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      一種植物熒光圖像序列數據處理方法、Web服務器和系統(tǒng)的制作方法_2

      文檔序號:9350014閱讀:來源:國知局
      對應的植物電信號的顯示圖像,以實現所述植物電信號傳導和關聯(lián)關系 的可視化展示;
      [0055] 特征提取模塊,用于對所述每一圖像區(qū)域的植物電信號進行特征值提取,并將提 取出的特征信息存儲到預設數據庫。
      [0056] 根據本發(fā)明的再一個方面,提供了一種植物熒光圖像序列數據處理系統(tǒng),該系統(tǒng) 包括:
      [0057] Hadoop集群、數據庫服務器以及如上述實施例所述的Web服務器;
      [0058] 所述Hadoop集群,用于基于分布式文件系統(tǒng)HDFS對所述植物熒光圖像序列數據 進行分布式存儲,并采用分布式計算框架MapReduce提取所述植物熒光圖像序列數據中每 一植物熒光圖像的每一圖像區(qū)域的植物電信號,并將提取的植物電信號返回所述Web服務 器;
      [0059] 所述數據庫服務器,用于數據的存儲。
      [0060] 本發(fā)明的有益效果為:
      [0061] 本發(fā)明提出的一種植物熒光圖像序列數據處理方法、Web服務器和系統(tǒng),提供了實 驗數據的上傳,下載和共享功能,通過利用Hadoop集群的分布式文件系統(tǒng)HDFS和分布式計 算框架MapReduce能夠快速實現大規(guī)模的熒光圖像序列數據的植物電信號提取,利用傳遞 熵計算植物電信號之間的傳導和關聯(lián)關系,利用信號處理的方法提取出植物電信號的波形 特征,并根據植物熒光圖像中每一圖像區(qū)域的植物電信號以及任意兩個圖像區(qū)域的植物電 信號之間的傳導和關聯(lián)關系,實現植物電信號傳導和關聯(lián)關系的可視化展示。
      【附圖說明】
      [0062] 通過閱讀下文優(yōu)選實施方式的詳細描述,各種其他的優(yōu)點和益處對于本領域普通 技術人員將變得清楚明了。附圖僅用于示出優(yōu)選實施方式的目的,而并不認為是對本發(fā)明 的限制。而且在整個附圖中,用相同的參考符號表示相同的部件。在附圖中:
      [0063] 圖1為本發(fā)明實施例的一種植物熒光圖像序列數據處理方法的流程圖;
      [0064] 圖2為本發(fā)明實施例中提出的植物電信號之間的傳導和關聯(lián)關系的拓撲圖;
      [0065] 圖3為本發(fā)明實施例中提出的Web服務器的結構框圖;
      [0066] 圖4為本發(fā)明實施例中提出的一種植物熒光圖像序列數據處理系統(tǒng)的架構圖;
      [0067] 圖5為本發(fā)明實施例的一種植物熒光圖像序列數據處理系統(tǒng)的分層邏輯結構圖。
      【具體實施方式】
      [0068] 下面詳細描述本發(fā)明的實施例,所述實施例的示例在附圖中示出,其中自始至終 相同或類似的標號表示相同或類似的元件或具有相同或類似功能的元件。下面通過參考附 圖描述的實施例是示例性的,僅用于解釋本發(fā)明,而不能解釋為對本發(fā)明的限制。
      [0069] 本技術領域技術人員可以理解,除非特意聲明,這里使用的單數形式"一"、"一 個"、"所述"和"該"也可包括復數形式。應該進一步理解的是,本發(fā)明的說明書中使用的措 辭"包括"是指存在所述特征、整數、步驟、操作、元件和/或組件,但是并不排除存在或添加 一個或多個其他特征、整數、步驟、操作、元件、組件和/或它們的組。
      [0070] 本技術領域技術人員可以理解,除非另外定義,這里使用的所有術語(包括技術 術語和科學術語),具有與本發(fā)明所屬領域中的普通技術人員的一般理解相同的意義。還應 該理解的是,諸如通用字典中定義的那些術語,應該被理解為具有與現有技術的上下文中 的意義一致的意義,并且除非被特定定義,否則不會用理想化或過于正式的含義來解釋。
      [0071] 圖1示出了本發(fā)明實施例的一種植物熒光圖像序列數據處理方法的流程圖。
      [0072] 如圖1所示,本發(fā)明實施例提出的植物熒光圖像序列數據處理方法具體包括以下 步驟:
      [0073] S1、接收終端上傳的植物熒光圖像序列數據,并將所述植物熒光圖像序列數據寫 入Hadoop集群;
      [0074] 本發(fā)明實施例中,Web服務器通過HTTP協(xié)議上傳數據和下載數據,用戶在客戶端 瀏覽器端通過Uplodify控件上傳植物熒光圖像序列數據(數據集的規(guī)模一般在MB到GB 左右,圖像數目從幾十張到幾千張),其中以Zip格式壓縮的數據集上傳后,可以進行解壓, 用戶下載數據集時以Zip格式進行壓縮,提供給用戶http下載鏈接,圖像序列數據上傳后 先緩存在Web服務器,再全部寫入到Hadoop集群,用戶下載數據集時,從Hadoop集群讀出 的圖像序列數據也同樣緩存在Web服務器,進行zip壓縮后,提供給用戶下載,用戶瀏覽圖 像序列數據時,Web服務器從HDFS讀取圖像緩存,并將TIFF圖像轉換為JPEG圖像,顯示到 客戶端。
      [0075] S2、調用所述Hadoop集群,提取所述植物熒光圖像序列數據中每一植物熒光圖像 的每一圖像區(qū)域的植物電信號;
      [0076] S3、獲取每一植物熒光圖像中任意兩個圖像區(qū)域的植物電信號之間的傳導和關聯(lián) 關系;
      [0077] 本發(fā)明實施例中,具體通過遠程調用Hadoop集群的MapReduce計算任務,完成植 物電信號提取,包括熒光圖像序列的灰度值提取,擬合;或在Web服務器完成灰度值時間序 列的平滑,擬合,和傳遞熵計算。
      [0078] S4、根據每一植物熒光圖像的每一圖像區(qū)域的植物電信號以及該植物熒光圖像中 任意兩個圖像區(qū)域的植物電信號之間的傳導和關聯(lián)關系,繪制所述植物熒光圖像序列數據 對應的植物電信號的顯示圖像,以實現所述植物電信號傳導和關聯(lián)關系的可視化展示。
      [0079] 本發(fā)明實施例中,利用Javascript,完成了熒光圖像的植物電信號時空可視化和 傳導和關聯(lián)關系可視化,包含植物電信號與熒光圖像的疊加顯示,植物電信號的偽彩圖序 列,植物電信號之間的傳遞熵的網絡拓撲圖;
      [0080] 本發(fā)明實施例提出的一種植物熒光圖像序列數據處理方法,基于Web服務器實 現,提供了實驗數據的上傳,下載和共享功能,通過利用Hadoop集群的分布式文件系統(tǒng) HDFS和分布式計算框架MapReduce能夠快速實現大規(guī)模的熒光圖像序列數據的植物電信 號提取,利用傳遞熵計算植物電信號之間的傳導和關聯(lián)關系,根據植物熒光圖像中每一圖 像區(qū)域的植物電信號以及任意兩個圖像區(qū)域的植物電信號之間的傳導和關聯(lián)關系,實現植 物電信號傳導和關聯(lián)關系的可視化展示。
      [0081] 本實施例提供的植物熒光圖像序列數據處理方法,進一步包括以下步驟:
      [0082] 對所述每一圖像區(qū)域的植物電信號進行特征值提取,并將提取出的特征信息存儲 到預設數據庫。
      [0083] 其中,植物電信號的特征值,包含波形最大值,最小值,均值,面積,寬度,高度,平 均功率,總能量,脈沖系數,波形因子,離散系數,峰度,偏度,Hjorth參數等特征。
      [0084] 具體的,所述步驟S2,進一步包括以下步驟:
      [0085] AU讀取每一圖像區(qū)域內的每個像素點,判斷該圖像區(qū)域是否為灰度圖像;
      [0086] 若該圖像區(qū)域為灰度圖像,則執(zhí)行A2 ;
      [0087] 若該圖像區(qū)域為RGB圖像,則按照如下公式計算該圖像區(qū)域的灰度值Gray:
      [0088] Gray = (R*0. 2989+G*0. 5870+B*0. 1140);
      [0089] 其中,Gray為灰度值,RGB表示顏色空間,R為像素的紅色值,G為像素的綠色值, B為像素的藍色值;
      [0090]A2、調用Hadoop集群的分布式計算框架MapReduce進行分布式計算,提取所述圖 像區(qū)域的灰度值,構建灰度值隨時間變化曲線,得到灰度時間序列;
      [0091] A3、根據預設的擬合數據的范圍,調用Hadoop集群的MapReduce對所述灰度時間 序列進行擬合,并根據得到的擬合曲線計算所述圖像區(qū)域的植物電信號曲線,得到文本格 式的植物電信號數據。
      [0092] 本實施例中,植物電信號的提取流程包括以下步驟:
      [0093] (1)讀取選定區(qū)域內的每個像素點,若為灰度圖像,執(zhí)行(2);若為RGB圖像,則按 照公式Gray = (R*0. 2989+G*0. 5870+B*0. 1140),其中Gray為灰度值,RGB表示顏色空間, R為像素的紅色值,G為像素的綠色值,B為像素的藍色值。
      [0094] (2)將選定區(qū)域內每個點的灰度值累積求和,再求平均值,即
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