性也可認(rèn)為是相似性（即具有相似化學(xué)特性/功能的氨基酸殘基），但是在 本發(fā)明的上下文中，優(yōu)選以序列同一性表示同源性。
[0373] 可以通過目測(cè)，或者更常用的，借助易于獲得的序列比較程序進(jìn)行同源性比較。這 些商業(yè)性計(jì)算機(jī)程序能計(jì)算兩種或多種序列之間的％同源性。
[0374] 可以對(duì)連續(xù)序列計(jì)算％同源性，即將一種序列與其它序列進(jìn)行比對(duì)，并將一種序 列中的每一個(gè)氨基酸與其它序列中的相應(yīng)氨基酸直接進(jìn)行比較，每次一個(gè)殘基。這稱為"無 空位"比對(duì)。通常只對(duì)較短數(shù)目的殘基進(jìn)行這種無空位比對(duì)。
[0375] 盡管這是一種非常簡(jiǎn)單且可靠的方法，然而它未能考慮，例如，在序列的其它相同 配對(duì)中，一處插入或刪除將引起后面的氨基酸殘基無法進(jìn)行對(duì)比，由此可能導(dǎo)致在進(jìn)行整 體對(duì)比時(shí)％同源性大大降低。因此，大多數(shù)序列比較方法設(shè)計(jì)成在考慮到可能的插入和刪 除的條件下生成最佳對(duì)比，而不過度處罰整體同源性得分。這是通過在序列對(duì)比中插入"空 位"以設(shè)法使局部同源性最大化而實(shí)現(xiàn)的。
[0376] 可是，這些更加復(fù)雜的方法給比對(duì)中發(fā)生的每個(gè)空位賦予"空位罰分"，使得對(duì)于 相同數(shù)目的相同氨基酸而言，具有盡可能少的空位的序列比對(duì)（反映了兩種比較序列之間 的較高相關(guān)性）將獲得比具有許多空位的序列比對(duì)更高的得分。通常使用"仿射空位成本 (affine gap costs)"，其對(duì)空位的存在處以較高代價(jià)，而對(duì)空位中的每一個(gè)后續(xù)殘基處以 較低罰分。這是最常用的空位評(píng)分系統(tǒng)。高空位罰分當(dāng)然產(chǎn)生具有較少空位的優(yōu)化比對(duì)。 大多數(shù)比對(duì)程序容許修改空位罰分?？墒?，在使用這種軟件進(jìn)行序列比較時(shí)，優(yōu)選使用缺省 值。
[0377] 因此，最大％同源性的計(jì)算首先需要生成考慮空位罰分的最佳比對(duì)。適合進(jìn)行這 種比對(duì)的計(jì)算機(jī)程序是Vector NTI Advance? 11 (Invitrogen Corp.)。可以進(jìn)行序列比 較的其他軟件的實(shí)例包括但不限于BLAST軟件包（參見Ausubel等，1999Short Protocols in Molecular Biology，4th Ed-第 18 章 ），BLAST 2(參見 FEMS Microbiol Lett 1999174(2) :247-50 ；FEMS Microbiol Lett 1999177 (I) : 187-8 和 tatianaOncbi. nlm. nih. gov)和卩六5了六仏1七8(*111等，199(^.]\1〇1.8丨〇1.403-410)和六1丨81^。至少81^51\81^5了2和 FASTA能進(jìn)行離線和在線搜索（參見Ausubel等，1999, 7-58至7-60頁）。
[0378] 盡管最終的％同源性可以根據(jù)同一性進(jìn)行測(cè)量，然而比對(duì)過程自身通常不是基于 "全是或全非"成對(duì)比較。相反，通常使用尺度相似性評(píng)分矩陣，其根據(jù)化學(xué)相似性或進(jìn)化距 離給每對(duì)比較賦予得分。常用的此類矩陣的實(shí)例是BL0SUM62矩陣，即BLAST程序套件的缺 省矩陣。Vector NTI程序通常使用公開的缺省值或定制的符號(hào)比較表，如果提供的話（其 他細(xì)節(jié)見用戶手冊(cè)）。對(duì)于有些應(yīng)用，優(yōu)選使用Vector NTI軟件包的缺省值。
[0379] 可選地，可以使用以與 CLUSTAL (Higgins DG 和 Sharp PM, 1988, Gene 73(1):237-244)類似的算法為基礎(chǔ)的Vector NTI (Invitrogen Corp.)中的多重比對(duì)特點(diǎn) 來計(jì)算百分比同源性。
[0380] 一旦軟件生成了最佳比對(duì)，即可計(jì)算％同源性，優(yōu)選％序列同一性。軟件通常將其 作為序列比較的一部分來執(zhí)行，并生成數(shù)值結(jié)果。
[0381] 如果在確定序列同一性時(shí)使用空位罰分，則優(yōu)選使用下列參數(shù)進(jìn)行成對(duì)比對(duì)。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 降解含有不溶性阿拉伯木聚糖的材料的方法，所述方法包括將所述材料與木聚糖酶 混合，所述木聚糖酶包含（或組成為）如SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8中所 示的多肽序列、或其與SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8具有至少80%同一性 (適當(dāng)?shù)刂辽?5%、適當(dāng)?shù)刂辽?0%、適當(dāng)?shù)刂辽?5%同一,性）的變體、片段、同源物或衍 生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5所示的核苷酸序列 或可以與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條件下雜交的核苷酸序列、 或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同一性（適當(dāng)?shù)刂辽?5%、 適當(dāng)?shù)刂辽?0%、適當(dāng)?shù)刂辽?3%同一性）的核苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢 鐮刀菌獲得或所述木聚糖酶從尖孢鐮刀菌獲得。
2. 木聚糖酶用于降解含有木聚糖的材料（優(yōu)選含有阿拉伯木聚糖的材料，優(yōu)選含有不 溶性阿拉伯木聚糖的材料）的用途，所述木聚糖酶包含（或組成為）如SEQ ID NaUSEQ ID No. 2 或 SEQ ID No. 8 中所示的多肽序列、或其與 SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2 或 SEQ ID No. 8具有至少80%同一性（適當(dāng)?shù)刂辽?5%、適當(dāng)?shù)刂辽?0%、適當(dāng)?shù)刂辽?5%同一性） 的變體、片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5所示的核苷酸序列或可以與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條 件下雜交的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同 一,性（適當(dāng)?shù)刂辽?5%、適當(dāng)?shù)刂辽?0%、適當(dāng)?shù)刂辽?3%同一,性）的核苷酸序列編碼，或 所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得或所述木聚糖酶從尖孢鐮刀菌獲得。
3. 權(quán)利要求1或權(quán)利要求2的方法或用途，其中所述含有阿拉伯木聚糖的材料是植物 組合物。
4. 權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)的方法或用途，其中所述植物組合物是基于谷類的產(chǎn)品，例如， 基于玉米的廣品、基于小麥的廣品、基于大麥的廣品、基于黑麥的廣品、基于黑小麥的廣品、 基于燕麥的廣品。
5. 權(quán)利要求4的方法，其中所述基于玉米的產(chǎn)品是基于玉米的飼料產(chǎn)品或其部分。
6. 權(quán)利要求3-4任一項(xiàng)的方法，其中所述植物組合物是谷粒材料、麥芽漿、麥芽汁、附 屬物、麥芽或其部分。
7. 權(quán)利要求1或權(quán)利要求2的方法，其中所述方法還包括加入一種或多種額外的植物 材料。
8. 權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)的方法，其中通過將所述植物組合物與木聚糖酶混合，將木聚 糖酶噴霧到植物組合物上或?qū)⒅参锝M合物浸入包含木聚糖酶的制劑中來將植物組合物與 木聚糖酶接觸。
9. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中所述植物組合物包含高纖維植物材料（例 如，高纖維飼料材料）。
10. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中所述含有阿拉伯木聚糖的材料包含（或組 成基本上為或組成為）植物副產(chǎn)物，如谷蛋白粉或谷蛋白飼料或蒸餾干谷粒或蒸餾干谷粒 可溶物（DDGS)、小麥粗粉、小麥纖維、小麥麩皮、次小麥粉、米糠、稻殼、或燕麥殼。
11. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中所述含有阿拉伯木聚糖的材料是復(fù)合飼料、 復(fù)合飼料成分、復(fù)合飼料的預(yù)混料、草料、草料成分、或草料預(yù)混料。
12. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，所述方法還包括將植物組合物形成粉狀飼料 (meal)、顆粒飼料（pellet)、堅(jiān)果狀飼料（nut)、餅狀飼料（cake)或碎肩狀飼料（crumble)。
13. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，所述木聚糖酶與選自淀粉酶（包括a-淀粉酶 (E. C. 3. 2. I. I)，G4-形成淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 60)，0 -淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 2)和 y -淀粉酶 (E. C. 3. 2. L 3)和/或蛋白酶（例如枯草桿菌蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. 62)或bacillolysin(E. C. 3. 4. 24. 28)或堿性絲氨酸蛋白酶（E. C. 3. 4. 21.x)或角蛋白酶（E. C. 3. 4.x. X))的一種或 多種酶組合使用。
14. 根據(jù)前述權(quán)利要求任一項(xiàng)的方法，其中所述木聚糖酶與淀粉酶（例如a -淀粉酶 (E.C. 3. 2. I. 1))和蛋白酶（例如，枯草桿菌蛋白酶（E.C. 3. 4. 21. 62))組合使用。
15. 根據(jù)前述方法任一項(xiàng)的方法，其中所述木聚糖酶與0-葡聚糖酶，例如內(nèi) 切-1，3 (4) - 0 -葡聚糖酶（E. C. 3. 2. 1. 6)組合使用。
16. 通過權(quán)利要求1-15任一項(xiàng)的方法制備的基于植物的產(chǎn)品（例如，基于谷物的產(chǎn) 品）。
17. 植物組合物（例如，基于玉米或小麥的產(chǎn)品），其包含植物組合物（例如，玉米或小 麥）和/或副產(chǎn)物（例如，玉米或小麥副產(chǎn)物）和木聚糖酶，所述木聚糖酶包含如SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2 或 SEQ ID No. 8 中所示的多肽序列、或其與 SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2 或SEQ ID No. 8具有至少80%同一性的變體、片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如 SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4 或 SEQ ID No. 5 所示的核苷酸序列或可以與 SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條件下雜交的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同一性的核苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮 刀菌獲得。
18. 權(quán)利要求17的植物組合物，其中所述植物組合物是基于谷物的產(chǎn)品，合適地是基 于谷物的飼料產(chǎn)品。
19. 權(quán)利要求17或權(quán)利要求18的植物組合物，其進(jìn)一步包含選自淀粉酶（包括 a -淀粉酶（E. C. 3. 2. I. I)，G4-形成淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 60)，0 -淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 2) 和y-淀粉酶（E.C. 3. 2. 1.3)和/或蛋白酶（例如枯草桿菌蛋白酶（E.C. 3.4. 21.62) 或bacillolysin(E. C. 3. 4. 24. 28)或堿性絲氨酸蛋白酶（E. C. 3. 4. 21.x)或角蛋白酶 (E. C. 3. 4.X. X))的一種或多種酶。
20. 權(quán)利要求17-19任一項(xiàng)的植物組合物，其進(jìn)一步包含淀粉酶（例如，a -淀粉酶 (E. C. 3. 2. I. 1))和蛋白酶（例如，枯草桿菌蛋白酶（E.C. 3. 4. 21. 62))。
21. 權(quán)利要求17-20任一項(xiàng)的植物組合物，其進(jìn)一步包含0-葡聚糖酶，例如，內(nèi) 切-1，3 (4) - 0 -葡聚糖酶（E. C. 3. 2. 1. 6)。
22. 制備飼料添加劑組合物的方法，其包括將木聚糖酶與飼料可接受的載體、稀釋劑或 賦形劑混合，并（任選地）包裝，所述木聚糖酶包含如SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8中所示的多肽序列、或其與SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8具有至少80 % 同一性的變體、片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或 SEQ ID No. 5所示的核苷酸序列或可以與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高 嚴(yán)格條件下雜交的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少 80%同一性的核苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得。
23. 權(quán)利要求22的方法，其中將所述木聚糖酶與選自淀粉酶（包括a-淀粉酶 (E. C. 3. 2. I. I)，G4-形成淀粉酶（E. C. 3. 2. I. 60)，0 -淀粉酶（E. C. 3. 2. I. 2)和 y -淀粉酶 (E. C. 3. 2. L 3)和/或蛋白酶（例如枯草桿菌蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. 62)或bacillolysin(E. C. 3. 4. 24. 28)或堿性絲氨酸蛋白酶（E. C. 3. 4. 21.x)或角蛋白酶（E. C. 3. 4.x. X))的一種或 多種酶混合。
24. 權(quán)利要求22或權(quán)利要求23的方法，其中將所述木聚糖酶與淀粉酶（例如，a -淀 粉酶（E. C. 3. 2. I. 1))和蛋白酶（例如，枯草桿菌蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. 62))混合。
25. 權(quán)利要求22-24任一項(xiàng)的方法，其中將木聚糖酶與0-葡聚糖酶，例如，內(nèi) 切-1，3 (4) - 0 -葡聚糖酶（E. C. 3. 2. 1. 6)混合。
26. 飼料添加劑組合物，其包含木聚糖酶和飼料可接受的載體、稀釋劑或賦形劑混合， 并任選地包裝，所述木聚糖酶包含如SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8中所示的 多肽序列、或其與SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8具有至少80%同一性的變體、 片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5所 示的核苷酸序列或可以與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條件下雜交 的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同一性的核 苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得。
27. 預(yù)混料，其包含權(quán)利要求26的飼料添加劑組合物或木聚糖酶與至少一種礦物質(zhì)和 /或至少一種維生素組合，所述木聚糖酶包含如SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8 中所示的多肽序列、或其與SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8具有至少80%同一 性的變體、片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5所示的核苷酸序列或可以與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格 條件下雜交的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80% 同一性的核苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得。
28. 權(quán)利要求26的飼料添加劑組合物或權(quán)利要求27的預(yù)混料，其中所述飼料添加劑組 合物或預(yù)混料被配制成干粉或顆粒（優(yōu)選TPT顆粒）。
29. 權(quán)利要求26或權(quán)利要求28的飼料添加劑組合物或權(quán)利要求26或權(quán)利要求28 的預(yù)混料，其進(jìn)一步包含選自淀粉酶（包括a -淀粉酶（E. C. 3. 2. I. I)，G4-形成淀粉酶 (E. C. 3. 2. 1. 60)，0 -淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 2)和 y -淀粉酶（E. C. 3. 2. 1. 3)和 / 或蛋白酶 (例如枯草桿菌蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. 62)或bacillolysin(E. C. 3. 4. 24. 28)或堿性絲氨酸 蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. X)或角蛋白酶（E. C. 3. 4. X. X))的一種或多種酶。
30. 權(quán)利要求26或權(quán)利要求27-29任一項(xiàng)的飼料添加劑組合物或權(quán)利要求27-29任一 項(xiàng)的預(yù)混料，其進(jìn)一步包含淀粉酶（例如，a-淀粉酶（E.C. 3. 2. I. 1))和蛋白酶（例如，枯 草桿菌蛋白酶（E. C. 3. 4. 21. 62))。
31. 權(quán)利要求26或權(quán)利要求27-30任一項(xiàng)的飼料添加劑組合物或權(quán)利要求27-30 任一項(xiàng)的預(yù)混料，其進(jìn)一步包含葡聚糖酶，例如，內(nèi)切-1,3(4)-0-葡聚糖酶 (E. C. 3. 2. 1. 6) 〇
32. 木聚糖酶在生產(chǎn)發(fā)酵飲料，如啤酒中的用途，所述木聚糖酶包含如SEQ ID No. 1、 SEQ ID No. 2 或 SEQ ID No. 8 中所示的多肽序列、或其與 SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2 或 SEQ ID No. 8具有至少80%同一性的變體、片段、同源物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4 或 SEQ ID No. 5 所示的核苷酸序列或可以與 SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4 或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條件下雜交的核苷酸序列、或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同一性的核苷酸序列編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得。
33. -種生產(chǎn)發(fā)酵飲料的方法，其包括將麥芽漿和/或麥芽汁與木聚糖酶相接觸的步 驟，所述木聚糖酶包含如本文SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8所示的多肽序列； 其與SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2或SEQ ID No. 8具有至少80%同一性的變體、片段、同源 物或衍生物；或所述木聚糖酶由如SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5所示的核苷 酸序列，或可與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5在高嚴(yán)格條件下雜交的核苷酸 序列，或與SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4或SEQ ID No. 5具有至少80%同一性的核苷酸序列 編碼，或所述木聚糖酶可從尖孢鐮刀菌獲得。
34. 根據(jù)權(quán)利要求33所述的生產(chǎn)發(fā)酵飲料的方法，其中所述方法包括如下步驟：（a)制 備麥芽漿，（b)過濾麥芽漿以獲得麥芽汁，和（c)發(fā)酵麥芽汁以獲得發(fā)酵飲料，如啤酒，其中 向⑴步驟（a)的麥芽漿和/或（ii)步驟（b)的麥芽汁和/或（iii)步驟（c)的麥芽汁 中加入所述的木聚糖酶。
35. -種發(fā)酵飲料，如啤酒，其通過權(quán)利要求33或34所述的方法生產(chǎn)。
36. 參考附圖和實(shí)施例的基本如本文公開的方法、用途、試劑盒、飼料產(chǎn)品或飼料添加 劑。
【專利摘要】本發(fā)明提供了包含如本文SEQ ID No.1、SEQ ID No.2或SEQ ID No.8所示的氨基酸序列的木聚糖酶，和如SEQ ID No.3、SEQ ID No.4或SEQ ID No.5所示的編碼所述木聚糖酶的核苷酸序列。本發(fā)明還提供了制備基于谷物的產(chǎn)品的方法，其包括將包含谷物或谷物副產(chǎn)物或其組合的植物組合物與所述木聚糖酶接觸。
【IPC分類】C12N15-56, C12P19-14, C12C11-00, C12C7-04, C12N9-24, A23L1-185, C07K14-195
【公開號(hào)】CN104736554
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201280076229
【發(fā)明人】S·L·阿倫特, B·S·勞爾森, E·G·基亞里, L·F·R·米蘭, 張正宏, R·勞, 于哲永, S·達(dá)爾斯伽德
【申請(qǐng)人】杜邦營養(yǎng)生物科學(xué)有限公司
【公開日】2015年6月24日
【申請(qǐng)日】2012年8月3日
【公告號(hào)】CA2880768A1, EP2880048A1, WO2014019220A1