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      同時檢測番茄黃化曲葉病毒及伴隨的越南番茄黃化曲葉衛(wèi)星DNAβ的方法及其專用引物組的制作方法_2

      文檔序號:9411519閱讀:來源:國知局
      有DNA分子2、則待測樣本中不含有或疑似不含有越 南衛(wèi)星DNA;(3)如果PCR擴增產(chǎn)物中同時含有DNA分子1和DNA分子2,則待測樣本中 含有或疑似含有番茄黃化曲葉病毒和越南衛(wèi)星DNA0;(4)如果PCR擴增產(chǎn)物中同時不含有 DNA分子1和DNA分子2,則待測樣本中不含有或疑似不含有番茄黃化曲葉病毒和越南衛(wèi)星 DNAP;
      [0048] d2)-種檢測待測樣本是否含有番茄黃化曲葉病毒的方法,可包括如下步驟:
      [0049]提取待測樣本的基因組DNA,以上述任一所述引物對TY進行PCR擴增,然后進行如 下評判:如果PCR擴增產(chǎn)物中含有DNA分子1、則待測樣本中含有或疑似含有番茄黃化曲葉 病毒,如果PCR擴增產(chǎn)物中不含有DNA分子1、則待測樣本中不含有或疑似不含有番茄黃化 曲葉病毒;
      [0050] d3) -種檢測待測樣本是否含有越南衛(wèi)星DNAI3的方法,可包括如下步驟:
      [0051] 提取待測樣本的基因組DNA,以上述任一所述引物對0進行PCR擴增,然后進行 如下評判:如果PCR擴增產(chǎn)物中含有DNA分子2、則待測樣本中含有或疑似含有越南衛(wèi)星 DNAP,如果PCR擴增產(chǎn)物中不含有DNA分子2、則待測樣本中不含有或疑似不含有越南衛(wèi)星 DNAP;
      [0052] 所述DNA分子1可為如下(1)或⑵或(3)所示的DNA分子:
      [0053] (1)核苷酸序列是序列表序列3所示的DNA分子;
      [0054] (2)與(1)限定的核苷酸序列具有89%以上一致性;
      [0055] (3)在嚴格條件下與⑴或⑵限定的核苷酸序列進行雜交的DNA分子。
      [0056] 所述DNA分子2可為如下⑷或(5)或(6)所不的DNA分子:
      [0057] (4)核苷酸序列是序列表序列6所示的DNA分子;
      [0058] (5)與⑷限定的核苷酸序列具有79%以上一致性;
      [0059] (6)在嚴格條件下與⑷或(5)限定的核苷酸序列進行雜交的DNA分子。
      [0060] 上述任一所述"具有89%以上一致性"具體可為97. 66%以上一致性,"97. 66%以 上一致性"包括與本發(fā)明序列表序列3所示的核苷酸序列具有97. 66%或更高,或98. 00% 或更高一致性的核苷酸序列。
      [0061] 上述任一所述"具有79%以上一致性"具體可為97. 80%以上一致性,"97. 80%以 上一致性"包括與本發(fā)明序列表序列6所示的核苷酸序列具有97. 80%或更高,或99. 00% 或更高一致性的核苷酸序列。
      [0062] 這里使用的術(shù)語"一致性"指與天然核酸序列的序列相似性。一致性可以用肉眼或 計算機軟件進行評價。使用計算機軟件,兩個或多個序列之間的一致性可以用百分比(% ) 表示,其可以用來評價相關(guān)序列之間的一致性。
      [0063] 上述任一所述方法中,所述待測樣本可為植物樣本或微生物樣本。所述植物樣本 可為番茄葉片。
      [0064] 本發(fā)明還提供了el)和/或e2)的方法:
      [0065] el) -種檢測待測病毒是否為候選的番茄黃化曲葉病毒的方法,可包括如下步 驟:
      [0066] 提取待測病毒的基因組DNA,以上述任一所述引物對TY或上述任一所述引物組進 行PCR擴增,然后進行如下評判:如果PCR擴增產(chǎn)物中含有所述DNA分子1、則待測病毒為 候選的番前黃化曲葉病毒,如果PCR擴增產(chǎn)物中不含有所述DNA分子1、則待測病毒為候選 的非番茄黃化曲葉病毒;
      [0067] e2) -種檢測待測病毒是否為候選的越南衛(wèi)星DNA0的方法,可包括如下步驟:
      [0068] 提取待測病毒的基因組DNA,以上述任一所述引物對0或上述任一所述引物組進 行PCR擴增,然后進行如下評判:如果PCR擴增產(chǎn)物中含有所述DNA分子2、則待測病毒為 候選的越南衛(wèi)星DNA0,如果PCR擴增產(chǎn)物中不含有所述DNA分子2、則待測病毒為候選的 非越南衛(wèi)星DNA0。
      [0069] 本發(fā)明中所述越南衛(wèi)星DNAP記載在如下文獻和數(shù)據(jù)庫(文獻中的名稱為 TomatoyellowleafcurlVietnamvirusDNAmoleculeP,數(shù)據(jù)庫中的名稱為Tomato yellowleafcurlVietnambetasatellite,后一個名稱更符合規(guī)則且被廣泛引用,按照 規(guī)則中文譯文為越南番茄黃化曲葉衛(wèi)星DNA,在本發(fā)明中越南番茄黃化曲葉衛(wèi)星DNA0 簡稱為越南衛(wèi)星DNA0。)中:R.Blawida;TransreplicationofaTomatoyellowleaf curlThailandvirusDNA-BandreplicationofaDNA?componentbyTomatoleaf curlVietnamvirusandTomatoyellowleafcurlVietnamvirus;VirusResearch; 2008, 136, 107 _ 11.(文南犬),http: //www.ncbi.nlm.nih.R〇v/nuccore/DQ641714. 1(NCBI 數(shù)據(jù)庫)。
      [0070] 實驗證明,本發(fā)明提供的檢測番茄黃化曲葉病毒和/或越南衛(wèi)星DNA0的方法可 準確的檢測番茄黃化曲葉病毒和/或越南衛(wèi)星DNAP。本發(fā)明提供試劑盒對番茄黃化曲葉 病毒質(zhì)粒DNA的最小檢測限為Ing/mL,對越南衛(wèi)星DNA0質(zhì)粒DNA的最小檢測限為Ing/mL。
      【附圖說明】
      [0071]圖1為番茄黃化曲葉病毒的靈敏度實驗。
      [0072] 圖2為越南衛(wèi)星DNAI3的靈敏度實驗。
      [0073] 圖3為番茄黃化曲葉病毒和越南衛(wèi)星DNA0的靈敏度實驗。
      【具體實施方式】
      [0074] 下面結(jié)合【具體實施方式】對本發(fā)明進行進一步的詳細描述,給出的實施例僅為了闡 明本發(fā)明,而不是為了限制本發(fā)明的范圍。
      [0075] 下述實施例中的實驗方法,如無特殊說明,均為常規(guī)方法。
      [0076] 下述實施例中所用的材料、試劑等,如無特殊說明,均可從商業(yè)途徑得到。
      [0077] 下述實施例中的番前黃化曲葉病毒(Tomatoyellowleafcurlvirus,TYLCV) 和中國番木瓜曲葉病毒(PapayaleafcurlChinavirus,PaLCuCNV)均記載在如下文 獻中:熊艷等;PaLCuCNV和TYLCCNV復(fù)合侵染引起更嚴重的番茄黃化曲葉??;園藝學(xué)報; 2014,41(2) :268-276.,公眾可從山東農(nóng)業(yè)大學(xué)(即申請人)獲得,該生物材料只為重復(fù)本 發(fā)明的相關(guān)實驗所用,不可作為其它用途使用。
      [0078] 本發(fā)明中所述越南衛(wèi)星DNAP記載在如下文獻和數(shù)據(jù)庫(文獻中的名稱為Tomato yellowleafcurlVietnamvirusDNAmoleculeP,數(shù)據(jù)庫中的名稱為Tomatoyellow leafcurlVietnambetasatellite,后一個名稱更符合規(guī)則且被廣泛引用,按照規(guī)則中 文譯文為越南番茄黃化曲葉衛(wèi)星DNAI3,在以下實施例中越南番茄黃化曲葉衛(wèi)星DNAI3簡 稱為越南衛(wèi)星DNA0。)中:R.Blawida;TransreplicationofaTomatoyellowleaf curlThailandvirusDNA-BandreplicationofaDNA?componentbyTomatoleaf curlVietnamvirusandTomatoyellowleafcurlVietnamvirus;VirusResearch; 2008, 136, 107 _ 11.(文南犬),http: //www.ncbi.nlm.nih.R〇v/nuccore/DQ641714. 1(NCBI 數(shù)據(jù)庫)。公眾可從山東農(nóng)業(yè)大學(xué)(即申請人)獲得,該生物材料只為重復(fù)本發(fā)明的相關(guān)實 驗所用,不可作為其它用途使用。
      [0079] 下述實施例中的DNA分子1為如下(1)或⑵或(3)所示的DNA分子:
      [0080] (1)核苷酸序列是序列表序列3所示的DNA分子;
      [0081] (2)與(1)限定的核苷酸序列具有97. 66%以上一致性;
      [0082] (3)在嚴格條件下與⑴或⑵限定的核苷酸序列進行雜交的DNA分子。
      [0083] 下述實施例中的DNA分子2為如下(4)或(5)或(6)所示的DNA分子:
      [0084] (4)核苷酸序列是序列表序列6所示的DNA分子;
      [0085] (5)與(4)限定的核苷酸序列具有97. 80%以上一致性;
      [0086] (6)在嚴格條件下與⑷或(5)限定的核苷酸序列進行雜交的DNA分子。
      [0087] 載體PMD18-T為TaKaRa公司產(chǎn)品;DNA提取試劑盒為天根生化科技(北京) 有限公司產(chǎn)品;T4DNA連接酶為TaKaRa公司產(chǎn)品;PCR產(chǎn)物膠回收試劑盒為北京百泰克 生物技術(shù)有限公司產(chǎn)品;TaqDNA聚合酶、dNTP均為北京全式金生物技術(shù)有限公司產(chǎn)品; lOXEasyTaqBuffer(含Mg2+)為北京全式金生物技術(shù)有限公司產(chǎn)品,目錄號為AP111-02的 "EasyTaqDNAPolymerase" 中的組件。
      [0088] 實施例1、引物的制備
      [0089] 檢測番茄黃化曲葉病毒的引物為引物對TY,由TY_F(序列表中序列1所示的單鏈 DNA)和TY-R(序列表中序列2所示的單鏈DNA)組成。<
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