用于癌轉(zhuǎn)移的診斷、預(yù)后和治療的方法
【專利說明】用于癌轉(zhuǎn)移的診斷、預(yù)后和治療的方法
[0001] 本發(fā)明的目的
[0002] 本發(fā)明除了用于產(chǎn)生用于患有癌癥，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺 癌的受試者的定制療法的方法外，還涉及確定受試者患癌癥，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、 腎癌或甲狀腺癌，將發(fā)展轉(zhuǎn)移癌的可能性的方法。此類方法由測定一組其表達與c-MAF基因 表達相關(guān)的基因的表達水平組成。本發(fā)明還包括PTHLH和P0DXL抑制劑以及RERG激活劑在治 療和/或預(yù)防的轉(zhuǎn)移癌，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺癌中的用途。
[0003] 發(fā)明背景
[0004] 乳腺癌是是全世界第二大癌癥類型（10.4% ;排在肺癌之后)和第五大癌癥引起的 死亡原因（排在肺癌、胃癌、肝癌和結(jié)腸癌后）。乳腺癌是婦女最常見的死亡原因嗎？在2005 年，乳腺癌在全世界導(dǎo)致502，000例死亡（7 %的癌癥相關(guān)死亡;幾乎1 %的所有死亡人數(shù)）。 全球病例的數(shù)目從1970年代以來顯著增加，這種現(xiàn)象部分地歸咎于西方世界的現(xiàn)代生活方 式。
[0005] 所有細胞在其表面上、細胞質(zhì)和細胞核中具有受體。某些化學(xué)信使諸如激素結(jié)合 這些受體，并且這導(dǎo)致細胞的變化。3個主要受體可影響乳腺癌細胞:雌激素受體(ER)、孕酮 受體(PR)和HER2/neu。為了命名含有這些受體之一的細胞，當受體存在時使用正號，當其不 存在時使用負號：ER陽性(ER+)、ER陰性(ER-)、PR+ (陽性）、PR陰性(PR-)、HER2+(陽性）和 HER2陰性(HER2)。受體狀態(tài)已成為所有乳腺癌形式的重要評估，因為其決定特定治療諸如 他莫昔芬或曲妥珠單抗的使用適合性。雌激素受體(ER)的α同種型在約65%的經(jīng)診斷的乳 腺癌病例中過表達。該類型的乳腺癌被稱為"ER-陽性"（ER+)。在該病例中，雌激素與ER的結(jié) 合促進癌細胞哺乳動物細胞的增殖。癌性ER+細胞高度依賴于該刺激來擴散，這是ER目前用 作治療靶的原因。
[0006] 具有實體瘤的癌癥患者的大多數(shù)死亡是由晚期轉(zhuǎn)移引起的事實使得理解使得腫 瘤能夠轉(zhuǎn)移的分子和細胞機制至關(guān)重要。最近的公開案除了舉例說明轉(zhuǎn)移性細胞類型如何 展示對某些器官的向性以外，還舉例說明轉(zhuǎn)移是如何由對其知之甚少的復(fù)雜機制引起的。 這些組織特異性轉(zhuǎn)移細胞具有一系列獲得的功能，所述功能使得它們能夠定殖在特定器官 中。
[0007] 專利申請ΕΡ1961825-Α1描述了用于預(yù)測轉(zhuǎn)移性乳腺癌至骨、肺、肝和腦中出現(xiàn)的 方法，其由確定相對于對照樣品中的對應(yīng)表達水平癌性組織樣品中一個或多個標志物(包 括c-MAF)的表達水平組成。此外，該文獻要求同時確定幾個基因以確定乳腺癌患者的存活 期，并且基因標簽預(yù)測無骨轉(zhuǎn)移存活期的能力之間的關(guān)系在統(tǒng)計上是不顯著的。
[0008] Bos，P. D .，等人[Nature，2009，459:1005-1009]描述參與乳腺癌至腦轉(zhuǎn)移的基因。 [0009]專利申請US2005/0181375描述用于基于許多在轉(zhuǎn)移性腫瘤(特別是轉(zhuǎn)移至腦的腫 瘤）中被上調(diào)或下調(diào)的基因的表達水平的檢測來檢測轉(zhuǎn)移性乳腺癌的方法。
[0010]國際專利申請W02010/000907描述了用作乳腺癌患者的遠處轉(zhuǎn)移的基因組預(yù)測者 的遺傳標志。
[0011]然而，存在對診斷和/或預(yù)測患有特定乳腺癌諸如ER-或ER+乳腺癌的患者是否將 發(fā)生轉(zhuǎn)移，從而允許對患有所述癌癥的受試者使用適當療法的遺傳標志物的現(xiàn)有技術(shù)水平 需要。新的預(yù)后因子的鑒定將用作選擇最適當?shù)闹委煹闹笇?dǎo)。
[0012] 發(fā)明概述
[0013] 本發(fā)明的作者已鑒定了其表達因 c-MAF基因的表達的變化而在乳腺癌樣品中增加 或減少的一組基因。通過功能獲得實驗和相關(guān)臨床數(shù)據(jù)，作者已確認了這些基因基因的作 用，特別是其表達與c-MAF的表達反相關(guān)的RERG基因的作用，以及其表達與c-MAF表達直接 相關(guān)的PTHLH和P0DXL基因的作用，諸如ER+乳腺癌轉(zhuǎn)移至骨的預(yù)后標志物。
[0014] 因此，在第一方面，本發(fā)明涉及用于預(yù)測受試者的轉(zhuǎn)移癌，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、 肺癌、腎癌和甲狀腺癌，尤其是乳腺癌的體外方法，其由測定一個或多個其表達響應(yīng)所述腫 瘤的C-MAF表達水平的升高而被調(diào)節(jié)的基因在癌組織樣品中的表達水平組成，其中相對于 標準值的上述一個或多個基因的改變的表達水平是發(fā)生轉(zhuǎn)移癌的高風險的指征。
[0015] 本發(fā)明的第二方面涉及用于產(chǎn)生用于患有癌癥，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎 癌或甲狀腺癌，尤其是乳腺癌的受試者的定制療法的體外方法，其由測定一個或多個其表 達響應(yīng)所述腫瘤的c-MAF表達水平的升高而被調(diào)節(jié)的基因在癌組織樣品中的表達水平組 成，其中上述一個或多個基因相對于標準值的改變的表達水平是所述受試者容易接受旨在 防止轉(zhuǎn)移的療法的高風險的指征。
[0016] 本發(fā)明的第三方面涉及抑制基因的表達或該基因的表達產(chǎn)物的活性的試劑用于 制備藥物的用途，所述藥物用于治療和/或預(yù)防轉(zhuǎn)移癌，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌 或甲狀腺癌，尤其是乳腺癌，其中所述基因的特點在于其在腫瘤性細胞(特別是乳腺癌細 胞、結(jié)腸癌細胞、肺癌細胞、腎癌細胞和甲狀腺細胞，尤其是乳腺癌細胞）中的表達響應(yīng)這些 細胞中的c-MAF表達水平的升高而增加，或響應(yīng)這些細胞中的c-MAF表達水平的降低而減少 的事實。
[0017] 本發(fā)明的第四方面涉及刺激刺激基因的表達或該基因的表達產(chǎn)物的活性的試劑 用于制備藥物的用途，所述藥物用于治療和/或預(yù)防轉(zhuǎn)移癌，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、 腎癌和甲狀腺癌，尤其是乳腺癌，其中所述基因的特征在于其在腫瘤性細胞(特別是乳腺癌 細胞、結(jié)腸癌細胞、肺癌細胞、腎癌細胞和甲狀腺細胞，尤其是乳腺癌細胞）中的表達響應(yīng)這 些細胞中的c-MAF表達水平的升高而增加，或響應(yīng)這些細胞中的c-MAF表達水平的降低而減 少的事實。
[0018] 本發(fā)明的最終方面涉及用于鑒定患有癌癥，特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或 甲狀腺癌，尤其是乳腺癌的受試者中的標志基因的體外方法，所述方法包括：
[0019] ⑴原發(fā)癌(特別是乳腺癌)腫瘤樣品中的候選者和c-MAF基因的表達水平的測定， 和
[0020] (ii)測定癌細胞，特別是乳腺癌細胞的群體中的所述候選基因的表達水平響應(yīng)C- MAF基因表達的調(diào)節(jié)的變化
[0021] 其中所述基因的表達水平與原發(fā)癌(特別是乳腺癌)腫瘤樣品中的c-MAF表達在統(tǒng) 計上顯著相關(guān)，并且響應(yīng)c-MAF基因表達的調(diào)節(jié)的表達的變化與所述基因的水平的變化在 統(tǒng)計上顯著相關(guān)，是所述基因為受試者發(fā)生轉(zhuǎn)移的傾向性的標志物的指征。
[0022] 附圖簡述
[0023]圖1.(A)增加的（左)或減少的（右)MBP基因與ER+乳腺癌患者中的骨轉(zhuǎn)移的表型的 關(guān)聯(lián)性（"GSEA"算法）。(B)增加的（左)或減少的（右)MBP基因與源自原發(fā)性乳腺癌腫瘤的一 系列至骨、肺、肝和腦的轉(zhuǎn)移中的骨轉(zhuǎn)移的表型的關(guān)聯(lián)性（"GSEA"算法）。對于至肺、腦和肝 的轉(zhuǎn)移已進行相同的對增加的基因的逼近。
[0024] 圖2. (A)使用適度轉(zhuǎn)移的（親代)ER+、MCF7乳腺癌細胞以及對骨是高度轉(zhuǎn)移的其衍 生物(B〇M2)在異種移植類型的實驗性小鼠模型中進行的轉(zhuǎn)移病灶的Ki-67表達水平、增殖 標志物的分析。（B)使用定量RT-PCR進行的MAF表達與RERG基因之間的關(guān)系的驗證。（C)使用 具有或不具有MAF的B〇M2細胞在小鼠中進行的骨轉(zhuǎn)移。通過免疫組織化學(xué)定量Ki-67信號和 半胱天冬酶-3活性。（D)在對骨是高度轉(zhuǎn)移的細胞中誘導(dǎo)了增加的RERG。將具有RERG表達的 細胞衍生物注射進小鼠的左心室，并使用生物發(fā)光成像技術(shù)現(xiàn)場和實時分析骨的定殖以驗 證在MAF存在的情況下RERG在ER+乳腺癌轉(zhuǎn)移至骨中的貢獻。
[0025] 圖3. (A)使用X射線對用表征不同MAF水平的不同細胞類型注射的小鼠中的溶骨性 骨轉(zhuǎn)移的數(shù)目的定量。(B)由表征不同MAF水平的細胞引起的損傷的轉(zhuǎn)移性病灶的周邊上的 TRAP(抗酒石酸堿性磷酸酶)細胞、破骨細胞標志物的數(shù)目的定量。（C)使用定量RT-PCR對 MAF表達與PTHLH基因之間的關(guān)系的驗證。（D)使用干細胞對體外破骨細胞的分化進行的實 驗。在RANK配體、G-CSF和來自不同群體的培養(yǎng)基存在的情況下進行分化過程。親代細胞、表 達短的和長的MAF同種型的親代細胞以及在中和PTHLH功能的肽存在的情況下后者細胞。 (E)小鼠的實驗性轉(zhuǎn)移模型中的骨轉(zhuǎn)移實驗。注射具有或不具有c-MAF表達的細胞，并且在 后一種情況下，每日2次向小鼠的左心室接種腹膜內(nèi)拮抗劑PTHLH肽（12微克/小鼠/日）的 組，由此定量病灶的外觀和至骨的生長。左邊的圖舉例說明終點信號的強度。右邊的圖指定 每一個組中的溶骨性病變的數(shù)目。(F)在左邊，圖框顯示X射線圖像（白色區(qū)域顯示溶骨性病 變、缺失骨)和代表(E)中描述的組的骨的TRAP+染色(破骨細胞標志物）。白色三角形表示破 骨細胞。在右邊，圖框顯示通過周長標準化的TRAP信號的面積。
[0026]圖4.(A)通過熒光定量結(jié)合于一層骨髓來源的細胞(BMSC)的表達高（shControl) 或降低的（shMAF)c-MAF基因水平的細胞的數(shù)目。（B)通過熒光定量結(jié)合于一層細胞外肺基 質(zhì)蛋白諸如纖連蛋白的的表達高（811(：〇11廿〇1)或降低的（此1^?#1或#2)(3-獻?基因水平的細 胞的數(shù)目。該情況顯示相反的對骨髓細胞的結(jié)合的作用。（C)其表達隨c-MAF表達的變化而 變化并且已通過RT-PCR驗證的基因的小組。其中之一是P0DXL，能夠參與短暫微弱的細胞間 結(jié)合過程的來自選擇蛋白家族(糖蛋白）的蛋白的基因。（D)P0DXL基因負責表達c-MAF的癌 性乳腺細胞與骨髓細胞結(jié)合的功能驗證。與整聯(lián)蛋白介導(dǎo)的附著的中性(RGES)或阻斷性 (RGDS)肽的競爭效應(yīng)的比較。該過程是特異性，因為其在人臍靜脈內(nèi)皮細胞(HUVEC)中未重 現(xiàn)。
[0027]發(fā)明詳述
[0028] 一般表達和術(shù)語的定義
[0029]如本發(fā)明中所用，"c-MAF抑制劑"是指能夠部分或完全抑制c-MAF基因表達，阻止 所述基因的表達發(fā)生(破壞c-MAF基因的轉(zhuǎn)錄和/或阻斷mRNA從c-MAF基因表達的翻譯)和直 接抑制c-MAF蛋白活性的任何分子。c-MAF基因表達抑制劑可使用方法來鑒定，所述方法基 于假定的抑制劑阻斷c-MAF促進體外細胞增殖的能力（如在國際專利申請W02005/046731中 舉例說明的）、基于假定的抑制劑在表達c-MAF的細胞中阻斷在細胞周期蛋白D2啟動子和含 有c-MAF應(yīng)答區(qū)域(MARE或c-MAF應(yīng)答元件）的啟動子控制下的報告基因的轉(zhuǎn)錄能力的能力 (如W02008098351中描述的），或基于假定的抑制劑在表達NFATc2和c-MAF的細胞中阻斷在 響應(yīng)利用PMA/離子霉素的刺激的IL-4啟動子控制下的基因表達的能力（如US2009048117A 中描述的）。
[0030]在本發(fā)明的說明書中，"抑制劑抗體"意指能夠以特定方式結(jié)合表達產(chǎn)物并且抑制 該蛋白的更多功能之一的抗體。
[0031 ] 術(shù)語"小干擾RNA" ( "siRNA"）是指誘導(dǎo)RNA干擾的小RNA抑制劑的雙鏈體。這些分子 在長度上可變化(通常為18-30個堿基對)并且在反義鏈含有不同程度的與其祀mRNA的互補 性。某些(但非全部)siRNA以在有義鏈和/或反義鏈的5'或3'末端上的凸出未配對堿基為特 征。術(shù)語"siRNA"包括兩個分開鏈的雙鏈體。如本文中所用的，siRNA分子不限于RNA分子，而 且還包括具有一個或多個經(jīng)化學(xué)修飾的核苷酸諸如嗎啉類的核酸。
[0032]如本文中所用的，術(shù)語"shRNA"或"短發(fā)夾RNA"是指其中兩條鏈通過鏈結(jié)合而不破 壞鏈的3 '末端與另一條鏈的5 '末端之間形成雙鏈體結(jié)構(gòu)的核苷酸的dsRNA。
[0033] 術(shù)語"增加的基因表達"是指基因的表達水平相對于標準或?qū)φ罩?其對應(yīng)于相同 基因在對照樣品中的表達水平)較高的事實。根據(jù)本發(fā)明，當患者的樣品的水平被升高至少 5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35 %、至少40%、至少45%、 至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80% :至少85%、至少 90%、至少95%、至少100%、至少110%、至少120%、至少130%、至少140%、至少150%或更 多時，基因的表達水平被認為相對于標準值較高。
[0034] 如本發(fā)明中所用，"c-MAF"是指也稱為"v-maf肌腱纖維肉瘤癌基因同源物"（禽 類）、MAF或MGC71685)的基因，其為含有起同二聚體或異二聚體作用的亮氨酸拉鏈的轉(zhuǎn)錄因 子。取決于DNA結(jié)合位點，編碼的蛋白質(zhì)可以是轉(zhuǎn)錄激活物或阻遏物。編碼c-MAF的DNA序列 在登錄號NG_016440下描述于NCBI數(shù)據(jù)庫（對應(yīng)于2011年12月18日的NCBI的版本）中。前述 DNA序列后跟2個信使RNA的轉(zhuǎn)錄，其每一個將讓位于c-MAF蛋白同種型，同種型α或1(對應(yīng)于 長的c-MAF同種型）和同種型β或2(對應(yīng)于短的c-MAF同種型）之一。每一個前述同種型的互 補DNA序列分別在登錄號ΝΜ_005360.4和ΝΜ_001031804.2下描述于NCBI數(shù)據(jù)庫(對應(yīng)于2011 年12月18日的NCBI的版本）中。
[0035] 術(shù)語"癌癥"或"癌"或"腫瘤"是指特征在于由能夠侵入鄰近組織并擴散至遠端器 官的異常細胞的不受控制的增殖的疾病。該術(shù)語包括，但不限于乳腺、心臟、小腸、結(jié)腸、脾、 腎、膀胱、頭、頸、卵巢、前列腺、腦、胰腺、皮膚、骨、骨髓、血液、胸腺、子宮、睪丸、肝膽系統(tǒng)和 肝臟的癌癥;此外還有腫瘤諸如，但不限于腺瘤、血管肉瘤、星形細胞瘤、上皮癌、生殖細胞 瘤、膠質(zhì)母細胞瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、血管內(nèi)皮瘤、血管肉瘤、血腫、肝母細胞瘤、白血病、淋巴瘤、 髓母細胞瘤、黑色素瘤、神經(jīng)母細胞瘤、肝膽癌、骨肉瘤、視網(wǎng)膜母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、肉瘤 和畸胎瘤。此外、該術(shù)語包括肢端雀斑痣樣黑素瘤、光化性角化病腺癌、腺樣囊性癌、腺瘤、 腺肉瘤、腺鱗狀細胞癌、星形細胞瘤、前庭大腺癌、基底細胞癌、支氣管腺癌、毛細血管類癌、 癌、癌肉瘤、膽管管型肝癌、囊腺瘤、內(nèi)胚竇瘤、子宮內(nèi)膜增生、子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤、子宮內(nèi)膜 樣腺癌、室管膜肉瘤、尤因肉瘤、局灶性結(jié)節(jié)性增生、生殖細胞腫瘤、成膠質(zhì)細胞瘤、胰高血 糖素瘤、血管母細胞瘤、血管內(nèi)皮瘤、血管瘤、肝腺瘤、肝腺瘤病(hepatic adenomastosis)、 肝細胞癌、肝膽癌、胰島瘤、上皮內(nèi)贅瘤、鱗狀細胞上皮內(nèi)贅瘤、侵襲性鱗狀細胞癌、大細胞 癌、平滑肌肉瘤、黑色素瘤、惡性黑色素瘤、惡性間皮腫瘤、髓母細胞瘤、髓上皮瘤、粘液表皮 樣癌、神經(jīng)母細胞瘤、神經(jīng)上皮腺癌、結(jié)節(jié)性黑素瘤、骨肉瘤、乳頭狀漿液性腺癌、垂體瘤、漿 細胞瘤、假性肉瘤、肺母細胞瘤、腎細胞癌、視網(wǎng)膜母細胞瘤、橫紋肌肉瘤、肉瘤、漿液性癌、 小細胞癌、軟組織癌、生長抑素分泌腫瘤、鱗狀細胞癌、鱗狀細胞癌、未分化癌、眼色素層黑 素瘤、疣狀癌、胰腺瘤、Wi lm瘤、腦內(nèi)癌、頭頸癌、直腸癌、星形細胞瘤、膠質(zhì)母細胞瘤、小細胞 癌和非小細胞癌、轉(zhuǎn)移性黑素瘤、雄激素非依賴性轉(zhuǎn)移性前列腺癌、雄激素依賴性轉(zhuǎn)移性前 列腺癌和乳腺癌。關(guān)于本具體發(fā)明，癌癥是指乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺癌，尤其 是乳腺癌。
[0036] 表達"結(jié)腸癌"是指結(jié)腸、直腸和闌尾細胞的任何惡性增殖性疾病。術(shù)語結(jié)腸癌包 括任何下列疾病的分期：
[0037] -第0期:腸的最內(nèi)層中的隱蔽性癌 [0038]-第1期:腸的內(nèi)層中的癌癥
[0039]-第2期：已通過結(jié)腸的肌肉壁擴散的癌癥 [0040]-第3期：已擴散至淋巴結(jié)的癌癥 [0041]-第4期：已擴散至其它器官的癌癥。
[0042]表達"乳腺癌"、"乳房癌"或"胸部癌(bosom cancer)"是指在乳房組織中產(chǎn)生的癌 癥的類型。術(shù)語"乳腺癌"包括在根據(jù)TM系統(tǒng)的分期下的分類的癌癥。預(yù)后與分期的分類結(jié) 果密切相關(guān)，并且分期的分類也用于在臨床試驗和醫(yī)學(xué)實踐中分配患者治療。與分期的分 類相關(guān)的信息如下：
[0043] · TX:不能評估原發(fā)腫瘤:T0:沒有原發(fā)腫瘤的證據(jù)。TIVE原位癌，非侵襲性T1:月中 瘤為2.0cm或更小。T2:腫瘤大于2cm但不大于5cm。T3:腫瘤大于5cm。T4:在胸壁或皮膚上生 長的任何尺寸的腫瘤，炎癥性乳腺癌。
[0044] · NX:不能評估相鄰淋巴結(jié)。N0:癌癥還未擴散至淋巴結(jié)。N1:癌癥已擴散至1至3個 腋淋巴結(jié)或1個內(nèi)乳淋巴結(jié)。N2:癌癥已擴散至4至9個腋淋巴結(jié)或多個內(nèi)乳淋巴結(jié)。N3:適用 于下面的一項：
[0045] 癌癥已擴散至10個或更多個腋淋巴結(jié)，或癌癥已擴散至鎖骨下方的淋巴結(jié)，或 癌癥已擴散至鎖骨上方的淋巴結(jié)，或癌癥正影響腋淋巴結(jié)并且已擴散至內(nèi)乳淋巴結(jié)，或癌 癥影響4個或更多個腋淋巴結(jié)，并且在內(nèi)乳淋巴結(jié)中或在前哨淋巴結(jié)活檢組織中發(fā)現(xiàn)最少 量的癌癥。
[0046] · Max:不能評估遠端擴展(轉(zhuǎn)移）的存在。M0:不存在遠端擴展。Ml:至遠端器官的 擴展已發(fā)生，但不包括鎖骨上淋巴結(jié)。
[0047] 表達"肺癌"或"肺的癌癥"或"肺腫瘤"是指肺的任何癌，包括但不限于非小細胞肺 癌、非小紅細胞肺癌(11〇11-111；[(31'0071:;[(3肺癌）(吧(^0和小細胞肺癌。
[0048] 表達"腎癌"或"腎臟癌"或"腎腫瘤"是指腎細胞的任何惡生增殖性障礙。
[0049] 表達"甲狀腺癌癥"或"甲狀腺癌"是指甲狀腺的任何增殖性疾病，包括，但不限于 乳頭狀甲狀腺癌和濾泡性甲狀腺癌。
[0050] 如本文中針對兩個事件(修飾基因的表達水平和C-MAF基因的表達水平)所用，"塗 計上顯著的相關(guān)性"意指存在這些事件相關(guān)并且變化不是隨機的高度可能性。
[0051 ]表達"測定轉(zhuǎn)移癌在患有癌癥(特別是乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺癌）的 受試者，優(yōu)選地在患有乳腺癌的受試者中發(fā)生的可能"，是指使用證據(jù)確定影響所述受試者 的癌癥是否會在將來發(fā)生轉(zhuǎn)移。在本發(fā)明的說明書中，指數(shù)是其表達響應(yīng)c-MAF表達水平相 對于標準值的升高而被調(diào)節(jié)的一個或多個基因的表達水平的變化。"基因的表達水平的變 化"是指相對于標準值的基因的表達水平的向上或向下變化。因此，患有癌癥，特別是乳腺 癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺癌，尤其是乳腺癌的受試者中轉(zhuǎn)移發(fā)生的"高"或"增加的" 或"增強的"可能性歸因于其表達水平響應(yīng)c-MAF表達水平相對于標準值的升高而被調(diào)節(jié)的 一個或多個基因的表達水平的變化。
[0052] 術(shù)語"減少的基因表達"是指當基因的表達水平相對于標準或?qū)φ罩?其對應(yīng)于相 同基因在對照樣品中的表達水平)下降或降低時。為了本發(fā)明的目的，當患者樣品中的水平 下降至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至 少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少 85%、至少90%、至少95%、至少100%、至少110%、至少120%、至少130%、至少140%、至少 150%或更多時，基因相對于標準值的表達水平被認為是減少。
[0053] 如本發(fā)明中所用，術(shù)語"標志基因"或"信息基因"是指以差異方式在具有不同表型 的群體表達其本身并且其差異表達(單獨地或與其它基因組合地）與特定表型的相關(guān)性達 到比隨機預(yù)期的大的程度的基因。
[0054] "P0DXL基因 "，也稱為足糖萼蛋白樣，是指編碼形成唾液粘蛋白家族的部分，并且 為腎小球上皮足突細胞的重要組分的蛋白質(zhì)的基因。足細胞是具有覆蓋腎小球基底膜的外 表面的指狀組合型突起的高度分化的上皮細胞。引起該蛋白編碼的其它生物活性包括:膜- 蛋白復(fù)合物中的所述蛋白與細胞內(nèi)細胞骨架元件的Na+/H+交換體的調(diào)節(jié)因子的結(jié)合以及 其對L-選擇蛋白的結(jié)合。兩種轉(zhuǎn)錄P0DXL變體的說明已在登錄號ΝΜ_001018111.2 (變體1)和 NM_005397.3(變體2)下提供于NCBI數(shù)據(jù)庫（2013年3月3日版）中。由P0DXL基因編碼的蛋白 質(zhì)的序列于登錄號NP_001018121.1(同種型1)和NP_005388.2(同種型2)下提交于NCBI數(shù)據(jù) 庫（2013年3月3日版）中。
[0055] "PTHLH"（甲狀旁腺激素樣激素基因）位于人12號染色體中，并且編碼屬于稱為 PTHrP(甲狀旁腺激素相關(guān)蛋白）的屬于甲狀旁腺激素家族的蛋白質(zhì)。該蛋白除在乳腺和牙 形成過程中調(diào)節(jié)上皮與間充質(zhì)之間的相互作用外，還調(diào)節(jié)軟骨內(nèi)骨發(fā)育。該激素的受體稱 為PTHR1。與PTHLH相關(guān)的DNA序列在登錄號NG_023197下提交于NCBI數(shù)據(jù)庫中（2011年11月6 日版）。4種PTHLH轉(zhuǎn)錄物變體的說明在登錄號NM_198965.1 (變體1)、NM_002820.2(變體2)、 NM_198964.1 (變體3)和NM_198966.1 (變體4)下提交于NCBI數(shù)據(jù)庫(2011年11月20日）中。同 樣地，由PTHLH基因編碼的蛋白質(zhì)序列在登錄號AAA60360.1 (形式A)、AAA60358.1 (形式B)和 AAA60359.1 (形式C)下提供于NCBI數(shù)據(jù)庫（1995年1月10日版）中。
[0056] "RERG基因 "，也稱為受Ras樣雌激素調(diào)節(jié)的生長抑制劑，是指編碼形成RAS GTP酶 超家族的部分蛋白，并且用作抗細胞增殖和腫瘤形成的抑制劑的基因。已將兩種轉(zhuǎn)錄RERG 變體的說明在登錄號NM_〇32918.2(變體1)和NM_001190726.1(變體2)下提交于NCBI數(shù)據(jù)庫 (2011年11月28日版）中。已將由RERG基因編碼的蛋白質(zhì)的序列在登錄號NP_116307(同種型 1)和NP_001177655(同種型2)下提供于NCBI數(shù)據(jù)庫（（2011年11月28)中。
[0057] "轉(zhuǎn)移"是癌源從所述癌癥的初始位置至另一個器官的擴散。這通常通過血液或淋 巴系統(tǒng)發(fā)生。當癌細胞擴散并引起新的腫瘤時，這稱為繼發(fā)性腫瘤或轉(zhuǎn)移瘤。形成第二腫瘤 的癌細胞與原始腫瘤中的那些癌細胞很相像。例如，如果乳腺癌擴散(轉(zhuǎn)移)至肺，則第二腫 瘤包含惡性乳腺癌細胞。肺中的疾病稱為轉(zhuǎn)移性乳腺癌(非肺癌）。在本特定發(fā)明的情況下， 轉(zhuǎn)移是已擴散(轉(zhuǎn)移)至骨的乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、腎癌或甲狀腺癌。對于本發(fā)明的甚至更 具體的方面，轉(zhuǎn)移是已擴散(轉(zhuǎn)移)至骨的ER+