CC基因的特異性引物，以便利用所述特異性引物，對(duì)生物樣品中提取的核酸樣本進(jìn)行 實(shí)時(shí)定量PCR擴(kuò)增，得到每個(gè)基因的Ct值；以及
[0025] 判斷裝置，所述判斷裝置與所述PCR擴(kuò)增模塊相連，基于⑶79A基因、LCN2基因、 FFAR2基因、SLED 1基因、CD22基因、ANKRD22基因、GP9基因、DEFA3基因和RGCC基因中的 每個(gè)基因的實(shí)時(shí)定量PCR的Ct值與ACTB基因的實(shí)時(shí)定量PCR的Ct值之間的比值，用于判 斷艾滋病人是否發(fā)生免疫重建炎性綜合癥；
[0026] 任選的，還包括核酸提取裝置，所述核酸提取裝置與所述核酸序列確定裝置相連， 用于提取所述生物樣品中的核酸樣本；
[0027] 任選的，得到比值之后是用公式計(jì)算后得到風(fēng)險(xiǎn)值f(x)，然后用于判斷艾滋病人 是否發(fā)生免疫重建炎性綜合癥，所述公式為：
[0028] f (X) = -25. 97422122-259. 8669408(CD79A)+13515. 90815(LCN2)+3335. 943735 ( FFAR2)+7311. 600215(SLEDl)-318. 4503906(CD22)+1692. 184761(ANKRD22)-247. 6957422( GP9)-2322. 113802(DEFA3)-1821. 5596(RGCC)。
[0029] 本發(fā)明提供一種用來評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的兩套標(biāo)志物，每套 標(biāo)志物中包含九個(gè)基因，經(jīng)實(shí)驗(yàn)證明，本發(fā)明所列的每套標(biāo)志物中的特定基因在HIV合并 TB感染的病人血液中的PBMC里的表達(dá)量的線性組合能顯著區(qū)分發(fā)生和不發(fā)生免疫重建 炎性綜合癥的人群，以及判斷引起免疫重建炎性綜合癥的風(fēng)險(xiǎn)大小，因此這些基因的線性 組合可作為評(píng)價(jià)艾滋病人是否發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的預(yù)警因子，使臨床治療更加個(gè)性 化。
【附圖說明】：
[0030] 圖1是HIV合并TB感染發(fā)生了免疫重建炎性綜合癥的，確診HIV合并TB感染但 未發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的，單純HIV感染的2個(gè)單純TB感染，以及健康對(duì)照共五組樣 本全部基因相對(duì)表達(dá)量的主成份分析，橫軸PC1，縱軸PC2 ;左圖：用藥前，右圖：治療后。C : 對(duì)照組，H :HIV單純感染組，T :TB單純感染組，HT :HIV和TB合并感染未發(fā)生IRIS組，HTI : HIV和TB合并感染發(fā)生IRIS組。
【具體實(shí)施方式】：
[0031] 本發(fā)明利用新一代測(cè)序技術(shù)Illumina/Solexa測(cè)序平臺(tái)從單HIV病毒感染人群、 單TB感染人群、HIV-TB共感染人群、感染了 TB的艾滋病人且同時(shí)發(fā)生免疫重建炎性綜合 征人群的四種樣本中獲得經(jīng)HAART治療前后的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（RNA-Seq)。RNA-Seq分析 可以通過比對(duì)正常樣本和HIV侵染樣本中表達(dá)模式發(fā)生顯著變化的基因，及其功能分析， 以此來建立預(yù)測(cè)發(fā)生副作用的預(yù)測(cè)模型，提供抵抗病原侵染的重要解決策略，為目前針對(duì) 艾滋病的主要治療手段一高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒療法，提供一定程度上的臨床應(yīng)用指導(dǎo)。
[0032] 下面結(jié)合實(shí)施例和附圖對(duì)本發(fā)明進(jìn)行進(jìn)一步描述：
[0033] 實(shí)施例1
[0034] 本實(shí)施例先對(duì)發(fā)生IRIS的組別和其他組別的基因表達(dá)進(jìn)行了測(cè)定，測(cè)定方法具 體包括如下步驟：
[0035] 選取了 5組研究對(duì)象：7個(gè)HIV合并TB感染發(fā)生了免疫重建炎性綜合癥的，7個(gè) 確診HIV合并TB感染但未發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的，5個(gè)單純HIV感染的，2個(gè)單純TB 感染，以及2個(gè)健康對(duì)照。用高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療（HAART，雞尾酒療法），每人取樣兩次， 第一次取樣是用藥前，第二次取樣是用藥后二周。將每個(gè)樣本的每個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)量 (rpkm)和組合成數(shù)據(jù)矩陣，分用藥前后兩個(gè)矩陣。使用現(xiàn)有的統(tǒng)計(jì)軟件R進(jìn)行主成份分析 (PCA)，將每個(gè)樣本的主成份1和主成份2 (主成分是對(duì)眾多因素的降維統(tǒng)計(jì)方法，PCl就是 主成份1，包含的是一系列基因的組合得到的一個(gè)值，同理PC2)畫散點(diǎn)圖，分別得到圖1。
[0036] 由上述結(jié)果可知，不同組間存在基因表達(dá)差異，會(huì)發(fā)生IRIS的組別和其他組別有 明顯差異，由此可以建立一種用于評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的模型。
[0037] 在上述方法和結(jié)果的基礎(chǔ)上，本實(shí)施例提供了一種建立用于評(píng)估艾滋病人發(fā)生免 疫重建炎性綜合癥的模型的方法，具體包括如下步驟：
[0038] (1)計(jì)算相對(duì)表達(dá)量
[0039] 分離PBMC外周血淋巴細(xì)胞，對(duì)PBMC進(jìn)行裂解，提取總RNA。通過mRNA的polyA 特性，調(diào)取mRNA，對(duì)總RNA進(jìn)行高通量測(cè)序。將測(cè)序產(chǎn)生的短序列（即二代高通量測(cè)序得 到的短序列）和人類基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)（ftp://ftp. ncbi. nlm. nih. gov/refseq/H_sapiens/ RefSeqGene/)比對(duì)，分別得到每個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)量RPKM[即是將map到單個(gè)基因的read 數(shù)除以map到所有基因的所有read數(shù)（以million為單位）與RNA的長(zhǎng)度（以KB為單 位），得到的值]，計(jì)算公式如下：
[0041] 其中的C :代表比對(duì)到該基因的短序列條數(shù)，N :代表比對(duì)到所有基因的短序列條 數(shù)，L代表該基因的長(zhǎng)度。
[0042] (2)計(jì)算相關(guān)系數(shù)
[0043] 得到每個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)量RPKM之后，在發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的組別和未 發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的組別進(jìn)行所有基因的機(jī)器學(xué)習(xí)建模，挑選權(quán)重最大的、準(zhǔn)確性 最高的組合，最終選取如表1所示的9個(gè)基因作為判斷是否發(fā)生IRIS風(fēng)險(xiǎn)的指標(biāo)（其中基 因 ID用NCBI的標(biāo)準(zhǔn)基因號(hào)表示），通過對(duì)不同因子權(quán)重的線性擬合得到相關(guān)系數(shù)，如表1 所示。
[0044] 表 1
[0047] (3)計(jì)算f(x)值，判斷風(fēng)險(xiǎn)水平
[0048] 用以下公式計(jì)算每個(gè)樣本的風(fēng)險(xiǎn)值：
[0049] f(x) = 40-0. 301926548369785 (DEFA3)+0. 00490277165036895 (S100A8) +0.560530444576423 (FFAR2)+1.63850558112781 (LCN2)-〇. 142277506530434 (FC RLl)+0. 410319980880293(SLC25A37)+0. 190096182111239(CXCR2P1)-〇. 199495833744442 (RGCC)-0. 370577325294511 (GMPR)
[0050] 其中（DEFA3)、（S100A8)、（FFAR2)、（LCN2)、（FCRLl)、（SLC25A37)、（CXCR2P1)、 (RGCC)和（GMPR)分別代表各個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)量RPKM，即采用上述（I)的高通量測(cè)序后 比對(duì)的方法計(jì)算得到。
[0051] 計(jì)算f (X)值，作為每個(gè)樣本的評(píng)價(jià)指標(biāo)。當(dāng)f (X)值大于0. 5時(shí)，判斷為高風(fēng)險(xiǎn)， 當(dāng)f (X)值小于〇. 5時(shí)判斷為低風(fēng)險(xiǎn)，當(dāng)值等于0. 5時(shí)，判斷為風(fēng)險(xiǎn)不確定。f (X)值越小于 〇. 5代表風(fēng)險(xiǎn)越低，越高于0. 5代表風(fēng)險(xiǎn)越高。
[0052] 實(shí)施例2
[0053] 本實(shí)施例對(duì)實(shí)施例2建立的用于評(píng)估艾滋病人發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的模型 的方法進(jìn)行了驗(yàn)證，具體包括如下步驟：
[0054] 根據(jù)實(shí)施例2的9個(gè)基因建立的線性模型，選取了 5組研究對(duì)象：7個(gè)確診HIV 合并TB感染發(fā)生免疫重建炎性綜合癥的樣本（HTI-P1-0-TA，HTI-P2-0A，HTI-P3-0A， ΗΤΙ-Ρ4-0Α，ΗΤΙ-Ρ5-0Α，ΗΤΙ-Ρ6-0Α，ΗΤΙ-1-42-0Α)，7 個(gè)確診 HIV 合并 TB 感染但不發(fā)生免疫 重建炎性綜合癥的樣本（HT-P1-0A，HT-P3-0A，HT-P5-0A，HT-P7-0A，HT-P8-0A，HT-P9-0A， HT-2-28-0A)，5 個(gè)單純 HIV 感染的樣本（H-P1-0A，H-P2-0A，H-P3-0A，H-P4-0A，H-3-83-0A)， 2個(gè)單純TB感染的樣本（T-P1-0A，T-P2-0A)，以及2個(gè)健康樣本（C-1-LK7231A， C-2-LYW7302A)，用高效抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療（HAART)前后共46個(gè)樣本（每人取樣兩次，第一 次取樣是用藥前，第二次取樣是用藥后二周）進(jìn)行預(yù)測(cè)，評(píng)估結(jié)果如表2所示：
[0055] 表 2
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[0058] 表2中，H代表HIV單純感染組，HTI代表HIV合并TB感染會(huì)發(fā)生IRIS組，HT代 表HIV合并TB感染不發(fā)生IRIS組，T代表單純感染TB組，C代表健康對(duì)照組。TP，TN，F(xiàn)P， FN分別代表真陽(yáng)性，真陰性，假陽(yáng)性，假陰性。
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