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      基因組編輯的組合物和方法與流程

      文檔序號:40283963發(fā)布日期:2024-12-11 13:26閱讀:來源:國知局

      技術(shù)特征:

      1.式i的構(gòu)建體:

      2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式ii:

      3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的構(gòu)建體,其具有式iia:

      4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式iii:

      5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiia:

      6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiib:

      7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的構(gòu)建體,其具有式iiib-1:

      8.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建體,其具有式iiic:

      9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的構(gòu)建體,其具有式iiic-1:

      10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的構(gòu)建體,其具有式iiic-2:

      11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建體,其具有式iv:

      12.根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項所述的構(gòu)建體,其中t包含(a)編碼能夠與抗體或其抗原結(jié)合片段結(jié)合的表位的多核苷酸,且還在(a)中的所述多核苷酸的3’末端包含(b)編碼自切割肽的多核苷酸。

      13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的構(gòu)建體,其中編碼所述自切割肽的所述核苷酸的3’末端還包含編碼(c)能夠與所述表位結(jié)合的抗體或其抗原結(jié)合片段的多核苷酸。

      14.根據(jù)權(quán)利要求1-11中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述t包含(a)編碼能夠與核苷酸序列元件結(jié)合的多肽序列的多核苷酸,且還在(a)中的所述多核苷酸的3’末端包含編碼自切割肽的多核苷酸。

      15.根據(jù)權(quán)利要求1-14中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述自切割肽選自由t2a、p2a、e2a和f2a自切割肽組成的組。

      16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的構(gòu)建體,其中所述自切割肽是t2a。

      17.根據(jù)權(quán)利要求1-16中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3a包含seq?id?no:69的氨基酸序列。

      18.根據(jù)權(quán)利要求1-17中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼dnmt3a的多核苷酸包含seqid?no:83的核酸序列。

      19.根據(jù)權(quán)利要求1-18中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3l包括智人dnmt3l、小家鼠dnmt3l、卡氏小鼠dnmt3l、錫金小鼠dnmt3l、褐家鼠dnmt3l、黑家鼠dnmt3l、尼羅河草鼠dnmt3l、叢林鼠dnmt3l或白鼻乳鼠dntm3l。

      20.根據(jù)權(quán)利要求1-19中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dnmt3l包含seq?id?no:74-82中任一項的氨基酸序列。

      21.根據(jù)權(quán)利要求1-20中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼dnmt3l的多核苷酸包含seqid?no:84-92中任一項的核酸序列。

      22.根據(jù)權(quán)利要求1-21中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述krab包含seq?id?no:51、53或230-241的氨基酸序列。

      23.根據(jù)權(quán)利要求1-22中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼krab的所述多核苷酸包含seqid?no:52、54、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226或228的核酸序列。

      24.根據(jù)權(quán)利要求1-23中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述基因表達調(diào)節(jié)劑包括kruppel相關(guān)抑制盒(krab)、zete同源物的增強子2(ezh2)、g9a、賴氨酸特異性組蛋白脫甲基酶1a(lsd1)、異染色質(zhì)蛋白1(hp1)、gata蛋白之友1(fog1)、組蛋白脫乙酰酶(hdac3)和/或dot1l。

      25.根據(jù)權(quán)利要求1-24中任一項所述的方法,其中所述基因表達調(diào)節(jié)劑包含seq?idno:51、53、55、57、59、61、63、65或67的氨基酸序列。

      26.根據(jù)權(quán)利要求1-25中任一項所述的方法,其中編碼所述基因表達調(diào)節(jié)劑的所述多核苷酸包含seq?id?no:52、54、56、58、60、62、64、66或68的核酸序列。

      27.根據(jù)權(quán)利要求1-26中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包括金黃色葡萄球菌dcas9、化膿性鏈球菌dcas9、空腸彎曲桿菌dcas9、白喉棒狀桿菌dcas9、凸腹真桿菌dcas9、巴氏鏈球菌dcas9、香腸乳桿菌dcas9、球形球毛殼菌dcas9、固氮螺菌屬(例如,菌株b510)dcas9、重氮葡糖酸醋桿菌dcas9、灰奈瑟氏球菌dcas9、腸道羅斯拜瑞氏菌dcas9、食清潔劑細(xì)小棒菌dcas9、鹵水硝酸鹽裂解菌(例如菌株dsm?16511)dcas9、紅嘴鷗彎曲桿菌(例如菌株cf89-12)dcas9、嗜熱鏈球菌(例如菌株lmd-9)dcas9。

      28.根據(jù)權(quán)利要求1-27中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含seq?id?no:106-122中任一項的氨基酸序列。

      29.根據(jù)權(quán)利要求1-28中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含化膿性葡萄球菌dcas9。

      30.根據(jù)權(quán)利要求1-29中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述dcas9包含seq?id?no:1的氨基酸序列。

      31.根據(jù)權(quán)利要求1-30中任一項所述的構(gòu)建體,其中dcas9的n-末端部分包含seq?idno:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24的氨基酸序列。

      32.根據(jù)權(quán)利要求1-31中任一項所述的構(gòu)建體,其中dcas9的c-末端部分包含seq?idno:3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23或25的氨基酸序列。

      33.根據(jù)權(quán)利要求1-32中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的所述多核苷酸包含seq?id?no:26的核酸序列。

      34.根據(jù)權(quán)利要求1-33中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的n-末端部分的所述多核苷酸包含seq?id?no:27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47或49的氨基酸序列。

      35.根據(jù)權(quán)利要求1-34中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述dcas9的c-末端部分的所述多核苷酸包含seq?id?no:28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或50的氨基酸序列。

      36.根據(jù)權(quán)利要求1-35中任一項所述的構(gòu)建體,其中能夠與抗體或其抗原結(jié)合片段結(jié)合的所述表位選自由gcn4、t2a、10×gcn4和10xgfp-11組成的組。

      37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的構(gòu)建體,其中所述gcn4包含seq?id?no:97的氨基酸序列。

      38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的構(gòu)建體,其中編碼所述gcn4的所述多核苷酸包含seq?idno:101的核酸序列。

      39.根據(jù)權(quán)利要求36-38中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述抗體或抗原結(jié)合片段是單結(jié)構(gòu)域抗體、scfv、fab、vh、vhh或抗體模擬物。

      40.根據(jù)權(quán)利要求39所述的構(gòu)建體,其中所述抗原結(jié)合片段是scfv。

      41.根據(jù)權(quán)利要求1-40中任一項所述的構(gòu)建體,其中能夠與核酸結(jié)構(gòu)元件結(jié)合的所述多肽序列選自由ms2噬菌體外殼蛋白(mcp)、pp7和pcp組成的組。

      42.根據(jù)權(quán)利要求41所述的構(gòu)建體,其中能夠與核酸結(jié)構(gòu)元件結(jié)合的所述多肽序列是mcp。

      43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的構(gòu)建體,其中所述mcp包含seq?id?no:100的氨基酸序列。

      44.根據(jù)權(quán)利要求42-43中任一項所述的構(gòu)建體,其中編碼所述mcp的多核苷酸包含seqid?no:105的核酸序列。

      45.根據(jù)權(quán)利要求41-44中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述核酸結(jié)構(gòu)元件是rna發(fā)夾基序。

      46.根據(jù)權(quán)利要求45所述的構(gòu)建體,其中所述rna發(fā)夾基序選自由ms2和pp7組成的組。

      47.根據(jù)權(quán)利要求45-46中任一項所述的構(gòu)建體,其中所述rna發(fā)夾基序是ms2?rna發(fā)夾基序。

      48.根據(jù)權(quán)利要求47所述的構(gòu)建體,其中所述ms2?rna發(fā)夾基序包含seq?id?no:104的核酸序列。

      49.根據(jù)權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體,所述構(gòu)建體包含seq?id?no:162-189中任一項的核酸序列。

      50.一種多肽,其由權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體表達。

      51.一種載體,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。

      52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的載體,所述載體還包含編碼單一引導(dǎo)rna(sgrna)的多核苷酸。

      53.根據(jù)權(quán)利要求51-52中任一項所述的載體,其中編碼sgrna的多核苷酸還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。

      54.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。

      55.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求50所述的多肽。

      56.一種細(xì)胞,其包含權(quán)利要求51-53中任一項所述的載體。

      57.根據(jù)權(quán)利要求54到56中任一項所述的細(xì)胞,所述細(xì)胞還包含至少一種sgrna。

      58.根據(jù)權(quán)利要求57所述的細(xì)胞,其中所述至少一種sgrna還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。

      59.一種組合物,其包含權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體。

      60.一種組合物,其包含權(quán)利要求50所述的多肽。

      61.一種組合物,其包含權(quán)利要求51-53中任一項所述的載體。

      62.根據(jù)權(quán)利要求59-61中任一項所述的組合物,所述組合物還包含至少一種sgrna。

      63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的組合物,其中所述sgrna還包含2-20個拷貝的所述核酸結(jié)構(gòu)元件。

      64.根據(jù)權(quán)利要求59-63中任一項所述的組合物,所述組合物還包含藥學(xué)上可接受的載體。

      65.權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的多肽在制備用于在細(xì)胞群中改變基因產(chǎn)物的表達并使脫靶修飾最小化的試劑的用途,所述改變是通過包括向所述細(xì)胞群中引入以下物質(zhì)的步驟:

      66.根據(jù)權(quán)利要求65所述的用途,

      67.根據(jù)權(quán)利要求66所述的用途,所述改變還通過向所述細(xì)胞引入:

      68.根據(jù)權(quán)利要求65所述的用途,

      69.根據(jù)權(quán)利要求68所述的用途,所述改變還通過向所述細(xì)胞引入:

      70.權(quán)利要求1-48中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽在制備用于體內(nèi)減少或消除受試者中基因產(chǎn)物表達的藥物的用途,所述減少或消除是通過包括向所述受試者的細(xì)胞中引入以下物質(zhì)的步驟:

      71.權(quán)利要求1-49中任一項所述的構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽在制備用于治療或減輕受試者的基因產(chǎn)物相關(guān)病癥的癥狀的藥物的用途,所述治療或減輕是通過包括向所述受試者的細(xì)胞中引入以下物質(zhì)的步驟:

      72.根據(jù)權(quán)利要求65-69中任一項所述的用途,其中與野生型細(xì)胞群相比,所述基因產(chǎn)物在所述多個經(jīng)修飾的細(xì)胞中的表達減少50-100%。

      73.根據(jù)權(quán)利要求65-69中任一項所述的用途,其中所述基因產(chǎn)物的中靶修飾與所述基因產(chǎn)物的脫靶修飾之比為約10∶1。

      74.根據(jù)權(quán)利要求65-73中任一項所述的用途,其中至少一個核苷酸的修飾是dna甲基化或組蛋白修飾。

      75.根據(jù)權(quán)利要求74所述的用途,其中至少一個核苷酸的修飾是dna甲基化。

      76.根據(jù)權(quán)利要求65-75中任一項所述的用途,其中所述基因的調(diào)控元件是核心啟動子、近端啟動子、遠(yuǎn)端增強子、沉默子、絕緣體元件、邊界元件或基因座控制區(qū)。

      77.根據(jù)權(quán)利要求65-76中任一項所述的用途,其中所述基因附近和/或所述基因調(diào)節(jié)元件內(nèi)的至少一個核苷酸的修飾位于所述基因的轉(zhuǎn)錄起始位點上游約100bp、約200bp、約300bp、約400bp、約500bp、約600bp、約700bp、約800bp、約900bp、約1000bp、約1100bp、約1200bp、約1300bp、約1400bp或約1500bp內(nèi)。

      78.根據(jù)權(quán)利要求65-76中任一項所述的用途,其中所述基因附近和/或所述基因調(diào)節(jié)元件內(nèi)的至少一個核苷酸的修飾位于所述基因的轉(zhuǎn)錄起始位點下游約100bp、約200bp、約300bp、約400bp、約500bp、約600bp、約700bp、約800bp、約900bp、約1000bp、約1100bp、約1200bp、約1300bp、約1400bp或約1500bp內(nèi)。

      79.根據(jù)權(quán)利要求65-78中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體是脫氧核糖核酸(dna)。

      80.根據(jù)權(quán)利要求65-78中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體是信使核糖核酸(mrna)。

      81.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體被配制在脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。

      82.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。

      83.根據(jù)權(quán)利要求82所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在相同的脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。

      84.根據(jù)權(quán)利要求82所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在不同的脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒中。

      85.根據(jù)權(quán)利要求81-84中任一項所述的用途,其中所述脂質(zhì)體或脂質(zhì)納米顆粒包含可電離脂質(zhì)(20%-70%,摩爾比)、聚乙二醇化脂質(zhì)(0%-30%,摩爾比)、支撐脂質(zhì)(30%-50%,摩爾比)和膽固醇(10%-50%,摩爾比)。

      86.根據(jù)權(quán)利要求85所述的用途,其中可電離脂質(zhì)選自由ph響應(yīng)性可電離脂質(zhì)、熱響應(yīng)性可電離脂質(zhì)和光響應(yīng)性可電離脂質(zhì)組成的組。

      87.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體被配制在aav載體中。

      88.根據(jù)權(quán)利要求65-80中任一項所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在aav載體中。

      89.根據(jù)權(quán)利要求88所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在相同的aav載體中。

      90.根據(jù)權(quán)利要求88所述的用途,其中所述構(gòu)建體和所述sgrna被配制在不同的aav載體中。

      91.根據(jù)權(quán)利要求65-90中任一項所述的用途,所述試劑或藥物通過局部注射、全身輸注或其組合將所述構(gòu)建體或由所述構(gòu)建體表達的一種或多種多肽遞送至所述細(xì)胞。

      92.根據(jù)權(quán)利要求65-91中任一項所述的用途,其中所述基因產(chǎn)物選自由以下組成的組:vegfa基因產(chǎn)物、pcsk9基因產(chǎn)物、angptl3基因產(chǎn)物、ptbp1基因產(chǎn)物、ttr基因產(chǎn)物、ube3a-ats基因產(chǎn)物、ptp1b基因產(chǎn)物、apoc3基因產(chǎn)物、hsd17b13基因產(chǎn)物、bcl11a基因產(chǎn)物和tgf-β基因產(chǎn)物。

      93.根據(jù)權(quán)利要求70-92中任一項所述的用途,其中所述受試者是人。

      94.根據(jù)權(quán)利要求67-92中任一項所述的用途,其中所述藥物用于治療或預(yù)防選自由以下疾病或病癥組成的組:家族性高膽固醇血癥(fh)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、帕金森病、肝纖維化(hf)、年齡相關(guān)性黃斑病(amd)、安格爾曼綜合征(as)、ii型糖尿病、β-地中海貧血和肝細(xì)胞癌。


      技術(shù)總結(jié)
      本公開提供了用于體內(nèi)靶向減少或消除VEGFA基因產(chǎn)物的基于CRISPR/Cas9的融合分子和引導(dǎo)RNA。本公開還涉及其制劑、生產(chǎn)方法和使用方法。

      技術(shù)研發(fā)人員:周昌陽,孫怡迪,毛少帥,彭文博
      受保護的技術(shù)使用者:益杰立科(上海)生物科技有限公司
      技術(shù)研發(fā)日:
      技術(shù)公布日:2024/12/10
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