第一歐式距離,確定在樣本組織的所有癌區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的第一空間距離,第一空間距離包括:第一最小空間距離、第一最大空間距離、第一平均空間距離;
17、基于所有第二歐式距離,確定在樣本組織的所有癌旁區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的第二空間距離,第二空間距離包括:第二最小空間距離、第二最大空間距離、第二平均空間距離;
18、將第一空間距離、第二空間距離作為細(xì)胞空間距離特征;
19、在獲得細(xì)胞空間距離特征之后,包括:
20、對(duì)細(xì)胞空間距離特征中的同種髓系細(xì)胞類型之間的距離特征進(jìn)行數(shù)據(jù)處理以及特征篩選處理,獲得處理后的細(xì)胞空間距離特征,處理后的細(xì)胞空間距離特征用于構(gòu)建預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型。
21、本實(shí)施例中,通過計(jì)算不同類型髓系細(xì)胞之間的空間距離,可以深入了解腫瘤微環(huán)境中細(xì)胞的相互作用和空間分布特征。并且本實(shí)施例中還分析癌區(qū)與癌旁區(qū)兩個(gè)區(qū)域中髓系細(xì)胞的空間距離差異,考慮了腫瘤等發(fā)展過程中的細(xì)胞變化,有助于提高分析的全面性,提高構(gòu)建出的模型的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度。
22、本實(shí)施例中,對(duì)同種髓系細(xì)胞類型之間的距離特征進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和特征篩選,可以提高模型的準(zhǔn)確性和魯棒性,幫助更好地捕捉細(xì)胞間的特征關(guān)系,為預(yù)后生存預(yù)測(cè)提供更有力的支持。
23、在一種可選的實(shí)施方式中,每個(gè)區(qū)域圖像均包括癌區(qū)域與癌旁區(qū)域,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞與周圍細(xì)胞之間的空間互作關(guān)系,獲得細(xì)胞互作特征,包括:
24、確定每個(gè)區(qū)域圖像包括的癌區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞與周圍存在互作關(guān)系的互作細(xì)胞之間的第一互作特征;
25、確定每個(gè)區(qū)域圖像包括的癌旁區(qū)域中每個(gè)髓系細(xì)胞與周圍存在互作關(guān)系的互作細(xì)胞之間的第二互作特征;其中,第一互作特征、第二互作特征均包括各髓系細(xì)胞類型在存在互作關(guān)系的互作細(xì)胞中的占比;
26、將第一互作特征、第二互作特征作為細(xì)胞互作特征。
27、本實(shí)施例中,將兩個(gè)細(xì)胞在空間中的互作關(guān)系作為對(duì)疾病預(yù)后的重要參考指標(biāo),不僅能提高預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型的準(zhǔn)確性和可靠性,還能為臨床決策提供重要的信息支持。
28、在一種可選的實(shí)施方式中,用于構(gòu)建預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型的特征包括以下一種或多種:t_monotom2_max、t_m1tom2_mean、t_monotom2_mean、p_m2tohladrhicells_max、p_monotohladrhicells_max、p_hladrhicellstomono_min?p_monotohladrhicells_min?p_m2tomono_mean、t_hladrhicells_m2、t_m1_m1、t_m1_m2、t_m2_m1、t_m2_m2、t_mono_m2、t_neutro_m2、p_m2_mono。
29、第二方面,本發(fā)明提供了一種預(yù)后生存預(yù)測(cè)方法,方法包括:
30、獲取待預(yù)測(cè)病理樣本的熒光樣本圖像;
31、將熒光樣本圖像輸入根據(jù)上述任一實(shí)施方式所述的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法構(gòu)建的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型,輸出待預(yù)測(cè)病理樣本在干預(yù)后的生存情況。
32、第三方面,本發(fā)明提供了一種預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建裝置,該裝置包括:
33、獲取模塊,用于獲取治療前樣本組織一一對(duì)應(yīng)的熒光樣本圖像,熒光樣本圖像由根據(jù)髓系細(xì)胞的標(biāo)志物抗體染色后獲得;還用于獲取樣本組織對(duì)應(yīng)病人的預(yù)后信息,預(yù)后信息包括接受預(yù)設(shè)的不同治療手段后病人的生存情況;
34、分割模塊,用于基于熒光樣本圖像對(duì)每個(gè)樣本組織中的髓系細(xì)胞進(jìn)行分割,確定每個(gè)髓系細(xì)胞在不同標(biāo)志物上的熒光表達(dá)量;其中,包括將每個(gè)所述熒光樣本圖像進(jìn)行區(qū)域劃分,獲得每個(gè)所述熒光樣本圖像對(duì)應(yīng)的多個(gè)區(qū)域圖像;根據(jù)所述區(qū)域圖像對(duì)應(yīng)的熒光表達(dá)量,確定髓系細(xì)胞的細(xì)胞核位置;基于所述細(xì)胞核位置,分割出該細(xì)胞核對(duì)應(yīng)的完整髓系細(xì)胞;
35、注釋模塊,用于基于每個(gè)髓系細(xì)胞在不同標(biāo)志物上的熒光表達(dá)量以及細(xì)胞類型注釋算法,確定每個(gè)髓系細(xì)胞的髓系細(xì)胞類型注釋;
36、距離特征提取模塊,用于基于髓系細(xì)胞類型注釋,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞到其他不同類型髓系細(xì)胞之間的空間距離,獲得細(xì)胞空間距離特征;
37、互作特征提取模塊,用于基于髓系細(xì)胞類型注釋,確定每個(gè)樣本組織中的每個(gè)髓系細(xì)胞與周圍細(xì)胞之間的空間互作關(guān)系,獲得細(xì)胞互作特征;
38、劃分模塊,用于根據(jù)預(yù)設(shè)比例以及預(yù)后信息,將樣本組織劃分為訓(xùn)練集與測(cè)試集;
39、構(gòu)建模塊,用于基于訓(xùn)練集與測(cè)試集中的細(xì)胞空間距離特征以及細(xì)胞互作特征構(gòu)建預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型,預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型用于預(yù)測(cè)病理樣本在干預(yù)后的生存情況。
40、第四方面,本發(fā)明提供了一種計(jì)算機(jī)設(shè)備,包括:存儲(chǔ)器和處理器,存儲(chǔ)器和處理器之間互相通信連接,存儲(chǔ)器中存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)指令,處理器通過執(zhí)行計(jì)算機(jī)指令,從而執(zhí)行上述第一方面或其對(duì)應(yīng)的任一實(shí)施方式的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法。
41、第五方面,本發(fā)明提供了一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì),計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)指令,計(jì)算機(jī)指令用于使計(jì)算機(jī)執(zhí)行上述第一方面或其對(duì)應(yīng)的任一實(shí)施方式的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法。
42、第六方面,本發(fā)明提供了一種計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品,包括計(jì)算機(jī)指令,計(jì)算機(jī)指令用于使計(jì)算機(jī)執(zhí)行上述第一方面或其對(duì)應(yīng)的任一實(shí)施方式的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法。
43、需要說明的是,由于本發(fā)明提供的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建裝置,計(jì)算機(jī)設(shè)備以及計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)與上述的預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法是對(duì)應(yīng)的。因此,關(guān)于預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建裝置,計(jì)算機(jī)設(shè)備以及計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)的有益效果,請(qǐng)參見上文預(yù)后生存預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法的對(duì)應(yīng)有益效果的描述,在此不再贅述。