系統(tǒng)檢測和/或定量擴增的核酸的方 法,其包括以下步驟: i) 使用如前所述的方法擴增核酸,以產(chǎn)生擴增的核酸, ii) 檢測擴增的核酸,和 iii) 任選地定量所擴增的核酸。
[0059] 在一個方面,檢測系統(tǒng)是PCR成像系統(tǒng)。
[0060] 在另一方面,檢測系統(tǒng)是基于熒光或發(fā)光的系統(tǒng)。
[0061] 應(yīng)該理解,核酸在來源上可以是病毒、原核或真核的。
[0062] 在一個方面,核酸樣品存在于細(xì)胞樣品中。細(xì)胞樣品可以源自哺乳動物、鳥、魚或 植物或其細(xì)胞培養(yǎng)物。優(yōu)選細(xì)胞樣品是哺乳動物來源的,最優(yōu)選源自人類。含有核酸的樣 品可源自任何來源。這包括,例如,人和動物的生理/病理性體液(如分泌物、排泄物、流出 物)或細(xì)胞懸浮液;植物的生理/病理性液體或細(xì)胞懸浮液;細(xì)菌、真菌、質(zhì)粒、病毒、朊病 毒等的液體產(chǎn)物、提取物或懸浮液;人或動物身體組織(如,骨、肝、腎等)的液體提取物或 勻漿;來自DNA或RNA合成的介質(zhì),化學(xué)或生物化學(xué)合成的DNA或RNA的混合物;和任何其 它來源,其中DNA或RNA在或可在液體介質(zhì)中。
[0063] 在又一方面,該方法用作選自分子診斷學(xué)工具、人鑒定工具、法醫(yī)工具、STR概況分 析工具和DNA概況分析的工具。
[0064] 根據(jù)本發(fā)明的第五方面,提供一種用于擴增核酸的試劑盒,其包含前述的干燥的 試劑組合物和其使用說明書。
[0065] 附圖簡述 圖1 :表示來自用含或不含α-環(huán)糊精的核酸擴增試劑塊PCR擴增未洗滌的血點樣的 FTA紙的結(jié)果。
[0066]圖2 :表示來自用含α -環(huán)糊精的核酸擴增試劑塊PCR擴增未洗滌的血點樣的FTA 紙的結(jié)果。
[0067] 圖3 :表示得自在核酸擴增試劑塊中滴定的OmniKlen Taq (OKT)聚合酶的PCR擴 增的結(jié)果,顯示冷凍干燥核酸擴增制劑的最佳濃度。
[0068] 發(fā)明詳述 所用化學(xué)物和材料 化學(xué)物及其來源的列表在下文給出: 用于儲存核酸的FTA紙得自GE Healthcare UK Limited; 正常人血(Tissue Solutions Ltd); 基因組DNA (Promega產(chǎn)品代碼G152A); Ikb DNA序列梯(Promega產(chǎn)品代碼G571A); 哈里斯單芯沖孔物(Harris Uni-core punch), I. 2mm (Sigma,分類號 Z708860-25ea,批號 3110); OmniKlentaq 聚合酶(Mo Bio Inc,分類代碼 1225-250); 脫氧核糖核苷酸三磷酸(dNTP) (Life Tech); PCR級牛血清白蛋白(Life Tech); 正向和反向β-球蛋白引物(Sigma Genosys) (β-球蛋白1.3正向 5'-TTAGGCCTTAGCGGGCTTAGAC-3' (Seq ID No. 1)和 β-球蛋白 1.3 反向 5'-CCAGGATTTTTGATGGGACACG-3'(Seq ID No. 2)); α -環(huán)糊精(Fluka代碼28705)和 無菌水(Sigma產(chǎn)品代碼W4502)。
[0069] 賦形劑混合物: Ficoll 70 (GE Healthcare); Ficoll 400 (GE Healthcare)和 松三糖(Sigma) 循環(huán)序列混合物IOX : Trizma (Sigma); KCl (Sigma); MgCl (Sigma)和 無核酸酶水(Sigma) 交換緩沖液: Tris/HCl pH8. 5 (Sigma); IM CaCl2 (Sigma); 1. OM MgCl2 (Sigma); 2. OM KCl (Sigma)和 RHODAFAC RE-960 (7% RE960) (Kao Chemicals) 實驗結(jié)果 使用qPCR,自纖維素基質(zhì)測量干燥血斑點的DNA。
[0070] PCR試劑與環(huán)糊精混合并在以下表1的條件下凍干。
【主權(quán)項】
1. 一種用于核酸擴增的干燥試劑組合物,其包含掩蔽試劑、聚合酶和脫氧核糖核苷酸 三磷酸(dNTP)。
2. 權(quán)利要求1的干燥試劑組合物,其中所述掩蔽劑是環(huán)糊精。
3. 權(quán)利要求2的干燥試劑組合物,其中所述環(huán)糊精選自a-環(huán)糊精、0-環(huán)糊精、 y -環(huán)糊精、6-0- a -D-麥芽糖基-0環(huán)糊精、羥基乙基-0 -環(huán)糊精、羥基丙基-0 -環(huán)糊精 和2-羥基丙基-0 -環(huán)糊精及其衍生物。
4. 權(quán)利要求2或3的干燥試劑組合物,其中環(huán)糊精是a -環(huán)糊精。
5. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其另外包含至少一種引物。
6. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其另外包含賦形劑混合物。
7. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其中賦形劑混合物包含IOX PCR緩沖液、 Ficoll 70、Ficoll 400、松三糖和無核酸酶水。
8. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其另外包含交換緩沖液。
9. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其另外包含牛血清白蛋白(BSA)。
10. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其中所述聚合酶是OmniKlen Taq (OKT)。
11. 任一項前述權(quán)利要求的干燥試劑組合物,其包含a-環(huán)糊精、至少一種引物、聚合 酶、dNTP、BSA、賦形劑混合物和交換緩沖液。
12. -種制備用于核酸擴增的干燥試劑組合物的方法,其包括以下步驟: i) 使聚合酶與掩蔽試劑和dNTP混合,以提供其混合物,和 ii) 干燥所述混合物以形成干燥的試劑組合物。
13. 權(quán)利要求12的方法,其中步驟i)的混合物另外包含至少一種引物。
14. 權(quán)利要求12和13的方法,其中步驟i)的混合物另外包含賦形劑混合物。
15. 權(quán)利要求12-14的任一項的方法,其中步驟i)的混合物另外包含交換緩沖液。
16. 權(quán)利要求12-15的任一項的方法,其中所述干燥步驟通過凍干實現(xiàn)。
17. 權(quán)利要求12-16的任一項的方法,其另外包括在所述干燥步驟之前冷凍所述組合 物。
18. -種擴增核酸的方法,其包括以下步驟: i) 用權(quán)利要求1-11的任一項的干燥試劑組合物孵育含有核酸的溶液,和 ii) 擴增所述核酸。
19. 權(quán)利要求18的核酸擴增方法,其中擴增方法是聚合酶鏈反應(yīng)。
20. 權(quán)利要求18的核酸擴增方法,其中擴增方法包括逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)或等溫擴 增。
21. 權(quán)利要求18-20的任一項的方法,其另外包括在步驟i)之前的步驟,其中所述溶 液通過加入水至核酸中形成。
22. 權(quán)利要求18-21的任一項的方法,其中核酸被固定在固體支持體上。
23. 權(quán)利要求22的方法,其中固體支持體是基于纖維素的基質(zhì)。
24. 權(quán)利要求23的方法,其中所述固體支持體呈現(xiàn)預(yù)沖孔盤的形式。
25. 權(quán)利要求23的方法,其中固體支持體呈現(xiàn)FTA預(yù)沖孔盤的形式。
26. 權(quán)利要求22-25的任一項的方法,其中溶胞試劑被包埋在所述固體基質(zhì)上。
27. 權(quán)利要求18-26的任一項的方法,其中擴增在單一反應(yīng)容器中進行。
28. -種使用檢測系統(tǒng)檢測和/或定量擴增核酸的方法,其包括以下步驟: i) 使用權(quán)利要求18-27的任一項的方法擴增核酸,以產(chǎn)生擴增的核酸, ii) 檢測所述擴增的核酸,和 iii) 任選地定量所擴增的核酸。
29. 權(quán)利要求28的方法,其中所述檢測系統(tǒng)是PCR成像系統(tǒng)。
30. -種用于擴增核酸的試劑盒,其包括權(quán)利要求1-11的任一項的干燥試劑及其使 用說明書。
【專利摘要】本發(fā)明涉及可用于擴增核酸的具有減少用戶的時間和可能的污染的優(yōu)點的組合物、方法和試劑盒。本發(fā)明的干燥的試劑組合物可用來容易地處理和擴增核酸樣品。
【IPC分類】C12Q1-68
【公開號】CN104736726
【申請?zhí)枴緾N201380055445
【發(fā)明人】J.K.霍爾頓, P.J.塔特內(nèi)爾, K.L.拉梅頓
【申請人】通用電氣醫(yī)療集團英國有限公司
【公開日】2015年6月24日
【申請日】2013年10月23日
【公告號】EP2912191A1, US20140113294, WO2014064169A1