1.一種化合物,具有根據(jù)式I或式II的結(jié)構(gòu):
其中,
R1a、R1b、R7a和R7b獨(dú)立地選自H、取代的或未被取代的烷基、取代的或未被取代的環(huán)烷基,取代的或未被取代的雜烷基和取代的或未被取代的雜環(huán)烷基;
并且R1a和R1b與它們所連接的碳原子任選地連接在一起以形成環(huán),所述環(huán)是選自取代的或未被取代的C3-C7環(huán)烷基和取代的或未被取代的3元至7元雜環(huán)烷基的成員;
并且R7a和R7b與它們所連接的碳原子任選地連接在一起以形成環(huán),所述環(huán)是選自取代的或未被取代的C3-C7環(huán)烷基和取代的或未被取代的3元至7元雜環(huán)烷基的成員;
其中,R1a、R1b、R7a和R7b中的至少一個(gè)不是H;并且
R8選自H、
其中,Lx選自鍵、取代的或未被取代的烷基、取代的或未被取代的環(huán)烷基、取代的或未被取代的雜烷基和取代的或未被取代的雜環(huán)烷基;
Lxs選自取代的或未被取代的烷基、取代的或未被取代的環(huán)烷基、取代的或未被取代的雜烷基和取代的或未被取代的雜環(huán)烷基;
Rs選自保護(hù)或未保護(hù)的反應(yīng)性官能團(tuán)、鍵合位點(diǎn)和固體支持物;以及
Rx選自保護(hù)或未保護(hù)的反應(yīng)性官能團(tuán)和鍵合位點(diǎn);
其中,每個(gè)鍵合位點(diǎn)共價(jià)結(jié)合于獨(dú)立地選自以下的成員:核苷、核苷的接頭、核苷酸、核苷酸的接頭、寡核苷酸、寡核苷酸的接頭、核酸、核酸的接頭、載體分子、載體分子的接頭、固體支持物和固體支持物的接頭。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的化合物,其中,R1a和R1b獨(dú)立地選自未被取代的C1、C2、C3、C4、C5和C6烷基。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的化合物,其中,R1a和R1b各自是甲基。
4.根據(jù)權(quán)利要求2或3所述的化合物,其中,R7a和R7b各自是H。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的化合物,其中,R7a和R7b獨(dú)立地選自未被取代的C1、C2、C3、C4、C5和C6烷基。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的化合物,其中,R7a和R7b各自是甲基。
7.根據(jù)權(quán)利要求5或6所述的化合物,其中,R1a和R1b各自是H。
8.根據(jù)權(quán)利要求1、2和5中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,R1a、R1b、R7a和R7b獨(dú)立地選自未被取代的C1、C2、C3、C4、C5和C6烷基。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的化合物,其中,R1a、R1b、R7a和R7b各自是甲基。
10.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,Lx選自未被取代的C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7、C8、C9和C10烷基。
11.根據(jù)權(quán)利要求1-9中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,Lxs是取代的雜烷基。
12.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,Rx選自亞磷酰胺、-OH、-ODMT、-COOH、活性酯和-NH2。
13.根據(jù)權(quán)利要求1-9和11中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,Rs選自-OH、-ODMT和共價(jià)結(jié)合于固體支持物的接頭的鍵合位點(diǎn)。
14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的化合物,其中,Rx選自亞磷酰胺、-OH、-ODMT、-COOH、活性酯和-NH2。
15.根據(jù)權(quán)利要求1-10中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,Rx是共價(jià)結(jié)合于核苷的接頭的鍵合位點(diǎn),其中所述核苷具有結(jié)構(gòu):
其中標(biāo)記環(huán)的B是核堿基;
Rn3是-OH或亞磷酰胺;以及
Rn5是-OH或-ODMT。
16.根據(jù)權(quán)利要求1-9中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,R8選自:
17.一種用于檢測(cè)核酸靶序列的方法,所述方法包括:
(a)使所述靶序列與檢測(cè)核酸接觸,所述檢測(cè)核酸包括單鏈靶結(jié)合序列,所述檢測(cè)核酸具有連接于其的
i)熒光團(tuán);和
ii)根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的化合物,其中,R8包括共價(jià)結(jié)合(直接地或通過(guò)接頭)于所述檢測(cè)核酸的鍵合位點(diǎn);
其中,所述檢測(cè)核酸是在所述熒光團(tuán)被激發(fā)時(shí)允許在所述熒光團(tuán)和所述化合物之間進(jìn)行供體-受體能量轉(zhuǎn)移的構(gòu)象;
(b)使所述靶結(jié)合序列與所述靶序列雜交,由此改變所述檢測(cè)核酸的所述構(gòu)象,引起熒光參數(shù)的改變;和
(c)檢測(cè)所述熒光參數(shù)的所述改變,由此檢測(cè)所述核酸靶序列。
18.一種確定第一核酸和第二核酸是否雜交的方法,所述第一核酸包括根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的化合物,其中R8包括共價(jià)結(jié)合(直接地或通過(guò)接頭)于所述第一核酸的鍵合位點(diǎn),所述方法包括:
(a)使所述第一核酸與所述第二核酸接觸;和
(b)檢測(cè)選自所述第一核酸、所述第二核酸及其組合的成員的熒光特性的改變,由此確定所述雜交是否發(fā)生。
19.一種監(jiān)測(cè)核酸擴(kuò)增反應(yīng)的方法,所述方法包括:
(a)制備包括檢測(cè)核酸的擴(kuò)增反應(yīng)混合物,所述檢測(cè)核酸具有連接于其的
i)熒光團(tuán);和
ii)根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的化合物,其中R8包括共價(jià)結(jié)合(直接地或通過(guò)接頭)于所述檢測(cè)核酸的鍵合位點(diǎn);
(b)使擴(kuò)增反應(yīng)混合物經(jīng)受擴(kuò)增條件;
(c)監(jiān)測(cè)所述反應(yīng)混合物的來(lái)自所述檢測(cè)核酸的熒光信號(hào)以獲得測(cè)定結(jié)果;和
(d)采用測(cè)定結(jié)果監(jiān)測(cè)所述核酸擴(kuò)增反應(yīng)。
20.一種檢測(cè)靶序列的擴(kuò)增的方法,所述方法包括:
(a)使包括所述靶序列的樣品核酸與在所述靶序列側(cè)翼的PCR引物雜交;
(b)用聚合酶延伸雜交的引物以產(chǎn)生PCR產(chǎn)物,并使所述PCR產(chǎn)物的兩條鏈分離以使所述靶序列的有義鏈和反義鏈可進(jìn)入;
(c)使檢測(cè)核酸與所述PCR產(chǎn)物中的靶序列的有義鏈或反義鏈雜交,由此改變所述檢測(cè)核酸的構(gòu)象,引起熒光參數(shù)的改變,其中,所述檢測(cè)核酸包括:
i)單鏈靶結(jié)合序列,所述單鏈靶結(jié)合序列與PCR產(chǎn)物中的靶序列的至少一部分的有義鏈或反義鏈互補(bǔ),并與所述PCR引物之間的區(qū)域雜交;
ii)熒光團(tuán);和
iii)根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的化合物,其中R8包括共價(jià)結(jié)合(直接地或通過(guò)接頭)于所述檢測(cè)核酸的鍵合位點(diǎn);
其中,在檢測(cè)核酸與所述靶序列雜交之前,所述檢測(cè)核酸是在所述熒光團(tuán)被激發(fā)時(shí)允許在所述熒光團(tuán)和所述化合物之間進(jìn)行供體-受體能量轉(zhuǎn)移的構(gòu)象;以及
(d)測(cè)量所述熒光參數(shù)的所述改變以檢測(cè)所述靶序列及其擴(kuò)增。