和/或序列數(shù)據(jù)的擁有者已經(jīng)與例如核心實(shí)驗(yàn)室設(shè)施簽訂合同進(jìn)行樣品制備的實(shí)施方式是有益的。在這些實(shí)施方式中，初級(jí)用戶(hù)可以是擁有者，而與樣品制備裝置36相關(guān)的核心實(shí)驗(yàn)室設(shè)施在序列數(shù)據(jù)已經(jīng)被傳送到云計(jì)算環(huán)境12之后至多是二級(jí)用戶(hù)。在一些實(shí)施方式中，樣品制備數(shù)據(jù)可以通過(guò)安全參數(shù)(例如，云計(jì)算環(huán)境12中的密碼保護(hù)的客戶(hù)端賬號(hào)或具有具體機(jī)構(gòu)或IP地址的協(xié)會(huì))來(lái)訪(fǎng)問(wèn)。樣品制備數(shù)據(jù)可以通過(guò)從云計(jì)算環(huán)境12下載一個(gè)或多個(gè)文件或通過(guò)登錄基于網(wǎng)頁(yè)的界面或軟件程序(該軟件程序提供圖形用戶(hù)界面，在該圖形用戶(hù)界面中以文字、圖像和/或超鏈接形式描繪序列數(shù)據(jù))來(lái)訪(fǎng)問(wèn)。在這種實(shí)施方式中，樣品制備數(shù)據(jù)可以以通過(guò)通信鏈路或網(wǎng)絡(luò)傳輸?shù)臄?shù)據(jù)包的形式提供給初級(jí)或二級(jí)用戶(hù)。
[0059]云計(jì)算環(huán)境12可以(例如通過(guò)基于網(wǎng)頁(yè)的接口或應(yīng)用平臺(tái))執(zhí)行用戶(hù)交互軟件，該用戶(hù)交互軟件向用戶(hù)提供圖形用戶(hù)界面、并且便于訪(fǎng)問(wèn)樣品制備數(shù)據(jù)、研究人員團(tuán)體或組、數(shù)據(jù)分析程序、可用第三方軟件以及用于負(fù)載平衡和儀器設(shè)定的用戶(hù)選擇。例如，在【具體實(shí)施方式】中，在樣品制備裝置36上運(yùn)行的樣品制備的設(shè)置(即，協(xié)議)可以通過(guò)云計(jì)算裝置12來(lái)設(shè)定。因而，云計(jì)算環(huán)境12和各個(gè)樣品制備裝置36可以能夠進(jìn)行雙向通信。這種實(shí)施方式對(duì)于控制遠(yuǎn)程測(cè)序運(yùn)行的參數(shù)來(lái)說(shuō)可能特別有用。
[0060]如這里提供的，系統(tǒng)10方便通過(guò)云計(jì)算環(huán)境12共享樣品制備協(xié)議和監(jiān)測(cè)這些協(xié)議的流行性。為此，圖5是用于共享和監(jiān)測(cè)樣品制備模塊的流行性的示例系統(tǒng)的示意圖。所描述的云計(jì)算環(huán)境12如上所述。在一些實(shí)施方式中，云計(jì)算環(huán)境12可以由如上所述的用于供自動(dòng)樣品制備裝置或儀器36使用的通用樣品制備盒96 (例如，應(yīng)用開(kāi)發(fā)盒)的供應(yīng)商(例如制造商或提供商)支持。另外，供應(yīng)商還可以提供樣品制備儀器36。開(kāi)發(fā)者(例如，提交者/消費(fèi)者/用戶(hù))如箭頭114所示向云計(jì)算環(huán)境12上載定制化和最優(yōu)化的樣品制備協(xié)議以供通用樣品制備盒96使用。樣品制備協(xié)議的上載可以是免費(fèi)的以便促進(jìn)共享。該協(xié)議用來(lái)驅(qū)動(dòng)樣品制備儀器36執(zhí)行用于樣品制備的特定步驟。例如，除了別的步驟之外，這些步驟可以包括樣品和/或試劑的混合、孵化和分裂。另外，該協(xié)議可以為每個(gè)步驟制定預(yù)定的時(shí)間量和/或溫度。例如，在數(shù)字微流體裝置的情況下，該協(xié)議能夠指定用于致動(dòng)動(dòng)態(tài)墊的時(shí)間表，該動(dòng)態(tài)墊致使液滴運(yùn)動(dòng)、分裂和/或混合以制備用于具體分析程序的樣品(例如用于核苷酸測(cè)序的核酸庫(kù)的制備)。在一些實(shí)施方式中，開(kāi)發(fā)者還可以上載對(duì)應(yīng)的分析方法以供上載的樣品制備協(xié)議使用。
[0061]云計(jì)算環(huán)境12(例如，存儲(chǔ)器)儲(chǔ)存多個(gè)開(kāi)發(fā)者提交的協(xié)議116供用戶(hù)(例如，請(qǐng)求者/消費(fèi)者)使用。這些優(yōu)化協(xié)議116可以鼓勵(lì)用戶(hù)使用這些協(xié)議，這是因?yàn)橛脩?hù)不需要浪費(fèi)時(shí)間和資源來(lái)開(kāi)發(fā)用于具體應(yīng)用的所有步驟。用戶(hù)可以通過(guò)向供應(yīng)商付費(fèi)或從供應(yīng)商購(gòu)買(mǎi)產(chǎn)品(例如，通用樣品制備盒96)而被授予訪(fǎng)問(wèn)云計(jì)算環(huán)境12和協(xié)議116的權(quán)限。在一些實(shí)施方式中，訪(fǎng)問(wèn)協(xié)議116的權(quán)限可能限于購(gòu)買(mǎi)了通用樣品制備盒96的那些用戶(hù)。具有協(xié)議訪(fǎng)問(wèn)權(quán)限的用戶(hù)如箭頭118所示(例如，直接向樣品制備儀器36)請(qǐng)求和下載用來(lái)供通用樣品制備盒96使用的具體協(xié)議116。
[0062]云計(jì)算環(huán)境12能夠監(jiān)測(cè)(例如，開(kāi)發(fā)者提交的、認(rèn)證的、支持供應(yīng)商的)每個(gè)協(xié)議的使用。例如，云計(jì)算環(huán)境12監(jiān)測(cè)對(duì)每個(gè)協(xié)議的請(qǐng)求或下載次數(shù)120以確定協(xié)議的流行性或評(píng)估協(xié)議使用增加的更具體原因(例如，可使用協(xié)議檢測(cè)到的具體病原體的爆發(fā))。在一些實(shí)施方式中，云計(jì)算環(huán)境12監(jiān)測(cè)每個(gè)協(xié)議的使用次數(shù)。另外，云計(jì)算環(huán)境12從協(xié)議116的用戶(hù)接收并存儲(chǔ)等級(jí)122。另外，云計(jì)算環(huán)境12可以監(jiān)測(cè)用于引證的出版物和/或出版物中的開(kāi)發(fā)者提交的協(xié)議116的使用，如附圖標(biāo)記124所示。另外或另選地，云計(jì)算環(huán)境12可以從開(kāi)發(fā)者、用戶(hù)和/或供應(yīng)商接收出版物引證。在任一情況下，都可以使得出版物引證和/或來(lái)自出版物的相關(guān)信息對(duì)訪(fǎng)問(wèn)云的個(gè)人或裝置來(lái)說(shuō)可用。在【具體實(shí)施方式】中，在云計(jì)算環(huán)境上的出版物中引用的協(xié)議116的可用性使得用戶(hù)能夠直接訪(fǎng)問(wèn)協(xié)議116，而無(wú)需瀏覽多個(gè)出版物來(lái)發(fā)現(xiàn)材料和方法，并且無(wú)需手動(dòng)從書(shū)面描述創(chuàng)建裝置協(xié)議。對(duì)于某些協(xié)議來(lái)說(shuō)，通用制備盒96的供應(yīng)商可以如附圖標(biāo)記126所示對(duì)所提交的協(xié)議116和/或?qū)?yīng)的分析方法執(zhí)行獨(dú)立的驗(yàn)證。
[0063]基于等級(jí)、出版物124中的引證和/或供應(yīng)商驗(yàn)證的組合，具體的開(kāi)發(fā)者提交的協(xié)議116和/或?qū)?yīng)的分析方法可以如箭頭128所示被授予認(rèn)證狀態(tài)以變成認(rèn)證的樣品制備協(xié)議130和/或?qū)?yīng)的分析方法。協(xié)議130的認(rèn)證狀態(tài)可以如箭頭132所示鼓勵(lì)更多用戶(hù)使用具體協(xié)議130。轉(zhuǎn)而，更多用戶(hù)可以被鼓勵(lì)例如從供應(yīng)商獲得通用樣品制備盒96和/或樣品制備儀器36。認(rèn)證狀態(tài)可以基于從云計(jì)算環(huán)境12獲得的信息由供應(yīng)商確定。另選地，云計(jì)算環(huán)境12 (例如，處理器)可以基于提供給云計(jì)算環(huán)境12的可執(zhí)行指令或標(biāo)準(zhǔn)來(lái)確定是否授予認(rèn)證狀態(tài)。
[0064]供應(yīng)商通過(guò)云計(jì)算環(huán)境12監(jiān)測(cè)所有協(xié)議的流行性(例如，請(qǐng)求和/或使用120的次數(shù)和頻率)。供應(yīng)商可以從認(rèn)證協(xié)議130(例如，樣品制備處方和/或?qū)?yīng)的分析方法)當(dāng)中識(shí)別具有市場(chǎng)潛力的可獲得利潤(rùn)的應(yīng)用。在識(shí)別這種可獲得利潤(rùn)的應(yīng)用之后，供應(yīng)商通過(guò)云計(jì)算環(huán)境12可以在認(rèn)證協(xié)議130和/或?qū)?yīng)的分析方法上授予由箭頭134表示的支持供應(yīng)商狀態(tài)，以提供支持供應(yīng)商的協(xié)議136。另外，供應(yīng)商可以基于支持供應(yīng)商的協(xié)議136生成、設(shè)計(jì)或商業(yè)化專(zhuān)用應(yīng)用的樣品制備盒138(例如，預(yù)先填充有試劑)。專(zhuān)用應(yīng)用盒138的用戶(hù)可以下載或檢索支持供應(yīng)商的協(xié)議136以供盒138使用，如箭頭140所示。支持供應(yīng)商的協(xié)議136還可以鼓勵(lì)更多的用戶(hù)從例如供應(yīng)商獲得專(zhuān)用應(yīng)用的樣品制備盒138、樣品制備儀器36和/或相關(guān)的消耗品。
[0065]為了鼓勵(lì)協(xié)議共享，供應(yīng)商通過(guò)云計(jì)算環(huán)境可以針對(duì)用戶(hù)提交給云計(jì)算環(huán)境12的協(xié)議116的每個(gè)請(qǐng)求給提交給云計(jì)算環(huán)境12的協(xié)議116的提交者或開(kāi)發(fā)者貸款。該貸款可以用于從供應(yīng)商購(gòu)買(mǎi)消耗品(例如，例如盒或流體部件)、裝置(例如，樣品制備或測(cè)序裝置)或服務(wù)(例如，定制數(shù)據(jù)分析、醫(yī)療診斷或替換的樣品分析)。
[0066]如上所述，系統(tǒng)10方便了協(xié)議開(kāi)發(fā)者、請(qǐng)求者、供應(yīng)商和云計(jì)算環(huán)境12之間在樣品制備協(xié)議的共享和流行性監(jiān)測(cè)方面的交互。為此，圖6是用于通過(guò)云計(jì)算環(huán)境12共享樣品制備協(xié)議和監(jiān)測(cè)樣品制備協(xié)議的流行性的一些示例性交互的方法142的流程圖。方法142可以包含所描述的步驟或交互的任何可行的子集、組合或變型。在一個(gè)實(shí)施方式中，方法142可以以提交者(例如，開(kāi)發(fā)者)優(yōu)化用于實(shí)驗(yàn)的協(xié)議開(kāi)始，該實(shí)驗(yàn)與樣品制備儀器36一起使用供應(yīng)商(例如，制造商)的通用樣品制備盒96 (方框144)。提交者例如不收取任何費(fèi)用地向支持供應(yīng)商的云計(jì)算環(huán)境12上載優(yōu)化的樣品制備協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法(方框146)。云計(jì)算環(huán)境12在其他協(xié)議和分析方法當(dāng)中接收并存儲(chǔ)優(yōu)化的協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法(方框148)。
[0067]方法142可以包括請(qǐng)求者(例如，消費(fèi)者)從供應(yīng)商(例如，通過(guò)商業(yè)購(gòu)買(mǎi))獲得通用樣品制備盒96，供應(yīng)商進(jìn)而給予請(qǐng)求者訪(fǎng)問(wèn)云計(jì)算環(huán)境12的權(quán)限(方框150)。在收到訪(fǎng)問(wèn)云計(jì)算環(huán)境12的權(quán)限之后，請(qǐng)求者從可用的協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法當(dāng)中請(qǐng)求具體協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法(方框152)。云計(jì)算環(huán)境12接收到針對(duì)具體協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法的請(qǐng)求(方框154)。云計(jì)算環(huán)境12向所請(qǐng)求的協(xié)議的提交者提供貸款以從供應(yīng)商購(gòu)買(mǎi)消耗品(方框156)，所請(qǐng)求的協(xié)議的提交者接收所述消耗品用于每個(gè)請(qǐng)求和/或協(xié)議的使用(方框158)。云計(jì)算環(huán)境12還向請(qǐng)求者提供所請(qǐng)求的協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法(方框160)。在接收到所請(qǐng)求的協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法之前(方框160)，請(qǐng)求者使用所請(qǐng)求的協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法利用通用樣品制備盒96執(zhí)行樣品制備(方框164)。
[0068]方法142可以包括請(qǐng)求者對(duì)協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法進(jìn)行分級(jí)并且將等級(jí)提供給云計(jì)算環(huán)境12 (方框166)。云計(jì)算環(huán)境12從請(qǐng)求者以及該協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法的其他請(qǐng)求者接收用于協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法的等級(jí)(方框168)。另外，云計(jì)算環(huán)境從引用和/或使用所提交的協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法的出版物接收一個(gè)或多個(gè)引證(方框170)。方法142還可以包括供應(yīng)商對(duì)所提交的協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法進(jìn)行獨(dú)立的驗(yàn)證(方框172)?；诘燃?jí)、出版物引證和/或所提交的協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法的供應(yīng)商驗(yàn)證，云計(jì)算環(huán)境12將認(rèn)證狀態(tài)授予協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法(方框174)。如上所述，該認(rèn)證狀態(tài)可以由供應(yīng)商基于從云計(jì)算環(huán)境12獲得的信息來(lái)確定。另選地，云計(jì)算環(huán)境12(例如處理器)可以基于提供給云計(jì)算環(huán)境12的可執(zhí)行指令或標(biāo)準(zhǔn)來(lái)確定是否授予認(rèn)證狀態(tài)。
[0069]方法142包括監(jiān)測(cè)所提交的協(xié)議(認(rèn)證之前和認(rèn)證之后)的請(qǐng)求或下載的次數(shù)(方框176)。在一些實(shí)施方式中，方法142可以包括監(jiān)測(cè)所請(qǐng)求的或下載的協(xié)議的使用次數(shù)?；谡?qǐng)求次數(shù)和/或使用次數(shù)和其他信息(例如，等級(jí)、消費(fèi)者應(yīng)用需求、市場(chǎng)考慮等)，供應(yīng)商識(shí)別所認(rèn)證的協(xié)議和/或?qū)?yīng)的分析方法是否可商業(yè)化(例如，是否是具有市場(chǎng)潛力的可獲得利潤(rùn)的應(yīng)用)(方框178)。如果認(rèn)證協(xié)議被認(rèn)為是可商業(yè)化的，則供應(yīng)商基于該協(xié)議開(kāi)發(fā)專(zhuān)用應(yīng)用樣品制備盒并在商業(yè)上提供該專(zhuān)用應(yīng)用樣品制備盒(方框180)。另外，方法142包括在云計(jì)算環(huán)境上向認(rèn)證協(xié)議和/或?qū)?yīng)分析方法授予支持供應(yīng)商狀態(tài)(方框
182) ο
[0070]如上所述，在一些實(shí)施方式中，云計(jì)算環(huán)境12可以用來(lái)從開(kāi)始到結(jié)束引導(dǎo)基因組(例如測(cè)序)分析工作流程。云引導(dǎo)的基因組分析工作流程的示例包括但不限于全基因組測(cè)序、、用于癌癥測(cè)序的樣品制備、目標(biāo)重測(cè)序、用于全基因組單體型分析的擬長(zhǎng)閱讀以及低輸入樣品制備(例如，法醫(yī)目的、單個(gè)細(xì)胞、病毒感染組織)。為此，圖7是基于云的計(jì)算環(huán)境12的示意性概述，以方便進(jìn)行云引導(dǎo)的基因組分析工作流程。在一些實(shí)施方式中，云計(jì)算環(huán)境12可以由在基因組分析工作流程中使用的產(chǎn)品和/或儀器的供應(yīng)商(例如制造商/提供商)支持。圖7描述了在典型基因組(測(cè)序)分析工作流程中涉及的主要步驟。在一些實(shí)施方式中，可以包括附加步驟或一些沒(méi)有執(zhí)行的步驟。一些步驟(例如，分析和報(bào)告步驟)可以由計(jì)算裝置通過(guò)訪(fǎng)問(wèn)云計(jì)算環(huán)境12來(lái)執(zhí)行。通常，在收集每個(gè)步驟所需的信息(例如，參數(shù))之后，該信息通過(guò)計(jì)算裝置或儀器提供給云計(jì)算環(huán)境12。這些參數(shù)或信息的一些源可以包括來(lái)自條碼或RFID跟蹤的樣品板、樣品制備盒、流動(dòng)池、測(cè)序試劑盒和其他源的信息。另外，各種清單和處方(例如協(xié)議)駐留在云計(jì)算環(huán)境12 (例如存儲(chǔ)器)中。這些清單和處方被提供給儀器(例如，樣品制備儀器36、測(cè)序儀器18等)以驅(qū)動(dòng)特定步驟(例如，樣品制備、測(cè)序等)。在開(kāi)始特定的任務(wù)或步驟之前，將數(shù)據(jù)和儀器反饋提供給云計(jì)算環(huán)境12以進(jìn)行進(jìn)一步的步驟(登錄、分析、報(bào)告生成、注釋等)。各種分析方法、報(bào)告格式和注釋服務(wù)也駐留在云計(jì)算環(huán)境12中。此外，各種樣品制備處方(例如協(xié)議)、分析方法、報(bào)告格式和注釋服務(wù)可以由供應(yīng)商或眾包(例如，參見(jiàn)圖5和6)開(kāi)發(fā)，如附圖標(biāo)記183所示。云計(jì)算環(huán)境12中的工作流程的步驟與實(shí)驗(yàn)室中的步驟并行。這使得云計(jì)算環(huán)境能夠作為工作流程管理器(例如以應(yīng)用為中心的方式)以從開(kāi)始到結(jié)束都引導(dǎo)物理過(guò)程。
[0071]轉(zhuǎn)到圖7，在一個(gè)實(shí)施方式中，工作流程可以從生物源進(jìn)行樣品提取開(kāi)始。駐留在云計(jì)算環(huán)境12上的樣品清單(例如由用戶(hù)或另一個(gè)源提供)被如箭頭184所示提供給用戶(hù)。在樣品提取之后和/或提取期間，用戶(hù)如箭頭184所示例如通過(guò)計(jì)算裝置向云計(jì)算環(huán)境12提供樣品提取相關(guān)數(shù)據(jù)(樣品標(biāo)識(shí)、樣品板標(biāo)識(shí)、板位置標(biāo)識(shí)、提取量、其他參數(shù)等)?；跇悠诽崛∠嚓P(guān)數(shù)據(jù)和/或樣品清單，云計(jì)算環(huán)境12(例如處理器)生成樣品提取日志。
[00