1.式i的構(gòu)建體:
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式ii:
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的構(gòu)建體,其具有式iia:
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式iii:
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiia:
6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiib:
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的構(gòu)建體,其具有式iiib-1:
8.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiic:
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的構(gòu)建體,其具有式iiic-1:
10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的構(gòu)建體,其具有式iiic-2:
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式iv:
12.根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項所述的構(gòu)建體,其中t包含(a)編碼能夠與抗體或其抗原結(jié)合片段結(jié)合的表位的多核苷酸,且還在(a)中的所述多核苷酸的3’末端包含(b)編碼自切割肽的多核苷酸。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的構(gòu)建體,其中編碼所述自切割肽的所述核苷酸的3’末端還包含編碼(c)能夠與所述表位結(jié)合的抗體或其抗原結(jié)合片段的多核苷酸。
14.根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述t包含(a)編碼能夠與核苷酸序列元件結(jié)合的多肽序列的多核苷酸,且還在(a)中的所述多核苷酸的3’末端包含編碼自切割肽的多核苷酸。
15.根據(jù)權(quán)利要求1-14中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述自切割肽選自由t2a、p2a、e2a和f2a自切割肽組成的組。
16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的構(gòu)建體,其中所述自切割肽是t2a。
17.根據(jù)權(quán)利要求1-16中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3a包含seq?id?no:69的氨基酸序列。
18.根據(jù)權(quán)利要求1-17中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼dnmt3a的多核苷酸包含seqid?no:83的核酸序列。
19.根據(jù)權(quán)利要求1-18中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3l包括智人dnmt3l、小家鼠dnmt3l、卡氏小鼠dnmt3l、錫金小鼠dnmt3l、褐家鼠dnmt3l、黑家鼠dnmt3l、尼羅河草鼠dnmt3l、叢林鼠dnmt3l或白鼻乳鼠dntm3l。
20.根據(jù)權(quán)利要求1-19中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3l包含seq?id?no:74-82中任一項的氨基酸序列。
21.根據(jù)權(quán)利要求1-20中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼dnmt3l的多核苷酸包含seqid?no:84-92中任一項的核酸序列。
22.根據(jù)權(quán)利要求1-21中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述krab包含seq?id?no:51、53或230-241的氨基酸序列。
23.根據(jù)權(quán)利要求1-22中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼krab的所述多核苷酸包含seqid?no:52、54、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226或228的核酸序列。
24.根據(jù)權(quán)利要求1-23中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述基因表達調(diào)節(jié)劑包括kruppel相關(guān)抑制盒(krab)、zete同源物的增強子2(ezh2)、g9a、賴氨酸特異性組蛋白脫甲基酶1a(lsd1)、異染色質(zhì)蛋白1(hp1)、gata蛋白之友1(fog1)、組蛋白脫乙酰酶(hdac3)和/或dot1l。
25.根據(jù)權(quán)利要求1-24中任一項所述的方法,其中所述基因表達調(diào)節(jié)劑包含seq?idno:51、53、55、57、59、61、63、65或67的氨基酸序列。
26.根據(jù)權(quán)利要求1-25中任一項所述的方法,其中編碼所述基因表達調(diào)節(jié)劑的所述多核苷酸包含seq?id?no:52、54、56、58、60、62、64、66或68的核酸序列。
27.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包括金黃色葡萄球菌dcas9、化膿性鏈球菌dcas9、空腸彎曲桿菌dcas9、白喉棒狀桿菌dcas9、凸腹真桿菌dcas9、巴氏鏈球菌dcas9、香腸乳桿菌dcas9、球形球毛殼菌dcas9、固氮螺菌屬(例如,菌株b510)dcas9、重氮葡糖酸醋桿菌dcas9、灰奈瑟氏球菌dcas9、腸道羅斯拜瑞氏菌dcas9、食清潔劑細(xì)小棒菌dcas9、鹵水硝酸鹽裂解菌(例如菌株dsm?16511)dcas9、紅嘴鷗彎曲桿菌(例如菌株cf89-12)dcas9、嗜熱鏈球菌(例如菌株lmd-9)dcas9。
28.根據(jù)權(quán)利要求1-27中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含seq?id?no:106-122中任一項的氨基酸序列。
29.根據(jù)權(quán)利要求1-28中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含化膿性葡萄球菌dcas9。
30.根據(jù)權(quán)利要求1-29中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含seq?id?no:1的氨基酸序列。
31.根據(jù)權(quán)利要求1-30中任一項所述的構(gòu)建體,其中dcas9的n-末端部分包含seq?idno:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24的氨基酸序列。
32.根據(jù)權(quán)利要求1-31中任一項所述的構(gòu)建體,其中dcas9的c-末端部分包含seq?idno:3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23或25的氨基酸序列。
33.根據(jù)權(quán)利要求1-32中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的所述多核苷酸包含seq?id?no:26的核酸序列。
34.根據(jù)權(quán)利要求1-33中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的n-末端部分的所述多核苷酸包含seq?id?no:27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的氨基酸序列。
35.根據(jù)權(quán)利要求1-34中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的c-末端部分的所述多核苷酸包含seq?id?no:28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50的氨基酸序列。
36.根據(jù)權(quán)利要求1-35中任一項所述的構(gòu)建體,其中能夠與抗體或其抗原結(jié)合片段結(jié)合的所述表位選自由gcn4、t2a、10×gcn4和10xgfp-11組成的組。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的構(gòu)建體,其中所述gcn4包含seq?id?no:97的氨基酸序列。
38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的構(gòu)建體,其中編碼所述gcn4的所述多核苷酸包含seq?idno:101的核酸序列。
39.根據(jù)權(quán)利要求36-38中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述抗體或抗原結(jié)合片段是單結(jié)構(gòu)域抗體、scfv、fab、vh、vhh或抗體模擬物。
40.根據(jù)權(quán)利要求39所述的構(gòu)建體,其中所述抗原結(jié)合片段是scfv。
41.根據(jù)權(quán)利要求1-40中任一項所述的構(gòu)建體,其中能夠與核酸結(jié)構(gòu)元件結(jié)合的所述多肽序列選自由ms2噬菌體外殼蛋白(mcp)、pp7和pcp組成的組。
42.根據(jù)權(quán)利要求41所述的構(gòu)建體,其中能夠與核酸結(jié)構(gòu)元件結(jié)合的所述多肽序列是mcp。
43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的構(gòu)建體,其中所述mcp包含seq?id?no:100的氨基酸序列。
44.根據(jù)權(quán)利要求42-43中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述mcp的多核苷酸包含seqid?no:105的核酸序列。
45.根據(jù)權(quán)利要求41-44中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述核酸結(jié)構(gòu)元件是rna發(fā)夾基序。
46.根據(jù)權(quán)利要求45所述的構(gòu)建體,其中所述rna發(fā)夾基序選自由ms2和pp7組成的組。
47.根據(jù)權(quán)利要求45-46中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述rna發(fā)夾基序是ms2?rna發(fā)夾基序。
48.根據(jù)權(quán)利要求47所述的構(gòu)建體,其中所述ms2?rna發(fā)夾基序包含seq?id?no:104的核酸序列。
49.根據(jù)權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體,所述構(gòu)建體包含seq?id?no:162-189中任一項的核酸序列。
50.一種多肽,其由權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體表達。
51.一種載體,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。
52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的載體,所述載體還包含編碼單一引導(dǎo)rna(sgrna)的多核苷酸。
53.根據(jù)權(quán)利要求51-52中任一項所述的載體,其中編碼sgrna的多核苷酸還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。
54.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。
55.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求50所述的多肽。
56.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求51-53中任一項所述的載體。
57.根據(jù)權(quán)利要求54到56中任一項所述的細(xì)胞,所述細(xì)胞還包含至少一種sgrna。
58.根據(jù)權(quán)利要求57所述的細(xì)胞,其中所述至少一種sgrna還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。
59.一種組合物,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。
60.一種組合物,其包含權(quán)利要求50所述的多肽。
61.一種組合物,其包含權(quán)利要求51-53中任一項所述的載體。
62.根據(jù)權(quán)利要求59-61中任一項所述的組合物,所述組合物還包含至少一種sgrna。
63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的組合物,其中所述sgrna還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。
64.根據(jù)權(quán)利要求59-63中任一項所述的組合物,所述組合物還包含藥學(xué)上可接受的載體。
65.權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的多肽在制備用于在細(xì)胞群中改變基因產(chǎn)物的表達并使脫靶修飾最小化的試劑的用途,所述改變是通過包括向所述細(xì)胞群中引入以下物質(zhì)的步驟:
66.根據(jù)權(quán)利要求65所述的用途,
67.根據(jù)權(quán)利要求66所述的用途,所述改變還通過向所述細(xì)胞引入:
68.根據(jù)權(quán)利要求65所述的用途,
69.根據(jù)權(quán)利要求68所述的用途,所述改變還通過向所述細(xì)胞引入:
70.權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽在制備用于體內(nèi)減少或消除受試者中基因產(chǎn)物表達的藥物的用途,所述減少或消除是通過包括向所述受試者的細(xì)胞中引入以下物質(zhì)的步驟:
71.權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽在制備用于治療或減輕受試者的基因產(chǎn)物相關(guān)病癥的癥狀的藥物的用途,所述治療或減輕是通過包括向所述受試者的細(xì)胞中引入以下物質(zhì)的步驟:
72.根據(jù)權(quán)利要求65-69中任一項所述的用途,其中與野生型細(xì)胞群相比,所述基因產(chǎn)物在所述多個經(jīng)修飾的細(xì)胞中的表達減少50-100%。
73.根據(jù)權(quán)利要求65-69中任一項所述的用途,其中所述基因產(chǎn)物的中靶修飾與所述基因產(chǎn)物的脫靶修飾之比為約10∶1。
74.根據(jù)權(quán)利要求65-73中任一項所述的用途,其中至少一個核苷酸的修飾是dna甲基化或組蛋白修飾。
75.根據(jù)權(quán)利要求74所述的用途,其中至少一個核苷酸的修飾是dna甲基化。
76.根據(jù)權(quán)利要求65-75中任一項所述的用途,其中所述基因的調(diào)控元件是核心啟動子、近端啟動子、遠(yuǎn)端增強子、沉默子、絕緣體元件、邊界元件或基因座控制區(qū)。
77.根據(jù)權(quán)利要求65-76中任一項所述的用途,其中所述基因附近和/或所述基因調(diào)節(jié)元件內(nèi)的至少一個核苷酸的修飾位于所述基因的轉(zhuǎn)錄起始位點上游約100bp、約200bp、約300bp、約400bp、約500bp、約600bp、約700bp、約800bp、約900bp、約1000bp、約1100bp、約1200bp、約1300bp、約1400bp或約1500bp內(nèi)。
78.根據(jù)權(quán)利要求65-76中任一項所述的用途,其中所述基因附近和/或所述基因調(diào)節(jié)元件內(nèi)的至少一個核苷酸的修飾位于所述基因的轉(zhuǎn)錄起始位點下游約100bp、約200bp、約300bp、約400bp、約500bp、約600bp、約700bp、約800bp、約900bp、約1000bp、約1100bp、約1200bp、約1300bp、約1400bp或約1500bp內(nèi)。
79.根據(jù)權(quán)利要求65-78中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體是脫氧核糖核酸(dna)。
80.根據(jù)權(quán)利要求65-78中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體是信使核糖核酸(mrna)。
81.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體被配制在脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。
82.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。
83.根據(jù)權(quán)利要求82所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在相同的脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。
84.根據(jù)權(quán)利要求82所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在不同的脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。
85.根據(jù)權(quán)利要求81-84中任一項所述的用途,其中所述脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒包含可電離脂質(zhì)(20%-70%,摩爾比)、聚乙二醇化脂質(zhì)(0%-30%,摩爾比)、支撐脂質(zhì)(30%-50%,摩爾比)和膽固醇(10%-50%,摩爾比)。
86.根據(jù)權(quán)利要求85所述的用途,其中可電離脂質(zhì)選自由ph響應(yīng)性可電離脂質(zhì)、熱響應(yīng)性可電離脂質(zhì)和光響應(yīng)性可電離脂質(zhì)組成的組。
87.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體被配制在aav載體中。
88.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在aav載體中。
89.根據(jù)權(quán)利要求88所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在相同的aav載體中。
90.根據(jù)權(quán)利要求88所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在不同的aav載體中。
91.根據(jù)權(quán)利要求65-90中任一項所述的用途,所述試劑或藥物通過局部注射、全身輸注或其組合將所述構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽遞送至所述細(xì)胞。
92.根據(jù)權(quán)利要求65-91中任一項所述的用途,其中所述基因產(chǎn)物選自由以下組成的組:vegfa基因產(chǎn)物、pcsk9基因產(chǎn)物、angptl3基因產(chǎn)物、ptbp1基因產(chǎn)物、ttr基因產(chǎn)物、ube3a-ats基因產(chǎn)物、ptp1b基因產(chǎn)物、apoc3基因產(chǎn)物、hsd17b13基因產(chǎn)物、bcl11a基因產(chǎn)物和tgf-β基因產(chǎn)物。
93.根據(jù)權(quán)利要求70-92中任一項所述的用途,其中所述受試者是人。
94.根據(jù)權(quán)利要求67-92中任一項所述的用途,其中所述藥物用于治療或預(yù)防選自由以下疾病或病癥組成的組:家族性高膽固醇血癥(fh)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、帕金森病、肝纖維化(hf)、年齡相關(guān)性黃斑病(amd)、安格爾曼綜合征(as)、ii型糖尿病、β-地中海貧血和肝細(xì)胞癌。