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      一種擴(kuò)增魚類基因組dna的方法_2

      文檔序號(hào):9411506閱讀:來源:國知局
      42] ④加入2. 5倍體積的無水乙醇,輕柔顛倒,并置于4°C環(huán)境中30-35min,之后低溫 離心機(jī)中4°C下12000rpm離心10-12min,小心吸棄上清液保留沉淀;
      [0043] ⑤加入200-300 y L濃度為75 %的乙醇洗滌沉淀,并于低溫離心機(jī)中4 °C下 12000rpm離心10-12min,離心完畢后用移液器吸干離心管中的酒精;
      [0044] ⑥自然風(fēng)干10_15min,以無酒精掛壁為準(zhǔn),最后加入20-50 y L TE溶液溶解基因 組DNA,保存?zhèn)溆谩?br>[0045] 第二步具體步驟如下:反應(yīng)體系為15 y L,包括200-250ng的50ng/ y L樣品魚基 因組DNA,0.5yL濃度為10u/yL的Taq I限制性內(nèi)切酶,3yL lOXTaq I buffer,超純水 6. 5 y L ;反應(yīng)于65°C酶切3h以上,80°C變性20-30min ;酶切產(chǎn)物用1. 2%的瓊脂糖凝膠電 泳檢測。
      [0046] 第三步具體步驟如下:使用T4連接酶將寡核苷酸接頭連接在步驟二產(chǎn)生的酶切 片段的兩端,具體步驟如下:連接反應(yīng)體系為l〇yL,包括6yL第二步中的酶切產(chǎn)物,lyL 濃度為 1U/ y L 的 T4 連接酶,1 y L 10 X T4 buffer,0? 5 y L 濃度為 50 y mol/L 的 Taq I 接 頭,超純水1. 5 y L ;反應(yīng)程序?yàn)?6°C孵浴10h,結(jié)束后4°C保存。
      [0047] 第四步具體步驟如下:采用PCR法擴(kuò)增基因組DNA,PCR反應(yīng)體系為20 y L,包括第 三步的1 y L連接產(chǎn)物,濃度為50 y mol/L的Taq I primer 0. 15 y L,濃度為5U/ y L的Pfu DNA聚合酶0? 12yL,2yL的 10XPCR Buffer,l. 2yL濃度為 25nmol/yL的MgCl2,0. 25yL 濃度為lOnmol/ y L的dNTP,加超純水至總體積20 y L ;PCR反應(yīng)程序?yàn)?5°C 5min,25個(gè)循 環(huán)包括 94°C 30s,56°C 30s,72°C 30s,最后 72°C 10min。
      [0048] 實(shí)施例1
      [0049] 所述的擴(kuò)增魚類基因組DNA的方法按照以下步驟進(jìn)行:
      [0050] 第一步具體步驟如下:
      [0051] ①取一尾魚類樣品置于滅菌離心管中,待酒精揮發(fā)完畢后,加入400yLSTE裂解 液,8yL濃度為20mg/mL的蛋白酶K,顛倒混勻,放置于55°C水浴或搖床上消化4h以上;
      [0052] ②消化至澄清后,向消化液中加入2yL濃度為4mg/mL的RNaseA,輕微顛倒混勻, 并放置于37°C水浴中消化0. 5h ;
      [0053] ③加入等體積酚:氯仿1:1輕微顛倒混勻,12000rpm離心10min,小心打開離心管 并吸取上清液至另一個(gè)已滅菌離心管中;
      [0054] ④加入2. 5倍體積的無水乙醇,輕柔顛倒,并置于4°C環(huán)境中30min,之后低溫離心 機(jī)中4°C下12000rpm離心10min,小心吸棄上清液保留沉淀;
      [0055] ⑤加入200yL濃度為75%的乙醇洗滌沉淀,并于低溫離心機(jī)中4°C下12000rpm 離心10min,離心完畢后用移液器吸干離心管中的酒精;
      [0056] ⑥自然風(fēng)干10min,以無酒精掛壁為準(zhǔn),最后加入20 y L TE溶液溶解基因組DNA, 保存?zhèn)溆谩?br>[0057] 第二步具體步驟如下:反應(yīng)體系為15yL,包括200ng的50ng/yL樣品魚基因 組DNA,0.5yL濃度為10u/yL的Taq I限制性內(nèi)切酶,3yL lOXTaq I buffer,超純水 6. 5 y L ;反應(yīng)于65°C酶切3h以上,80°C變性20min ;酶切產(chǎn)物用1. 2%的瓊脂糖凝膠電泳檢 測。
      [0058] 第三步具體步驟如下:使用T4連接酶將寡核苷酸接頭連接在步驟二產(chǎn)生的酶切 片段的兩端,具體步驟如下:連接反應(yīng)體系為l〇yL,包括6yL第二步中的酶切產(chǎn)物,lyL 濃度為 1U/ y L 的 T4 連接酶,1 y L 10 X T4 buffer,0? 5 y L 濃度為 50 y mol/L 的 Taq I 接 頭,超純水1. 5 y L ;反應(yīng)程序?yàn)?6°C孵浴10h,結(jié)束后4°C保存。
      [0059] 第四步具體步驟如下:采用PCR法擴(kuò)增基因組DNA,PCR反應(yīng)體系為20 y L,包括第 三步的1 y L連接產(chǎn)物,濃度為50 y mol/L的Taq I primer 0. 15 y L,濃度為5U/ y L的Pfu DNA聚合酶0? 12yL,2yL的 10XPCR Buffer,l. 2yL濃度為 25nmol/yL的MgCl2,0. 25yL 濃度為lOnmol/ y L的dNTP,加超純水至總體積20 y L ;PCR反應(yīng)程序?yàn)?5°C 5min,25個(gè)循 環(huán)包括 94°C 30s,56°C 30s,72°C 30s,最后 72°C 10min。
      [0060] 實(shí)施例2
      [0061] 所述的擴(kuò)增魚類基因組DNA的方法按照以下步驟進(jìn)行:
      [0062] 第一步具體步驟如下:
      [0063] ①取一尾魚類樣品置于滅菌離心管中,待酒精揮發(fā)完畢后,加入500 y L STE裂解 液,9 y L濃度為20mg/mL的蛋白酶K,顛倒混勻,放置于55°C水浴或搖床上消化4h以上;
      [0064] ②消化至澄清后,向消化液中加入3 y L濃度為4mg/mL的RNaseA,輕微顛倒混勻, 并放置于37°C水浴中消化0. 75h ;
      [0065] ③加入等體積酚:氯仿1:1輕微顛倒混勻,12000rpm離心1 lmin,小心打開離心管 并吸取上清液至另一個(gè)已滅菌離心管中;
      [0066] ④加入2. 5倍體積的無水乙醇,輕柔顛倒,并置于4°C環(huán)境中33min,之后低溫離心 機(jī)中4°C下12000rpm離心llmin,小心吸棄上清液保留沉淀;
      [0067] ?加入250 111濃度為75%的乙醇洗滌沉淀,并于低溫離心機(jī)中4°(:下12000印111 離心llmin,離心完畢后用移液器吸干離心管中的酒精;
      [0068] ⑥自然風(fēng)干13min,以無酒精掛壁為準(zhǔn),最后加入35 y L TE溶液溶解基因組DNA, 保存?zhèn)溆谩?br>[0069] 第二步具體步驟如下:反應(yīng)體系為15yL,包括225ng的50ng/yL樣品魚基因 組DNA,0.5yL濃度為10u/yL的Taq I限制性內(nèi)切酶,3yL lOXTaq I buffer,超純水 6. 5 y L ;反應(yīng)于65°C酶切3h以上,80°C變性25min ;酶切產(chǎn)物用1. 2%的瓊脂糖凝膠電泳檢 測。
      [0070] 第三步具體步驟如下:使用T4連接酶將寡核苷酸接頭連接在步驟二產(chǎn)生的酶切 片段的兩端,具體步驟如下:連接反應(yīng)體系為l〇yL,包括6yL第二步中的酶切產(chǎn)物,lyL 濃度為 1U/ y L 的 T4 連接酶,1 y L 10 X T4 buffer,0? 5 y L 濃度為 50 y mol/L 的 Taq I 接 頭,超純水1. 5 y L ;反應(yīng)程序?yàn)?6°C孵浴10h,結(jié)束后4°C保存。
      [0071] 第四步具體步驟如下:采用PCR法擴(kuò)增基因組DNA,PCR反應(yīng)體系為20 y L,包括第 三步的1 y L連接產(chǎn)物,濃度為50 y mol/L的Taq I primer 0. 15 y L,濃度為5U/ y L的Pfu DNA聚合酶0? 12yL,2yL的 10XPCR Buffer,l. 2yL濃度為 25nmol/yL的MgCl2,0. 25yL 濃度為lOnmol/ y L的dNTP,加超純水至總體積20 y L ;PCR反應(yīng)程序?yàn)?5°C 5min,25個(gè)循 環(huán)包括 94°C 30s,56°C 30s,72°C 30s,最后 72°C 10min。
      [0072] 實(shí)施例3
      [0073] 所述的擴(kuò)增魚類基因組DNA的方法按照以下步驟進(jìn)行:
      [0074] 第一步具體步驟如下:
      [0075] ①取一尾魚類樣品置于滅菌離心管中,待酒精揮發(fā)完畢后,加入600yLSTE裂解 液,10 y L濃度為20mg/mL的蛋白酶K,顛倒混勻,放置于55°C水浴或搖床上消化4h以上;
      [0076] ②消化至澄清后,向消化液中加入4yL濃度為4mg/mL的RNaseA,輕微顛倒混勻, 并放置于37°C水浴中消化lh;
      [0077] ③加入等體積酚:氯仿1:1輕微顛倒混勻,12000rpm離心12min,小心打開離心管 并吸取上清液至另一個(gè)已滅菌離心管中;
      [0078] ④加入2. 5倍體積的無水乙醇,輕柔顛倒,并置于4°C環(huán)境中35min,之后低溫離心 機(jī)中4°C下12000rpm離心12min,小心吸棄上清液保留沉淀;
      [0079] ?加入300 111濃度為75%的乙醇洗滌沉淀,并于低溫離心機(jī)中4°(:下12000印111 離心12min,離心完畢后用移液器吸干離心管中的酒精;
      [0080] ⑥自然風(fēng)干15min,以無酒精掛壁為準(zhǔn),最后加入50 y L TE溶液溶解基因組DNA, 保存?zhèn)溆谩?br>[0081] 第二步具體步驟如下:反應(yīng)體系為15yL,包括250ng的50ng/yL樣品魚基因 組DNA,0.5yL濃度為10u/yL的Taq I限制性內(nèi)切酶,3yL lOXTaq I buffer,超純水 6. 5 y L ;反應(yīng)于65°C酶切3h以上,80°C變性30min ;酶切產(chǎn)物用1. 2%的瓊脂糖凝膠電泳檢 測。
      [0082] 第三步具體步驟如下:使用T4連接酶將寡核苷酸接頭連接在步驟二產(chǎn)生的酶切 片段的兩端,具體步驟如下:連接反應(yīng)體系為l〇yL,包括6yL第二步中的酶切產(chǎn)物,lyL 濃度為 1U/ y L 的 T4 連接酶,1 y L 10 X T4 buffer,0? 5 y L 濃度為 50 y mol/L 的 Taq I 接 頭,超純水1. 5 y L ;反應(yīng)程序?yàn)?6°C孵浴10h,結(jié)束后4°C保存。
      [0083] 第四步具體步驟如下:采用PCR法擴(kuò)增基因組DNA,PCR反應(yīng)體系為20 y L,包括第 三步的1 y L連接產(chǎn)物,濃度為50 y mol/L的Taq I primer
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