ize個(gè)類型數(shù)據(jù)到數(shù)組file_arr,并修改文件指針偏移位置offset為file_arr_size*sizeof (數(shù)據(jù)類型)，設(shè)置數(shù)組的當(dāng)前索引位置arr_offset為O,設(shè)置文件已讀部分大小read_file_size為file_arr_size。計(jì)算整個(gè)文件nenn.bin的文件大小為file_size。
[0055]4)各進(jìn)程根據(jù)全局網(wǎng)格單元數(shù)循環(huán)遍歷網(wǎng)格單元信息文件nenn.bin,并判斷數(shù)組file.arr的大小減去數(shù)組的偏移是否小于一個(gè)完整的網(wǎng)格單元信息長(zhǎng)度。若數(shù)組file_arr的大小減去數(shù)組的偏移小于一個(gè)完整的網(wǎng)格單元信息長(zhǎng)度,則定位nenn.bin的文件指針，從當(dāng)前nenn.bin文件指針的位置讀數(shù)據(jù),填充到數(shù)組f ile_arr中。若數(shù)組file_arr的大小減去數(shù)組的偏移不小于一個(gè)完整的網(wǎng)格單元信息長(zhǎng)度，則定位數(shù)組file_arr的索引，將當(dāng)前數(shù)組索引下的元素給網(wǎng)格單元類型、網(wǎng)格物理實(shí)體，以及網(wǎng)格單元結(jié)點(diǎn)數(shù)組賦值，賦值完成后，修改數(shù)組索引位置arr_ofTset的值。
[0056]if ((file_arr_size - arr_offset) < (3+n_max))判斷數(shù)組剩余元素個(gè)數(shù)是否小于一個(gè)完整單元信息的長(zhǎng)度。
[0057]{
[0058]將數(shù)組的剩余元素即第arr_offset至第file_arr_size的元素值依次賦給數(shù)組的第O到第file_arr_size-arr_offset_l兀素，并用fseek函數(shù)定位nenn.bin文件指針到當(dāng)前offset值的位置。
[0059]if (f ile_size - read_f ile_size) >=arr_offset)判斷文件未讀部分是否小于數(shù)組待填充部分
[0060]{
[0061]創(chuàng)建一個(gè)大小為arr_offset的讀數(shù)據(jù)數(shù)組read_arr,用來(lái)存儲(chǔ)分塊讀的數(shù)據(jù)。
[0062]讀arr_ofTset個(gè)類型數(shù)據(jù)到數(shù)組read_arr,修改文件指針偏移位置offset=offset+arr_offset*sizeof (數(shù)據(jù)類型)
[0063]將read_arr的數(shù)組元素依次賦值給數(shù)組file_arr的后arr_offset元素。
[0064]修改已讀文件的大小read_file_size 的值，read_fiIe_size=read_fiIe_size+arr_offset
[0065]}
[0066]else
[0067]{
[0068]創(chuàng)建一個(gè)大小為file_size_read_file_size 的數(shù)組 read_arr,讀 file_size-read_file_size個(gè)類型數(shù)據(jù)到數(shù)組read_arr,修改文件指針偏移位置offset=offset+ (file_size-read_file_size) ^sizeof (數(shù)據(jù)類型)
[0069]將read_arr的數(shù)組元素依次賦值給數(shù)組file_arr的后file_size_read_file_size兀素。
[0070]修改已讀文件的大小read_f ile_size 的值，read_f ile_size=f ile_size
[0071]}
[0072]刪除數(shù)組read_arr,釋放內(nèi)存。
[0073]設(shè)置數(shù)組file_arr的索引位置arr_offset的值為O
[0074]else
[0075]{
[0076]將當(dāng)前數(shù)組索引位置的元素賦值給網(wǎng)格單元的類型elejype，以及結(jié)點(diǎn)數(shù)組
[0077]修改數(shù)組索引的值arr_offset=arr_offset+3+n_max,其中3+n_max為網(wǎng)格單兀信息的長(zhǎng)度。
[0078]}
[0079]if (分區(qū)號(hào)是否等于進(jìn)程號(hào))
[0080]{
[0081]將當(dāng)前索引位置的元素賦值給網(wǎng)格單元的結(jié)點(diǎn)數(shù)組nenn[n_max],其中n_max為構(gòu)成網(wǎng)格單元的結(jié)點(diǎn)數(shù)。將單元類型ele_type，結(jié)點(diǎn)數(shù)組nenn寫(xiě)進(jìn)以進(jìn)程號(hào)命名的網(wǎng)格單兀文件 nenn_mpi_id_physical_entity.bin。
[0082] }
[0083]判斷當(dāng)前網(wǎng)格單元的分區(qū)號(hào)是否等于本地進(jìn)程號(hào)，若分區(qū)號(hào)等于進(jìn)程號(hào)，則將網(wǎng)格單元的類型和結(jié)點(diǎn)數(shù)組寫(xiě)進(jìn)由本地進(jìn)程號(hào)和物理實(shí)體號(hào)共同命名的文件nenn_mpi_id_physical_entity.bin,若分區(qū)號(hào)不等于進(jìn)程號(hào),則修改數(shù)組索引位置,繼續(xù)循環(huán)判斷。
[0084]5)各進(jìn)程根據(jù)全局網(wǎng)格單元數(shù)global_nel循環(huán)重復(fù)步驟4)，直到整個(gè)循環(huán)結(jié)束，實(shí)現(xiàn)了網(wǎng)格的分布式存儲(chǔ)。
[0085]11.網(wǎng)格并行預(yù)處理結(jié)束。
[0086]上述說(shuō)明是針對(duì)本發(fā)明較佳可行實(shí)施例的詳細(xì)說(shuō)明，但實(shí)施例并非用以限定本發(fā)明的專利申請(qǐng)范圍，凡本發(fā)明所揭示的技術(shù)精神下所完成的同等變化或修飾變更，均應(yīng)屬于本發(fā)明所涵蓋專利范圍。
【主權(quán)項(xiàng)】
1.一種基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于，包括以下步驟: 給定計(jì)算域的網(wǎng)格的分區(qū)數(shù)； 啟動(dòng)MPI多進(jìn)程，設(shè)定進(jìn)程數(shù)； 判斷進(jìn)程數(shù)是否等于分區(qū)數(shù)，若等于則打開(kāi)網(wǎng)格文件，主進(jìn)程讀取網(wǎng)格單元信息文件，將網(wǎng)格單元平均初始分配到各個(gè)進(jìn)程，每個(gè)進(jìn)程創(chuàng)建網(wǎng)格單元的鄰接數(shù)組，否則重新啟動(dòng)MPI多進(jìn)程； 每個(gè)進(jìn)程調(diào)用ParMETIS對(duì)網(wǎng)格單元進(jìn)行網(wǎng)格劃分； 每個(gè)進(jìn)程將網(wǎng)格單元信息分塊讀到數(shù)組，設(shè)定數(shù)組的索引位置； 每個(gè)進(jìn)程循環(huán)遍歷網(wǎng)格單元信息文件，判斷數(shù)組長(zhǎng)度減去數(shù)組的索引位置號(hào)是否小于網(wǎng)格單元信息長(zhǎng)度，若小于則讀取網(wǎng)格單元信息文件的數(shù)據(jù)填充到數(shù)組中，否則將數(shù)組元素賦值給網(wǎng)格單元，并修改數(shù)組的索引位置； 判斷網(wǎng)格單元的分區(qū)號(hào)是否等于進(jìn)程號(hào)，若等于則將網(wǎng)格單元信息存儲(chǔ)到進(jìn)程文件中，否則修改數(shù)組索引位置，繼續(xù)循環(huán)判斷。
2.如權(quán)利要求1所述的基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于:計(jì)算域的網(wǎng)格的分區(qū)數(shù)小于或等于并行計(jì)算機(jī)的處理器數(shù)。
3.如權(quán)利要求1所述的基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于:鄰接數(shù)組的存儲(chǔ)格式為CSR。
4.如權(quán)利要求1所述的基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于:每個(gè)進(jìn)程調(diào)用ParMETIS的子程序ParMETIS_V3_Mesh2Dual，將網(wǎng)格單元轉(zhuǎn)化成圖。
5.如權(quán)利要求4所述的基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于:每個(gè)進(jìn)程調(diào)用ParMETIS 的子程序 ParMETIS_V3_AdaptiveRepart,對(duì)圖進(jìn)行重劃分。
6.如權(quán)利要求5所述的基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，其特征在于:每個(gè)進(jìn)程調(diào)用ParMETIS的子程序ParMETIS_V3_RefineKway,進(jìn)一步精化網(wǎng)格劃分的質(zhì)量。
【專利摘要】本發(fā)明公開(kāi)了一種基于MPI的網(wǎng)格并行預(yù)處理方法，包括給定計(jì)算域的網(wǎng)格的分區(qū)數(shù)；啟動(dòng)MPI多進(jìn)程，設(shè)定進(jìn)程數(shù)；判斷進(jìn)程數(shù)是否等于分區(qū)數(shù)，等于則打開(kāi)網(wǎng)格文件，主進(jìn)程讀取網(wǎng)格單元信息文件，將網(wǎng)格單元平均初始分配到各個(gè)進(jìn)程，每個(gè)進(jìn)程創(chuàng)建其鄰接數(shù)組，否則重新啟動(dòng)MPI多進(jìn)程；每個(gè)進(jìn)程調(diào)用ParMETIS進(jìn)行網(wǎng)格劃分；每個(gè)進(jìn)程將網(wǎng)格單元信息分塊讀到數(shù)組，設(shè)定數(shù)組的索引位置；每個(gè)進(jìn)程循環(huán)遍歷網(wǎng)格單元信息文件，判斷數(shù)組長(zhǎng)度減去數(shù)組的索引位置號(hào)是否小于網(wǎng)格單元信息長(zhǎng)度，小于則讀取網(wǎng)格單元信息文件的數(shù)據(jù)填充到數(shù)組中，否則將數(shù)組元素賦值給網(wǎng)格單元；判斷網(wǎng)格單元的分區(qū)號(hào)是否等于進(jìn)程號(hào)，等于則將網(wǎng)格單元信息存儲(chǔ)到進(jìn)程文件中，否則繼續(xù)循環(huán)判斷。
【IPC分類】G06F17-30, G06F9-38
【公開(kāi)號(hào)】CN104765589
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201410004273
【發(fā)明人】陳春艷, 羅海飆, 廖俊豪, 王婷
【申請(qǐng)人】廣州中國(guó)科學(xué)院軟件應(yīng)用技術(shù)研究所
【公開(kāi)日】2015年7月8日
【申請(qǐng)日】2014年1月2日