用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的標(biāo)志物的制作方法
【技術(shù)領(lǐng)域】：
[0001] 本發(fā)明涉及生物工程技術(shù)領(lǐng)域，特別用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥 的標(biāo)志物。
【背景技術(shù)】：
[0002] 據(jù)2013年WHO發(fā)布的數(shù)據(jù)，目前全球共有約3500萬(wàn)名HIV/AIDS患者，而經(jīng)濟(jì)相對(duì) 不發(fā)達(dá)的發(fā)展中國(guó)家的患者占大多數(shù)。HIV/ADIS患者感染結(jié)核分枝桿菌（tuberculosis， TB)的可能性是HIV未感人群的26-30倍。即使是對(duì)于那些正在進(jìn)行高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療 法（HAART)的人來(lái)說(shuō)，感染TB依然是HIV患者最常見(jiàn)的并發(fā)癥，而TB往往是HIV患者致死 的頭號(hào)因素。一系列文獻(xiàn)數(shù)據(jù)表明，約10% -30%的病人在接受高效逆轉(zhuǎn)錄病毒療法后產(chǎn) 生嚴(yán)重的免疫重建炎癥綜合癥（immune reconstitution inflammatory syndrome, IRIS) 〇 從全球的IRIS分布情況不難看出，HIV病毒與TB共感染（HIV-TB co-infection)是最常 見(jiàn)的形式。據(jù)先前的meta分析研究表明，有15. 7%的高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療（HAART，雞尾 酒療法）患者會(huì)感染上TB。HAART使得免疫系統(tǒng)重建，TB這時(shí)攻擊脆弱的免疫系統(tǒng)，嚴(yán)重 則造成死亡。
[0003] IRIS是HAART面臨的重要問(wèn)題，就目前發(fā)展水平來(lái)說(shuō)，完全避免其發(fā)生是不可能 的，而充分意識(shí)到IRIS的重要性，盡可能做到早識(shí)別、早診斷、早治療，以減少延誤治療才 是關(guān)鍵。
[0004] 利用新一代測(cè)序技術(shù)獲得某物種全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的技術(shù)即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (RNA-Seq)，其中在11 lumina/So I exa測(cè)序平臺(tái)上的RNA-Seq應(yīng)用最為廣泛，其測(cè)序基本 原理是基于單分子簇的可逆性終止的邊合成邊測(cè)序（Sequencing by Synthesis，SBS)。 RNA-Seq技術(shù)能夠在單核苷酸水平對(duì)任意生物組織或細(xì)胞的整體轉(zhuǎn)錄進(jìn)程檢測(cè)，不僅 可以分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平，還能發(fā)現(xiàn)未知的轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本，準(zhǔn)確地識(shí)別 出可變剪切位點(diǎn)和編碼序列單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphisms on cDNAs，cSNPs)，使得到的轉(zhuǎn)錄組信息更為全面，便于進(jìn)一步注釋分類。
[0005] 由于RNA-Seq相對(duì)于傳統(tǒng)的測(cè)序方法具有明顯的優(yōu)勢(shì)，所以被廣泛運(yùn)用到差異基 因表達(dá)分析，新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)以及可變剪切研究等方面。近年來(lái)，使用RNA-Seq技術(shù)測(cè)序發(fā) 表的文章也越來(lái)越多，而轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析應(yīng)用在艾滋病疾病研究方面也取得了不少令世人 矚目的成果。2011年澳大利亞悉尼大學(xué)的Jing Qin Wu等研究者對(duì)14個(gè)感染艾滋病的個(gè) 體和5個(gè)HIV陰性正常個(gè)體CD4+和CD8+T細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)某些與艾滋病相關(guān) 通路的富集現(xiàn)象。2014年杜克大學(xué)的Payn，T. L等研究者對(duì)HIV感染病人的⑶8+T細(xì)胞的 轉(zhuǎn)錄表達(dá)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)某些編碼抗病毒細(xì)胞因子蛋白的mRNA顯著上調(diào)，并且發(fā)現(xiàn)在RNA 水平的調(diào)控更有助于喚醒⑶8+T細(xì)胞對(duì)HIV病毒的抑制。同年，紐約大學(xué)的Ryndak，M. B等 研究者對(duì)感染TB的患者血液中提取的結(jié)核分枝桿菌進(jìn)行轉(zhuǎn)錄水平分析，發(fā)現(xiàn)相較于肺部， 在血液環(huán)境下，TB致病能力會(huì)增加，某些毒性因子的表達(dá)量會(huì)上調(diào)。以上眾多研究表明，利 用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析疾病相關(guān)的表觀調(diào)控已是一套較為完善成熟的體系，而以RNA-Seq的技 術(shù)作為數(shù)據(jù)獲取方法并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析將會(huì)逐漸成為一種新的趨勢(shì)。
[0006] 而對(duì)于HIV合并TB感染后，現(xiàn)有技術(shù)并沒(méi)有很好的量化考量指標(biāo)來(lái)進(jìn)行預(yù)警是否 會(huì)發(fā)生免疫重建炎性綜合癥。有學(xué)者指出，可能跟患者體內(nèi)CD4細(xì)胞個(gè)數(shù)有關(guān)，但是缺乏足 夠的證據(jù)，甚至有人持相反意見(jiàn)；同時(shí)對(duì)于RNA-Seq的技術(shù)還沒(méi)有應(yīng)用于評(píng)估艾滋病人發(fā) 生免疫重建炎性綜合癥以及由此得出相關(guān)標(biāo)志物的報(bào)道。

【發(fā)明內(nèi)容】
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[0007] 本發(fā)明要解決的技術(shù)問(wèn)題是提供用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的 兩套標(biāo)志物，每套標(biāo)志物中的九個(gè)基因組合物的用途，以及用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重 建炎性綜合癥的產(chǎn)品；本發(fā)明還提供了一種引物組合物及其用途，和兩種篩選艾滋病人發(fā) 生免疫重建炎性綜合癥的生物樣品的系統(tǒng)。
[0008] 為了解決上述技術(shù)問(wèn)題，本發(fā)明通過(guò)如下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)：
[0009] 本發(fā)明提供了一種用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的標(biāo)志物，至少 包括九個(gè)基因：DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRLl基因、SLC25A37基 因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因。
[0010] 本發(fā)明提供了由DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基因、FCRLl基因、 SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因形成的基因組合物的用途，在制備用 來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0011] 本發(fā)明提供了一種篩選艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的生物樣品的系統(tǒng)，包 括：
[0012] 核酸序列確定裝置，用于對(duì)生物樣品中提取的核酸樣本進(jìn)行分析，以便確定所述 核酸樣本的核酸序列；以及
[0013] 判斷裝置，所述判斷裝置與所述核酸序列確定裝置相連，以便基于將測(cè)序產(chǎn)生的 短序列和人類基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，分別得到DEFA3基因、S100A8基因、FFAR2基因、LCN2基 因、FCRLl基因、SLC25A37基因、CXCR2P1基因、RGCC基因和GMPR基因的相對(duì)表達(dá)量RPKM， 用于判斷艾滋病人是否發(fā)生免疫重建炎性綜合癥；
[0014] 任選的，還包括核酸提取裝置，所述核酸提取裝置與所述核酸序列確定裝置相連， 用于提取所述生物樣品中的核酸樣本；
[0015] 任選的，得到相對(duì)表達(dá)量RPKM之后是用公式計(jì)算后得到風(fēng)險(xiǎn)值f(x)，然后用于判 斷艾滋病人是否發(fā)生免疫重建炎性綜合癥，所述公式為：
[0016] f(x) = 40-0. 301926548369785 (DEFA3)+0. 00490277165036895 (S100A8) +0.560530444576423 (FFAR2)+1.63850558112781 (LCN2)-〇. 142277506530434 (FC RLl)+0. 410319980880293(SLC25A37)+0. 190096182111239(CXCR2P1)-〇. 199495833744442 (RGCC)-O. 370577325294511 (GMPR)。
[0017] 本發(fā)明提供了一種用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的標(biāo)志物，其特 征在于，至少包括九個(gè)基因：⑶79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、⑶22基因、 ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因。
[0018] 本發(fā)明提供了由⑶79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、⑶22基因、 ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因形成的基因組合物的用途，在制備用來(lái)評(píng) 估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
[0019] 本發(fā)明提供了一種用來(lái)評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的產(chǎn)品，包括用于 CD79A 基因、LCN2 基因、FFAR2 基因、SLEDl 基因、CD22 基因、ANKRD22 基因、GP9 基因、DEFA3 基因和RGCC基因的實(shí)時(shí)定量PCR的試劑。
[0020] 本發(fā)明提供了包括用于CD79A基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、CD22基 因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因的實(shí)時(shí)定量PCR的試劑的用途，用來(lái)制 備評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的產(chǎn)品。
[0021] 本發(fā)明提供了一種引物組合物，包括擴(kuò)增⑶79A基因的至少一對(duì)引物、擴(kuò)增LCN2 基因基因的至少一對(duì)引物、擴(kuò)增FFAR2基因的至少一對(duì)引物、擴(kuò)增SLEDl基因的至少一對(duì)引 物、擴(kuò)增⑶22基因的至少一對(duì)引物、擴(kuò)增ANKRD22基因的至少一對(duì)引物、擴(kuò)增GP9基因的至 少一對(duì)引物、擴(kuò)增DEFA3基因的至少一對(duì)引物和擴(kuò)增RGCC基因的至少一對(duì)引物。
[0022] 本發(fā)明提供了上述的引物組合物的用途，用于制備評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎 性綜合癥的試劑盒。
[0023] 本發(fā)明提供了一種篩選艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的生物樣品的系統(tǒng)，包 括：
[0024] 實(shí)時(shí)定量PCR擴(kuò)增模塊，所述實(shí)時(shí)定量PCR擴(kuò)增模塊中設(shè)置有ACTB基因、CD79A 基因、LCN2基因、FFAR2基因、SLEDl基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因 和RG