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      一套用于沙門(mén)氏菌檢測(cè)的多核苷酸、方法和試劑盒的制作方法_3

      文檔序號(hào):9541322閱讀:來(lái)源:國(guó)知局
      沙門(mén)氏菌的特異性序列,所述序列如SEQIDN0 :1和/或3所示;
      [0117] ②將步驟①所得沙門(mén)氏菌的序列克隆至克隆載體上,得到沙門(mén)氏菌的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分 子。
      [0118] 其中步驟①所述的人工合成的方法較佳地為:全基因合成或者PCR引物擴(kuò)增的方 法獲得該序列。
      [0119] 本發(fā)明所述質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子構(gòu)建方法較佳地包括以下步驟:
      [0120] ①NCBI(美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)的Genbank中查詢(xún)沙門(mén)氏菌的內(nèi)化素基因 InlA基因和/或轉(zhuǎn)錄激活調(diào)節(jié)蛋白基因prfA基因;
      [0121] ②對(duì)上述序列進(jìn)行分析,選擇合適的序列和合適的酶切位點(diǎn),并將酶切位點(diǎn)加至 所選擇序列的5'端和3'端。
      [0122] ③將處理后的序列進(jìn)行全基因人工合成服務(wù),包括單鏈OligoDNA的合成、DNA片 段拼接等工作,并將全長(zhǎng)基因克隆至質(zhì)粒載體中,獲得質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子。
      [0123] 所述的質(zhì)粒載體可以是常規(guī)載體,較佳的是克隆載體,更佳的是能夠在大腸桿菌 中增殖的克隆載體,所述克隆載體較佳地為:PUC19,pUC18,pUC118,pUC119,pBlueScript IISK或pGEM系列載體,優(yōu)選地為pUC19克隆載體。
      [0124] ④測(cè)序驗(yàn)證質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子的序列。
      [0125] ⑤質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法驗(yàn)證。
      [0126] 所述的實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法驗(yàn)證,是指檢測(cè)質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子在進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR 分析時(shí)的特異性和構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)能力等特性,以鑒定該質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子作為實(shí)時(shí)熒光PCR方 法檢測(cè)沙門(mén)氏菌的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的能力。
      [0127] 在符合本領(lǐng)域常識(shí)的基礎(chǔ)上,上述各優(yōu)選條件,可任意組合,即得本發(fā)明各較佳實(shí) 例。
      [0128] 本發(fā)明所用試劑和原料均市售可得。
      [0129] 本發(fā)明的主要優(yōu)點(diǎn)在于:
      [0130] (1)包含本發(fā)明多核苷酸序列的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子具有均勻性強(qiáng),穩(wěn)定性高的優(yōu)點(diǎn),同 時(shí)本發(fā)明解決了沙門(mén)氏菌實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)中標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)缺乏的難題,保證沙門(mén)氏菌實(shí)時(shí)熒 光PCR方法檢測(cè)結(jié)果的可比性,為沙門(mén)氏菌實(shí)時(shí)熒光PCR方法檢測(cè)提供質(zhì)量控制;
      [0131] (2)使用本發(fā)明的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子配合本發(fā)明的引物對(duì)制備的產(chǎn)品,用于實(shí)時(shí)熒光 PCR檢測(cè)沙門(mén)氏菌時(shí),特異性強(qiáng),靈敏度高,線(xiàn)性穩(wěn)定。
      [0132] (3)本發(fā)明提供的試劑盒中包含了檢測(cè)沙門(mén)氏菌的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子(攜帶invA基因 的pXLlO質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子)和/或檢測(cè)沙門(mén)氏菌的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子(攜帶sefA基因的pXLll 質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子),
      [0133] 下面結(jié)合具體實(shí)施例,進(jìn)一步陳述本發(fā)明。應(yīng)理解,這些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明 而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明詳細(xì)條件的實(shí)驗(yàn)方法,通常按照常規(guī)條 件如Sambrook等人,分子克隆:實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)(NewYork:ColdSpringHarborLaboratory Press,1989)中所述的條件,或按照制造廠(chǎng)商所建議的條件。除非另外說(shuō)明,否則百分比和 份數(shù)按重量計(jì)算。
      [0134] 實(shí)施例1質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子的構(gòu)建
      [0135] 實(shí)驗(yàn)試劑和實(shí)驗(yàn)儀器:
      [0136]質(zhì)粒大量提取試劑盒(OMEGA),其它生化試劑均為進(jìn)口分裝或國(guó)產(chǎn)分析純生化試 劑;實(shí)驗(yàn)儀器包括離心機(jī)、恒溫水浴鍋、恒溫培養(yǎng)搖床、移液槍等。
      [0137] 實(shí)驗(yàn)方法包括以下步驟:
      [0138] 1、在GenBank中搜索沙門(mén)氏菌的invA基因序列;
      [0139] 2、對(duì)上述序列進(jìn)行分析,選擇合適的序列和合適的酶切位點(diǎn),沙門(mén)氏菌的invA基 因序列長(zhǎng)度為2058bp,兩端加上ΚρηΙ酶切位點(diǎn);
      [0140] 3、將處理后的序列送至寶生物工程(大連)有限公司,由其負(fù)責(zé)進(jìn)行全基因人工 合成服務(wù),包括單鏈OligoDNA的合成、DNA片段拼接等工作,所得基因invA基因的序列如 序列表中SEQIDNO: 1所示,將所得全長(zhǎng)基因克隆至質(zhì)粒載體pUC19(購(gòu)自TAKARA公司) 中,構(gòu)建獲得包含invA基因序列的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO(其序列如序列表中SEQIDN0:2 所示),構(gòu)建所得質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子PXL10的質(zhì)粒圖譜如圖1所示。
      [0141] 4、大量培養(yǎng)含有包含所得質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO的重組大腸桿菌,利用質(zhì)粒大量提 取試劑盒(OMEGA)提取質(zhì)粒,獲得高純度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO。經(jīng)過(guò)紫外分光光度計(jì)以 及電泳進(jìn)行純度分析,之后質(zhì)粒DNA標(biāo)準(zhǔn)分子置于-20°C保存,抽提質(zhì)粒的方法包括以下步 驟:
      [0142] a、將100~200mL過(guò)夜培養(yǎng)的細(xì)菌于室溫5000Xg離心10分鐘,棄去上清;
      [0143] b、加入 12mLSolutionI(含有RNaseA),振蕩充分混勻;
      [0144] c、加入12mLSolutionII,上下顛倒溫和混勻,室溫放置2分鐘以使菌體充分裂 解;
      [0145] d、加入16mLSolutionIII,立即上下充分顛倒混勻數(shù)次,直至形成均勻的白色沉 淀;
      [0146] e、彡 12000Xg,4°C離心 10 分鐘;
      [0147] f、吸取20mL上清小心地移至一個(gè)干凈的HiBindMaxi吸附柱中(置于50mL收集 管中),5000Xg室溫離心5分鐘;
      [0148] g、棄去收集管中的液體,加入10mLBufferHB清洗吸附柱,5000Xg室溫離心5分 鐘;
      [0149] h、棄去收集管中的液體,加入15mLDNAWashBuffer(無(wú)水乙醇稀釋?zhuān)┣逑次?柱;
      [0150] i、重復(fù)上述清洗步驟;
      [0151] j、6000Xg離心15分鐘以干燥吸附柱;
      [0152] k、將吸附柱置于一個(gè)干凈的50mL管中,加入2mL~3mLTE緩沖液,室溫放置1~ 2分鐘,8000Xg離心2分鐘以洗脫DNA,所得DNA溶液即為提取的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子溶液,保存 在-20。。。
      [0153] 5、測(cè)序驗(yàn)證質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO
      [0154] 將提取的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子送至八家測(cè)序公司進(jìn)行序列驗(yàn)證,八家測(cè)序公司分別為北 京六合華大基因科技股份有限公司、上海博尚生物技術(shù)有限公司、英濰捷基(上海)貿(mào)易有 限公司、上海杰李生物技術(shù)有限公司、上海美吉生物技術(shù)有限公司、上海生工生物技術(shù)有限 公司、蘇州金唯智生物科技有限公司、寶生物生物工程有限公司。對(duì)于質(zhì)粒DNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)來(lái) 說(shuō),序列長(zhǎng)度與定量有直接關(guān)系,8家不同的測(cè)序公司進(jìn)行序列測(cè)定是標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研制中對(duì)于 定值的要求。詳見(jiàn)ISO導(dǎo)則35,標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)定值部分的具體要求。
      [0155]序列考察公式:序列正確率=正確堿基數(shù)目/堿基總數(shù)
      [0156] 測(cè)序結(jié)果證明,所有參與序列驗(yàn)證的單位得到的序列正確率為100 %,該質(zhì)粒序列 中的第414位到第2471位為invA基因序列
      [0157] 實(shí)驗(yàn)結(jié)果為:經(jīng)過(guò)序列選擇步驟、全基因人工合成步驟以及質(zhì)粒大量提取等步驟 得到高純度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子PXL10經(jīng)測(cè)序驗(yàn)證,該質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子插入片段序列與設(shè)計(jì)完全 相符。
      [0158] 采用上述相同的方法,構(gòu)建pXLll質(zhì)粒,將所得sefA基因序列(如序列表中SEQ IDN0:3所示),克隆至質(zhì)粒載體pUC19中,構(gòu)建獲得包含sefA基因序列的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子 pXLll(其序列如序列表中SEQIDN0:4所示),構(gòu)建所得質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLll的質(zhì)粒圖譜 如圖4所示。經(jīng)測(cè)序驗(yàn)證,該質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子插入片段序列與設(shè)計(jì)完全相符。
      [0159] 實(shí)施例2質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO和pXLl1的均勻性檢驗(yàn)
      [0160] 均勻性是表征物質(zhì)中一套或多種特性相關(guān)的結(jié)構(gòu)或組成的一致性狀態(tài)。通過(guò)測(cè)量 取自不同包裝單元(如瓶、包等)或取自同一包裝單元不同位置的規(guī)定大小的樣品,測(cè)量結(jié) 果落在規(guī)定不確定度范圍內(nèi),則可認(rèn)為該標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)對(duì)指定的特性量是均勻的。均勻性是標(biāo) 準(zhǔn)物質(zhì)的基本屬性,用于描述標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)特性的空間分布特征。在標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的研制(生產(chǎn)) 過(guò)程中必須進(jìn)行均勻性評(píng)估,以證明其具有良好的均勻性。均勻性良好的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子,其 量值不會(huì)受到分裝等因素的影響,各瓶間的量值差異不大,因此保證了檢測(cè)結(jié)果的可靠性。
      [0161] 實(shí)驗(yàn)試劑TE緩沖液(pH7. 5)。實(shí)驗(yàn)儀器NanodropsND-2000。
      [0162] 實(shí)驗(yàn)方法:
      [0163] 1、按照《JJG1006-1994 -級(jí)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)技術(shù)規(guī)范》均勻性抽取樣品要求,從各質(zhì)粒 DNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)中隨機(jī)抽取15瓶。
      [0164] 2、對(duì)所取每個(gè)樣品取樣3次,每次取樣量為1μL。每個(gè)取樣量用紫外分光光度重 復(fù)測(cè)定3次,取平均值。
      [0165] 3、對(duì)測(cè)定結(jié)果用F檢驗(yàn)法進(jìn)行統(tǒng)計(jì),判斷均勻性檢驗(yàn)結(jié)果。具體方法為:抽取m個(gè) 樣本,在相同條件下測(cè)得m組等精度測(cè)量數(shù)據(jù),如果測(cè)定方差無(wú)顯著性差異,則應(yīng)滿(mǎn)足下式 的統(tǒng)計(jì)要求。
      [0167] 其中組間差方和計(jì)算公式為:
      [0169] 組內(nèi)差方和計(jì)算見(jiàn)公式為:
      [0171] v1=m-Ι(組間自由度)
      [0172]v2=N-m(組內(nèi)自由度)。
      [0173] 實(shí)驗(yàn)結(jié)果:
      [0174] 1、質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)分子pXLlO和pX
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