AACGC(序列表的序列 57)。
[0184] 13、用于鑒定HPV-53的探針序列如下(5, 一 3'):
[0185]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTCCTCGGACTAACTCGCCTAC(序列表的序列 58)。
[0186] 14、用于鑒定HPV-56的探針序列如下(5, 一 3'):
[0187]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTGGCGTATCCTCGTGTCGTTC(序列表的序列 59)。
[0188] 15、用于鑒定HPV-58的探針序列如下(5, 一 3'):
[0189]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTGCCTCTCGTGCTTATCGTCG(序列表的序列 60)。
[0190] 16、用于鑒定HPV-59的探針序列如下(5, 一 3'):
[0191]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTGCCGTGGATAGACTCGTAGG(序列表的序列 61)。
[0192] 17、用于鑒定HPV-66的探針序列如下(5, 一 3,):
[0193]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTGGCGTTACTACTCGTCTGGC(序列表的序列 62)。
[0194] 18、用于鑒定HPV-68的探針序列如下(5, 一 3,):
[0195]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTCGCTCGGAACAGTCGTAGTC(序列表的序列 63)。
[0196] 19、用于鑒定HPV-70的探針序列如下(5, 一 3,):
[0197]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTTCGAGTACAGGACCCACATCAG(序列表的序列 64)。
[0198] 20、用于鑒定HPV-73的探針序列如下(5, 一 3,):
[0199]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTCACGCAGTCATACGGTTCGG(序列表的序列 65)。
[0200] 21、用于鑒定HPV-81的探針序列如下(5, 一 3,):
[0201] NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTGACCGAGGATAGCGTTACCG(序列表的序列 66)。
[0202] 22、用于鑒定HPV-82的探針序列如下(5, 一 3,):
[0203]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTCTAACGGAGAGACGCAACGG(序列表的序列 67)。
[0204] 23、用于鑒定人GAPDH基因的探針序列如下(5, 一 3'):
[0205]NH〇-TTTTTTTTTTTTTTTCACGACTCTACACGCAACCG(序列表的序列 68)。
[0206] 實(shí)施例2、人乳頭瘤病毒DNA的靈敏度和特異性檢測(cè)
[0207] 人乳頭瘤病毒L1基因分型參考品:中國(guó)食品藥品檢定研究院;廣品目錄號(hào)為 360002;其中具有6型質(zhì)粒、11型質(zhì)粒、16型質(zhì)粒、18型質(zhì)粒、26型質(zhì)粒、31型質(zhì)粒、33型 質(zhì)粒、35型質(zhì)粒、39型質(zhì)粒、45型質(zhì)粒、51型質(zhì)粒、52型質(zhì)粒、53型質(zhì)粒、56型質(zhì)粒、58型 質(zhì)粒、59型質(zhì)粒、66型質(zhì)粒、68型質(zhì)粒、70型質(zhì)粒、73型質(zhì)粒、81型質(zhì)粒、82型質(zhì)粒、40型 質(zhì)粒、42型質(zhì)粒、43型質(zhì)粒、44型質(zhì)粒、54型質(zhì)粒、61型質(zhì)粒、72型質(zhì)粒和83型質(zhì)粒;各個(gè) 質(zhì)粒中的插入片段分別依次為HPV-6、HPV-11、HPV-16、HPV-18、HPV-26、HPV-31、HPV-33、 HPV-35、HPV-39、HPV-45、HPV-51、HPV-52、HPV-53、HPV-56、HPV-58、HPV-59、HPV-66、HPV-68、 HPV-70、HPV-73、HPV-81、HPV-82、HPV-40、HPV-42、HPV-43、HPV-44、HPV-54、HPV-61、HPV-72 或HPV-83的L1區(qū)基因全長(zhǎng)序列。
[0208]一、靈敏度檢測(cè)
[0209] 對(duì)6型質(zhì)粒、11型質(zhì)粒、16型質(zhì)粒、18型質(zhì)粒、26型質(zhì)粒、31型質(zhì)粒、33型質(zhì)粒、35 型質(zhì)粒、39型質(zhì)粒、45型質(zhì)粒、51型質(zhì)粒、52型質(zhì)粒、53型質(zhì)粒、56型質(zhì)粒、58型質(zhì)粒、59型 質(zhì)粒、66型質(zhì)粒、68型質(zhì)粒、70型質(zhì)粒、73型質(zhì)粒、81型質(zhì)粒和82型質(zhì)粒分別進(jìn)行檢測(cè),測(cè) 試試劑盒的靈敏度。
[0210] 具體如下:
[0211] 將每個(gè)質(zhì)粒分別進(jìn)行兩個(gè)體系的PCR擴(kuò)增(PCR擴(kuò)增體系A(chǔ)和PCR擴(kuò)增體系B)。
[0212] PCR擴(kuò)增體系A(chǔ),體積為25iU,組成為:溶劑lXbuffer,含質(zhì)粒102-103copies/ U1、引物組合物甲(實(shí)施例1的步驟一中用于鑒定HPV-6的引物對(duì)、用于鑒定HPV-11的引 物對(duì)、用于鑒定HPV-18的引物對(duì)、用于鑒定HPV-26的引物對(duì)、用于鑒定HPV-31的引物對(duì)、 用于鑒定HPV-33的引物對(duì)、用于鑒定HPV-39的引物對(duì)、用于鑒定HPV-45的引物對(duì)、用于 鑒定HPV-51的引物對(duì)、用于鑒定HPV-52的引物對(duì)、用于鑒定HPV-53的引物對(duì)、用于鑒定 HPV-56的引物對(duì)、用于鑒定HPV-58的引物對(duì)、用于鑒定HPV-59的引物對(duì)、用于鑒定HPV-66 的引物對(duì)、用于鑒定HPV-68的引物對(duì)、用于鑒定HPV-73的引物對(duì)、用于鑒定HPV-81的引物 對(duì);各上游引物的濃度均為0. 1UM,各下游引物的濃度均為0. 6iiM)、dNTPO. 2mM,MgCl22mM、 熱啟動(dòng)TaqDNA聚合酶1-1. 5U。
[0213]PCR擴(kuò)增體系B,體積為25iU,組成為:溶劑lXbuffer,含質(zhì)粒102-103copies/ U1、引物組合物乙(實(shí)施例1的步驟一中用于鑒定HPV-16的引物對(duì)、用于鑒定HPV-35的引 物對(duì)、用于鑒定HPV-70的引物對(duì)、用于鑒定HPV-82的引物對(duì)和用于鑒定GAPDH基因的引物 對(duì);各上游引物的濃度均為0. 1UM,各下游引物的濃度均為0. 6iiM)、dNTP0. 2mM,MgCl22mM、 熱啟動(dòng)TaqDNA聚合酶1-1. 5U。
[0214]PCR擴(kuò)增條件:37°ClOmin;95°ClOmin;94°C30s、57°C30s、66°C45s,40 個(gè)循環(huán); 60°ClOmin;12°C保存。
[0215]PCR擴(kuò)增結(jié)束后,取PCR擴(kuò)增體系A(chǔ)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2. 5iil、PCR擴(kuò)增體系B的PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物和10ill雜交緩沖液,混合均勻,得到15ill的混合液。
[0216]雜交緩沖液:25% 去離子甲酰胺、6XSSC、5XDenhart'、l%SDS。
[0217] 取實(shí)施例1的步驟二制備的通用芯片,每個(gè)通用芯片每一點(diǎn)陣上加入14yl混合 液,密封,45-60°C雜交0. 5-3小時(shí)。
[0218] 結(jié)果見(jiàn)圖1至圖22。對(duì)于各個(gè)質(zhì)粒來(lái)說(shuō),通用芯片的檢測(cè)結(jié)果均與預(yù)期結(jié)果一致, 均在相應(yīng)的位置顯示為陽(yáng)性,說(shuō)明本發(fā)明提供的試劑盒靈敏度較高。進(jìn)行三次重復(fù)實(shí)驗(yàn),結(jié) 果一致。
[0219] 二、特異性檢測(cè)
[0220] 對(duì)40型質(zhì)粒、42型質(zhì)粒、43型質(zhì)粒、44型質(zhì)粒、54型質(zhì)粒、61型質(zhì)粒、72型質(zhì)粒和 83型質(zhì)粒分別進(jìn)行檢測(cè),測(cè)試試劑盒的特異性。
[0221] 方法均同步驟一。
[0222] 結(jié)果見(jiàn)圖23至圖30。對(duì)于各個(gè)質(zhì)粒來(lái)說(shuō),結(jié)果均為陰性,說(shuō)明本發(fā)明提供的試劑 盒特異性較高。進(jìn)行三次重復(fù)實(shí)驗(yàn),結(jié)果一致。
[0223]實(shí)施例3、臨床宮頸樣品的檢測(cè)
[0224] 對(duì)58例臨床宮頸上皮脫落細(xì)胞樣品進(jìn)行檢測(cè)(已測(cè)序驗(yàn)證HPV分型,其中38例含 HPV,20 例不含HPV)。
[0225] 1、分別提取各例臨床宮頸上皮脫落細(xì)胞樣品的總DNA。
[0226] 2、將步驟1得到的總DNA進(jìn)行兩個(gè)體系的PCR擴(kuò)增。
[0227]PCR擴(kuò)增體系A(chǔ),體積為25iU,組成為:溶劑lXbuffer,步驟1中所提取的總 DNAliil、引物組合物甲(實(shí)施例1的步驟一中用于鑒定HPV-6的引物對(duì)、用于鑒定HPV-11 的引物對(duì)、用于鑒定HPV-18的引物對(duì)、用于鑒定HPV-26的引物對(duì)、用于鑒定HPV-31的引物 對(duì)、用于鑒定HPV-33的引物對(duì)、用于鑒定HPV-39的引物對(duì)、用于鑒定HPV-45的引物對(duì)、用 于鑒定HPV-51的引物對(duì)、用于鑒定HPV-52的引物對(duì)、用于鑒定HPV-53的引物對(duì)、用于鑒定 HPV-56的引物對(duì)、用于鑒定HPV-58的引物對(duì)、用于鑒定HPV-59的引物對(duì)、用于鑒定HPV-66 的引物對(duì)、用于鑒定HPV-68的引物對(duì)、用于鑒定HPV-73的引物對(duì)、用于鑒定HPV-81的引物 對(duì);各上游引物的濃度均為0. 1yM,各下游引物的濃度均為0. 6i!M)、dNTPO. 2mM,MgCl22mM、 熱啟動(dòng)TaqDNA聚合酶1-1. 5U。
[0228]PCR擴(kuò)增體系B,體積為25iU,組成為:溶劑lXbuffer,步驟1中所提取的總 DNAliil、引物組合物乙(實(shí)施例1的步驟一中用于鑒定HPV-16的引物對(duì)、用于鑒定HPV-35 的引物對(duì)、用于鑒定HPV-70的引物對(duì)、用于鑒定HPV-82的引物對(duì)和用于鑒定GAPDH基因 的引物對(duì);各上游引物的濃度均為〇.luM,各下游引物的濃度均為0. 6iiM)、dNTPO. 2mM, MgCl22mM、熱啟動(dòng)TaqDNA聚合酶 1-1. 5U。
[0229]PCR擴(kuò)增條件:37°ClOmin;95°ClOmin;94°C30s、57°C30s、66°C45s,40 個(gè)循環(huán); 60°ClOmin;12°C保存。
[0230]PCR擴(kuò)增結(jié)束后,取PCR擴(kuò)增體系A(chǔ)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2. 5iil、PCR擴(kuò)增體系B的PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物和10ill雜交緩沖液,混合均勻,得到15ill的混合液。
[0231]雜交緩沖液:25% 去離子甲酰胺、6XSSC、5XDenhart'、l%SDS。
[0232] 取實(shí)施例1的步驟二制備的通用芯片,每個(gè)通用芯片的每一個(gè)點(diǎn)陣上加入14yl 混合液,密封,45-60°C雜交0. 5-3小時(shí)。
[0233] 結(jié)果見(jiàn)表1。38例含HPV的臨床樣本,本發(fā)明的檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序結(jié)果的符合率 為95% (38/40)。20例不含HPV的臨床樣本,本發(fā)明的檢測(cè)結(jié)果均為陰性,特異性為100%。 在58例總樣本中,本發(fā)明檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序結(jié)果的符合率為96. 2%。SP-001的結(jié)果見(jiàn)圖31。 SP-041的結(jié)果見(jiàn)圖32。
[0234] 表1分別使用本發(fā)明的試劑盒和DNA測(cè)序檢測(cè)58例臨床標(biāo)本的結(jié)果比較
[0235]
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種引物組,包括22個(gè)引物對(duì)中的至少1個(gè)引物對(duì);所述22個(gè)引物對(duì)為引物 對(duì)HPV-6A、引物對(duì)HPV-11A、引物對(duì)HPV-16A、引物對(duì)HPV-18A、引物對(duì)HPV-26A、引物 對(duì)HPV-31A、引物對(duì)HPV-33A、引物對(duì)HPV-35A、引物對(duì)HPV-39A、引物對(duì)HPV-45A、引物 對(duì)HPV-51A、引物對(duì)HPV-52A、引物對(duì)HPV-53A、引物對(duì)HPV-56A、引物對(duì)HPV-58A、引物 對(duì)HPV-59A、引物對(duì)HPV-66A、引物對(duì)HPV-68A、引物對(duì)HPV-70A、引物對(duì)HPV-73A、引物對(duì) HPV-81A 和引物對(duì) HPV-82A ; 所述引物對(duì)HPV-6A由序列表的序列1自5'末端第23-45位核苷酸所示的單鏈DNA分 子和序列表的序列2所示的單鏈D